20XX年、人類は謎の生命体群(？)の攻撃を受けた。深海棲艦と名付けられたそれらは世界中の人類の居住区域に攻撃を開始した。
緒戦、人類は未知の敵を相手に苦戦した。なにせ、人間程度の大きさであるにも関わらず大型軍艦並みの装甲と火力、速力を持っているのだ。砲は比較的容易に命中させられたが、冷戦期より火力をミサイルに依存したが故に弱体化した火砲は深海棲艦にまともなダメージを与えられず、効果のある対艦ミサイルなども的の小ささ故に滅多に命中する事はなかった。
しかし、開戦より三ヶ月後、戦闘に慣れ始めた各国はそれぞれの戦い方で独自に迎撃を開始した。アメリカ合衆国は緒戦でこそ太平洋で歴史的大敗を喫したものの、その圧倒的工業力で即座に艦隊を修復、再編し、数をば頼んで押し寄せる深海棲艦に対してそれをさらに上回る数をもって戦った。一方で、アメリカのように強力な海軍力の基盤を持たないロシア連邦は広大な海岸線に敢えて深海棲艦を上陸させ、兵站線がある程度伸びたところを自慢の陸軍機甲師団で殲滅するこの国のお家芸、焦土作戦で北方の深海棲艦に壊滅的打撃を与えた。その他にも連合を組んで内陸国が生産、海に面している国が戦闘、という風に上手く役割分担して戦う国や、止むを得ず核兵器を使用する国などさまざまな方法で戦い、優勢な状態を保っていた。
このまま、人類は勝利する……はずだった。
前線にはかつての敵とは比べ物にならない能力を持つ人型に近い種が登場し始めた。姫級、鬼級と呼ばれる新種は少数で数多の艦隊、機甲軍を粉砕。たまらず自粛していた国々も核兵器を使用した。だが、奴らは核兵器にも耐性を持っていた。
そんな中で日本の一人の科学者が深海棲艦の鹵獲に成功した。イ級駆逐艦、と呼ばれる最下層種であった。
吹雪「はじめまして吹雪です。よろしくお願いします。」
深海棲艦はDNAの構成は人類と殆ど差がなかった。イ級は様々な実験に使われた。そして、最後の実験によって最初の「艦娘」、吹雪が生まれた。深海棲艦の恐ろしい修復能力を応用した急激な進化によって淘汰を必要としない遺伝子組み換えが行われたのである。その生命体は撃沈されてより一定の期間が経過した艦の記憶を載せることにより起動する。
その後、人口生命体「妖精さん」の登場を経て日本は深海棲艦と互角に戦うことのできる「艦娘」の量産体制が整った。
開戦より一年と二ヶ月、伊豆諸島沖に於いて初めて連合艦隊と深海棲艦が戦った。
戦力
連合艦隊
旗艦
長門
随伴艦
陸奥
扶桑、山城
伊勢、日向
金剛、比叡、榛名、霧島
高雄、愛宕、鳥海、摩耶
古鷹、加工、青葉、衣笠
妙高、那智、足柄、羽黒
川内、神通、那珂
球磨、多摩、
北上、大井、木曾
阿賀野、能代、矢矧、酒匂
吹雪、白雪、初雪、深雪
朧、曙、漣、潮
暁、響、雷、電
陽炎、不知火、黒潮、雪風
島風
この海戦で日本海軍(艦娘の登場により復活)は歴史的大勝利を収めた。さらにそれぞれが意思を持つ艦娘の指揮は六隻が限界であることが発覚した。
その後、徐々に制海権、制空権を奪還した日本政府は艦娘製造の技術を世界に提供する事を決定。未だに広大な敵支配海域を強行輸送した。
日本政府の技術提供を受け前大戦で海軍大国として名を馳せたアメリカ、イギリスは勿論のこと、旧五大国の一角であったイタリア、フランスや、海軍は弱小であったがアメリカに続く大国であったドイツ、ロシアも艦娘を建造。日本に追随し、制海権奪還に乗り出した。