町の空をフラフラ飛んでいるUFOに乗ったばいきんまん。
ブーン。
ばいきんまん「俺様素敵なばいきんまん♪俺様とっても暇なのね～♪あ～あ、暇だな～。この前はひどい目にあったし、今度こそプリキュア達をやっつけに来ているが···どうもやる気がしないな～···」
と、暇そうな歌を歌っている。
???「そんなに暇なのかい？」
ばいきんまん「うわぁ！？誰だ！」
飛んでいるバイキンUFOの前に現れたのは､ドツクゾーンの一人で、オレンジのプリズムストーンを首からかけているポイズニーである。
ポイズニー「あら～、もう忘れちまったのかい」
ばいきんまん「お前は確か、ドツクゾーンにいたポイズニー。何のようだ！」
ポイズニー「あんたも最近頑張っているようだね～、ねぇ聞いたかい？ピーサードとゲキドラーゴがプリキュアにやられて、闇に帰ったって」
ばいきんまん「ピーサードにゲキドラーゴ？···そう言えばそんなやつもいたような···って言うか、闇に帰った？」
ポイズニー「そう、あたし達はジャアクキング様の闇の力から産み出されてるからね···あいつらのように負け続けたら闇に戻るか、プリキュアに勝つしか道はないのよ」
ばいきんまん「あいつらそんなに出ていたのか···」
ポイズニー「ま、あんたがドツクゾーンにいない間こういうことになってるってことをいいに来たのよ」
ばいきんまん「それで、話はそれだけなのか？」
ポイズニー「そうそう、あんた暇なんだろ？だったらあたしの弟の学生服姿見たくないかい」
ばいきんまん「ポイズニーの弟？学生服？」
ポイズニーとばいきんまんは駅に行った。
二人が駅の影からのぞくとベローネ学園の制服を来たキリヤの姿だった。それとキリヤが話しかけているのはキュアホワイトである雪城ほのかだった。
しかし、ほのかともう一人、ほのかと同じ部活のゆりこと一緒に電車に乗ってしまった。
ばいきんまん「あいつ、何でプリキュアに話しかけてるんだ？」
ポイズニー「しかもフラれてるじゃない···からかってやろう」くすくす
ばいきんまん「いや、その格好は何なのだ···」
ポイズニー「珍しいんワン！」
キリヤ「ん？うっ···!？」
ポイズニー「あんたがあしらわれるとはね、キリヤ···」へっへっへっ···
ポイズニーは犬の格好していた。
キリヤ「···！？」
ポイズニー「ふふ、バカね、冗談よ···」
ポイズニーが犬の格好から元の姿に戻る。
キリヤ「わかってないな～、ポイズニー姉さんとそこの子供の姿をした君···ばいきんまんだったっけ？」
そう、キリヤがポイズニーとメガネと帽子とマスクを着けた子供姿のばいきんまんである。
ポイズニー「ワン？」
ばいきんまん「ふん、それにしても何でプリキュアと一緒の学校なんて、通ってんだ？学校なんてつまらないのに···」
キリヤ「僕はあの二人に興味があるのさ···ピーサードとゲキドラーゴを倒したのは事実だからね。簡単に始末したら面白くないだろう···」
ポイズニー「うふ、言い訳が上手ね」
キリヤ「そう言う、姉さんとばいきんまんはどうなの？」
ポイズニー「うう！？」
ばいきんまん「なんだと！！」
キリヤ「それより、名誉挽回の方法でも考えたらいいんじゃないかな···」
ばいきんまん「ふん！そんなのお前なんかに言われなくてもわかってる！すぐにでもプリキュアを倒してきてやる！」
そういい、ばいきんまんがすたすたとキリヤとポイズニーから離れ、見えないところでUFOに乗り飛びさるのだった。
ブーン！
ポイズニー「あーあ···怒らしちゃった」
キリヤ「頑張ってね～···あと、ポイズニー姉さん···」
ポイズニー「ありがとう···私のかわいい弟、キリヤ···」
キリヤ「それより···姉さんも早くここを離れた方がいいんじゃないの···その格好じゃ目立ってるよ」
そういい、キリヤがポイズニーから少し離れる。
ポイズニー「え？え？」
ポイズニーが辺りを見ると、一般人からものすごく注目をあびていた。
ポイズニー「マジ···！？」
ガタンゴトン···！ガタンゴトン···!
電車の中
ほのかとゆりこが一緒に電車に乗っていた。
ゆりこ「私、科学部に入って本当によかった～。ほのかと出会うことができたから」
ほのか「ゆりこ···」
ゆりこ「ほのか1号で絶対明日の科学研究発表会でグランプリを取りましょうね」
ほのか「うん。頑張ろうね」
そして電車の上からUFO から聴診器を出して、ばいきんまんが科学研究発表会のことを聞いた。
ばいきんまん「科学研究発表会か···そうだ！ぐふふ···こいつは面白くなりそうだぞ···はひふへほ～!」
ブーン！
ばいきんまんが何かを思いつき、そのまま飛んでいく。
次の日
科学研究発表会 会場
ばいきんまんが昨夜ほのか達のシーツをかぶした研究用の機械、ほのか1号に細工をし、会場の人に今は成り済ましている。
アナウンス「次はベローネ学園女子中等部の皆さんによる､雷をヒントにした研究発表です」
ほのか達、科学部の皆がステージに立ち、ほのかが雷について話す。
ばいきんまん「雷なんか俺様なら何個でも作れるぞ···おっと、そろそろ始めるのだ」
ばいきんまんがこそこそとステージの下に入り
パチン！
ばいきんまんが指をならす。
そして、黒い雲が青空をかくし、ほのか1号の機械から雷が出る。
ビリビリビリビリビリビリ！！！
ざわざわ！ざわざわ！
ゆりこ「な、何！？」
会場の人々は逃げ始める。
ゆりこ「ほのか1号が···」
ほのか「ゆりこ急いで！···(これってもしかして···)」
会場の人々が出ていくと、出入口の扉が閉まる。
すると、シーツをはがし、ほのか1号がザケンナーになって出てくる。
ザケンナー「ザケンナ～!！」
ほのか「やっぱり···！？」
ザケンナー「ザケンナー！」
ビリビリビリビリ！！
ザケンナーの雷攻撃で会場壊していく。
ほのか「ありえない···何これ！？」
ほのか「なぎさ！？」
ステージになぎさも現れる。
なぎさ「ほのか！」
ほのか「うん！」
二人「「デュアルオーロラウェーイブ!!」」
服装と髪型が変わり。プリキュアへと変身する。
ブラック「光の使者!キュアブラック!」
ホワイト「光の使者!キュアホワイト!」
二人「「ふたりはプリキュア!」」
ホワイト「闇の力のしもべ達よ!」
ブラック「とっととお家に帰りなさい！」
ザケンナー「ザケンナ～!」
ビリビリ！
ザケンナーの雷で攻撃をするが、ブラックホワイトが素早く避け、ザケンナーにパンチやキックをする。
だがザケンナーが負けずに雷を出す。
ブラック「うわぁ！？」
ホワイト「きゃあ！？」
二人が座席の上にたつ。
ホワイト「まさかザケンナーになってしまうなんて···」
ブラック「何とかしなきゃね！このー！」
二人が攻撃しようとすると。
ゆりこ「やめて！」
ゆりこがザケンナーの前に出てザケンナーをかばう。
二人「「え！？」」
二人の動きが止まる。
ゆりこ「やめて！壊さないで！皆のためにほのかのために作ったんだもん！皆でグランプリとるために一生懸命作ったんだもん！だからお願い！壊さないで！」
ホワイト「·····!!」
ザケンナー「ザケンナ～～!」
ビリビリ！！
ブラック「危ない！避けて！」
ドドーン！！
ゆりこ「きゃあ！！！？」
ゆりこが飛ばされ、ブラックがゆりこを受け止める。
ブラック「大丈夫！！」
ゆりこ「やめ···て···」
ゆりこがそのまま気絶し、ブラックがそっと寝かせる。
ブラック「なんてことするのよ！許さない！」
ホワイト「どこかで見てるんでしょ！出てきなさいよ！」
ばいきんまん「はひふへほ～!！」
ブラック「その声は···！？」
ホワイト「ばいきんまんね！！どこにいるの！？」
ばいきんまん「どこっていわれても、ずーっとお前達の前にいるんだぞ···」
ブラック「私達の前···？」
ホワイト「まさか···！？」
ザケンナー「ザケンナ～!」ウィーン。
ザケンナーの頭からコックピットに乗ったばいきんまんの姿が現れる。
ブラック「ということはあんたがザケンナーを動かして···」
ホワイト「私達の研究に細工をしたのも···」
ばいきんまん「ピンポンピンポンピンポーン！！そう、皆この天才ばいきんまん様がやったんだよ～！」
ホワイト「許さない···！」
ばいきんまん「何？」
ホワイト「皆で作ったものを利用して、ゆりこにあんなひどいことするなんて···」
二人「「絶対に許さない！」」
ばいきんまん「うるさーい！こうしてやる！」
ザケンナー「ザケンナ～!！」
ビリビリビリビリ！！
ブラック「何とかしないと···！」
ホワイト「う、うん···」
ブラック「ゆりことほのかには悪いけど···いい？」
ホワイト「うん。分かってる」
ばいきんまん「止めをさしてやる～!！」
ザケンナー「ザケンナ～～！！」
ビビビビビビビビビビ！！
ザケンナーが雷エネルギーをためる。
ブラック「ホワイト！」
ホワイト「うん！」
ブラック「ブラックサンダー！」
ホワイト「ホワイトサンダー！」
ゴロゴロゴロゴロ！！！
黒の雷と白の雷が二人の手に落ち、二人が光だす。
ホワイト「プリキュアの美しき魂が！」
ブラック「邪悪な心を打ち砕く！」
二人「「プリキュア！マーブルスクリュー！！」」
ばいきんまん「くらえ！！」
ザケンナー「ザケンナ～～！！」
ドドドドド～～！！
２つの攻撃がぶつかり合う。
だがザケンナーの攻撃が圧倒的に押される。
ばいきんまん「げげっ！？」
ドドーン！！ボカーーン！！
ばいきんまん「どわぁぁぁ！！？」
バーン！
会場の天井を突き破る。
藤村「あっ！何だあれ！？」
なぎさの先輩の藤村が目にしたのは、会場からとび出して行くばいきんまんの姿だった。
ばいきんまん「バイバイキーン！！」
キラーン！
藤村「何だったんだ···今の？」
ザケンナー「ザケンナ～！？」 ボン！
ゴメンナー『ゴメンナー···ゴメンナー···ゴメンナー···！』
ザケンナーが倒され、ゴメンナーになる。
そして、会場の天井を突き破り、またしても空に吹っ飛ばされるばいきんまんだった。
そして、発表会は何事もなかったように再開された。