みんなは三葉虫という動物を知っているだろうか。
およそ１８００万年前の地球に生息していた動物だ。
その三葉虫の化石から古代の動物を蘇らせようという研究を続けている科学者がいた。
それは木山春生博士である。
木山「この研究が成功すれば古代に生きていた生物の調査がやりやすくなるだろう」
木山が研究に没頭していると研究室の外からドアをノックする音が聞こえた。
木山は不審に思いながらも「どうぞ」と返事をした。
すると研究室に入ってきたのはガルーダの戦闘員だった。
戦闘員「木山春生、その研究を我々ガルーダの計画のために役立たせてもらう」
木山「冗談はやめ･･･うっ！！」
木山は睡眠ガスを浴びせられ誘拐されてしまった。
ガルーダはこの研究を利用し、新しい強化改造人間を作り出そうと考えていたのだ。
木山「ここは･･･？」
まゆ「お目覚めですか木山博士♪」
木山「お前はなにものだ！！」
まゆ「私はガルーダ大幹部の拘束のまゆです♪それより木山博士にはやってもらいたいことがあります」
木山「やってもらいたいこと？」
まゆ「えぇ♪木山博士には今から古代の動物を蘇らせる研究を利用して新たな強化改造人間を作ってもらうのです♪」
木山「ふざけるな！！私の研究は改造人間を作るためにやっているんじゃないその依頼は断る！！」
まゆ「そうですかまゆたちの計画に協力してもらえないですかならば博士の教え子たちはどうなってもいいということですか？」
木山「な･･･何だと！？やめろ！！あの子たちは関係ないだろ」
首領「それなら博士が協力してくれれば教え子たちには一切手は出しません♪しかし拒否するのであれば･･･あとはわかりますよね」
まゆは木山を脅し三葉虫強化怪人を作り出すことに成功した。
そして三葉虫強化怪人はまず手始めに立花モーターズへと向かい玄関先で三葉虫の姿に変身し侵入した。
早苗「あら？なにかしらこの虫」
夕美「新種の虫ですかね？」
早苗が捕まえようと手をのばした瞬間、三葉虫の姿から怪人の姿に戻り２人に襲いかかった。
早苗は抵抗したが投げ飛ばされ気を失ってしまった。
夕美は三葉虫強化怪人に血を吸われ意識を失った。
一方、ガルーダは木山博士の協力を得、三葉虫を蘇らせることに成功していた。
そして蘇らせた三葉虫たちを全世界にばら撒くため、三葉虫強化怪人を空港に向かわせた。
まゆ「この計画が成功すれば世界はまゆたちガルーダのものに･･･うふふ♪」
木山「く･･･すまないみんな･･･」
まゆ「木山博士にはこれからもまゆたちのために働いてもらいますのでよろしくお願いしますね♪」
その頃、早苗から話を聞きガルーダ計画を知った龍東はターボサイクロンに乗り込み空港へと向かった。
三葉虫強化怪人「ここから始まるのだ･･･さて行くか」
ブラックサンダー「待て！！空港には行かせないぞ」
三葉虫強化怪人「くそうブラックサンダーめ･･･ならば貴様を始末して計画を進める」
三葉虫強化怪人は口から火炎を放つ。
ブラックサンダーはジャンプで避けそのまま蹴る構えをとる。
しかし三葉虫強化怪人の背中の殻に阻まれてしまった。
次に三葉虫強化怪人はブラックサンダーめがけて突進してきた。
ブラックサンダーは三葉虫強化怪人を受け止め腹部に右左とパンチをくらわせる。
パンチを受け怯んでいる間に空中高く飛び
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
三葉虫強化怪人は爆散した。
それと同時に三葉虫たちも消滅した。
そしてブラックサンダーは誘拐された木山を救うためガルーダの秘密基地へと乗り込んだ。
迫り来る戦闘員たちを蹴散らしとうとう司令部へとたどり着いたのだ。
ブラックサンダー「お前はなにものだ！！」
まゆ「うふふ♪初めまして私はガルーダ大幹部の拘束のまゆです以後お見知りおきを♪」
ブラックサンダー「拘束のまゆ！！木山博士を返してもらうぞ！！」
まゆ「えぇいいですよ三葉虫強化怪人が敗れた今この人はもう用済みですので♪」
まゆは木山を突き飛ばしその間に基地をあとにした。
基地は爆発したがブラックサンダーたちは無事脱出した。
無事木山を救いだしガルーダの計画を阻止した成風龍東。
しかしガルーダは攻撃の手を緩めるつもりはないだろう。
頑張れ我らの仮面ライダーブラックサンダー。
次にガルーダが送り込んだ強化改造人間はアリクイ強化怪人。
アリクイ強化怪人はガルーダ科学陣が発明した細菌を人間に植え付け、破壊活動を行わせる使命を受けていた。
アリクイ強化怪人は計画遂行のため、薫の友人の父を利用した。
友人の父は自らが住む団地の住人に細菌をばら撒いていった。
ガルーダの恐るべき計画を知った成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、アリクイ強化怪人に戦いを挑む。
しかし、強敵アリクイ強化怪人の前に一敗地にまみれてしまった。
打倒・アリクイ強化怪人に燃える成風龍東は立花の協力を得て、新しい必殺技の習得に励んだ。
そして特訓の成果が実り、新必殺技が生まれた。
新必殺技を携え、仮面ライダーブラックサンダーはアリクイ強化怪人に再度、戦いを挑む。