ある日新田美波と友人の相葉夕美は遊園地へ遊びに来ていた。
美波「とっても楽しかった～ね！夕美ちゃん！」
夕美「うん！とっても楽しかったね！龍東くんも来れば良かったのに......」
美波「龍東はあまり遊園地が好きじゃないからね......」
そんな会話をしながら植物が栽培されている温室へと向かった。温室を歩いていると1人で泣いている少女を発見した。
少女「うぇ～んお姉ちゃん」
美波「どうしたんだろ？迷子かな？」
夕美「でも......見た感じ中学生ぐらいだよ？」
美波「とりあえず聞いてみよう」
夕美「うん！そうだね」
美波と夕美は泣いている少女に駆け寄り訳を尋ねる少女の名前は城ヶ崎莉嘉だという。姉と一緒に遊園地に来ていたのだが突然目の前のサラセニアという植物に喰われてしまったと言うのだ。
美波「とりあえず龍東とおやじさんのところへ行こう！」
夕美「うん！わかった！」
美波と夕美は莉嘉を連れて立花モーターズへ向かった。そして龍東と立花に今までの経緯を説明した。
莉嘉「う......う......お姉ちゃん......」
龍東「大丈夫だよ！お姉ちゃんはお兄ちゃんが取り戻すから！」
莉嘉「本当に？本当にお姉ちゃんは帰ってくるの？」
龍東「あぁ！男に二言はない！」
美波「龍東......」
龍東「よし！じゃあ早速調査に行ってくるよ」
立花「おう......気を付けろよもしかしたらガルーダが絡んでるかもしれないからな......」
龍東は城ヶ崎莉嘉の姉がいなくなったとされる温室を調査していたすると話にあったはずのサラセニアがなくなっていることに気付いた。サラセニアの周囲を調査しているとガルーダの戦闘員がこちらに向かってきた龍東は近くに身を潜め後を追うことにした。
龍東「やっぱりガルーダが絡んでいたか......後を追えば莉嘉ちゃんのお姉ちゃんがいるかもしれない」
しばらく後を追うとガルーダの紋章が描かれている扉にたどり着いた戦闘員は扉の中へ入っていく続いて龍東も中へ入った。アジトの中を歩いているとどこからか女性の叫び声が聞こえてきた。
女性「誰か！誰か助けて！」
龍東「もしかしたら......急がないと！」
叫び声をたどって行くとある部屋にたどり着いたどうやら研究室らしい手術台には1人の女性が拘束されていた彼女こそ探していた城ヶ崎莉嘉の姉城ヶ崎美嘉だ。彼女は今人体実験にされようとしていたのだ。
研究員「それじゃ実験開始だ......」
美嘉「いや！死にたくない！」
研究員「安心しろ......成功すれば死ぬことは......う！」
龍東「大丈夫か！待ってろ今解放してやるからな！」
美嘉「あなたは？」
龍東「話は後だ！妹が待っている」
美嘉「莉嘉が！」
龍東は無事美嘉を救いだしアジトを脱出したしかしガルーダの戦闘員が待ち構えていた戦闘員を蹴散らし遊園地をあとにした1人の戦闘員を捕虜にして。
戦闘員「報告します......城ヶ崎美嘉を取り逃がし戦闘員103が捕らえられました」
ガルーダ首領「まぬけめ！サラセニア強化怪人......捕虜となったまぬけな戦闘員をさっさと始末しろ！」
サラセニア強化怪人「ギギー！」
龍東たちは捕虜となった戦闘員に尋問をしていたしかし戦闘員は一向に口を割らない。龍東は美波たちに戦闘員の見張りを任せ再び調査に向かった。
美波「ガルーダの戦闘員を連れてきたって聞いたときは驚いたけど......」
夕美「案外普通の人間なんだね......」
美嘉「でも......普通の人間よりは強いんだって......」
莉嘉「なんでお姉ちゃんがそんなこと知ってるの？」
美嘉「監禁されているときにたまたま聞いたのよ......あぁ思い出したくもない......」
彼女たちが話しているといきなり夕美が悲鳴をあげた。
夕美「きゃあ！」
美波「どうしたの夕美ちゃん？」
夕美「い、今......窓の外に何かいた......」
美波「何かと見間違えたんじゃないの？」
戦闘員103「き......来たんだ......」
美嘉「来たってなにが？」
戦闘員103「来たんだよ......俺を処分するために......」
美波「どうゆうこと？」
戦闘員103「ガルーダには血の掟があってその1裏切り者又は捕虜となった者は即処分せよ......だから俺は処分されるんだ捕虜になったから......」
戦闘員が恐怖で震えていると窓が割れる音がしたするとサラセニア強化怪人が部屋に入ってきたのだ。サラセニア強化怪人は戦闘員を見つける逃げようにも縛られていて思うように動けない戦闘員サラセニア強化怪人は戦闘員に抱きつき体液を吸収した。体液を吸収され尽くされた戦闘員の体は干からびてしまった。
夕美「きゃあ！」
思わず夕美は悲鳴をあげてしまった。サラセニア強化怪人が振り向くそして夕美たちの方に向き直る。
サラセニア強化怪人「見たな！お前たちにも死んでもらう！まずはお前からだ！」
サラセニア強化怪人はツルを伸ばし夕美の首に巻き付けた。
美波「夕美ちゃん！」
美嘉「夕美さん！」
莉嘉「夕美お姉ちゃん！」
助けようにも恐怖で体が動かないこのままでは夕美は殺されてしまう全員が思ったその時サラセニア強化怪人の後ろがまぶしくひかりそこには我らがヒーロー仮面ライダーブラックサンダーが立っていた。
莉嘉「あ！」
美波「あの人は！」
美嘉「た、助かった......」
夕美「ごほ......ごほ......」
ブラックサンダー「覚悟しろ！ガルーダの強化改造人間！」
サラセニア強化怪人「来たか仮面ライダー！」
仮面ライダーとサラセニア強化怪人の戦闘が開始された。やがて狭い部屋では不利と見たサラセニア強化怪人は窓から外へ飛び出した仮面ライダーも後を追った戦いの舞台は外へ移った2人の攻防が続くやがて仮面ライダーは宙を舞い必殺の“ブラックサンダーキック”をサラセニア強化怪人に打ち込んだ。こうして決着がついた。
ブラックサンダーはターボサイクロンにまたがると莉嘉の頭を撫でそのままどこかへ去っていった。
莉嘉「あのお兄ちゃんは誰？」
夕美「あのお兄ちゃんはね仮面ライダーって言って私たちの強い味方だよ♪」
莉嘉「仮面ライダー？」
美嘉「ところでアタシを助けてくれたあの人は？ちゃんとお礼言いたいんだけど......」
美波「そう言えば龍東......調査に行ったきり帰ってきてない......」
夕美「明日改めてお礼を言いに行けば？今日はもう遅いし」
そして翌日城ヶ崎姉妹は助けてくれた成風龍東にお礼を言いに城南大学に向かっていたちょうど龍東が校門から出てきた。
龍東「あれ？君たちは昨日の......」
美嘉「昨日は助けてもらってありがとうございました」
莉嘉「本当にありがとうございました」
龍東「いえいえ......俺は特に何も......」
莉嘉「ん～なんか似てる......」
龍東「似てるって誰にだい？」
莉嘉「昨日あのお化けを倒した仮面ライダーに......」
美嘉「言われてみると確かに......」
龍東「まさか！俺は仮面ライダーみたいに強くないし......」
莉嘉「でも......雰囲気がすごく似てる！」
龍東「ははは......困ったな～」
美嘉「アハハハハハ」
こうして成風龍東の活躍によって姉妹の絆は守られたしかしガルーダはまだ世界征服を諦めない。次にガルーダはどんな怪人で挑んでくるのかまたどんな卑劣な作戦を立ててくるのか。
成風龍東のもう1人の幼なじみ、地震学者の青木慶が行方不明になった。原因を探るため、成風は青木慶の勤務する地震研究所に向かい、手がかりを得た。
ガルーダの仕業と察知した成風に行方不明の青木慶から電話が入った。ガルーダが人工的に大地震を発生させ、日本を壊滅させようとしているのだ。
成風が青木慶に呼び出された場所に向かうとそこにはカマキリ強化怪人が罠を仕掛け、待ち構えていた。