2022年9月22日夜、曜とルビィは長崎駅の新幹線ホームにいた。曜曰く、
「たしかここに来る予定だよね」
そう、曜とルビィはあの人たちを待っていた。3年半前、曜たちが高校を卒業するということで卒業旅行をしていた曜と1年後輩のルビィはある人たちとともに國鉄九州総局（ＪR九州）で起こったいくつもの事件は解決していったのである。その後、その人たちと別れた曜とルビィであったが、ちょうど一か月半前、曜とルビィのスマホにあるメールが届いたのである。そのメールにはこう書かれていた。
「2022年9月23日、長崎駅にて再会しよう 南達仁」
このメールを見て、曜とルビィはすぐに連絡を取り合っていた。
（曜）「ルビィちゃん、南さんたち、またこっちに来るみたいだよ!!」
（ルビィ）「うん、そうだね!!ルビィ、とても楽しみ!!」
こうして、曜とルビィは互いに連絡を取り合ってはこの日を待ちわびたのである。
そして、この日が、2022年9月23日がやってきたのである。午前0時、曜とルビィは長崎駅から続くレールの先を見ていた。すると、遠くから光り輝く列車が、新幹線かもめが来たのである。これには、曜、
「あっ、南さんたちだ!!」
と叫ぶとその光り輝く列車はそのまま長崎駅の新幹線ホームへと入っていった。
そして、その列車が到着するなりドアが開くとそこからは、
「曜ちゃんにルビィちゃん、お久しぶり!!」
と、とある青年が現れたのである。これには、曜とルビィ、
「南さん、お久しぶり!!」（曜）
「南さん、お久しぶりです!!」（ルビィ）
と南に対して挨拶をしていた。そう、曜とルビィが待っていたのは國鉄鉄道公安隊のいる世界の住人、國鉄鉄道公安隊東京公安室公安特捜班主任の南達仁であった。
と、その横から、
「曜ちゃんにルビィちゃん、久しぶりだね!!」
と南の同僚である高山が曜とルビィに声をかけると、曜とルビィ、2人とも、
「高山さん、お久しぶりですね!!」（曜）
「また会えてうれしい!!」（ルビィ）
と声を高々にあげていた。
一方、そのころ、
「千歌よ、お久しぶりだね。元気にしていたか」
と公安特捜班工作員のアランが自分の目の前にいる少女、千歌にそう言うと、千歌、
「アランさんが来ているということは・・・、また起こるんだね、事件が・・・」
という声をあげていた。そう、南たちが来た、ということはまたもや事件が起きることを意味していた。
そんな千歌に対しアランはある命令を下した。
「千歌よ、いいか、曜とルビィの旅を無事に完徹できるように陰から支えよ」
このアランの命令に対し千歌はこう答えた。
「うん、わかったよ!!」
こうして始まる、曜とルビィ、そして、千歌、の旅。この先、いろんな事件が3人の前に待ち構えようとしていた。果たして、曜とルビィはその事件たちに対してどう対応していくのだろうか。そして、南たちはその事件を無事に解決していけるのだろうか。
さあ、始めよう、三度の物語、新庄さんとla55との奇跡のコラボを!!