シャトルが無事に宇宙へと上がったのを確認をしたマリーダとキラは、アークエンジェルへと帰投をした。
一方でミネルバの方では、あるラボを調べていた。そこはエクスデンデットと呼ばれる人物達の人体実験が行われていた場所、そこには幼い子供の遺体や職員であろう人物たちの遺体などが転がっていた。
そこにガイアガンダムが襲撃をしてきた。インパルス、セイバーの二機はガイアを行動不能にさせた。
だがコクピットにいたのは、以前シンが海へ落下をしておぼれかけたのを助けたステラだった。
彼は急いでミネルバの医務室へと運びこむが、彼女は普通の人間とは違う存在･･････言ってしまえばザフトの医療技術を使っても戻らない可能性が高い。
補給や修理作業が終わったミネルバは基地を発進をして、シンはステラの見舞いを行きながらもダーダネルス海峡での戦いで自身の横を通り過ぎた黒いガンダムから聞いた声のことが頭の中に残っていた。
「あの時の声、プルツーさんだよ･･･な？」
「シン、どうしたんだ？」
「アスランさん･･････あの黒いガンダムのパイロットを知っているのですよね？」
「あぁ、お前が思っている通りで正解だ。あれにはプルツーさんが乗っている。」
「･･･････････････」
アスランの言葉を聞いて、シンは嘘だと思いたい。今度アークエンジェルが現れて黒いガンダムが現れた時、自分は戦えるのだろうか？
そんなことを考えながらシンは廊下を歩いていく。
一方で地球軍とオーブ軍は戦力の補給などを行っていた。そしてミネルバはクレタ沖を通ることも計算されていたので、彼らは迎撃をするため出撃をする。
アークエンジェルは海の中を待機をしていた。またオーブ軍と地球軍がミネルバを攻撃をするために出撃をしたことがわかった。
「ならどうする？私達は動くのか？」
マリーダの言葉にキラはうなづいた。
「行きましょう、彼らの戦闘を僕たちが止めないといけない。」
「そうね。ナタル、発進準備をするわ。」
「了解しました。アークエンジェル発進準備！」
アークエンジェルが海の中で発進準備をしている頃、オーブ軍の船からの砲撃でミネルバは散弾の雨を受けて装甲などにダメージを受けてしまう。
インパルス、セイバー、グフイグナイデットが出撃をして、ザクウォーリア×2とザクファントムはトリスタンの上などに乗り、ミネルバを守るため武器を構える。
「さーて修理されたグフの力！見せてやるぜ！！」
「ミネルバは俺達が守るぞ、シン！ハイネ！」
「了解！やってやるさ！！」
ブラストシルエットを装着をして構えようとした時、海中からアビスが現れて砲撃をしてきた。
「ちぃ！！」
「シン！」
「おっとお前の相手は俺だ！！」
「カオスか、ハイネ！」
「雑魚の相手は俺がする！お前はカオスを！！」
ハイネが搭乗をするグフはビームソードを抜いてウィンダムに切りかかる。セイバーは変形をしてカオスにビームライフルを放ち、相手もビームライフルを放って攻撃をしてきた。
インパルスは背部のブラストシルエットのケルベロスとレール砲を構えて同時に発射をするが、アビスは変形をして海中へと交わした。
「くそ！厄介だ！！」
さらにムラサメ部隊がミネルバに攻撃を仕掛けようとした時、砲撃が放たれてムラサメ部隊は交わすとスノーホワイトが右手に持っているツインバスターライフルを構えて発砲をしていた。
「あれはアークエンジェル！？」
「･････････」
さらにフリーダムガンダム、ストライクルージュ、M１アストレイシュラウク×３、デスサイズヘルカスタム、アルトロンカスタム、エピオンカスタムにウイングガンダム（ＥＷ）が出撃をした。
カガリは再び説得をするためにオーブ軍に戦闘をやめるように指示を出すが、すでにあちらの方ではカガリは偽物と判断をしているため戦闘行為をやめようとしない。
マリーダ達はそれをわかっていたため、戦闘を止めるため武力介入を開始する。
プルツーはコクピットの中でため息をつきながらも右手に装備されているビームサイズを構えてアクティブクロークを展開をして突撃をする。
ダガーＬは持っているビームカービンを放つが、デスサイズヘルカスタムはその攻撃を受けながらも持っているビームサイズを振り下ろした。
「ぎゃああああああああああああああ！！」
後ろの方を振り返り回しながら切り裂いて撃破していった。インパルスはデスサイズヘルカスタムの姿を見て動揺をしてしまう。
「おらああああああああああああ！！」
「！！」
アビスがビームランスを構えてきた。インパルスもビームジャベリンを使いガードをする。
スノーホワイトは左手のシェキナーを使いモビルスーツ部隊に砲撃をするとセイバーが接近をしてビームサーベルを抜いて切りかかってきた。
シェキナーを使いガードをする。
『マリーダ！』
「アスランか･･････」
セイバーの攻撃をはじかせて、マリーダは腰のクスフィアスレール砲を放ち攻撃をする。
セイバーは盾でガードをした後に接近をして振り下ろしてきたが、フリーダムが盾でガードをする。
『マリーダ、大丈夫？』
「すまないキラ。」
セイバーの攻撃をはじかせてフリーダムとセイバーはお互いににらみ合うかのように立っていた。
スノーホワイトはその場を静止をしており、フリーダムとセイバーはお互いに接近をしてサーベルを抜いてお互いのシールドでガードをする。
マリーダは何かを感じて、二機に突撃をしてフリーダムはシールドを捨ててラケルタビームサーベルを抜いて切りかかろうとしたが、スノーホワイトが前に現れたので咄嗟に別方角へ振り下ろした。
セイバーの方も驚いてストップをする。
「二人ともそこまでだ、親友同士が戦ってどうする気だ。またあの時の悲劇をお前達は起こすつもりか！！」
『『････････････』』
一方でインパルスはブラストシルエットを解除をして、アビスが放った攻撃を当てるとそのまま持っているビームジャベリンを投げて命中させた。
海中ではそれを待っていたかのように回収されて行くアビスガンダム、その白き翼を持った機体は海中にてそのまま移動をしていく。
インパルスは浮上をしてフォースシルエットに換装をしてＭ１アストレイなどを撃破していく。
アークエンジェルの方にも攻撃が来たが、トールが搭乗をするウイングガンダム（ＥＷ）とＭ１アストレイ達が奮闘をしてミサイルなどを破壊していた。
カオスガンダムが静止をしている三機に突撃をしてきたが、シェキナーを一度外したスノーホワイトの二刀流がカオスの両手、機動ポット、両足を切断させた。
「ば、馬鹿なああああああああああ！！」
墜落をするカオスを見た後、スノーホワイトは反転をしてハイマットフルバーストを放ちミネルバを狙っているモビルスーツ部隊を撃破していく。
インパルスガンダムはフォースシルエットからソードシルエットへと換装をしてオーブの船を切り裂いていく。
彼は怒りながらも、オーブの船を切り裂いていきながら、背部のフラッシュエッジをムラサメ部隊に投げつけて撃破していく。
燃えていくオーブの船、ソードインパルスは着地をしてブリッジの方を見る。そこには一人の男性が立っておりインパルスは持っているエクスカリバーを振り下ろそうとしたが、男性の顔を見てシンは目を見開いていた。
それはオーブから避難をする際に妹と共に軍人の人に声をかけられてプラントへ行くといいと言われた人がブリッジに立っている。
「な、なんで･･････どうして！？」
インパルスは持っているエクスカリバーを降ろしてしまう。彼は通信でブリッジに連絡をする。
『そこから脱出をしてくれ！俺は･･･アンタを撃ちたくない！！』
「その声･･････そうか、あの時の少年がザフトの･･････」
だが爆発が激しくなっており、すでにトダカは脱出をすることができない状態になっていた。
「少年･･････私は君に討たれるなら本望だ。もうすでに脱出をするための場所はない･･････だからこそ君が私を撃つんだ！」
「うううああああああああああああああああああああああああああああああああああああああああ！！」
シンは涙を流しながら、ソードインパルスのエクスカリバーで切り裂いた。船は爆発をしてオーブ軍は一部はアークエンジェルに保護されており、一部はユウナを乗せてオーブへと帰国。
地球軍もこれ以上は不利だと中破したカオスを回収をして、アークエンジェルも収納をしたのを確認をして戦線を離脱をする。
ミネルバは損傷をした部分を治すため、一旦基地の方へと帰投をすることにした。インパルスは帰投をしたがシンは無言で降りてきた。
「あらシン、元気がないわよ？」
「悪い･･････ちょっとだけ一人にさせてくれ。」
そういって彼はパイロットスーツを脱いだ後制服に着替えて自身のベットに倒れこんで涙を流す。
次回 アークエンジェルの方へ白い翼を持った機体ウイングガンダムゼロカスタムが着艦をする。
パイロットが誰なのか自分たちは知らないので待っていると一人の人物が降りてきた。
次回「ウイングガンダムゼロカスタムのパイロット」