日本海軍大本営近藤派
詳細 海軍元帥近藤一を支持する派閥。人数は少ないが皆、海軍内かなりの実力者達だが舞鶴鎮守府の沖田桜子大将や神戸鎮守府の青空雪花中将を筆頭に問題児が多数。艦娘を人と同じように命があり人権があると掲げている。
日本海軍大本営芹沢派
詳細 海軍元帥芹沢宗次郎を支持する派閥。人数は３つの派閥の中で最も多く海軍だけでなく陸軍、空軍、憲兵隊。さらには政界の殆どが芹沢を支持している。艦娘を道具のように使うクズの集まり。
日本海軍大本営吉田派
詳細 海軍元帥吉田晴久を支持する派閥。人数は３つの派閥の中で最も少ない。だが、独自の部隊を私有しており問題有りと判断した鎮守府を制圧・無力化する。近藤とは海兵時代からの仲であり派閥は分かれているが派閥同士仲が良い。派閥が分かれて原因はどっちが軍のトップになるかではなく強硬手段で芹沢派を蹴散らすかどうかである。近藤派は強硬手段での無力化、吉田派は対話での無力化を望んでいる。(近藤元帥は大きく被害を出したくないのだが問題児達を止められることが出来ていない。)
久美浜鎮守府
詳細 本作の主人公織田信勝少将が提督をしている鎮守府。元はブラック鎮守府だったが今ではその面影は無い。むしろとんでもない要塞になってきているが原因はあの謎のナマモノ達と妖精さんによる製作意欲である。ちなみに警備は全てナマモノ達がしており監視室や設備士室等の場所は全てナマモノサイズ。ちなみに女子トイレ内や女子浴場の中にも監視カメラがあるがあのナマモノ達や妖精さん達は欲情しないため適任。だが、プライバシーの侵害になるため緊急事態の時のみ作動する。普段は壁や天井裏に仕舞ってある。
舞鶴鎮守府
詳細 狂剣の沖田桜子大将が提督を務める鎮守府。だが、提督としての仕事は全くと言っていい程しないため秘書艦や秘書艦代理、二人のサーヴァントが書類整理なのどの提督の仕事をこなしている。その間沖田は艦娘と共に出撃。是非もなし。
呉鎮守府
詳細 蜃気楼の斎藤十次郎大将が提督を務める鎮守府。斎藤も問題児であるがちゃんと執務はするだが、整理整頓は出来ていない。そのせいで秘書艦を困らせていた。最近、駆逐艦や潜水艦、海防艦といった子供達に飴を配る髑髏マスクが鎮守府内をふらふらとしている。何故飴を配っているかと言うと、「サーヴァントになる前、、、。俺は多くの人を殺した、、、。それの罪滅ぼしのようなものだ。」と証言している。
佐世保鎮守府
詳細 軍師の山南進大将が提督を務める鎮守府。近藤派の中でかなりの常識人の山南が提督なため執務室は整理整頓されていて綺麗であるが、山南は極度のマズメシを作る逸材なのだがそれに気付いていないため厨房に立とうとすることがしばしば。それにより艦娘&サーヴァントVS提督の厨房防衛戦が起こることも。
横須賀鎮守府
詳細 鬼大将の土方義正大将が提督を務める鎮守府。海軍一の武闘派であり。いつも艦娘と共に出撃する。最近では土方を恐れてか深海棲艦が横須賀鎮守府の管轄にほとんど現れないため吉田から鎮守府の調査を依頼されることが増えた。
神戸鎮守府
詳細 青空雪花中将と青空雨牙提督補佐が仕切っている鎮守府。出撃の回数はほとんどなくあっても漁船の護衛。そのため中破、大破する艦娘はほとんどいないが中破、大破があった場合、雪花と雨牙、鎮守府にいるサーヴァント達によるお礼参りが行われる。神戸鎮守府は提督の失踪やブラック鎮守府化などがあり曰く付きの鎮守府である。
私立高宮学園
詳細 天上隼人達が通う学園。学費やその他諸々が全てタダでさらには幼小中高大と一貫の凄い学園であるのだが、稀に在籍している生徒とその家族がまるごと行方不明になる神隠し事件が起こるがそれでも入学するものは減らないため闇がある。
裏・生徒会
詳細 私立高宮学園の非公認裏組織である。生徒会長がトップだが統一性が全く無い。目標は神隠し事件の解決なのだが、、、。いつになることやら。
メカクシ団
詳細 氷鬼蓮司がリーダーを務める組織。今では久美浜鎮守府を拠点としているが本来は久美浜鎮守府の近くに拠点を作るつもりだった。だが、シンオウのうっかりのせいで久美浜鎮守府内へ。久美浜鎮守府では自由に行動を許されている。提督である信勝は「彼らの目的は僕の目的でもある。なら、仲間だ。仲間に行動制限をかけるのはおかしい。だから、この鎮守府の施設は好きに使っていいぞ。」とのこと。