ティターンズの暴走を受けて、反地球連邦組織「エゥーゴ」が結成。やがて地球連邦軍はティターンズとエゥーゴに分裂して内乱を粉うようになった。これがグリプス戦役であるが、当初は連邦の内部対立にすぎなかったが、ここでアクシズが地球圏に襲来してこの戦いに介入したために三つ巴の戦いになっていった。
アクシズは自らの消耗を抑えつつもティターンズとエゥーゴの戦いを煽り、両者の戦力を消耗させる事に成功した。やがてティターンズが壊滅してエゥーゴの勝利でグリプス戦役は終結したが、その時にはエゥーゴは戦力を大幅に低下させてしまっていた。
グリプス戦役に勝利したが、大きく消耗したために戦後の主導権を確立できないエゥーゴであったが、アクシズは同戦役で戦力を可能な限り温存していた為に漁夫の利を得る形で主導権を握る事に成功した。
このアクシズは名を「ネオ・ジオン」と改めて、ザビ家再興を目指してサイド３ジオン共和国を制圧。こうして地球圏の戦いは第一次ネオ・ジオン抗争に移行していった。
これに対して連邦軍の対応は遅れて、各都市やスペースコロニーは孤立して上にアフリカ解放戦線などの武装勢力の跳梁跋扈するという地球圏は無政府状態に陥った。
ネオ・ジオンは各サイドのスペースコロニーを制圧してダブリンへのコロニー落としをするなど、一時は地球連邦の喉元に迫るまでに至ったが、ネオ・ジオン内部の対立から反乱が発生して、仲間割れで自滅的崩壊をしていまうという醜態を晒した。そして地球連邦はエゥーゴを吸収して反撃に乗り出しネオ・ジオンは地球連邦に降伏することになった。
こうして第一次ネオ・ジオン抗争は終結したが、この事態そもそもは日本支部の予定通りだった。とはいえそんな彼らもネオ・ジオンが内部をまとめる事も出来ずに仲間割れで自滅した事には呆れていた。
また、グリプス戦役や第一次ネオ・ジオン抗争は、一年戦争の時よりもニュータイプの軍事利用が盛んにされていたのも特徴であった。特に強化人間と呼ばれる強化処置によってニュータイプの能力を人工的に再現した兵士やニュータイプのクローンなども登場していた。これらは人道的に大きな問題を抱えていたが、その戦闘力は侮れないものであった。
ちなみに大日本帝国では地球連邦よりも一世紀近くも宇宙進出をしていた事と地球圏から遠く離れた火星圏に進出していた事からかなり早期からニュータイプはそれなりに出現していたが、ジオンのようにニュータイプ主義を掲げるような事はしていなかった。というものあくまで地球連邦の植民地に過ぎないジオンと違って、日本は西暦時代から地球最古の由緒正しい国家なので、そんな偏った思想はいらなかったのだ。
勿論、日本支部もニュータイプの研究はしていたが、ジオン・ダイクンのように急いで結論を出すのではなく、じっくり時間をかけてニュータイプとは何なのかと検証していたのだった。その為、日本ではニュータイプは人の革新というよりも単なる特技として受け入れられていた。最もコロニー暮らしが長かった所為か、それとも憑依した影響なのか、何故かこの世界の日本人に憑依したトリッパーがニュータイプとして覚醒することが多かった。そこで、日本支部は趣味に走ってＬシステムを搭載したニュータイプ専用ＭＡなどを開発していた。
さて、第一次ネオ・ジオン抗争で主だったジオン残党は壊滅したが、それでもジオンはなくなることがなった。グリプス戦役で行方不明になっていたシャアが新たなネオ・ジオン（ハマーン率いるネオ・ジオンとは別の組織）を結成して地球連邦に戦争を仕掛けて第二次ネオ・ジオン抗争が勃発した。
シャアの目的はアクシズ落下と地表付近での核爆発により地球に核の冬を引き起こすことで、腐敗した地球連邦政府と地球に居続けるアースノイドを排除することだった。また、地球を人の住めない場所にすることで強制的にすべての人類を宇宙で生活させてニュータイプに導こうとした。
言うまでもなくこれはかなり極端な行動であり、例によってシャアを支援していた日本にしてもいくら何でもそこまでやるか、と思うほどだったが、日本支部としてはシャアが逆襲してくれないと歴史が変わり過ぎて困るし、地球圏の混乱は国益に適うので支援をしていた。
この第二次ネオ・ジオン抗争後は地球圏はとりあえず安定したが、その後もネオ・ジオン残党軍「袖付き」やマフティー・ナビーユ・エリンなどの反地球連邦勢力が出現して、地球圏の抗争は長期にわたって続いて行く事になる。勿論、日本支部がそれらの反連邦勢力を支援して地球連邦の勢力圏を引っ掻き回していたのは言うまでもないだろう。
解説
■Ｌシステム（機動新世紀ガンダムX）
ニュータイプの精神波を増幅して電子機器を使用不能にする特殊装置。大日本帝国ではニュータイプの軍事利用を建前に（本当はニュータイプのトリッパーが趣味に走っただけ）これを改良した装置をＭＡに搭載している。
■袖付き
第二次ネオ・ジオン抗争後の『機動戦士ガンダムUC』で登場するネオ・ジオン残党組織。だだしこれは連邦軍側の呼称で、彼ら自身はネオ・ジオンを名乗っている。
■マフティー・ナビーユ・エリン
小説『機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ』に登場するテロ組織。また、その組織の表向きのリーダー、ハサウェイ・ノアの偽名としても用いられる。