ある日のガルーダ秘密アジトではまた新たな強化改造人間が誕生したのだ。
サソリ強化怪人「シューシュー」
ガルーダ首領「新たな強化改造人間はできたか」
ガルーダ科学班「はい、首領この通り完成しました」
ガルーダ首領「よし、起きよ！サソリ強化怪人！」
首領が呼ぶとサソリ強化怪人は手術台から起き上がる。
サソリ強化怪人「ふふふ、これで龍東に勝つための力を手に入れた！これで龍東に勝つことができる！」
その頃、龍東は美波とデパートに買い出しに来ていた。
美波「ニンジンと豚肉とそれから...」
龍東「おいおい...まだ買うのか？カレーを作るならもう十分だろ...」
美波「ダメよ！もう少しで洗剤とかなくなっちゃいそうなんだから」
龍東「まるで主婦だな...」
一方、ガルーダ秘密アジトでは拉致されたが強化改造人間になれず戦闘員としても使えない囚人たちが集められていた。
ガルーダ首領「お前たちは、強化改造人間といてはおろか戦闘員としても使えない...しかしそんな悲しいお前たちに自由になるチャンスを与えよう」
囚人A「ほ、本当か？本当に自由になれるのか？」
囚人B「で？どうしたら自由になれるんだ！」
ガルーダ首領「では、説明しようお前たちはこのアジトを出た後砂漠を制限時間内に歩いてもらう制限時間が過ぎれば“死”あるのみだ」
ガルーダ首領の説明が終わった途端アジトの出口が開いたのだ。
囚人たちは我先にと走り出しだすと目の前にはガルーダ首領の説明通り砂漠が広がっていた。
必死に砂漠を走る囚人たち。
しかしガルーダ首領は囚人たちを逃がす気などなかったのだ。
ガルーダ首領「よし、キラースコーピオンを出せ！」
戦闘員「しかし、まだ制限時間は過ぎていませんが......」
ガルーダ首領「構わん、もとより逃がす気などないわ」
首領が命令すると戦闘員はキラースコーピオンを出撃させた。
キラースコーピオンは瞬く間に囚人たちを溶かしてしまった。
その様子を岩影から一人の老人が見ていた。
ガルーダ首領「あの囚人を使って成風龍東を誘き寄せるのだ！」
サソリ強化怪人「はは！」
買い出しを終えた龍東たちは立花モーターズに戻ってきた。
立花「いや～助かったよ美波！ありがとうな」
美波「いえいえ、これくらい大丈夫ですよ」
立花「美波はいい嫁さんになるな！龍東、美波を嫁にもらったらどうだ？」
龍東&美波「えぇ∥」
龍東たちがそんなやり取りをしているとインターホンがなった。
龍東「はーい！今行きます！」
老人「助けてくれ！ガルーダに追われているんだ！！」
立花「ガルーダだと！？すまないが詳しく聞かせてくれないか？」
数時間後
老人「私はある日、突然奴らに拉致されたんだが強化改造人間にするには年を取りすぎている戦闘員としても使えないということでずっと強制労働をさせられていたんだ」
龍東「それで脱走してきたということですか......」
老人「あぁ他の脱走者はみんな殺されてしまったけれど......」
美波「ひどい......」
立花「しかし匿うにはここじゃすぐに見つかってしまう」
龍東たちは脱走してきた老人を匿うためビジネスホテルに向かった。
龍東「ここならしばらくはガルーダに見つかることはないだろう......」
老人「ありがとうございます......見ず知らずの私なんかのために......」
美波「いいんですよ！困ったときはお互い様です！」
龍東「そうですよ！困ったときはお互い様ですよ」
そんな会話をしていると突然ノックが聞こえてきた。
美波「あら誰かしら？おやじさんかな？」
龍東「いや...おやっさんは用があるからまだ来ないはずだ」
老人「も、もしやもうガルーダが！」
龍東「落ち着いてください！とりあえず俺が出ます...美波、おじいさんを頼んだ」
美波「うん......わかった」
龍東は恐る恐るドアノブに手をかけ勢いよく開けたするとそこには親友の武内の姿があった。
龍東「武内！おまえか！」
武内「あぁ！でもびっくりしたよいきなり開けるもんだから」
龍東「いやぁすまないすまない」
美波「武内くん！久しぶりね！」
武内「美波も久しぶり！」
龍東は今までの経緯を武内に説明した。
武内「なるほどな...よし！それなら俺にも協力させてくれ！」
龍東「ありがとう！武内！」
美波「武内くん本当にありがとう！」
すると近くから悲鳴が聞こえてきた龍東と武内はこの場を美波任せて悲鳴の聞こえてきた場所へと向かう。
龍東「武内はあっちを！俺はこっちを見てくる！」
武内「わかった！じゃあそっちは頼んだ！」
龍東と武内は左右に別れ捜索を開始した。
するとガルーダの女戦闘員が襲ってきたのだ。
しかし龍東と武内はあっという間に女戦闘員を蹴散らしまた捜索を再開した。
老人「あぁ......私がここにいるのが奴らにバレたんだ......もうおしまいだ......皆殺しだ......」
美波「大丈夫ですよ！あきらめないでください！」
老人「お嬢さん！あぶない！」
美波「きゃああ！」
部屋の天井からガルーダが開発したキラースコーピオンが大量に降ってきたのだ。
老人はキラースコーピオンの溶解液で溶かされてしまい美波もまた戦闘員たちによって連れ去られてしまった。
龍東「しまった......遅かったか......」
武内「まだ間に合うかもしれない！追いかけよう！」
龍東と武内はバイクで戦闘員の車を追う。
しばらく後を追うと車は停車した。
龍東「ここで止まっているとゆうことはここが奴らのアジトか......」
武内「そうかもしれない...よし！奴らに見つかるといけない屋根からこっそり侵入しよう」
そうして二人は屋根から侵入し中の様子を伺っていると運悪く武内が屋根裏の破損したところから誤って落下し捕らえられてしまう。
龍東「武内！」
武内「龍東......すまない......」
龍東は戦闘員たちを薙ぎ倒し美波を救出する。
次に武内を救出して脱出しようと出口へ向かおうとした時いきなり武内が足を止めた。
龍東「どうした武内？早く脱出するぞ！」
武内「ふふふ......龍東......まんまと誘き寄せられたな！」
そう言って武内はフェイスマスクを外す。
すると武内の姿はサソリ強化怪人へと姿を変えた。
龍東「そ、そんな武内が......強化改造人間だと......」
武内「そうだ！俺はお前に勝つために自ら改造手術を受けたのだ！」
龍東「なぜだ！武内！なぜお前が......！！」
武内「龍東よ...俺はお前に勝ちたかったしかし俺とお前とでは圧倒的差があったのだ...だから俺はガルーダにこの力を与えてもらったのだ！」
龍東「武内......」
龍東はひとまず美波を安全な場所へ避難させる。
避難させた後、龍東は再び武内いやサソリ強化怪人のもとへと向かった。
サソリ強化怪人「見つけたぞ！成風龍東！」
龍東「武内！悪魔に魂を売ったお前をもう親友だとは思わん！行くぞ！」
龍東は変身ポーズをとる。
右手を伸ばし、左手を胸と平行の位置で構える
右手と左手を反対の位置へ持っていく。
左手を引いて拳をつくる。
左手を右斜め上に突き出し同時に右手を引いて拳をつくる。
龍東「ライダー...変身！！とぉ！！」
成風龍東から仮面ライダーブラックサンダーへと姿を変えた。
両者にらみ合い戦闘を開始した。
サソリ強化怪人は左手のハサミで攻撃、仮面ライダーは強力なパンチやキックを打ち込む。
しばらく二人の攻防が続きそしてついに決着がつく。
ブラックサンダー「ブラックサンダー回転投げ！」
サソリ強化怪人「ぐわぁぁぁぁぁぁ」
サソリ強化怪人は岩に勢いよくぶつけ体は赤い液体となりなくなってしまった。
ブラックサンダー「武内......」
そう言い残すとブラックサンダーはどこかへ去っていった。
親友だった武内はガルーダの強化改造人間だった。心に深い傷を負いながらも成風龍東は戦い続けなければならない。ガルーダは今度はどんな恐ろしい怪人を送り込んでくるのか。
新田美波と友人の相葉夕美は遊園地に遊びに来ていた。2人が園内を歩いていると泣いている少女に出会う。2人が訳を尋ねると姉が園内の温室で植物に喰われてしまったと言うのだ。
その事実を聞きつけた成風龍東は早速、現地に調査に向かう。温室のサラセニアが消失していることに気付く成風。するとガルーダの戦闘員が現れ、成風がその後を追う。
ガルーダ秘密基地を突き止め、潜入を試みる成風。そこには少女の姉が人体実験にされようとしていた。