プロローグは原作ゲームプレイ済みでもしっかり理解出来ていなかったので、ネットで調べた考察やwikiを繋ぎ合わせております。間違いがあったらご指摘ください。
また人修羅のチートっぷりを最大限に活かした作品なので、ストーリー重視ではなく人修羅重視で進行していくことをご了承ください。
彼の名は間薙シン。ある日、高校の担任である高尾裕子の見舞いを友人に誘われ、新宿衛生病院に集まった。当初は友人と遊ぶ訳でもなく、病気で寝込んでいるという担任の様子を見に行くというだけで、その日は直ぐに家に帰るつもりだった。
しかし、突如起きた東京受胎。天より落ちる黒い雷によって病院にいた人以外全ての人類は死滅。その後、東京は外界から引き剥がされるように球体となり悪魔が跋扈する『ボルテクス界』となった。そしてその管理者である『カグツチ』が生まれ、創世する為に悪魔らにコトワリを齎した。
コトワリは世界のあり方を示す理念であり、カグツチの元までこれを持てば新たな創世となる。
そこで間薙シンは、金髪の子供にマガタマを植え付けられ、魔人へと生まれ変わった。後に唯一コトワリを持たない半人半魔の身として、混沌の東京に変革をもたらす存在。『人修羅』と呼ばれるようになった。
人修羅はボルテクス界でコトワリを持つ三人。かつての友人であった新田勇と橘千晶のコトワリ。ムスビとヨスガを否定し、東京を混沌へと陥れた張本人。氷川のシジマさえも否定し、唯一自分を悪魔へと変貌させたかの者に従うと決めた。
ボルテクス界の奥深くアマラ深界最奥にて、人修羅は真の力を手に入れ人間の心を捨てた。全てのコトワリを否定した人修羅はカグツチを破壊し、アマラ深界の管理者であり閣下である老人による大いなる意思に反抗するために作られた人修羅は、その正体である魔王ルシファーとの決戦後、大いなる意思の下へ侵攻した。はずだった。
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無数の悪魔を率いて侵攻する人修羅は突如、真っ白な光に包まれる。相手側からの先制か。しかしその光は生と死を行き来する荒んだ地獄のような物とは程遠く、暖かく優しく身を包み込むような光で人修羅は思わず身を委ねた。
そして次に視界が開けた時には、人修羅は煌びやかな装飾が壁や床に施された宮殿に座り込んでいた。ただ人修羅はすぐに状況を飲み込んだ。これはやはり大いなる意思の反撃であると。
ここはアマラ宇宙にあるボルテクス界とは違う別の世界であり、見るからに多くの人類が存在している限り、まだ世界は破壊されていないと。しかし此処に飛ばされた理由が分からない。
ルシファーと共に発った人修羅は大いなる意思とは完全敵対関係にあり、決してまだ安全な世界に飛ばすなどという優しさが与えられる訳が無い。では何故？ どうして？ 一体何が人修羅を別世界に飛ばしたのか。その答えは低く威厳の効いた声の主が答えてくれた。
「よくぞ来た転移者よ！」