＜登場人物一覧＞
ブルート＝エヴォルス・・・人類存続キャラバン団長
クラーケン＝ブロッサム・・・人類存続キャラバン副団長
オミナス＝アルカ・・・パズラーバ王国パズル庁CaSP担当
グリン＝クライス・・・同上
ナナ＝ヴェアード・・・同上
ブラン＝アルカ・・・調査団員。かつてBoxed Upを調査・報告
ノワル＝アルカ・・・同上
イランド＝ハニーア・・・探偵
キサ＝へゴン・・・助手
ニーク＝レキシカ・・・パズル庁職員。かつて四角に切れを調査・報告。物語の語り手
※以上は物語開始時点で主人公が把握している情報にすぎない
＜PBRシリーズのあらすじ＞
ペンシルパズルが多数生息している世界。パズラーバ王国の人々はパズルを解きながら日々平和に暮らしていた。
ところが、人々を脅かす凶悪性のパズルと、それを従える魔王が出現。パズラーバ王国は人類存続キャラバン及び調査団を結成した。調査団がパズルを調査し、その情報を基に人類存続キャラバンが立ち向かう。王国は人々の協力を得て、双子のへやわけといった強敵のパズルたちに挑み、二度に渡って魔王を撃退した。（PBR、PBR2）
約十年後。王国はCaSP（Create and Solve Puzzles）というシステムを構築し、日々安全なパズルを自動生成する体制を構築していた。
しかし、平凡なパズルが増加した事態を憂いた人々が秘密裏にCaSPに高難度パズルを入力したことにより、CaSPが通称〈規格外パズル〉を多数出力し始める事態が発生。パズル庁CaSP担当のオミナス、グリン、ナナの三人がその対処にあたった。（PBR3 Day1~5）
だが、規格外パズルはやがて地上にも出現し始める。
オミナスたちは、街を襲った、十の小隊で構成されているぐんたいありを撃破（PBR3 Day6 Army Ants）。
ブルート＝エヴォルスと合流して人類存続キャラバンを再結成し、ヘイヤ平野に出現した、四つの領域に分かれているへやわけをコロリエの指揮にて撃破（PBR3 Day7 Hey[awake]）。
さらにかつて魔王城があった場所に赴き、魔王の使者が放った変種ハニーアイランドを撃破（PBR3 Day8 Honey Islands）。その際には、事前に捕獲した小型の変種ハニーアイランドを用いた模擬戦のシステムがオミナスによって開発された。
そして人類存続キャラバンは復活した魔王との最終決戦に臨み、見事勝利を掴んだのであった……（PBR3 Day9 ????????）。