ある日の朝、龍東が新聞を読んでいるとある記事に目を向けた。
龍東「クラゲ型宇宙人を目撃したか・・・」
龍東はその真偽を確かめるため、クラゲ型宇宙人を目撃したという少女の元に向かった。
龍東が少女の家にたどり着くと既に早苗が訪れていた。
３人は早速、クラゲ型宇宙人の出現現場に向かった。
するとガルーダ戦闘員と強化改造人間･クラゲ強化怪人が現れた。
クラゲ強化怪人「待っていたぞ成風龍東そして片桐早苗！！」
龍東「やはりお前らのことだったかガルーダ！！」
早苗「薄々感づいていたわ！！」
クラゲ強化怪人「今度こそ貴様たちには死んでもらうかかれ！！」
戦闘員たちは３人に襲いかかってきたがなんとか急襲を逃れた。
早苗「はぁ、はぁ、なんとか窮地を脱したわね」
龍東「はい、しかしまだ油断はできませんよ」
果南「ごめんなさい！！私が余計なことに首を突っ込んだせいでこんなことに･･･」
龍東「君が謝る必要はないむしろ俺は君に感謝しているよ」
果南「え？」
龍東「君が奴等を発見してくれたおかげで犠牲者はまだ出ていないんだ」
早苗「もし果南ちゃんが発見していなかったら今ごろたくさんの犠牲者が出ていたわ」
龍東「だから俺たちは感謝しているんだ」
３人が果南の家に戻るとなんと果南の母親はガルーダにさらわれてしまったのだ。
助けに向かう早苗と龍東だったが、クラゲ強化怪人は罠を仕掛け待ち構えていた。
２人は罠に嵌まり触手に捕らえられてしまった。
早苗「な！？なによこれ！？」
クラゲ強化怪人「ふふふ、まんまと罠にかかってくれましたねお二人さん」
龍東「この触手は一体なんなんだ！？」
クラゲ強化怪人「それでわ教えてあげましょう、その触手には１００万ボルトの電気が流れる仕組みになっています」
早苗「ひゃ･･･100万ボルト！？そんなのくらったらひとたまりもないわよ」
クラゲ強化怪人「普通の人間だったら黒こげになって死ぬでしょうねしかし私と同じ強化改造人間のあなたはどうでしょう？」
早苗「まさか龍東くんを！？やめて！！」
クラゲ強化怪人「ダメです、こいつはいつも我々ガルーダの計画を潰してきた！！だからこの私が今まで倒されてきた怪人たちの恨みを晴らすのです！！死ね成風龍東！！」
クラゲ強化怪人が龍東に絡み付いた触手に電流を流すが龍東は顔色ひとつ変えずそのまま変身し触手を引きちぎったのだ。
クラゲ強化怪人「ばかな！？なぜ効かないのだ」
ブラックサンダー「残念だったなその程度では痛くも痒くもないぞ」
ブラックサンダーはクラゲ強化怪人との距離をダッシュで縮め腹部に右左右とパンチをくらわせる。
パンチを受け怯むが体勢を整え手のひらから触手を伸ばしブラックサンダーの首に巻き付ける。
首に触手を巻き付けられ苦しむが先ほどと同様引きちぎって脱出しクラゲ強化怪人との距離をとりそして空中高くジャンプするそして
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
クラゲ強化怪人は爆散した。
そのあと無事さらわれた果南の母親を救いだし早苗と龍東は立花モーターズへと帰っていった。
果南（龍東さん･･･また会えるといいな///)
見事クラゲ強化怪人を倒した成風龍東。
しかしガルーダとの戦いはまだまだ続く。
次にガルーダはどのような強敵を送り込んでくるか･･･。
およそ１８００万年前の地球には三葉虫という動物が住んでいた。その三葉虫の化石から古代の動物を蘇らせようという研究を続けているのが木山春生博士である。
ガルーダはこの研究を利用し、新しい強化改造人間を作り出そうと考え、木山博士を誘拐した。
ガルーダは三葉虫強化怪人を作り出すことに成功し、片桐早苗や立花モーターズの夕美が次々に狙われた。
三葉虫強化怪人に血を吸われ、意識を失ってしまう夕美。
木山博士の協力を得、三葉虫を蘇らせることに成功したガルーダは全世界に三葉虫をばら撒くため、空港に向かった。
その事実を知った成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、同じく空港へ向かった。