龍太が変身した仮面ライダーDREXとガタノゾーアの戦闘から数時間後。
ニュージーランド沖の海底、そこには自然にできたとは思えない、だが人間が作ったものではない歪な尖塔が乱立していた。尖塔が立っている地帯のその奥には巨大な神殿と思われる建物があった。
ルルイエ、インスマースたちの本拠地であり、彼らが信奉する神クトゥルフが眠る神殿である。
「なるほど、それでおめおめと逃げ帰ってきたというわけですか。」
「かつての戦いで多くの神を打ち倒した仮面ライダーだ。変身者が変わっても警戒するに越したことはない。俺も傷を負ったからな。それに、ザウラーのベルトとダイノクォーツは破壊したんだ。最低限の仕事はしたぞ。」
ディレックスとの戦闘でできた傷をインスマースたちに治療させるガタノゾーア。そのガタノゾーアを見下ろす別の邪神が居た。タコやイカのような軟体動物を思わせるドレスのような鎧を着た銀色の美しき女神、ガタノゾーアの妹にしてクトゥルフ復活を担う邪神クトゥーラである。
「お兄様、私が聞きたいのはそういうことではありません。お兄様の役目はお父様復活の障害となる仮面ライダーを排除すること。それには忌まわしき龍たちの魂が封じられたダイノクォーツ、新たな戦士たちが誕生する前にドライバーを破壊することです。今回、ディレックスのドライバーを使われる前に破壊することができたのでは。」
クトゥーラは今回の敗北に対してガタノゾーアを問い詰める。それが何かをガタノゾーアは理解していた。
「俺が手を抜いたと？」
「お兄様に限ってそう簡単に傷を負うことはありえません。であれば、お兄様の悪い癖が出たと思った。それだけです。」
ガタノゾーアはクトゥーラを見る。
「クトゥーラ、あれは俺の獲物だ。お前がムー、レムリア、アトランティスの時代から人間を見下しているのは理解している。だが、矮小な人間が俺達、外宇宙から来訪した神と同等に戦うことができる。であれば、奴らの最大の力を真っ向から叩き潰すのが神としての俺の楽しみだ。こればかりは譲れん。」
自身から濃密な闇を放出するガタノゾーア。その闇に触れたインスマースたちは苦しみながら消滅していく。
「ただの虫けらに力を振るって何が面白い？何、最後は俺の手で始末するさ。それまでは、あいつに手を出すな。」
眼光を鋭くし、ガタノゾーアはクトゥーラを睨む。
クトゥーラはため息をつき、呆れたようにガタノゾーアを見る。
「分かりました。今はその言葉を信じます。ですが、傷が癒えたらご自身の役目に勤めてください。」
そう言ってクトゥーラは神殿の奥へ姿を消した。
ガタノゾーアはクトゥーラの姿が見えなくなったのを確認して、口元を隠した。だが、ガタノゾーアは自身の力を、本気の力をぶつけるに値する敵の出現に喜びを隠せなかった。
「クククククク、邪魔な龍たちの魂を破壊するのは文句を言わずにやるさ。だが、ディレックスの相手は、やつを殺すのは俺だ。眠りについている親父も、生き残っているであろう他の神にはやらせん。数千年ぶりだ、俺がまともに傷を負うとは。久しぶりに抑えきれないほどに高揚する！！アハハハハハハ！！」
ディレックスとガタノゾーアの因縁がここから始まる。そして、再び激突するのはまだ先である。
同じ頃、旅館のロビーで龍太と福井は一緒に居た。
「奴ら、発掘現場と町に現れた半魚人たちはインスマースと自分たちを呼んでいた。」
「インスマース。それが奴らの名前。」
「恐らくは種族としての奴らの名前だ。個体名は分からないが。奴らはそのダイノクォーツとベルトを狙っている。奴らが信奉する邪神の敵となる龍の戦士、仮面ライダーを排除するために行動している。」
福井は龍太にインスマースたちのこと、ダイノクォーツとドライバー、龍の戦士＝仮面ライダーのことを話していた。
龍太は手に持っていたダイノクォーツとダイノドライバーREXを見る。自身に非常に強大な力を与えたそれらは、インスマースたちが狙ってきたことも理解できた。
「今回の奴らは三笠くんが見つけたダイノクォーツと俺が持っていたそのベルトを狙っていた。初めて変身した君が奴らの幹部である邪神を撃退できたことから、そのベルトは非常に強力なベルトだろう。」
「先生、邪神ってあの騎士みたいなやつですか。」
「ああ。やつの名は邪神ガタノゾーア。インスマースたちが信奉する邪神クトゥルフの息子で俺が長年戦い続けていた相手だ。」
龍太はつい数時間前に戦ったガタノゾーアのことを思い出す。なんとか撃退することができた相手だが戦いの中でその実力差を龍太は痛感していた。
「インスマースたちはクトゥルフの復活を目論んでいる。クトゥルフはどうやら過去に存在した仮面ライダーたちとの戦いで長い眠りについているらしい。」
「らしいって、詳しいことはわからないんですか？」
「三笠くん、俺と君が使ったベルトは元々は恐竜が絶滅したと考えられる時代の地層、それも人類が誕生する前の空白の時代から見つかったものなんだ。一方、ダイノクォーツは化石と共に発見されている。新生代と古生代に生息していた化石からもいくつか見つかった。古代の生物の化石と共に見つかった結晶、生物が居ないと考えられる空白の時代から見つかった謎の石器の因果関係ははっきりとわからない。」
福井はインスマースたちとの戦いで知り得た断片的な情報を伝える。そのどれもがまだまだ全体像を把握するには不十分すぎるものだった。
「だからこそ、君を巻き込みたくなかった。分からないことが多い中、敵が襲いかかってくることだけが分かっているこの戦いに、君を巻き込むわけには行かなかった。」
福井の言葉に、龍太は彼が出来る限り自分を戦いに巻きこないようにしていたことを察する。だが、現実は龍太は手にしたダイノクォーツと福井から渡されたダイノドライバーREXを使って変身した。変身した龍太はそのままガタノゾーアと戦った。
「奴らはこれからも襲いに来るだろう。君がベルトとダイノクォーツを持っている限り。私が使っていたベルトとダイノクォーツはガタノゾーアによって破壊されてしまった。私の知る限り、奴らに対抗できる力を持っているのは三笠くんただ一人になる。」
龍太は再びダイノクォーツとダイノドライバーREXに視線を落とす。今は自身の手にあるものが見た目以上の重さを持っているように感じられた。
ルルイエでは、クトゥーラが配下であるインスマースたちの長であるディゴンの元へ来ていた。
「どうしましか、クトゥーラ様。」
しわがれた声で話し始めたディゴン。その姿は他のインスマースよりも遥かに巨大でシーラカンスのような古代魚の特徴を有している魚人だった。
「ディゴン、お兄様が傷を癒やしている間にディレックスを始末する。本気ではないとは言え、あのお兄様が傷を負った。今のうちに始末するべき相手なのは確かだ。今、動ける者を差し向けて始末しなさい。」
「はっ、仰せのままに。それと、ガタノゾーア様にはなんと。」
「お兄様の方には私から言う。お前は私の言われたとおりにしなさい。」
「はっ。」
クトゥーラはディゴンにディレックス抹殺の命令を出すと、ルルイエの奥へと姿を消す。
クトゥーラの指示を聞いたディゴンはあるインスマースを呼び出す。
「長老、何か用か？」
「クトゥーラ様より今代のディレックスの始末を命じられた。その任をお前に任せる。」
ディゴンが呼び出したインスマースは背びれやヒレなどに鋭いトゲを有していた。その見た目からオニダルマオコゼの特徴を有していた。スティングフィッシュインスマース、毒のトゲを有する上級インスマースである。
「ディレックス！？あの、最強の龍の戦士！？まさか、復活したやつの相手を！？」
ディレックスの名が出たことに驚愕するスティングフィッシュインスマース。彼らインスマースにとってディレックスの名は畏怖の象徴、彼らの主であるクトゥルフに敵対する最大最強の敵である。スティングフィッシュインスマースを始めとした彼ら、インスマースの間にはあることが既に広まっていた。
「長老。あのガタノゾーア様が手傷を負って戻ってきた。この数千年あり得なかったことだ！！そのディレックスの相手を俺が！？正面からの戦闘なんかからっきしの俺が！？」
「落ち着け。今代の奴はガタノゾーア様の話によるとまだ戦いに慣れてはおらん。真正面から戦えとは言わん。お前の得意とするやり方で始末するのだ。」
スティングフィッシュインスマースにディゴンが話す。得意とするやり方と聞いて、スティングフィッシュインスマースの顔が歪む。その形は獰猛な笑みだった。
「あのディレックスを俺のやり方でやって良いんだな、長老。あの最強の龍の戦士を、大した力もない俺がやれば、とんでもないことになるなぁ！！」
スティングフィッシュインスマースは全身を戦慄かせる。
「長老、奴はどこにいるんだ。」
殺意をみなぎらせ、スティングフィッシュインスマースはディゴンに標的の情報を聞く。
翌日、宿を出た龍太は福井から伝えられたことを考えていた。
「はあ、なんだかすごいことに巻き込まれたんだな。」
福井でも全貌をはっきりと掴みきれていない異形の存在たちとの戦い。２４年しか生きていない若い龍太の肩には今までに感じたことがない重圧がのしかかる。
「はあ、どうすれば良いんだ。」
そう言って龍太はポケットにあるダイノクォーツを取り出して視線を落とす。龍太の問いにダイノクォーツからの返事はない。
「龍太、How are you doing?」
龍太が物思いにふける中、龍太に声を掛けてきたのはクリスだった。
「クリス、体調は？」
「That's Ok!もう大丈夫よ。」
クリスはそう言うと龍太に買ってきたであろうペットボトルを渡す。
龍太はクリスからペットボトルを受け取り、飲み始める。
「悩み事？」
「え、ああ、まあ。」
龍太の何処かはっきりとしない返事にクリスは特に問いかけることはしなかった。
「ねえ、龍太。私と初めてであった時のこと、覚えてる？」
「急に、どうしたの。そりゃ、まあ、覚えているよ。大学に変な勧誘をしてくるサークルの奴らに絡まれていたところを僕が声を掛けたでしょ。」
クリスは龍太に初めて出会った時のことを聞いた。
「そう。日本に来て、変な人達に話しかけられて困っているときに龍太が助けてくれた。」
「助けたって、普通に当然のことをしただけだけど。」
「その当然をすることができるのは龍太の良いところだよ。ほとんどの人はその当然ができないし。あの日から、龍太が私に日本語を教えてくれて。それがきっかけで友達が増えて、龍太のおかげで私はすごく楽しい。」
クリスの話を聞き、彼女と過ごしてきたことを振り返る。
「昨日、あの怪物たちからみんなを連れて逃げた龍太のおかげで私達は無事にここにいる。あなたには誰かを助けようとする勇気がある。だから、ありがとう。」
「クリス。」
クリスの言葉にどこかモヤモヤとしていたものが整理されたように龍太は感じた。
「あ、私は龍太のことはFriendとして好きよ。」
「ははは、それは分かっているよ。散々、聞いているから。クリス、ありがとう。なんか、整理できた気がする。」
肩にのしかかる重圧は軽くはなっていない。だが、龍太の目には明確な輝きが宿っていった。
「っ！」
そして、龍太は握っていたダイノクォーツが熱を持ち出したのを感じた。
龍太は深く息を吸い、ゆっくりと吐き出した。
「クリス。ちょっと町のほうへ行ってくるから。」
龍太の目に強さを感じたクリスは笑って頷く。
「出発する時間に間に合うようにね。待っているわ。」
龍太はクリスの言葉に笑って頷く。そして、戦いが待っているであろう町の方へ向かうのだった。
「ギャアアア！！」
港に響く大きな悲鳴。港の職員がそのまま痙攣して地面に倒れる。
職員が倒れたそこにはスティングフィッシュインスマースが立っていた。
スティングフィッシュインスマースは他の下級インスマースたちを率いて上陸していた。
「さあ、DREXを探すとするか。お前達！行くぞ！！」
下級インスマースたちはスティングフィッシュインスマースの命令を聞き、港での破壊活動を始める。次々と港には火の手が上がる。
港にいた人々が傷つき、逃げ惑う。それをインスマースたちは狙う。そこに、スティングフィッシュインスマースが狙う人物が居た。
インスマースたちはその人物が持っているダイノクォーツの気配を鋭敏に感じ取った。
その人物＝龍太はインスマースたちを見据える。
「そうか、お前がガタノゾーア様を傷付けたDREXか。丁度いい、死ね！！」
スティングフィッシュインスマースは全身のヒレにある毒棘を逆立て、龍太に突き刺そうとする。
スティングフィッシュインスマースの毒棘が龍太に迫る瞬間、赤い小さな影が龍太とスティングフィッシュインスマースの間に割って入った。
スティングフィッシュインスマースを切り裂く赤い影＝カリバーサウルスは龍太を守るように降り立った。
「ちっ、邪魔しやがって！」
スティングフィッシュインスマースが離れたことを確認した龍太はダイノドライバーREXを装着する。そして、カムイサウルスダイノクォーツをダイノドライバーREXにセットした。
「変身！！」
龍太は仮面ライダーDREXカムイサウルスメイルに変身した。
変身を終えたDREXはそのままスティングフィッシュインスマースに向かって駆け出し、固く握りしめた拳を顔面に叩き込んだ。
DREXのパンチを受けたスティングフィッシュインスマースはそのまま大きく吹っ飛び、港の建物の柱に激突した。
DREXは追撃しようと走り出す。だが、その前に無数の下級インスマースたちが立ちはだかる。
「お前ら！！そいつを足止めしとけ！！」
スティングフィッシュインスマースが下級インスマースたちに指示を出す。その指示を聞き、下級インスマースたちはDREXに殺到する。
DREXは向かって来るインスマースたちを殴り飛ばしていく。一撃で複数のインスマースが瞬時に粉砕され、その生命を終わらせていく。
数の優位すらもものともせずに戦うDREXにインスマースたちは着実に数を減らした。だが、彼らを率いてきたスティングフィッシュインスマースはそれに対して焦った様子は無かった。その姿がとっくに消えていることにDREXが意識していないことを待っていた。
（他の雑魚をけしかければ、俺への意識が薄れる。そこを狙って、俺の毒棘をお前に突き刺してやる。俺の毒はかつての龍の戦士ですら耐えきれなかった。正面からの殴り合いでは勝てないが、不意打ちからの毒なら俺の勝ちだ！！）
スティングフィッシュインスマースば他のインスマースに混じって、DREXの背後に忍び寄る。DREXの意識が自分に向いていないことを確認するとヒレの毒棘を逆立てて突き刺そうとした。
「ギャアアア！！」
「なっ！！」
そこにカリバーサウルスがスティングフィッシュインスマースに飛びかかる。不意打ちが失敗するだけではなく、DREXに自分が近くにいることを察知されてしまった。
DREXはスティングフィッシュインスマースを確認すると背後に向かってストレートキックを放った。
スティングフィッシュインスマースの不意打ちが失敗し、DREXはカリバーサウルスを見る。
「初めて会ったときも助けてくれてありがとう。」
そう感謝をカリバーサウルスに言ったDREXの脳裏にDREXがカリバーサウルスを手に取り、剣として振るうイメージが流れた。
「そうか。君はそうやって先生と戦っていたのか。来い、カリバーサウルス！！」
DREXの呼びかけに応えるようにカリバーサウルスは鳴いた。その場でカリバーサウルスは飛び上がると空中で変形、剣型のカリバーモードになる。
カリバーモードになったカリバーサウルスをDREXが手に取り、構える。
カリバーサウルスを振るうDREX。先程以上にインスマースたちが次々と倒していく。
下級インスマースたちは最初の戦いで既に半数以上が倒されている中で、カリバーサウルスを手にしたDREXにより全滅した。
「後はお前だけだ。」
そう言ってDREXはスティングフィッシュインスマースにカリバーサウルスを振るう。
DREXが勢いよくカリバーサウルスを振るい、スティングフィッシュインスマースの肉体に複数の切り傷を付けていく。
スティングフィッシュインスマースは自慢の毒棘で応戦するも瞬く間に押されてしまう。
「これでも喰らえ！！」
スティングフィッシュインスマースは反撃に自身の毒棘を展開、DREXに突き刺そうとする。
DREXはヒレごとスティングフィッシュインスマースの毒棘をカリバーサウルスで根本から断ち切った。
「ぎゃあああ！！」
スティングフィッシュインスマースは断ち切られたヒレと毒棘を見て、悲鳴を上げた。
傷付いた腕を抑えたスティングフィッシュインスマースはDREXに背を向けて逃亡しようとした。
DREXはダイノドライバーREXにセットしているカムイサウルスダイノクォーツをカリバーサウルスにセットする。
《ダイノアーツ！カムイサウルス！カリバースラッシュ！》
カリバーサウルスの刃に稲妻が走る。
DREXは逃げるスティングフィッシュインスマースに向かって飛びかかり、頭上からの大上段でカリバーサウルスを振り下ろした。
「あっ！！」
あっけない言葉と共にスティングフィッシュインスマースは左右に別れて、爆散した。
DREXはインスマースたちが完全に居ないことを確認して変身を解除した。
旅館前で龍太を待っていたクリス。その後ろには福井の姿もあった。
「あっ、龍太！！」
クリスが戻ってきた龍太の姿に気づき、手を振る。福井も無事な龍太の姿に安堵を覚えた。
龍太はクリスと福井の元に駆け寄る。落ち着いた様子で二人と話す龍太。龍太はインスマースたちと邪神との戦いに身を投じることを決めた。
季節は移り、龍太とクリスは大学院を卒業した。龍太は福井の紹介で北海道博物館のアルバイトをするようになった。アルバイトの傍ら、龍太はインスマースたちとの戦いに身を投じ続けていた。
福井とクリスのサポートで新たに発見したダイノクォーツやDREXの新たな力で厳しい戦いを続けていた龍太。初めて変身してから3年がたったある日、龍太は東京とアメリカでそれぞれダイノクォーツを使って戦う新たな戦士が現れたことを知るよしもなく戦っていた。
各地での戦いをきっかけに少しずつ局面が変わり始めようとしていた。それは、北海道で戦い続けていた龍太も同様だった。
龍太の前にこれからの戦いに大きな役割を果たすある少女が姿を見せる。