オーブ首長国連邦とプラントにより開戦された『メサイア攻防戦』から数年の月日が流れた。
シン・アスカとルナマリア・ホークはとある調査のため海の上にいた。
「アスランのやつ、本当にこの辺りなんだよな」
「情報だとこの辺りなのよね…見渡す限り海だけど」
それは今から遡ること７日前
シンとルナマリアは終戦後、オーブで静かに暮らしていた。そんな時
「シン、メイリンが彼が呼んでるから来て欲しいって連絡してきたわ」
「メイリンって確か…」
「彼の秘書をしているわ」
「ったく、なんなんだよ」
指定されたオーブ軍のとある施設に赴く二人
「毎度毎度呼び出してなんなんだよアンタは」
「すまないなシン。立場上あまり出歩けないんだ」
「お久しぶりです。アスラン」
「ルナマリア元気そうだな」
「メイリンがアスハ代表との事心配してましたよ、いつ結ばれるのかなって」
「なっ」
「ガキじゃあるまいし、さっさと進展させたらどうなんですか」
「相変わらず突っ掛かる言い方しか出来ないのかね、シンは」
「すいません」
「いや、話しがそれてしまった。本題に戻ろう」
資料を用意するアスラン。膨大な量だ
「二人にはとある調査に協力して欲しい」
「調査」
「あぁ、二人とも半年前に起きたジブラルタル近海の巨大竜巻は覚えているか」
「なんか、そんな騒ぎありましたね」
「そのあとでしたっけ、未確認生物が見られるようになったの」
「そうだ。この金色の未確認生物は、現時点では害意はないが世界各地で多数の目撃情報がある」
「気味が悪い」
「そして最近の調査で、例の竜巻が発生した海域で不思議な現象が見られるようになった」
「不思議な現象」
「なんでも、『太陽が２つ』見えたり方向感覚が分からなくなるそうだ」
「なんだそのデタラメ」
「デタラメかどうかを調査して欲しいんだ。必要なものは既に用意した。その資料の後半に記載されている」
資料を読み進めると、シンが吠える
「ザラ隊！？」
「君達は今は民間人だ。手続き上、俺直属の諜報部隊として登録する必要があったんだ。隊名は二人の好きに変えてくれて構わないぞ」
「いや…ザラ隊でいいです。」
「そうか…。じゃあ二人ともよろしく頼む」
と今に至る
「まさか、もう一度この機体に乗ることになるとわね」
「そうだよな」
「意外もっとデスティニーに乗れて喜ぶかと思った…シンどうしたの」
「いや、なんでもない」
突然レーダーが反応する。
「なに、敵」
「ルナ後ろだ」
突然、未確認生物が現れた。
「こいつ例の」
「そうみたいだな、なんだ」
突然、通信が開き口元が写し出された
「あなたはそこにいますか」
動揺する二人。シンはとっさにルナマリアのインパルスを突き飛ばしビームシールドを展開する。
「シン」
「大丈夫だけど凄い威力だ。防ぐのにエネルギーの3/1持ってかれた」
インパルスはビームライフルを連射するが未確認生物には全く効いていない
「そんな…」
「これなら」
デスティニーがビーム砲を放つがビクともしない。
「ならば」
アロンダイトを未確認生物に突き刺すが反応がない。
「攻撃が全く効かない、うわ」
シンの身体から緑色の結晶が出てくる
「なんだ、心に入ってくる…」
あなたはそこにいますか
「シン応答して、シン」
(ルナ…ステラ…マユ…)
「ターゲットロック」
突然砲撃が未確認生物に当たる
「こちらマークジーベン援護します」
シンの身体から出ていた結晶が消える
「援護感謝します。」
「私達の島で休んでくださいあとは引き受けます」
「島？」
「皆城くん」
「了解した」
そこまでなにも無かった海に突如、島が現れた。
「なにこの島」
「竜宮島。私達の島です」
「ファフナー隊出撃」
竜宮島と呼ばれる島から紫の機体似た機体が４機出てくる。
「あの２機を助けるんですね」
「どこの機体だ見たことないぞ」
「なんか知らないけどやるよ」
「うん」
「マークジーベンは２機を誘導、マークフュンフ・ノイン・ツエン・ツウォルフは敵を速やかに排除しろ」
シン達がマークジーベンの誘導で竜宮島に降り立った時、未確認生物は撃破された。