第二次火星沖海戦後、ガミラス艦隊による積極的な攻勢は行われなくなり、変わりに遊星爆弾による攻撃が本格化していた。因みにガミラス側が艦隊による攻撃を控えていたのは火星沖で確認された未知の艦の存在が大きく、司令官であるシュルツが情報取集を命令していたが、一向にその情報が集まらなかったためである。
だが情報収集もかねての攻撃や強襲は行われ、月近辺では何度も地球圏艦隊とガミラス艦隊が激突することになる。後に死闘の月と呼ばれる戦いであった。
そして遊星爆弾攻撃に対して地球側は地球圏艦隊が全力で迎撃、破壊作戦に当たったが、全ての遊星爆弾を防ぐことはできず、美しい地球の姿は徐々に失われていっていた。
そんな中でも転生者達は諦めずにせっせと働き、宇宙戦艦ヤマトを建造していた。
それからは遊星爆弾を迎撃する日々が続き、気づけば2199年になっていた。
2199年になるまでの間、転生者達は国連宇宙海軍の芹沢参謀長に接触しヤマト計画への同意を取り付けると共に、芹沢参謀長協力を受けながらイズモ計画を正式に中止にすると同時に国連宇宙海軍の指揮系統を多少強引ながらも完全に掌握し無駄な艦艇・人員の消耗を抑え遊星爆弾迎撃に全力を注いでいた。
その為、2199年になっても各国は諦めずガミラスに対し徹底抗戦の構えを崩さずにいた。
徹底抗戦の構えを各国が崩さずいたのは地球圏艦隊の必死の遊星爆弾迎撃作戦により、遊星爆弾の効果が原作よりも中々でていなかった為である。
それでも地球は徐々に赤く焦げた星になりつつはあったが、それでもなおも戦い続ける地球圏艦隊と日本艦隊をはじめとする国連宇宙海軍残存艦隊の存在により地球市民は勇気付けられていた為であった。
また地球表面の緑の色も富士宇宙港、ジャブロー基地など重要軍事基地を周辺とした地域や少なくない地域には残り続け、その色はヤマト帰還時まで消えることは無かった。
そして2199年1月17日、地球は火星にてイスカンダルから念願の波動コアを受け取ることに成功、空かさず整えていた波動エンジン生産ラインを稼働させると同時に波動コアを宇宙戦艦ヤマトの波動エンジンに搭載しヤマトは出港体制に入った。だがこの動きをガミラスは察知し惑星間弾道弾を冥王星から発射していた。
これに対し国連宇宙海軍は地球圏艦隊及び各国残存艦艇群の稼働可能な全艦艇を出撃させ迎撃準備及びヤマト発進の護衛体制を整えていた。
そして1月20日に地球・月間の空間にて地球圏艦隊第一、第二、第三艦隊からなる連合艦隊、通称第一連合艦隊が惑星間弾道弾を迎撃、凄まじい砲撃を加えこれを破壊した。また時を同じくして地球、坊ノ岬沖より宇宙戦艦ヤマトが発進することになる。
ヤマト発進に際してはマゼラン級白根、鞍馬、サラミス級最上、熊野、能代、矢矧がエネルギー供給を行っていた。そして6隻よりエネルギーを受け無事に波動エンジンが始動したヤマトは6隻の護衛を受けつつ発進した。
日本地下都市司令部
「ヤマト発進しました」
その報告を聞いた地球圏艦隊司令から国連防衛委員会委員長に昇進した転生者の男と芹沢参謀長、藤堂長官は黙ったまま。モニター画面に映るヤマトを見つめていた。すると委員会委員長が「必ず帰ってこい」と呟いた。それが聞こえていたのか芹沢参謀長が「彼らは必ず帰ってきます」と呟くような声で言っていた。
それからヤマトには地球軌道にて地球圏艦隊所属の地球軌道艦隊及び日本をはじめとする各国残存艦隊が合流、月軌道までの護衛を受けることになる。さらに月までの航海の間に地球圏艦隊第一、第二、第三の連合艦隊が追加の護衛として合流、月では地球圏艦隊第四から第六艦隊が合流し総数500隻を超える大小様々な艦艇に見送られ地球を後にした。
それから4日後、ヤマトより冥王星及び木星のガミラス基地破壊成功の知らせを受け取ると、地球圏艦隊は行動を本格化させた。
まずは急ピッチで生産されつつある波動エンジンを全艦艇に搭載させる作業を行うと同時に地球各地より待機していた無数の農業用コロニーと工業用コロニーが打ち上げられる。
さらに生産された波動エンジンを搭載した艦艇第一陣としてジャブロー基地より新造のマゼラン級1、サラミス級4からなる艦隊が打ち上げられた。
この打ち上げられた艦隊は即座に地球―木星間の輸送船団護衛作戦に参加し、幾度にもわたる輸送作戦で、波動エンジン製造に必要なコスモナイトを大量に地球に届けた。またこの護衛作戦では4回の輸送作戦でガミラス軍の襲撃を受けたが、この5隻は果敢に反撃し、この4回の護衛作戦でガミラス艦計7隻を撃沈または撤退に追いやる成果も挙げていた。
そしてさらに1カ月経つと地球圏艦隊の第一から第三の3個艦隊、全艦が波動エンジン搭載艦へと生まれ変わった。また波動エンジンを搭載すると同時にサラミス級は武装も強化され、左右両舷の艦橋を廃止し20.3㎝連装砲を装備していた。
これらの武装強化により地球圏艦隊は太陽系内のガミラス残党軍への反撃を本格化した。そして2199年4月の内に太陽系内のガミラス軍は全て駆逐されることになる。この地球圏艦隊の活躍により地球圏艦隊批判派は一人も居なくなるのであった。
そして太陽系内でガミラス軍との戦闘が行われている真っ最中の2199年3月10日にはルナツー基地から6隻のマゼラン級（アインフェリア、アスタリスク、ファタ・モルガーナ、ニュージェネレーション、セレクテッド、カエルラ）が多数の艦艇に見送られつつ発進した。
この6隻のマゼラン級からなる艦隊はヤマトの援軍としての艦艇であり指揮官は転生者であった。6隻のマゼラン級は波動エンジンを4基搭載しており、エンジンを酷使しての連続ワープを行いバラン星に突入する前のヤマトに追いつくのだった。
追いついた6隻はその後ヤマトと共に行動を共にし、バラン星での観艦式に殴り込み数十隻を撃沈する戦果を挙げ、ヤマトと共にバラン星のコアを破壊し亜空間ゲートをくぐり大マゼラン銀河までたどり着いていた。
そして大マゼラン銀河到達後は七色星団海戦に参加、その高い防空力によってヤマトを空襲から守りぬき、ガミラス側のユリーシャ救出作戦を未然に阻止するなどの戦果を挙げると同時にドメル艦隊と交戦、ダロルドとシュデルクを艦砲射撃にて撃沈しランベア、ドメラーズⅢ世を戦闘不能にしている。なおドメル将軍はドメラーズが戦闘不能になった直後に指揮所を分離しヤマトを巻き添えに自爆しようとしたが、分離機器が交戦の衝撃により作動せず自爆を断念、沖田艦長や転生者指揮官の必死の説得により、停戦という形で戦闘は終結した。その後、ランベアは消息不明となり捜索は断念されたものの、ドメラーズⅢ世はヤマト艦隊と共に付近の惑星レプタポーダに降り立った。
レプタポーダ到着後は収容所での反乱やディッツ提督との会談などがあり原作通りの展開が進み、ヤマト艦隊は修理を終えるとレプタポーダを後にし、イスカンダルを目指した。
サレザ―星系到着後のガミラス本土決戦でも2199通りの展開が進む中、援軍艦隊は親衛艦隊と激戦を繰り広げるなどしていた。そして2199と同じようにヤマトが第二バレラスを波動砲で破壊し、ガミラス本土決戦は終結した。
その後、艦隊はイスカンダルに降り立ちコスモリバースシステムを受けとった。なおこの時スターシャの性格が2199版ではなく原作版に近かかったため援軍艦隊指揮官の転生者は安堵していた。（それでも波動砲の無差別使用については懸念を釘を刺された。なおコスモリバースシステムの核となったのは第一次火星沖海戦でガミラスの捕虜となりイスカンダルに不時着した一人の兵士であった）
そしてヤマト艦隊はイスカンダルを後に地球への帰路に就いたが、途中ガトランティス艦隊の襲撃を受け、星巡る方舟と同じ展開を繰り広げていたが、ガトランティス艦隊との決戦ではヤマト援軍艦隊の活躍により共同戦線を張ったガミラス艦隊の損害は原作とは違いニルバレスやミランガルの損失などが抑えられることになる。なおこの際にキスカ艦長のパラカスなど複数のガトランティス兵を捕虜にしている。
その後は2199と同じ展開が続きつつも、亜空間ゲート内ではデスラー艦を完封しヤマトへのガミロイドの侵入を防ぐ等の戦果を挙げながら、ヤマト艦隊は地球への帰路に就くことになる。