NEON GENESIS EVANGELION RETROGRESSION 作：ASNE
碇シンジ（CV：緒方恵美）
本作の主人公。EOEの出来事を経て、人と触れ合ってみようと決意した少年。サードインパクトを通してアスカの心の奥底に触れて彼女と和解し、強い絆で結ばれた。
やり直す機会を与えられ、第三使徒戦からもう一度初号機に乗って戦い始めた。性格面においては、オドオドすることはほとんどなくなり、いつも穏やかにニコニコ笑っているが、トウジやカヲルの件がトラウマになって尾を引いている。相変わらず料理が好きで、たまに家でチェロを弾いている。
アスカとの関係は良好だが、心の奥底ではアスカを救えず、オカズにしてしまったことを今でも後悔しており、自分を許せていない節がある。
戦闘面においては、戦闘技術はアスカには劣るがA.T.フィールドの扱いには長けている。銃の扱いや格闘訓練も行い、自分の身は自分の身で守れるようになっている。最後の人類の一組になったため、アダムの力に覚醒した。現在は乗機が大破して修復中のため、待機か弐号機に同乗する。
惣流・アスカ・ラングレー（CV：宮村優子）
本作のもう一人の主人公にしてメインヒロイン。EOEを経て、シンジに対する劣等感や憎しみを捨て、ありのままの自分で居ることを選んだ少女。加持への依存から脱却し、男に過度に媚びる服装は控えるようになった。ヒカリに頼まれて見知らぬ男とデートしていた件については、『アタシは本当に軽率だった』として黒歴史認定しており、シンジを最初で最後のパートナーとしている。苛烈なまでの攻撃性は鳴りを潜め、基本的には明るく穏やかな性格に。さぼっていた家事も進んでこなすようになり、現在修行中。父や継母と和解し、家族ともう一度向き合い始めた。
シンジとの関係は良好だが、子供のようにシンジに嫉妬して辛く当たり、シンジの心を傷つけてしまったことを心の奥底で酷く後悔している。
エヴァに対する依存からも脱却し、髪飾りとして使っていたインターフェイスは外して、シンジからプレゼントされた赤いリボンを使って髪型をポニーテールに変更した。
戦闘面においては、今居るパイロットの中では一番戦闘スキルが高く、特に格闘戦を得意とする。弐号機が日本に輸送される前は初号機のサブパイロットとして同乗し、ラミエル戦ではシンジと同じ場所に火傷を負った。現在は弐号機専属パイロットとして奮闘している。シンジの相方としてリリスの力に覚醒している。
綾波レイ（CV：林原めぐみ）
零号機専属パイロット。アルミサエル戦で失われてしまった記憶はなく、断片的にしか覚えていない。そのため感情の大部分も失ってしまっており、現在再学習中。シンジとアスカは彼女にたどらせてしまった悲惨な運命や、酷く当たってしまったことを後悔しており、レイを実の妹のように大切にされ、可愛がられている。本人もまんざらでもない様子。人間とは何かを意欲的に学ぶ、子供のような感じ。
戦闘面においては、射撃戦に長ける。
渚カヲル/第１７の使徒タブリス（CV：石田彰）
シンジたちにやり直すことを提案した、心優しき使徒の少年。まだ本編では未登場だが、本作ではフィフスでではなくフォースチルドレンとして登場する。人間世界に興味深々。シンジの『親友』。
？？？？？（CV：？？？？）
本編で今後登場予定のフィフスチルドレン。原作の登場人物の中の、同年代の誰かがなる予定。