西暦2013年1月5日、全てはここから始まった。
世界各国の商船の行方が不明となる事件が発生。
1月7日、行方不明になっていた商船の沈んだ残骸が発見それると同時に商船の船員が救助される。救助された乗組員に何ぜ故船が沈んだのか聞くと「黒い何かが我々を攻撃してきた」と証言している。その証言は他の船から生き残った船員からも似たような事を発言していた。
1月18日、世界各国はこの自体に対処すべく商船の出港を一時的に禁止した。
2月4日、アメリカのパールハーバー軍港、日本の横須賀軍港、イギリスのポーツマス軍港などが同時に奇襲攻撃を受けた。この攻撃によりパールハーバー、横須賀、ポーツマス、その他の軍港に停泊していた軍艦、護衛艦などは、撃沈、大破またわ中破だった、この攻撃により打撃を受けた世界各国は、謎の敵に対して武力行使に出ることとなる。
2月10日、世界各国は偵察機や奇襲攻撃時の映像解析などで敵がなんなのかを調べていた。奇襲攻撃時の映像や偵察機の情報などで調べると敵は黒い敵だとわかった。この情報はすぐに世界各国の国民に知らされた。そして世界各国の制服は世界同時商船行方不明事件と慣例線があるのでわないかと調査中である。
2月12日、アメリカ海軍が黒い謎の敵がミッドウェー海域にて集結中である事を偵察衛星にて確認敵の数はおよそ100であると確認された。
2月14日アメリカ海軍はパールハーバーに艦隊を集結させ黒い敵に対して攻撃を行おうとするがレーダーに映らないステルス性を持っており、なおかつ敵は人間サイズであると確認されたその為、航空攻撃はおろか艦隊で直接叩こうとするが敵人間サイズであるため、こちらの攻撃は当たらない、さらに最悪な事にこちらの攻撃が当たったとしても、効果は一切無かったという。その為敵がこちらに近ずき、一方的に艦隊はやられ撤退を余儀なくされた。この敗北は世界を驚かせた。
2月16日、世界各国の海域で頻繁に黒い敵が出てくる用になりどんどん制海権が失われつつあった。
2月20日、日本の深海調査チームが深海をドローンで撮影中、世界を帯びかせていた黒い敵がドローンのカメラに収まり、この映像を公開したことにより、黒い謎の敵は深海棲艦と呼ばれる用になった。
2月25日、日本が生きたままの深海棲艦の捕獲に偶然成功し、防衛省に引き取られ解剖などが行われた。後に捕獲した深海棲艦はイ級と呼ばれる用になる。
2月29日、解剖の結果、この深海棲艦は口に5インチ砲を搭載しており、何故ステルス性や、我々の攻撃が効かないのかは調査中である。
3月14日、深海棲艦がインドネシア、ミッドウェー島に上陸、島民を捕まえ深海棲艦の収容所に入れられている事が衛星などでわかった。
3月16日、日本の防衛省が何故我々の攻撃が効かないのかについて謎がわかった。それは深海棲艦に新しい物質が見つかるそれはSB物質と呼ばれる用になる。
3月29日、深海棲艦が沖大東島近海で集結中である事が衛星でわかる。集結最中なのか数は今現在増大中である。
4月3日、深海棲艦は沖大東島近海での数が150にまで増え進行を開始、最初の攻撃目標はだと判明した。沖縄の自衛隊基地、米軍基地だと判明した。その為日本政府は琉球諸島にいる国民を避難する様呼びかけた。
4月5日、深海棲艦が沖縄に上陸、米軍と合同で深海棲艦の足止めをしていた。第一防衛ラインは陥落した。
4月月7日、中国が日本とアメリカが深海棲艦に夢中になってる隙をついて台湾、尖閣諸島に進行する。
4月15日、台湾が中国軍によって陥落、したが尖閣諸島はとゆうと未確認の深海棲艦が尖閣諸島に攻め込んだ中国海軍を全滅させた。
4月17、沖縄の第二防衛ラインが陥落、米軍は撤退命令が出た。
4月20日、沖縄最終防衛ラインが陥落し、沖縄は深海棲艦の手に渡った。
4月23日、佐世保に進行進行しようとする深海棲艦に対して海上自衛隊は今ある戦力を全力で使い深海棲艦に対抗しようと佐世保近海で戦闘をしていた。敵が小さすぎてたまは当たらない当たったとしても効果はない、だが少しの時間稼ぎにはなると奮闘していたもとに救世主が現れた。通常兵器では倒せないはずの深海棲艦がことごとく沈んでいく。我々人類の目の前に現れたのは大東亜戦争で戦った艦船の魂を持つ少女達が現れ深海棲艦を次々と沈めていく。その姿はまるで悪霊を退治する巫女のようだと語られる。そして人類と艦娘の初めてのコンタクトだった。