建部寿徳は秀吉の死後、豊臣秀頼に仕えた。完全に隠居しなかったものの政務は息子の光重にシフトしていった。慶長五年（一六〇〇年）の関ヶ原の戦いでは光重が兵を率いて出陣した。元々、徳川家康の上杉征伐に従軍する予定であったが、準備が間に合わず、そうこうしているうちに石田三成が挙兵して西軍に取り込まれてしまった。
建部光重は最初に伏見城の戦いに駆り出された。徳川家が預かっていた伏見城を西軍に奪還する戦いである。攻め手は宇喜多秀家、小早川秀秋、大谷吉継、毛利秀元、吉川広家、小西行長、島津義弘、長宗我部盛親、鍋島勝茂、長束正家ら総勢4万である。伏見城には徳川家康の家臣の鳥居元忠ら二三〇〇人が籠城していた。
西軍の降伏勧告を受けて、北政所の兄の子である木下勝俊は伏見城から退去した。これに対して鳥居元忠らは、降伏を頑なに拒否したため、西軍は慶長五年（一六〇〇年）七月一八日に総攻撃を開始した。兵力差は圧倒的であったが、伏見城は難攻不落の大阪城に匹敵する名城であり、西軍は攻めあぐねた。建部光重も兵を率いて城攻めに加わったが、無謀な攻撃は避けた。豊臣五奉行の一人・長束正家が城内の甲賀衆を調略し、裏切らせることで八月に伏見城は落城した。
伏見城落城後、建部家は毛利秀元を総大将とする伊勢平定軍に属した。長束正家、安国寺恵瓊、鍋島勝茂、長宗我部盛親ら総勢三万の兵力である。秀元の軍勢は伊賀国から伊勢国に進出した。これに安濃津城主の富田信高が籠城して抵抗した。
会津征伐に向かっていた徳川家康の軍勢は石田三成の挙兵を知ると、三成への反撃のために反転した。上杉征伐に参陣していた信高は領地が西軍に近いため、真っ先に居城に戻って籠城戦に備えた。信高らは約一七〇〇人と寡兵であった。しかも、その城兵の八割近くが津町の義勇兵で、町民も籠城して戦った津町の総力戦であった。
安濃津は三重県津市である。伊勢湾に面し、古くから港町として栄えた。津は港という意味である。『廻船式目』の三津七湊の三津は安濃津、博多津、堺津である。これは室町時代に制定された日本最古の海洋法規集である。茅元儀『武備志』日本考の日本三津は伊勢国安濃津、筑前国博多津、薩摩国坊津である。これは明代の兵法書である。
津城は北に安濃川、南に岩田川が流れ、天然の外堀の役目を果たしていた。伊賀から進出した西軍は安濃川を渡ったと思われる。安濃川は三重県津市を流れ、伊勢湾に注ぐ河川である。塔世川とも呼ばれた。
江戸時代になると安濃川と伊勢街道の交わる場所に塔世橋が架けられる。伊勢街道は国道23号になる。塔世橋は第二次世界大戦の津空襲で爆撃被害を受けた。国道23号線を北に進むと津駅の近くに着く。
安濃津城の戦いは八月二三日に小競り合い、翌二四日朝に本格的な合戦が始まった。毛利勢や長宗我部勢は関ヶ原の合戦では遊兵となったが、安濃津城の戦いでは激しく戦った。吉川広家は関ヶ原の合戦ではサボタージュしたが、安濃津城の戦いでは武人の血が騒いで奮戦した。関ヶ原の合戦だけを見ると吉川家の努力に対して徳川家康は手のひら返しに見えるが、戦争全体を見ると毛利家は十分敵対的であった。
光重は激しく攻めた。安濃津城から富田信高が撃って出た。光重は後退しつつ、信高を包囲した。光重の槍が信高に迫ったが、一人の若武者が前に出て自分の槍で光重の槍を払った。そのまま光重と若武者は槍をかわした。その間に光重は退却し、若武者も退却する。
信高は家臣に若武者のような人物がいたかと不思議に思いながら城に戻った。遅れて戻った若武者を見ると、それは信高の妻であった。妻に命を助けられた信高であったが、後に妻の罪で改易されることになる。妻の甥の宇喜多左門は坂崎直盛の家臣を殺害したが、その左門を匿っていた。
城兵は奮戦したが、津の町も城の建造物も大半が焼失した。安濃津城は木食応其の調停により開城となった。それでも西軍を津で足止めした功績は大きい。もし西軍が伊勢を平定したら、尾張に攻め込むことができる。そうなれば関ヶ原で雌雄を決するという家康の構想自体が成り立たなくなった。
関ヶ原の合戦が東軍の勝利に終わると、安濃津城の戦いで抵抗した信高は加増された。開城しながらも西軍足止めが評価された点は京極高次と重なる。戦略目的があっての戦いであり、「生きて虜囚の辱を受けず」の軍国主義ではない。ひたすら根性で頑張る昭和の精神論でもない。
後の慶長一三年（一六〇八年）に富田信高は伊予宇和島藩に移封され、津には藤堂高虎が伊予国今治から入る。津藩は伊勢国と伊賀国の22万石である。大阪城の豊臣秀頼の抑えとして高虎が選ばれた。その後、津藩は32万3千石になり、幕末まで続いた。
津藩主となった高虎は津城を大改修し、輪郭式平城とした。本丸の東西の堀の中に東之丸と西之丸の郭を設けた。本丸・東之丸・西之丸を取り囲んで二の丸が配された。本丸には丑寅三重櫓、戌亥三重櫓、伊賀櫓、月見櫓、太鼓櫓があった。
津藩は津城と伊賀上野城を持つ。高虎は豊臣方への備えとして伊賀上野城を堅固な城にした。これに対して津城は居城であり、城下町の整備にも力を注いだ。伊予今治より高虎を慕って移った町人は伊予町に暮らした。