フウレンがダンゾウに「ダンゾウ君は里が出来た頃の初代様の願い、覚えてますか？」と毎日圧力をかけているので、苦渋の決断でダンゾウは自分で私立学校を興しています。
忍者：原作のような兼業はあまりおらず（家業がある山中家や奈良家は例外）、全員が完全なる職業軍人。現実世界のように任期付きの隊員は存在せず、兵士という立場は事実上いない。全員が学校で一律に下士官のような教育を受ける。
それぞれの階級内に等級が存在。
コードは米陸軍の給料等級を参照。総員３００００人
Ｅ－１と在学中のOR－４は戦時の際に絶対に動員されない決まり
もう卒業したＥ－２～E-4は動員される
士(Enlisted) 忍者学校に在籍する学生達（Ｅ-１）、卒業者（Ｅ－２）
在学中に中忍選抜試験に合格した場合はＯＲの最下位（ＯＲ－４ 伍長）扱いとなる
下忍 ４階級（Ｅ１～Ｅ４） 全体の３割を占める兵士たち
曹（ＯＲ） 中忍選抜試験の合格者。忍軍の中でも現場指揮官を務める。６割。
中忍 ７階級（ＯＲ／Ｅ－４～ＯＲ－９）
准尉（Ｗ） 専門家たち
特別上忍 ５階級（Ｗ－１～Ｗ－５）
幹部（Ｏ） 全体の１割、２０００人ほどを占める部隊指揮官たち。選ばれし者。
上忍 ６階級＋戦時体制下の階級（司令官）
民間人学校 義務教育
１３～１８歳（国立／公立／私立 ８～１２年生）
木ノ葉忍軍 忍者訓練学生部隊 １学年７５０名
正規（現役）部隊 ６６６名
うち卒業後の予備役 ８４名
里から認可を受けた複数の学校が存在している
男女比は３：１
『三嶋フウレンのワクワク進路カウンセリング』
三嶋フウレンという男は影分身を駆使し、里じゅうにいる就学予定者の家々を巡り、あるいは特設の相談ブースで親子同時面接を行い、子供たちに相応しい学校を決定することで有名である。多くの一般家庭、あるいは一般的な収入を持つ忍者の家の人々には顔岩に最寄りの公立学校講堂に結界パーテーションを作り、子供たちの進路カウンセリングを行っている。血継限界や秘伝といった里が始まる以前からの名家にはフウレンの方から出向き、簡単な達成度テストと事情のヒアリングをする。
「日向ヒアシ君、久しぶりだね」
「あぁ・・・、三嶋先生ですか。部屋は昨年と同じ場所へ」
フウレンを出迎えた人物、日向ヒアシは昨年会った時よりも幾分か痩せて見えた。フウレンは昨年、この日向一族の邸宅を訪れる時には孫のアザミを伴っていたが今年はいない。ヒアシ氏は昨年の１２月２７日（この名門旧家の時期当主とされるヒナタの５歳の誕生日）、まさに娘であるヒナタが誘拐されそうになった。そこで彼の弟で分家、ヒザシ氏が誘拐犯である雲隠れの忍者を殺してしまった。戦争も辞さない外交問題に発展し、相手はヒザシ氏の死と遺体を要求してきた。娘の誘拐と弟の死で消耗しきった彼は現在２月の今、当然だが完全には回復していない。ヒアシは思う所があるらしく、フウレンに対しては敬語であった。
「ヒアシ君・・・、無理しなくても良いんだよ。お父さんに変わって貰っても・・・」
「・・・大丈夫です。それより、この子の。ヒナタの進路について話をしましょう」
心配の言葉を遮ったヒアシはヒナタについて話し始めた。ヒナタは恥ずかしがり屋で、いずれは日向一族の当主となる器ではないのではないかという不安と、『あの事件』以来従兄であるネジからの辺りがきついという事を。フウレンはふと、襖の間から鋭い視線を感じた。それは明らかに、ヒアシの背中に隠れているヒナタに注がれているようだった。
「・・・聞いたところ。引き続きネジ君と同じ学校に入れるべきか、そうでないか。そこが君の悩みかい？」
「そうです」
「ネジ君は今、火影直轄の一貫制忍者アカデミーにいるね。ここに行くと、旧家出身者の相応しい教育を受けられる。しかし、ヒナタちゃんは女の子だから心配という事を既にアンケートで確認しているよ。ヒアシ君、大丈夫だよ。火影直轄校は男女別学だから、くのいちらしい、旧家の姫様に相応しい教育が受けられる。安心してね」
「そうですか・・・、良かった。では直轄アカデミーの継続をお願いします」
この里には、フウレンが設立の立役者となった火影直轄の忍者アカデミーが存在している。木ノ葉は忍者の隠れ里とはいっても、一般家庭出身者、一般忍者家庭出身者、名門旧家出身者の間で忍者になるとしても教育の不均衡が存在している。それを是正するべく、名門旧家出身者／一般家庭出身者／一般忍者家庭出身者の３つのカテゴリに分けて違った教育システムを用いて一人前の忍者として育て上げる事になっているのだ。一般家庭出身者と一般忍者家庭出身者は当初、名門旧家出身者が色々な課程を免除されているように見えたのか批判の声が上がった。しかしフウレンは日向一族や猪鹿蝶３家と協力し、恵まれた環境に生まれたからこそ早期に『力を持つ者としての義務』を果たしに行くのだと説明した。それが功を奏し、今にに至る。
名門旧家出身者と、里内で活動するフウレンのような立場の特別上忍たちがスカウトしてきた人材が入る火影直轄アカデミー。こちらは３歳で就学前教育機関に入り、普通の子供と同じような感性を磨きつつもチャクラや忍者に対して親しむような教育を受ける。絵本で里の歴史や国の歴史を学び、上の学校に上がった時の基礎を作る。この時に学習障害や発達障害の有無を見分けて、クラス分けに役立たせる。血継限界を持つ子供たちも通っているから、そのような血筋の人間としてどう生きるのかといった教育の基礎も形作っていく。礼儀作法はもちろん、普段の振舞い方のヒントまで。出来る限り中立的に、のびのびと過ごせるように。
一般家庭出身者も、一般忍者家庭出身者も、『戦争』に参加するのは中等部を卒業してからじゃないといけないルールになった。ちゃんと分別がつき、『兵士』『下士官』として自分に与えられた仕事の意味が解る年齢になってからだ。
フウレンはどうしても、守りたい存在に出会えないまま１４歳といった若すぎる命を散らす事を避けたかった。フウレンは生前、中学生時代に兄を事故で亡くして次男ながらも旧家の跡継ぎになった。跡継ぎゆえにやりたい事がやれなくなり、愛知県を、奥三河を離れられなくなった。だから、愛する妻に出会うまではとにかく地元で家を守るために青春の日々を駆け抜けていた。後悔はしていないが、やりたい事を制限される苦しみは分かる。多感な時期に同胞を亡くす悲しみを減らせるのではないか。
それが、フウレンが転生したこの忍界で見つけたやりたい事の一つだった。