突如拉致された楯無と虚を奪還すべく、専用機一同と千冬はギリシャへと向かい、プロサナトリスにあるノイモス学園へと向かう。ただ、約一名連れてきてよかったのかどうかという者が一人・・・・。
ネロ「本音、これは単なる実践訓練の類ではないのだぞ。」
のほほん「わかってるよ、だけどお姉ちゃんが心配だもん。」
簪「本音、気持ちはすごくわかるけど・・・・・。」
弾「今回は間違いなく死闘なんだぜ。」
本音はまだ専用機をもって間もない状態であり、訓練でも満足な操縦ができないほどである。
そんな本音をよく知っている簪をはじめ、心配する者がいるが、本音はどうしても行くと言ってきかなかったのである。
現在は飛行機の中で、重苦しい空気の中静かに戦いの始まりを待っている。
レベッカ「ねえ一夏、一つ聞いていい？」
一夏「どうしたレベッカ？」
レベッカ「あたしがIS学園に来る前にも、アンタはこんな命に関わる戦いに身を投じてきたわけ？」
一夏「・・・・ああ。」
箒「レベッカ、どこか浮かない顔だな。」
レベッカ「だってさ、死にそうになってまで世界をよくしようとするのって、並大抵の人間がすることじゃないじゃない。だから心配で。」
セシリア「それは確かにそうなのですが・・・。」
レオ「でもまあ、織斑先生と一夏がいるなら大丈夫だろ、俺たちのリーダーならアイツらにまけやしないぜ！」
ビリー「おいレオ、お気楽なセリフで一夏に重圧かけるなよ。」
レオ「んだと？俺は一夏を励まそうとだな、」
鈴「はいはい、もういいから静かにしてなさいよ。」
どこか落ち着かない空気の中、シャルロットが話を切り替える。
シャルロット「１２神座がどう出てくるか気になるところだよね。」
ラウラ「全員が教官以上の力を持つものとなれば、厳しい戦いにはなると思うな。」
エクトル・アルゴス「・・・・・・・。」
エクトルとアルゴスは思わず、かつて自分達が起こした出来事を思い返す。
一夏「エクトル、アルゴス、あの時の事なら気にするな。」
エクトル「・・・・だが、」
アルゴス「俺は、お前を。」
千冬「お前たちは一夏の良き友として生きている。それだけで十分な償いだ。」
エクトル・アルゴス「・・・織斑先生。」
数時間後、ようやくギリシャに着き、ノイモス学園へとたどり着いた。
ノイモス学園はとても高い建物で、天に届きそうな気さえする規模だ。
中に入ると、そこはIS学園とは似ても似つかぬ無機質な空間だった。
一夏「・・・これが、第二のIS学園・・・。」
すると、玄関にはカプリの姿が。ただし、立体映像だが。
のほほん「ほえ、あの時のおじさんだよ〜。」
カプリ「フフフ、諸君、よく来てくれたな。」
アルゴス「挨拶はいい、楯無さんと虚さんはどこだ！」
カプリ「クリーオス様が丁重に扱っている、心配するな。」
弾「おい、てめえ！こんな事してタダで済むと思うなよ！？」
カプリ「やれやれ、血気盛んだな今時の若者は。」
一夏「貴様達の目的は何だ！？こうまでして何故俺達をここに呼んだ！？」
クリーオス「それは我が説明しよう。」
カプリの姿がクリーオスの立体映像に変わる。
クラスト「・・・クリーオス！！」
クリーオス「我が兄弟よ、久しぶりだな。貴様に人間にされたあの時から我々はずっと貴様を殺すことを考えていた。」
クラスト「・・・・。」
クリーオス「まあいい、昔話は後にして、一夏を含めそこにいる人の子らに説明しよう。」
ビリー「けっ、とっとと説明しやがれ！」
クリーオス「この学園は13の階層から成っている。我はその最上階で貴様達を待つ。」
鈴「随分高みの見物染みてるじゃない。」
クリーオス「各階層では我が12神座の僕(しもべ)達が待っている。その者達と戦い、勝利し、無事に我の元までたどり着けばあの2人の女子に合わせてやろう。」
レオ「何だそんなことか、随分とわかりやすいルールだな。」
簪「でも、油断は出来ないよ。」
箒「ああ、だがどんな状況だろうと、私達は勝たなければならない！」
セシリア「どんな敵でも、私達で倒して見せますわ！」
クリーオス「ほう、威勢のいいことだ。だが我の僕達を殺すのは簡単ではないぞ。」
シャルロット「難しいイコール出来ないじゃないよ。」
ラウラ「とにかく、やるべき事はわかったからな。」
クリーオス「フフフ、一つ言っておこう。各階層での戦いは、貴様達に条件がつけられるようになっている。」
レベッカ「条件？アタシ達だけに！？」
エクトル「フェアじゃないだろう、貴様正々堂々と出来ないのか！？」
千冬「ベレン、ミラー、落ち着け。悔しいが向こうに分がある。」
クリーオス「そういう事だ、人の子らよ。」
クリーオスはふと、セラフィエルとルシフェウスの方を見る。
クリーオス「貴様達も、創世における１つの理を司る者でありながら、結局は人の子の手に落ちたか。」
セラフィエル「フン、落ちたつもりはない。」
ルシフェウス「強い者に従う事は貴様らの世界にも言える事だ。」
クリーオス「では最上階で待っているぞ。果たしてここまでたどり着けるかな？」
そう言って、クリーオスの立体映像が消えた。
一夏「・・・首を洗って待っていろクリーオス、このふざけたゲームに必ず勝って、楯無さんと虚さんを奪還してみせる！
行くぞ皆！！」
一同「(ああ)(はい)(おう)(うん)！！！！」
果たして一夏達は、無事に天空の最上階へとたどり着けるのだろうか。