【魔術サイド】
インデックス（本名；不明）
真一の脳のクローンを移植され、現存する魔導書を総て記憶している聖女。真一の脳のコピーの内、能力に関わる部分だけを移植され、真一を救おうとしていた記憶を失う。発見時、真一のことだけは覚えていたが、なぜか身体が幼児化していた。膨大な記憶を維持する為に、膨大なカロリー消費をし、寝ている以外は食事をしている。
神崎火織
真一を助け出した聖人。十字教団の女教皇で、天草式十字清教の信仰対象。
土御門家当主
土御門元春の父親。真一からツッチーおじさんと呼ばれている。
土御門元春
土御門家次期当主。火織の弟分。
【魔法師サイド】
四葉真夜
四葉家当主。真一の戸籍上の母親。真一からバァバと呼ばれている。
七草弘一
七草家当主。冷凍保存したおいた精子を盗まれた上に、真一を認知した父親。原作とは違い、ダメ親父系。
七草真由美
弘一の娘。真一の2つ歳上。義姉として、真一の家庭教師になる。原作よりも腹黒い。
九島烈
九島家当主。真一が予測出来無い存在になった原因をつくる。真一により、記憶改ざんと、精神支配をされ、真一には頭が上がらない。
十文字克人
十文字家次期当主。真由美の同級生。真一を弟のようにかわいがり、相談にも乗っている。真一には、『かっちゃん』と呼ばれている。
渡辺摩利
真由美の同級生。真一への教育の為の教材にされ…
【科学サイド】
アレイスター・クロウリー
学園都市の統括理事会の理事長。元世界最高最強の魔術師にして現世界最高の科学者とされる。学園都市にある窓の無いビルににて、生命維持装置にて生き
ながらえ、都市運営において指示を出していたが、真一により殺害された。思想において四葉真夜と共通する部分もあり、真一の製造に関わった人物である。現在はミサカ総体の隠れ蓑として利用されている。
上条当麻
土御門元春のクラスメイト。ヒーロー体質であるが、トラブルメーカーでもあるらしい。『幻想殺し』という異能力を無かったことにする能力持ちの為、純粋な体術使いの真一と戦闘上の相性は悪い。
御坂美琴
病院で知り合い、真一が彼女のクローン体達を救い出し、保護してくれたことに感謝し、好意を寄せている。レベル5の能力者で、発電系能力『電撃使い』の使い手である。
10032号
通称はミニ。残存しているシスターズの中では一番古くに製造されたクローン。美琴とが特に目を掛けている。
ラストオーダー
通称はラオ。一番幼い姿で、アホ毛が特徴的。
ミサカ・ワースト
通称はミワ。シスターズで唯一の戦闘特化クローン。真一のガーディアン。
【魔法使いサイド】
宮藤真一（本名；四葉真一）
オリ主。四葉真夜と七草弘一との受精卵を精子化、九島烈の精子を卵子化させ、受精して出来た人造人間。魔法師としての価値は無いに等しいが、魔法使いとしては、最強レベル。能力『吸収』は、触れたり、見たり、聞いたり、体験したりしたことを総て吸収して、自らの知識、能力、スキルにする。魔法師の魔法を吸収した場合、魔法に置きかえての発動が可能であり、魔術の場合も同様である。アレイスター・クロウリーの記憶に触れ、現世界最高最強の魔法使いにして現世界最高の科学者への道を歩んでいる。見た目イメージは『名探偵コナン』の工藤新一。