アイオリアは転生者をフルボッコにして家に帰ったがフェイトとアリシアは仕事のため家にいなかったので膝の上にリニスが乗り彼女の頭を撫でているとシルフが鳴りだしたので彼は通信に出る。
『アイオリア！！』
「アルフどうした」
『大変だ！！フェイトとアリシアが！！お願いだ助けてくれ！！』
「いったい何があった」
『実は任務であたしたちは敵の基地に突撃をしたんだ。だけどそれでフェイトとアリシアが罠にかかって･･････あたしそれで･･････お願いだアイオリア！！二人を救ってくれ！！』
「わかった。アルフその場所をにすぐに向かう。リニス悪いが」
「わかっております。お気をつけて」
アイオリアはあぁといいオメガモンへと姿を変えて外に飛びだして彼はそのまま次元を超えてアルフがいる場所へと向かっていく。
一方でフェイトとアリシアは捕らわれていた。フェイトは目を覚ますとどこかの場所だが自分の手にバルディッシュがないことに気づいた。
「おや目を覚ましたみたいですね･･････ふっふっふっふ」
「あなたは･･････」
「私の名前はドクターアルテイシアさ。ふっふっふあなたがプロジェクトＦで生み出された存在だってことは承知をしておりますのよ。そこにいるアリシア・テスタロッサのクローンとして生み出された存在としてね。ですがどうやら何かの介入でアリシアがいるってことでいいのでしょうね。まぁいいでしょう」
「バルディッシュはどうしたの！！」
「あぁあなたのデバイスでしたら安心をしてください電源をOFFにしてそこに置いてありますよ。あなたの姉が持っていたデバイスもね？」
「姉さんは！！」
「あなたの姉さんは隣にいますよ？まだ眠っていますが･･････さて･･････」
彼女はフェイトに近づくと彼女のバリアージャケットを引っ張りちぎった。
「！！」
フェイトもバリアージャケットをちぎられるとは思ってもいなかったので顔を赤くする。彼女はそのままフェイトの膨らみかかっている胸などを観察をしている。
「ふむふむクローンとはいえ成長はするみたいですね･･････私はなぜ管理局に追われているのか教えてあげましょう。私はね人体実験をするが大好きなんですよ！！ひっひっひっひだからあなたたち二人が来た時には最高の実験体を手に入れたと思いましたよ。だからこそあなたたちを改造をして最強の兵器にしてあげますよ。まずはあなたからにしましょう･･････それから姉の方も改造をしてふっふっふっふ」
フェイトは涙目になる。こんな奴に捕まり改造をされようとしているのを彼女は声を叫ぶしかなかった。
「･･････けて･･････助けて！！」
「無駄ですよ。あなたたちを助けるためにもここの兵器などを破壊をしてはいらないとダメですからね。ってなんですか？」
アルテイシアは爆発が聞こえてきたのでいったい何事かと思っていると扉が破壊されたのでなんだと見ていると煙がはれて白いボディに右手に青い狼、左手には竜のような顔が装備された人物が立っていた。
『･･･････････････』
「な！？オメガモン！？そんな馬鹿な！！オメガモンは古代ベルカ時代の人物･･････それがなぜこんなところに！？」
オメガモンは無言のままフェイトとアリシアの方を見ている。フェイトはバリアージャケットがちぎられて胸などが露出されていた。
『･･････あの子達に手を出したのはお前だな？』
「ええいオメガモンとは思ってもいなかったがまぁいいでしょう行きなさい！！メタルグレイモン！！」
『ぐおおおおおおおおおおおおおおおお！！』
メタルグレイモンが現れたが左手の爪が砲塔みたいになっており色々と改造をされているのを見てオメガモンは改造デジモンかと思っているとメタルグレイモンは背部からミサイルが発射されてオメガモンはマントを使いメタルグレイモンが放ったミサイルをガードをする。
『ぐ！！なんて威力をしている･･････』
「行ったでしょ？大改造をして究極体に属するほどのね。さぁやれメタルグレイモン！！」
『ぐおおおおおおおおおおおおおおおおおお！！』
メタルグレイモンは突撃をしてきたのでオメガモンは受け止めようとしたがメタルグレイモンの力に驚いている。
（完全体のメタルグレイモンに押されている！？改造をされたから力などがパワーアップをしているのか！！）
『ぐおおおおおおおおおおおおおおおおお！！』
『どあ！！』
突きあげられてオメガモンは後ろの方へと吹き飛ばされてしまうが壁を蹴りグレイソードを展開をしてメタルグレイモンに切りかかる。
アルテイシアは今のうちにとフェイトとアリシアを連れ出そうとしたのでオメガモンはクロスローダーを出す。
『ディロード！ツワーモン！シュリモン！！』
ツワーモンとシュリモンがアルテイシアの前に現れて彼女は銃で攻撃をしようとしたがツワーモンは鎌で銃をはじかせるとシュリモンが縄を持ち彼の体を巻き付かせる。
一方でグレイソードで切りかかるオメガモン、メタルグレイモンは右手の右手の剣でグレイソードを受け止めている。
（やはり改造をされているのか･･････メタルグレイモン以上の力に高火力･･････そして意思などを封じされているのか･･････）
オメガモンは改造メタルグレイモンと戦いながら意識などが封じされているのに気づいてガルルキャノンで攻撃をしていくがメタルグレイモンはバリアフィールドを張りガルルキャノンをふさいだ。
『バリアフィールドだと！？』
『ぐおおおおおおおおおおおおおおおおお！！』
胸部と口部を開いてギガストームとメガフレイムを同時に放ちオメガモンはその攻撃を受けて吹き飛ばされてしまう。
『ぐ！！なんて威力だ･･････ん？』
オメガモンはメタルグレイモンの方を見ると涙を流しながら咆哮をしていた。
『そうか･･････お前も被害者だったのだな･･････そして自分をとどめを刺してくれというのか･･････わかった。』
オメガモンは光りだしてエクセリオンアサルトクロウツへと姿を変えてメタルグレイモンを眠らせるためにツワーモン達からフェイト達を救出をしたとの連絡を受けていたので右手からレイジングハートエクセリオンブラスターモードを左手からバルディッシュアサルトザンパ―モードが展開されており二つを前にかざしてチャージが完了する。
『･･････安らかに眠れスターライトジェットラグナロク！』
放たれた一撃はメタルグレイモンが張ったバリアフィールドを突破をしてメタルグレイモンの体を崩壊させていく。
『あり･･･が･･･とう･･････』
オメガモンは後ろを振り返りそのまま飛んで行きメタルグレイモンは大爆発が起きて研究所を巻きこむほどの大きさの爆発だった。フェイトとアリシアは爆発をする研究所を見ていた。
「アイオリア！！」
「フェイト！！」
「お姉ちゃんアイオリアが！！」
すると光が発生をしてオメガモンは彼女達の近くに着地をする。
「アイオリア！！」
フェイトは抱き付いた。オメガモンは彼女達が無事で何よりと思い頭を撫でようとしたが彼の手はオメガモン×Sじゃないのでメタルガルルモンの顔だったのでこれでは撫でることができないなと思いながら声をかける。
『無事で何よりだ。アルフから連絡を聞いて海鳴からかっ飛ばしてきたが･･････』
「でもアイオリアがいなかったらあたしたち今頃あいつに改造をされてしまうところだったよ。だからアイオリア助けてくれてありがとう！！」
「アイオリア･････････」
『フェイトもすまない、俺が速く駆けつければ恐怖になることがなかったな･･････』
「ううん私は信じていたよアイオリアがきっと助けてくれるってだから･･････」
『そうかさぁ私は先に帰るがそいつを任せるぞ』
そういってオメガモンは振り返り次元を開けて海鳴市の方へと戻り自分の家･･････ではなくどこかの山奥へと着地をしてアイオリアへと変わる。
彼は墓のようなものと作った。
「安らかに眠ってほしい･･････デジタルワールドではないが･･････な」
そういってアイオリアは振り返りオメガモンへと姿を変えてその場を去るのであった。
次回 フェイトとアリシアを救ったアイオリア、彼は改造されたメタルグレイモンを自ら撃って海鳴市の方へと戻った後に墓を作った。
それから数年が経ちなのは達は中学生へと上がり成長をした。
次回「アイオリアの苦悩」
「･･････････････････」