クロスローダーを手に入れたアイオリア、彼はフェイトとアリシアとデートをして彼女達のキスをもらってからデジタルポイントの方へと行きガイオウモンというデジモンを仲間にする。
次の日にアイオリアは歩きながら自分の力を試したいが相手がな･･････と思いながら歩いていると走ってくる人物がいたので彼は見るとなのはだ。
「アイオリアさん！！」
「やぁなのは、任務の帰りか？」
「はい、アイオリアさんは？」
「少し歩いていたんだよ。なのはちゃん大丈夫かい？」
「えっと何がですか？」
「体とかだよ」
「はい大丈夫ですよ。エグザモンの力なども慣れないといけませんからね」
「そうか･･････」
そういって二人は話しをした後に彼は異世界へと言った方がいいなと判断をしてオメガモンへと変わり次元を超える。別の次元へと到着をした彼は空を飛びながら辺りを見ながら飛んでいる。
『こういうときは研究所があればいいのだが･･････ん？』
オメガモンは着地をして遠くにある研究所を発見をした。まさか見つかるとは思ってもいなかったので彼は研究所がある場所まで飛んで行きガジェットなどが攻撃をしてきたのでガルルキャノンを放ち撃破する。
『リロードタクティモン、デットリーアックスモン』
二体のデジモンが現れてオメガモンは二人の方を見る。
『タクティモンとデットリーアックスモンよ私の力となってくれデジクロス！！』
『御意！デジクロス！』
『ぐおおおおおおおお！！』
二体が光りだしてオメガモンへと合体をしていく。デットリーアックスモンが分離をしてオメガモンの両足に装着されて行き左肩部にアーマーが装着。タクティモンのアーマーなどが装着されて行き背中にもタネガシマが装着されるなど装着されて頭部がタクティモンの兜へと変わる。
『デジクロス！オメガモン×3！！』
オメガモン×3へと変わりガジェットが攻撃をしてきたが彼は後ろへと下がりタネガシマが前門に展開されて発砲をする。ガジェットは次々に破壊されて行きオメガモンは中へと入っていく。彼は辺りを見ながら何かのデータが集まっているのか？と思いながら歩いていくと突然として攻撃が来たので彼は回避をする。
いったい何事かと見ていると合体をしたデジモンが襲い掛かってきたので彼は驚いている。
『キメラモン･･････まさかここではデジモンのデータを回収をしていたのか！？』
『ぐおおおおおおおおおおおおおおおおお！！』
キメラモンは咆哮をしてその四つの手をふるってきた。オメガモン×3は回避をしていったんデジクロスを解除をする。
タクティモンとデットリーアックスモンも現れて二人を一度クロスローダーに戻してほかのデジモンを出す。
『リロードアポロモン、シルフィーモン！ムゲンドラモン！』
三体が現れてキメラモンを見て驚いている。
「あれはキメラモン」
「まさかデジモンのデータを集めているのか？」
『だからこそ決めないと行けない。ムゲンドラモンはムゲンキャノンの準備をしてくれ』
「わかった」
『行くぞ二人とも！！』
「あぁ！！アローオブアポロ！」
アポロモンの右手から放たれるアローオブアポロがキメラモンのボディに命中をする。オメガモンとシルフィーモンは接近をして攻撃をするがキメラモンは四つの手を使い攻撃をふさいで吹き飛ばす。
「なんて威力をしている！！」
『ならば！！シルフィーモン！シュリモンデジクロス！』
「シュリシルフィーモン！」
シルフィーモンにシュリモンの特徴が合体をして忍者のような姿へと変わる。
「トップ草薙！」
エネルギー上の手裏剣を発生させてそれをキメラモンに連続して放つ。ムゲンドラモンはムゲンキャノンのチャージを完了させたので声をかける。
「いいぞ」
『ＯＫムゲンキャノン発射だ！！』
「ムゲンキャノン！！」
発射されたムゲンキャノンがキメラモンに命中をしてオメガモン達は煙がはれるのを待っているとキメラモンが現れる。だがムゲンキャノンを受けたのか体のあっちこっちはボロボロになっている。
『！！』
オメガモンはキメラモンを見ると涙を流しているのを見てグレイソードを構える。
「オメガモン殿･･････」
『せめて安らかに眠らせるために･･････な、グレイソード！！であああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ！！』
オメガモンは接近をしてグレイソードをキメラモンのボディを切り裂いた。キメラモンは涙を流しながら消滅をする。グレイソードを収納をしてシルフィーモン達は近づく。
「やった･･････とはいいずらいな･･････」
『あぁ彼らはおそらく最後の最後まで抵抗をしたのだろうな･･････』
「確かに俺がムゲンキャノンを放つ時に攻撃をすればいいのにしてこなかった･･････」
「安らかに眠れればいいのですが･･････」
「おのれ！！」
「「「『！！』」」」
四人は声をした方を見ると人間がいたのでオメガモンは前に立つ。
「まさかキメラモンを倒すとはな･･････まぁいい貴様さえ倒せばいいだけだ！！」
相手が出したのはデジヴァイスだが何か様子が変である。すると彼の手に光のようなものが発生をしてデジヴァイスに手を添える。
「ハイパーバイオエクストラエボリューション！！」
「何！？」
『バイオレガレクスモン！』
『･･････人間がデジモンになったというのか･･････三人とも戻れ』
オメガモンはクロスローダーに三体を戻すと構え直す。バイオレガレクスモンは左手の鋏と右手の剣を構えて突撃をしてきた。オメガモンはグレイソードを構えてバイオレガレクスモンがふるった剣を受け止める。
バイオレガレクスモンは左手の鋏を使ってオメガモンに攻撃をするが彼は剣をはじかせた後に蹴りで鋏をガードをして右手のガルルキャノンでボディに攻撃をする。
『おのれ！！リアクターディスチャージ！！』
左手からプラズマを放ち攻撃をするが彼は回避をして両手を構える。
『オメガストライク！』
両手から放った炎と冷気の攻撃がバイオレガレクスモンに当たり吹き飛ばした。バイオデジモンってこともありオメガモンが放った攻撃があまり効いている様子がない。
（厄介だな･･････だがなぜこいつがバイオデジモンに？どうやら俺が予想をしていた以上に動いているってことか･･････）
オメガモンは立ちあがるバイオレガレクスモンを見て構え直すが突然としてバイオレガレクスモンが頭を抑え始める。
『あ、頭が！！頭が痛い！！』
『･･････無理の改造をしたみたいだな･･････おそらくお前の体が耐えきれない状態であろうな･･････』
『ふざけるなあああああああああああああああああああああああ！！』
『これで終わらせる･･････コキュートプレス！！』
右手のメタルガルルモンから放たれたコキュートプレスがバイオレガレクスモンに命中をして凍らさせていく。
『･･････これで終わらせるさ。ガイアフォース！！』
大きな火球を作りガイアフォースを発動させてバイオレガレクスモンに当たる。バイオレガレクスモンは燃えていきオメガモンは後ろを振り向いて歩いていく。叫び声が聞こえてくるが彼はそのまま無視をして歩いていき研究所の外へ出る。
『････････････リロードタンクモンズ』
タンクモン達が現れてオメガモンは命令をする。
『研究所を破壊するんだ徹底的に！！』
「よっしゃ！！野郎ども！！撃て！！」
「「「「おおおおおおおおおおおおおお！！」」」」
タンクモン達から放たれるキャノン砲やガトリングが発射されて研究所を徹底的に破壊をしていく。オメガモンはその様子を見ながらバイオデジモンやキメラモンのようなデジモンを時空管理局は作っているのか？と考えながらタンクモン達を戻して海鳴市の方へ飛ぶのであった。
次回 研究所の一件でどこで彼らはデジモンを手に入れてバイオデジモンなどをしているのか考えている。だが今は結果が出ないので彼は八神家へとやってきていた。
彼は座っているとシグナムがまだ決着がついていなかったなと話をして戦うことになってしまった。
次回「オメガモン対シグナム」
『どうしてこうなった？』