時は2030年12月。東京は突如現れた謎の男によって沈没した。男は自らを始祖の能力者と名乗り72の能力を使い無差別に人を殺し始めた。政府は始祖の能力者を倒すために自衛隊や警察などの特殊部隊を送り込んだ。だが始祖の圧倒的な力により特殊部隊は壊滅した。
その後、政府のある策によって日本の中で身体能力や頭脳面で特に優れた優秀な人物が集められ、特殊部隊 国家連合が設立された。国家連合は始祖の能力者を止めるためあらゆる作戦を立てた。が、何をやっても始祖の能力者には勝てなかった。最終の手段として、国家連合は世界各国からも軍隊などの特殊部隊を呼び、多くの犠牲を払いながらも始祖を食い止め、殺害することに成功した。始祖による犠牲者は、民間人や軍隊の全てを合わせると約3万人にも及ぶ人数だった。
2031年3月。始祖の東京襲撃事件によって権力を持つものが居なくなり東京犯罪係数が増加していった。始祖の能力者の死体は死亡した瞬間72個の部位に分かれた。その後の研究により始祖の死体の全てに1つずつ能力がある事がわかった。能力を悪用される事を防ぐため、72の死体の内、12個を国家連合が所持し、残りの60個を政府が管理する事に決定した。
2033年1月。政府は、東京沈没によって増えた犯罪を制御するため、その跡地に、新たな東京 東京Ⅱを設立する。それにより犯罪係数が徐々に減少して行った。
2035年6月。その後の新たな研究により、ある事実が判明した。それは始祖の遺体を人に移植することによりその能力を引き継ぐ事ができるようになる という事だった。だがしかし脳や頭部などを移植すると始祖の能力者に自我を乗っ取られてしまう危険な行為と判明したため出来ていない。
この研究結果を知った国家連合は、ある計画を立てた。それは、多くの人物を必要とする強大な計画だった。
2039年9月。その裏である組織が結成された。その組織の名は卍連合というテロリストであった。卍連合は東京Ⅱを襲撃し保管されていた死体の約半分を盗むことに成功した。
2039年11月。卍連合による能力の悪用を恐れた政府は卍連合と戦うため能力者を政府の戦闘要員とする事を可決したのである。政府の提案に乗じたのが国家連合であり国際連合は国際連合能力者対策組織と名前を変え世界各国に増えたテロリストを止めるべく活動を開始した。
2040年1月。その後政府は卍連合及び能力者の犯罪を防ぐため東京Ⅱに能力者対策本部を設立した。能力者対策本部には日本の警察や自衛隊の優れた人物が訓練を行い選ばれた者が能力者対策本部で能力者として活動することになった。
そして時は流れ2050年4月物語は動き出す。