前回の作戦も失敗したガルーダはブラックサンダーを倒すべく新たな怪人を生み出した。
その名はアリクイ強化怪人。
アリクイ強化怪人の主な任務はブラックサンダーを抹殺することであるがもうひとつ重要な任務を大幹部である拘束のまゆから使命を受けている。
それはガルーダ科学陣が発明した細菌を人間に植え付け、破壊活動を行わせることだ。
まゆ「それでは頼みましたよアリクイ強化怪人」
アリクイ強化怪人「イー！」
まゆ「これで邪魔なブラックサンダーがいなくなれば日本征服は達成したも同然♪うふふ♪」
アリクイ強化怪人は計画遂行のため、薫の友人の父を利用した。
細菌を植え付けられた友人の父は自らが住む団地の住人に細菌をばら撒いていった。
その現場を目撃した薫たちは立花モーターズへ向かい龍東に報告した。
薫たちの報告によりガルーダの恐るべき計画を知った龍東は案内をしてもらい団地へと向かった。
団地へ着くとそこには細菌を植え付けられた人々がいた。
龍東「なんてことを･･･」
アリクイ強化怪人「どうだ細菌の効果はすごいだろう」
龍東「貴様はガルーダの新しい怪人だな！！」
アリクイ強化怪人「その通り俺はアリクイ強化怪人！！成風龍東お前には死んでもらう！！」
龍東「そう簡単に殺されてたまるか！！」
龍東は変身するため構える。
龍東「ライダー･･････変身！！とぉ！！」
龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、アリクイ強化怪人に戦いを挑む。
先に仕掛けたのはブラックサンダー、まずアリクイ強化怪人の腹部にパンチを喰らわせる。
しかしアリクイ強化怪人に効果はなく、右手の鉤爪によってカウンターを受けてしまった。
ブラックサンダーも負けじと右左右とパンチを喰らわせるもやはり効果はない。
ブラックサンダー「クソ！！なんて硬さだヒトデ強化怪人と同等かそれ以上だ」
アリクイ強化怪人「どうしたブラックサンダー？お前の力はその程度か？」
ブラックサンダー「ならばこれならどうだ！！」
ブラックサンダーは空中高く飛んだ。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
ブラックサンダーキックは見事にアリクイ強化怪人に命中したがなんと弾き飛ばされてしまったのだ。
次にベルトの真ん中にあるウィンドサンダーダイナモを回転させ、再び空中高く飛ぶ。
ブラックサンダー「ブラックサンダー電光キック！！」
ブラックサンダー電光キックも命中したがこれも弾き返されてしまった。
そのあともブラックサンダーパンチを放つがアリクイ強化怪人にダメージを与えることができなかった。
ブラックサンダー「ダメだ･･･俺の技が全部効かないどうすれば･･･」
アリクイ強化怪人「もう終わりか？ならば次は俺の番だ」
アリクイ強化怪人は左右の鉤爪でブラックサンダーを滅多打ちにする。
そしてブラックサンダーは膝から崩れ落ち地面に伏せた。
ブラックサンダーは敗北したのだ。
その様子を見ていた薫はアリクイ強化怪人に立ち向かうが返り討ちにされ大ケガを負った。
その後、薫は病院に運ばれたが命に別状はなかったしかし自身にとってヒーローであったブラックサンダーがなすすべなく倒されたショックと絶望で昏睡状態になってしまったのだ。
一方で龍東はアリクイ強化怪人に敗れたショックと何より薫を傷つけてしまった責任で放心状態に陥っていた。
そこへ立花がやって来た。
立花「龍東大丈夫か？そんな廃人みたいになっちまって」
龍東「おやっさん俺はアリクイ強化怪人に勝てる気がしないよ･･･」
立花「なにをバカな事を言っているんだ！次は必ず勝てるさ」
龍東「無理だよ！！俺の技は全部あいつには効かなかったそんな奴にどうやって勝てっていうんだ！！」
立花「バカ野郎！！」
パァンと誰もいない廊下に響いた。
立花は龍東の頬に平手打ちをしたのだ。
そして龍東の胸ぐらを掴みこう続ける。
立花「いいかよく聞け！！薫にとってはなお前はヒーローなんだ希望なんだ！！だからお前は勝たなければいけないんだ！！」
龍東「俺が希望･･･」
立花「お前に無茶なことを言っているのはわかってる･･･しかし今日本でガルーダと戦えるのはお前しかいないんだ！！」
龍東は立花の指導を受けながら特訓を始めたアリクイ強化怪人に勝つため。
そして龍東はとうとう新たな必殺技を生み出したのだ。
新必殺技を携え龍東はアリクイ強化怪人が出現したとの情報があった場所へ向かった。
アリクイ強化怪人「よし今度はこの団地に･･･」
ブラックサンダー「そこまでだ！！」
アリクイ強化怪人「ブラックサンダーまたやられにきたのか」
ブラックサンダー「それはどうかな？」
ブラックサンダーはアリクイ強化怪人との戦闘を開始した。
前回同様、ブラックサンダーの攻撃や技はアリクイ強化怪人に効果はなかった。
ブラックサンダーは空中高く飛びドリルのように体を回転させる。
ブラックサンダー「ブラックサンダードリルキック！！」
強敵アリクイ強化怪人を倒したブラックサンダーはある場所へと向かった。
ブラックサンダー「薫ちゃん」
薫「わぁ！ブラックサンダーだ！！」
ブラックサンダー「俺は勝ったよだから薫ちゃんも怪我に負けず早く治すんだよ」
薫「うん！！」
ブラックサンダーが立ち去ったあと立花たちがお見舞いに来た。
薫はさきほどのことを立花たちに話した。
立花（龍東、よくやったぞ）
強敵アリクイ強化怪人を倒した成風龍東。
だがガルーダは世界征服をあきらめるつもりはないだろう。
次にガルーダが送り込んだ強化改造人間は人喰い花・ドクダリア強化怪人。
ジャングルの中で２００年を経た人喰い花をガルーダが怪人に作り上げた。
ドクダリア強化怪人は近寄ってきた物や人間を溶かして吸収してしまう、つまり動物性たんぱく質を養分として生きている恐ろしい強化改造人間である。
ガルーダは毒薬の結晶を溶かした水を霧状にし、空中から散布する「毒霧作戦」によって、人類の抹殺を企てた。
そのため、若い女性を次々と誘拐し、毒薬精製に従事させていた。
ガルーダの企てを察知した成風龍東と片桐早苗は立花モーターズの美波、夕美を調査に向かわせたが、２人はガルーダに捕らえられてしまった。
成風龍東は美波、夕美を救うため、ガルーダ秘密基地に潜入するが、罠にかかり自らも捕らえられてしまった。
十字架に縛りつけられ、絶体絶命の成風龍東。
危うし・・・仮面ライダーブラックサンダー・・・