崩れた都市…食い荒らされた街…その都市に振る雨は赤い雨…「赤乱雲」と呼ばれる雲から降る雨で、人間はこの雨に触れる事で高確率で「黒蛛病」が発病してしまう…現在この雨の根本的な発生原因は判明していないらしい…そして…人類を脅かす存在…アラガミ…こいつらは「神」の冠する人類の天敵、2050年代に突如として発生した「オラクル細胞」が地球上のありとあらゆる対象を「捕喰」しながら急激な変化を遂げ、多様な生物体として分化した。こいつは通常兵器が全く通じないこの強大な力を前にいつしか人々は極東地方に伝わる八百万の神々になぞらえて「アラガミ」と呼ぶようになった。このアラガミの出現により、大部分の都市文明は短期間のうちに崩壊してしまった。アラガミは考えて捕食を行う1個の単細胞生物「オラクル細胞」が集まって構成する群体でありそれ自体が数万、数十万の生物の集まりである。それぞれの「オラクル細胞」の眼であれば眼らしく牙であれば牙らしく、それぞれの役割に応じて機能を特化させて器官を形成している。中でも「コア」と呼ばれる器官は、群体の統制を司っている。「コア」が破壊されると、アラガミの「オラクル細胞」は霧散することが確認されている。霧散された「オラクル細胞」はやがては再集合して新たなアラガミを形成する。
さて、長い話が終わったが、今俺、狐妖玲徒（こようれいと）は4人の仲間とある試験を待っている。
その試験とは適合試験という試験だ。
適合試験とは、適合候補者という者に選ばれて出来る試験で、適合候補者とは、遺伝子レベルで神機に適合する可能性があるとコンピュータにより導き出された候補者のこと。あくまでも候補者であり、アラガミを喰うゴッドイーターとなる為には、「適合試験」を経なければならない。
フェンリル（部隊の名称）の庇護下にある者にとって、出産時のデータ登録及び適合候補者とみなされた場合の「適合試験」は義務とされ、何人もこれを逆らうことは出来ない。加齢に応じて「適合試験」の合格率は下がると言われており現在選ばれる適合候補者は12~18歳と、若い年齢の者が一般的である。
俺は両親がアラガミに食い殺されてその恨みとしてゴッドイーターになると決意した。
俺の親友である桐竜飛鳥（きりゅうあすか）は親がゴッドイーターで2098年KIA（作戦行動中死亡）と認定されてしまった。階級は大尉。その後を継ぐためにゴッドイーターになると決意した。
俺の親友である赤川廻徒（あかがわかいと）は小さい頃に両親がアラガミに食い殺された、彼はその恨みとしてゴッドイーターになると決意したとの事。
そして俺の家族である狐妖玲奈（こようれいな）は俺と一緒に居たので、俺を守り家族、親友を守りたいと決意し、ゴッドイーターになると誓った。
適合試験とは、適合候補者が神機に受け入れられるかを調べる最終検査。「偏食因子」静脈注射した上で、神機に接続された「腕輪」を装着する事で行われる。神機が適合者を受け入れゴッドイーターとなるか、神機に喰われて肉片と化すか、2つ二一つの過酷な検査らしい…。
「…っ……そろそろか………」
「適合候補者、1人ずつ入れ。」
「はい…。」
俺が最初に選ばれた…心臓の音が脳に響き渡る、怖い、以前に喰われたくないが勝った。俺はそんな不安を抱えながら適合試験を受けるのだった。
「気を楽になさい…今から貴方は…ゴッドイーターになる準備をしてるのですから…」
不敵に笑い、俺の様子を見る車椅子に座った金髪の女性…ラケル・クラウディウスことラケル博士が俺に落ち着くよう言う。
俺は台の上に寝て、隣にでてきた機械に武器があった、これが神機…見た目によらずでかい…俺は神機を握った。腕輪が装着され始まるかと息を整えようとした瞬間……グサッと上から針のようなものが腕輪の真ん中に刺さり偏食因子を静脈注射で打ち込まれた。
「ぐっ！！？ぐぁぁぁぁぁぁぁあああああああああああああああっ！！！！」
俺はその場で悶絶して痛みを堪えようと必死に抑えたすると神機が外れて台から転げ落ちた。
俺は何とか持ち堪えた。
「おめでとう…これで貴方は神を喰らうもの…ゴッドイーターとなりました。」
とにかく達成感が半端なかった俺であった。
あとの3人も無事合格したようで何よりだ、これで俺たちは人々を救う武器を手に入れることが出来た。適合試験が終わったあと、メディカルチェックを受けてゴッドイーターの基礎を学んだのだった……。
「ゴッドイーター……」
「人々の最後の」
「砦……。」
俺たちはこの世界をアラガミの脅威から守るために部隊に入った…そして神機でこの世界のアラガミを消して見せる……。