ある日、ガルーダの基地では大幹部・拘束のまゆが自身の部下であるムカデ強化怪人を呼び出した。
ムカデ強化怪人「まゆ殿、何の用でしょうか？」
まゆ「ムカデ強化怪人...あなたにはこれから頭脳優秀な子どもたちをここに連れてきてほしいのです♪」
ムカデ強化怪人「子どもたちを連れてきてなにを？」
まゆ「子どもたちを教育してジュニアガルーダ隊を結成し、破壊工作をしてもらおうと思いまして♪」
ムカデ強化怪人「なるほど...ならばこのムカデ強化怪人、今から子どもたちをここに連れてきます」
まゆ「頼みましたよ、ムカデ強化怪人♪うふふ♪」
ムカデ強化怪人「イー！！」
ムカデ強化怪人は次々と頭脳優秀な子どもたちを誘拐していった。
そして立花モーターズに出入りしている薫までも狙われたのだ。
薫「おまえガルーダだな！！」
ムカデ強化怪人「うるさい！さっさとつれて行け！」
戦闘員「イー！！」
薫「やめろ！！放せ！！」
薫はガルーダによって連れ去られてしまった。
薫の声を聞き、駆けつけた龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、片桐早苗とともに後を追った。
しかし2人の前に再生されたキメラ強化怪人とサラセニアン強化怪人が現れた。
サラセニアン強化怪人「待て！！仮面ライダー」
キメラ強化怪人「お前の相手は俺たちだ！！」
ブラックサンダー「また再生したのか...しつこい奴らだ」
ブラックサンダーがキメラ強化怪人とサラセニアン強化怪人と戦っている間にムカデ強化怪人は誘拐した子どもたちを戦闘員にするため教育を行っていたのだ。
銃や剣の扱い方や爆弾のセットの仕方などを教えた後、ムカデ強化怪人は催眠電波で子どもたちを操り、成風龍東と片桐早苗を襲うように命令した。
一方、再生サラセニアン強化怪人と再生キメラ強化怪人を倒した龍東たちはひとまずホテルで様子をみることにしたのだ。
龍東「いてて...やっぱりキメラ強化怪人は手強かったな」
早苗「あいつらのせいで薫たちを見失っちゃたわ」
龍東「薫ちゃんたち無事だといいんですけどね...」
早苗「そうね、心配だわ」
龍東の早苗が薫たちの身を案じていると2人の前に催眠電波によって操られたジュニアガルーダ隊が現れたのだ。
龍東「薫ちゃん！？」
早苗「どうしたの！？その格好は！？」
ジュニアガルーダ隊「「成風龍東と片桐早苗はガルーダの敵」」
ジュニアガルーダ隊は銃を取りだし2人の命を狙う。
龍東「やめるんだ！！薫ちゃん！！」
早苗「そうよ！！そんな物騒な物は捨てなさい！！」
2人の呼びかけに答えることなく発砲するジュニアガルーダ隊、龍東は早苗を抱え窓から飛び降りた。
飛び降りる途中でベルトに風圧をかけ仮面ライダーブラックサンダーに変身した。
ブラックサンダー「大丈夫ですか？早苗さん」
早苗「え...ええ、なんとか...」
ムカデ強化怪人「始末し損ねたな役立たずどもめ！！」
ブラックサンダー「出たな！！ガルーダの強化改造人間！！」
ムカデ強化怪人「こうなれば俺がお前を始末してやる！！」
ムカデ強化怪人はブラックサンダーにパンチを仕掛けようとしたが受け止められ腹部にパンチをくらう。
パンチを受け怯んだところを持ち上げそして
ブラックサンダー「ブラックサンダー回転投げ！！」
そして
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
ムカデ強化怪人は爆散し、子どもたちの催眠も解けた。
まゆ「仮面ライダー...次の作戦は成功させてみせますよ♪うふふ♪」
ガルーダは新しく地底を自由自在に活躍できる強化改造人間・モグラ強化怪人を作り出し、地下から躍り出ては誘拐し、ガルーダの秘密基地に運び込んだ。誘拐された人々は奇怪な手術によりモグラ人間に改造されていた。
ガルーダは石油コンビナートを破壊し、東京湾を火の海にする作戦を決行するため、モグラ人間を活用しようと考えていたのだ。
そして、全日本モトクロス選手権で成風龍東が使用するマシンを整備していた原田美世が狙われ、連れ去られようとしていた。成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、原田を助けようとするが、モグラ強化怪人の罠にかかり、地底深くに引き込まれてしまった。