時は、神世紀。
西暦と言う時代は、「バーテックス」と呼ばれる怪物達によって蹂躙され、
戦禍の炎に巻かれて消えた。
際限の無いヒトの文明の発展は、天の神の怒りに触れ、
四国以外の土地とそこに生きるあまねく生命の一切を焼き尽くし、
外界への行き来さえをも禁じた。
それから300年あまりの月日が流れ。
天の神と考えを違える地の神の集合体「神樹」の加護により、
四国は結界によって守られる事で、僅かに生き残った人々は
日々を生きる事が出来る。見せかけの平穏の中で……
神樹を信仰する組織「大赦」は、
結界を破り、尚も人類抹殺のために侵攻を続けるバーテックスに対抗すべく、
素養を持つ選ばれし少女たちは「勇者」と称され、
神樹より賜った装束を纏いて過酷な戦いに身を投じる事となる。
人類とバーテックスの300年にも渡る戦い。
そのいつ終わるとも知れない攻防の中で、数え切れない程の生命が散って行った。
花が咲き、枯れ、散り、種を育む営みのように。
「嫌なんだ。誰かが傷つくこと、辛い想いをすること……！
誰かがそんな想いをするくらいなら、私が！ 勇者になる！！」
その膠着に、転機が訪れる。
讃州中学勇者部。
人のためになる事を勇んで行う部。
その実態は、バーテックスと戦う使命を背負う「勇者」の資格を持つ
少女たちを集める事が主目的であった。
世界の裏側に隠された、残酷過ぎる真実。
血と涙の果てに、結城友奈たち勇者部はその力の全てを結集し、
ついに12の星座の名を冠したバーテックスの全てを撃破する事に成功する。
辛い戦いは終わった。
再び、元の平穏な生活へと戻れる。そう思われていた矢先、
友奈達勇者部に新たな試練の時が訪れる。
「ここは…？」
神樹の導きによって、時空を超え、一同に集結した歴代勇者たち。
西暦と神世紀。出会うはずの無かった出会い。
話によれば、神樹を構成する土地神の一部が造反神として反旗を翻し、
バーテックスを伴って四国の各地を制圧し始めているのだと言う。
造反神がこのまま勢力を拡大し続け、神樹を構成するバランスが崩壊してしまえば
世界は完全に崩壊する。
それを阻止すべく、友奈たちはかつて失った勇者の力を再び授けられ、
造反神を鎮める戦いへと挑むのであった。
しかし……
「東郷さん！ あれ見て！」
「どうしたの、友奈ちゃん…ああっ！？」
樹海。勇者とバーテックスが戦うための異空間。
その樹海に、空間の揺らぎが発生している。
そこへ、バーテックスが無理矢理に侵入しようとしているのだ。
「バーテックスが、揺らぎの中に…！？」
「まるでトンネルみたい……あれって何処に繋がってるの？」
「分からない……だけど、あれがもしも現実空間に続いているとしたら…」
「！？ みんなが危ない！」
どうにか、バーテックスの流出を阻止しようと揺らぎに飛び込んだ友奈と
その親友、東郷美森。その先には…
【――balwisyall nescell gungnir tron――】
【――Imyuteus amenohabakiri tron――】
「歌……！？」
友奈は耳にした。美しくも力強き、その歌声を……