仮面ライダーデビルインキュベーターとの戦闘が開始した頃、避難所ではまどかが心配そうに窓から外を見ていた。
まどか
「本当に勝てるかな……？」
誰かが持ってきているラジオからは突如として謎の巨人が出現し、ガンダムがこれを迎撃しているという報が流れていたが喧噪のせいでまどかの耳には入らなかった。
？？？
『うーん、ちょっと難しいかな？』
が、この人物の声は何故か鮮明に聞こえた。
まどか
「っ、誰？」
球磨川
『初めまして、鹿目まどかちゃん。僕は見滝原学院高校-十三組の、球磨川禊。君や魔法少女のことはあるルートを通じて知ってるから怪しむ必要はないよ』
学ランを着込んだ少年、球磨川はまどかの隣に立った。
まどか
「……どういう意味なんですか？ 難しいって」
球磨川
『まず、彼らが戦っている相手はワルプルギスの夜って魔女と、仮面ライダーコア、更にコアミラーを取り込んだデビルガンダムが融合した化け物だ。その上、ソイツはインキュベーターと融合してる。……この意味がわかるかい？』
まどか
「インキュベーターと？ つまりそれって、絶対に倒すことができないってことですか!?」
球磨川
『そ。まあそれくらいで彼らが諦める訳はないだろうけど、倒しても倒しても蘇る上にミラーモンスターを無限に生み出すから消耗戦になっていつかは負けるだろうね』
まどか
「そんな……何とかしないと！ でも、どうすれば……」
球磨川
『大丈夫さ』
まどかと目線を合わせ、球磨川はこう言った。
球磨川
『僕に考えがある。君がそれを手伝ってくれれば、奴を倒す糸口に繋がるよ』
確信を持った口調に、まどかは自然と頷いた。
一誠
「はぁ……はぁ……！ くっそ……痛みどころか恐怖も感じてねぇのか……！」
一方、デビルインキュベーターと戦っている方は全員が疲弊していた。相手は真・女王に変化した一誠の全力やWとオーズの必殺技の連発、急所を的確に突いた明久の攻撃、ガンダムと魔法少女同士の連携や一撃必殺による破壊、更にはリアスの最強技である
Dインキュベーター
「僕が死ぬ痛みを味わう筈ないだろう？ 僕は不死身で、何度でも蘇るんだから」
杏子
「わかってたけど、んなのありかよ……！」
アーシア
「このままじゃ、いずれは回復も追いつかなくなって来るかもしれません……！」
ゾルダ
「ってか、こっちもこっちで凄い数だが！」
王蛇
「そろそろ腹が膨れて食えなくなってきただと？ 悪いが、多少は無理してもらうぞ！」
ミラーモンスターと戦っている方も、押され始めていた。
明久
「雄二、何か作戦とかないの!?」
雄二
「ダメだ……逆転の発想が思いつかねぇ!!」
ドモン
「くっ、機体が軋み出しただと……！」
刹那
「未完成の状態で無理をさせすぎたのが祟ったか……！」
マミ
「ここまでなの……!?」
さやか
「嫌だ！ こんなところで、まだ人生の半分も楽しんでないのに死ぬなんて!!」
ほむら
「でも、状況は最悪よ……万事休すって感じかしら……」
グリーフシードのストックも残り僅かになって来ており、戦意も大きく削がれていた。
しかし―――
？？？
「諸君、諦めるのはまだ早いぞ！」
そこへ、改造した制服（らしきもの）を着込んだショートヘアーの女性が颯爽とやってきた。
リアス
「！ やっと来たのね……遅すぎよ。もう何話だと思ってる訳？」
？？？
「フッ、真の主役は遅れて来るものと相場が決まってるのさ」
彼女の姿を見たリアスは文句を言うと同時に安心感を得て、他の面々は驚愕した表情で見ていた。
一誠
「お、おいあの人は！」
明久
「まさか……いや、間違いない！」
杏子
「アタシも、噂なら聞いたことがあるが、こうして直接会えるなんて……！」
さやか
「でも、退学してから行方知らずって聞いたけど……」
マミ
「どうしてここに……？」
ほむら
「？ 一体誰なの、この人は？」
常にループし続けているほむらはこの世界における一ヶ月以上前のことをほとんど知らないのでそう尋ねた。すると、女性は「あっ」と声を漏らした。
？？？
「私としたことが、自己紹介を忘れていたな。コホン。……私の名前は黒神めだか。元は見滝原学院高校一年十三組に所属していた。今は風の向くまま気の向くままに旅をしているがな」
ドモン
「何っ!? 黒神めだかだと！」
パトリック
「マジかよ！ 実際にお目にかかれるなんて思ってなかったぜ！」
グラハム
「何という偶然、何という幸運であろうか！」
WCJX
「一度会ってみたいと思ってたけど、このタイミングでとは想定してなかったよ」
オーズTJC
（あれ？ 知らないのって、もしかして俺だけ？）
Dインキュベーター
「誰かと思ったら、そうか君か。印象が違ってたんで驚いたよ」
めだか
「全く、随分と歪んだ姿になったな。あの時、リアスと共に契約を断ったのは正解だったようだ」
どうやら、インキュベーターは過去にめだかとリアスと接触し契約を持ちかけていたようだ（魔法少女にならずとも、この２人なら生身で魔女を倒せると思うが）。
Dインキュベーター
「それで、どうするつもりだい？ 戦力の１つとなって僕と戦うとでも？ みんなには言ったけど、僕は不死身だ。決して死ぬことはないんだよ」
めだか
「いや、そうとも限らないぞ。……丁度援軍も到着したようだしな」
そう言って振り返ると、球磨川とまどかが歩いて来ていた。
球磨川
『遅れてごめんね、めだかちゃん』
めだか
「十分間に合ってるよ。では、後は頼んだぞ」
球磨川
『任せといて。それじゃあまどかちゃん。お願い』
まどか
「はい……」
今度はまどか１人で近づいて行く。それが何を意味しているのか、一誠達は気づいて止めようとする。
一誠
「止めろ！ それだけはよせ!!」
明久
「契約はしないって、言ったじゃないか!!」
マミ
「私達はまだ戦えるわ！」
さやか
「やめて！」
杏子
「行くんじゃねぇ、バカ野郎!!」
WCJX
「バカ、行くな！ ほむらの思いを無駄にするのか!?」
オーズTJC
「行っちゃダメだ、まどかちゃん!!」
ほむら
「ダメ、まどか！ やめてっ!!」
まどか
「大丈夫だよ、ほむらちゃん……」
安心させるように微笑んで言うと、まどかはデビルインキュベーターに近づいた。
Dインキュベーター
「ついに契約を決意したようだね。さあ、何を願うんだい？」
まどか
「私の願いは……みんなが戦いのない平和な世界で暮らす為に、貴方を確実に倒すこと」
デビルインキュベーターは一瞬言葉を失い、すぐに笑い出した。
Dインキュベーター
「フ、フフフ……何を言い出すかと思えば、平和に暮らすのはともかく、僕を倒すのは不可能だよ。まあでも、折角願ってくれたんだ。君を魔法少女にしよう」
直後、まどかの姿が魔法少女のものに即座に変化した。そこへ球磨川が近づく。
球磨川
『第一関門は突破したみたいだね』
まどか
「はい。でも、こんな願いでよかったんでしょうか？」
球磨川
『君が心から思うものなら、誰も文句は言わないさ。さてと、それじゃあ手始めに……魔法少女と魔女、ミラーモンスターの繋がりを。後はライダーと契約している以外のミラーモンスターの存在をなかったことに』
球磨川が言うと、たくさんいたミラーモンスターが全て消え去った。
ゾルダ
「消えた……？」
王蛇
「何だこれは？ どういうことだ？」
めだか
「さすがだな、球磨川」
球磨川
『まあね』
Dインキュベーター
「な、何をしたんだ君は!? どうやって魔法少女システムの一部を書き換えた!?」
その言葉に全員が球磨川へと注目する。
球磨川
『僕の現在の能力は
Dインキュベーター
「何だと……！」
球磨川
『それと……ソウルジェムの概念をなかったことに』
次の瞬間、まどか達魔法少女が持つソウルジェムが光と共に弾け、体に浸透していった。
マミ
「これは!?」
杏子
「アンタ、何をしたんだ!?」
球磨川
『ソウルジェムという物体そのものをなくしたんだ。変身能力や魔力こそ残っているものの、君達は何不自由のない普通の人間に戻ったってことさ。……ほとんど不死身という利点がなくなったのは、迷惑だったかな？』
さやか
「いいえ全然！ むしろ感謝します！」
ほむら
「ソウルジェムが無い……誰も、魔女にならくて済む……！」
前代未聞とも言える現象にほむらは涙し、デビルインキュベーターは憤怒していた。
Dインキュベーター
「何てことをしてくれたんだ君は！ このシステムがなければ、宇宙の終焉を防ぐことが―――」
球磨川
「知ったこっちゃないね。そんな遙かな先の話を今から、それも若い命を犠牲にしてまで防ごうとするなんて、神や仏が許しても僕達が許さないよ」
めだか
「球磨川、本音をぶつけるのはいいが忘れているものがあるぞ」
球磨川
『おっといけない。……インキュベーターが不死身だということを、なかったことに。これで君は不死身じゃなくなった。ここで死ねば、本当に終わりだよ』
Dインキュベーター
「っ!? な、何で……！」
めだか
「聞いたなみんな！ 奴は最早不死身じゃない！ 全力をもって、奴を叩き潰せ!!」
『『『……おう（はい）!!』』』
めだかの言葉に、全員が立ち上がり戦闘意欲を高める。
リアス
「それじゃ、残り一発分の
リアスが頭上に魔力を集めていき、発射する。何度か食らってその度に消滅しては復活しているデビルインキュベーターだが、今度は不死身ではないので食らえば確実に死ぬ。
Dインキュベーター
「や、やめろ……やめろぉぉぉぉぉおおおおおおおおおおおおおおおおお!!」
その事実に彼は初めて恐怖し、翼を羽ばたかせ空に逃げようとする。弾の速度が遅いのでこのままでは逃げられるだろう。
ゾルダ
「逃がすか！」
『FINAL VENT』
マミ
「撃ち落とすわ！ パロットラ・マギカ・エドゥ・インフィニータ!!」
ゾルダとマミの全弾発射がデビルインキュベーターを襲う。DG細胞で再生されるとはいえ、今の彼にとっては耐えがたいものであった。
さやか
「その翼、切り落とす！」
杏子
「テメェに天使の羽は似合わねぇ!!」
今度は杏子とさやかが翼を斬りつける。切断はできなかったが、ダメージを受けたことで若干高度が下がった。
ほむら
「これでも食らいなさい！」
特大のバズーカを取り出し、時間停止を使って撃つほむら。しかし寸でのところで見切られ、避けられてしまう。
Dインキュベーター
「ふ、ふふ……甘いね―――」
一誠
「行くぜ、明久！」
明久
「うん！」
Dインキュベーター
「がっ!?」
油断した隙に顔面である部分に何度も打撃を与える一誠と明久。溜まりかねて手やデビルフィンガーで払うが、寸前で回避し逆にデビルフィンガーを破壊して降りる。
刹那
「GNソードビット！ 行け!!」
パトリック
「落ちろぉ!!」
グラハム
「出力最大!!」
ドモン
「でやぁあああああああああ!!」
ダブルオークアンタのGNソードビット、GN-XⅣのGNビームサーベル、ブレイヴのGNビームライフル（最大出力）、ゴッドガンダムの格闘技がデビルインキュベーターを襲い、回復に支障をきたすダメージを与えた。
WCJX
「俺達もやるぞ！」
WCJX
「奴の野望を打ち砕いてやろう」
オーズTJC
「こうなったら、とっておきで！」
オーズはメダルを緑一色にすると、オースキャナーでスキャンした。
『クワガタ！ カマキリ！ バッタ！ ガータ・ガタガタキリッバ！ ガタキリバ!!』
全身が緑色の姿、仮面ライダーオーズ・ガタキリバコンボになると本体含めて８人に分身し、その内７人がメダルをチェンジしスキャンした。
『ライオン！ トラ！ チーター！ ラタラタ・ラトラーター！』
『サイ！ ゴリラ！ ゾウ！ サゴーゾ……サゴーゾ!!』
『タカ！ クジャク！ コンドル！ タ～ジャ～ドル～!!』
『シャチ！ ウナギ！ タコ！ シャ・シャ・シャウタ！ シャ・シャ・シャウタ!!』
『コブラ！ カメ！ ワニ！ ブラカ～ワニ!!』
『スーパータカ！ スーパートラ！ スーパーバッタ！ スー・パー！ タトバ タ・ト・バ!! スーパー!!』
『タカ！ トラ！ バッタ！ タ・ト・バ！ タトバ タ・ト・バ!!』
連続で音声が鳴り響き、今ここに仮面ライダーオーズ・ガタキリバコンボ、仮面ライダーオーズ・ラトラーターコンボ、仮面ライダーオーズ・サゴーゾコンボ、仮面ライダーオーズ・タジャドルコンボ、仮面ライダーオーズ・シャウタコンボ、仮面ライダーオーズ・ブラカワニコンボ、仮面ライダーオーズ・スーパータトバコンボ、仮面ライダーオーズ・タトバコンボが集合した！
オーズ
「「「「「「「「これで決める!!」」」」」」」」
WCJX
「「インキュベーター！ お前の罪を……数えろ!!」」
『『『『『『『『スキャニングチャージ!!』』』』』』』』
『PRISM！ MAXIMUM DRIVE!!』
『『XTREME！ MAXIMUM DRIVE!!』』
８人が同時にスキャニングチャージを発動し、Wは腰のスロットにプリズムメモリを入れてマキシマムドライブを発動し、更にエクストリームのマキシマムドライブを発動させた。
オーズLC・BC・SGC
「「「はぁぁぁぁぁああああああああああああああ!!」」」
まずラトラーターとブラカワニがガッシュクロスとワーニングライドを直撃させ、サゴーゾがサゴーゾインパクトで動きを封じる。
オーズSC・TJC・GC・STC・TC
「「「せいやぁぁぁぁあああああああああああああああああ!!」」」
WCJX
「「ダブルプリズムエクストリーム!!」」
背中へとオクトバニッシュ、プロミネンスドロップ、ガタキリバキック、スーパータトバキック、タトバキック、そしてダブルプリズムエクストリームが次々に当たり、
めだか
「さて、私もやらせてもらおうか！」
髪と瞳から色素を抜き、『廃神モード』に変化するめだか。これは彼女が
めだか
「この状態だと手加減ができなくなるが、貴様が相手なら十分だ！ 黒神ファントム!!」
亜音速での不規則な移動、黒神ファントム（ちゃんとした版）を発動し目にも止まらぬ速さでデビルインキュベーターに殴打しダメージを与えていく。
まどか
「私の願い、果たしてみせる……！」
一誠
「手伝うぜまどかちゃん！」
『BoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoostBoost!!』
『Transfar!!』
まどか
「（っ、力が流れ込んで来る……）はぁっ!!」
そこへ
間髪入れずに必殺技を放ったせいか、デビルインキュベーターはかなりボロボロで死ぬ一歩手前だ。
Dインキュベーター
「……な、中々痛い攻撃じゃないか……まさか僕が、痛みを知ることになるとはね……でもここまでだ。まだ僕は飛べる。逃れるチャンスはいくらでも―――」
『UNITE VENT』
『FINAL VENT』
Dインキュベーター
「……え？」
「いくらでもある」と言おうとしたが、突如として自分が下に引っ張られていることに気づく。見れば、王蛇が召喚したジェノサイダーが小型のブラックホールを作っていた。
王蛇
「悪いが、逃がさんぞ。確実に食われてもらわんとな」
Dインキュベーター
「ブラックホールだと!? バカな！ ならあの弾はどうして、吸い込まれていない!?」
そう。デビルインキュベーターが言うように、
王蛇
「お前、バカか？ あれも一種のブラックホールなんだろ。ブラックホールがブラックホールを吸い込むなんて話があるか」
正確には吸い込む力が強すぎて、ドゥームズデイの吸い込む力や風さえも逆に吸い込んでいるからだが。
Dインキュベーター
「そんな……！ こんなところで、僕が死ぬのか!? ぼ、僕は何としても生き延びてやる！ 生きて、衛星軌道上から全てを破壊し―――」
ドガァァン！
その時、デビルインキュベーターの背中で爆発が起きた。
Dインキュベーター
「な、何だ!?」
驚いて散らばった欠片を見ると、先ほど外れて飛んでいったバズーカの弾であった！
ほむら
「搭載されてる燃料がなくなれば、落下してくるのは当然ね」
Dインキュベーター
「ま、まさか！ 最初から計算の上で……！」
この一瞬！ 平然と話すほむらに気を取られたこの一瞬が！ デビルインキュベーターの、引いては全人類の運命を分けた!!
この時点でデビルインキュベーターと
Dインキュベーター
「しまっ……がああああああああああああああ!?」
Dインキュベーター
「ぼ、僕が死ねば……宇宙の終焉が回避できなく……うわああああああああああああああああああああ!!」
断末魔の叫びを上げ、仮面ライダーデビルインキュベーターはこの世から完全に消滅した。
ほむら
「……アレは計算なんかじゃなくて、ただの偶然。でも、貴方を一泡吹かせるには十分だったようね」
冷静に告げると、ほむらは元の服装に戻る。それにつられて、まどか達や一誠と明久、仮面ライダー達も変身を解除しガンダムパイロット達は機体から降りる。
パトリック
「終わったんだよな……？」
ドモン
「ああ。魔女とインキュベーターを倒し、デビルガンダムも葬った」
映司
「俺達の勝ちだ……！」
翔太郞
「依頼は果たしたぜ……リアス・グレモリー」
リアス
「ええ……本当に、ご苦労様でした」
さやか
「勝った……勝ったんだよ、私達！」
杏子
「っしゃあああああ！ やったぜ!!」
マミ
「これで、本当に終わったのね……」
まどか
「おめでとう……ほむらちゃん」
ほむら
「っ……まどかぁ!!」
現状を理解したほむらが、感極まってまどかに抱きつく。まどかも、彼女を抱き締めていた。
一誠
「でも、魔女そのものは残ってるんだよな？」
明久
「うん。でも新たに生まれることはなくなった筈」
球磨川
『魔女そのものの存在を消すと、これまで魔女になった人物の因果律にまで影響が及んで、歴史がひっくり返る可能性があるからね』
フィリップ
「だから、繋がりだけを消したのか。過去に魔女が出たという出来事を消さない為に」
球磨川
『そういうこと』
グラハム
「何にせよ、我々の任務は完了した。同時に、少女達の平和も勝ち取った」
リアス
「貴女のお蔭よ、めだか。……めだか？」
返事がないことを不審に思って振り向くと、めだかの姿はどこにもなかった。
リアス
「もう行っちゃったのね……少しは家に寄ってもいいのに」
口を尖らせ、友人に対し少し不満を募らせるリアス。しかし、「めだからしい」とも思っていた。
北岡
「とりあえず、帰って休憩しようよ。もうクタクタだし」
浅倉
「おいアーシア。お前の力で疲れを取ってくれ」
アーシア
「え、えっと、ですから私はケガなら治せますけど、スタミナまでは……」
浅倉
「……融通の効かん能力だな」
杏子
「いいじゃないか。疲れは休めば取れるんだし」
さやか
「そうと決まれば、早く帰ろうか」
まどか
「うん！」
ほむら
「ええ」
こうして、長きに渡るほむらの旅路と、インキュベーターとの戦いに決着が着いた。
球磨川さんの能力が大きく役に立ちました。正直なところ、序盤から彼がいたのではすぐにストーリーが終わってしまう（簡単に言えばデウス・エクス・マキナ）ので終盤に登場かつ、能力も最終決戦時のみ使用という限定的な出番にする必要がありました。……その影響で、めだかさんの正式な出番も割を食うことになりましたが。
ちなみに何故球磨川さんがまどかを契約させた上で能力を発動したかと言うと、単純に戦力の追加と、まどかが自分達の思惑から完全に外れたことをインキュベーターに理解させる為です。