本作の主人公（主人国？）の日本の説明と各話で注釈説明した用語等の説明集です。こちらも物語の進行に伴い、適宜追記していきます。
・ 日本国
地球に存在した頃は、東アジアの極東と呼ばれる地域に存在した島国であり、本作の主人公（主人国？）。現実世界同様、首都は東京都。
1954年の第一次ゴジラ事変から何度も特殊生物と対峙してきたため、軍事力や技術力は現実世界の日本国を大きく上回るが、様々な都市が特殊生物の被害を受けてきたこともあり、転移直前の2015年における総人口は約1億3千万人、経済力は世界第3位と現実世界とほぼ同じとなっている。
国土は現実世界とほぼ変わらないが、領土問題がほぼないことが大きく異なる。
北方領土については、1956年の日ソ共同宣言発効時に歯舞群島と色丹島が、1984年の第二次ゴジラ事変におけるソビエト連邦の核ミサイル誤射に対して、国後島が返還された。択捉島については、生まれ故郷であるベーリング海のアドノア島で眠りについた三代目ゴジラこと元ゴジラジュニアの監視と研究のため、国連G対策センターやGフォースをはじめとした各種国際機関の支社や観測所が置かれた所属国のない、国際管理地域とされた。
上記のこともあり、ソビエト連邦の崩壊後は継承国であるロシア連邦とも友好関係を深めており、国連G対策センターにおいてMOGERAを共同開発するなど親密な関係にあった。
ちなみにアメリカ合衆国とも現実世界同様、緊密な同盟関係にあり、国連G対策センターにおいてスーパーメカゴジラを共同開発するなど積極的な技術交流が行われていた。
尖閣諸島については、世界第2位の経済国となった中華人民共和国が時たまちょっかいを仕掛けてくるものの、軍事力や技術力が現実世界の日本国を大きく上回るためか、尖閣諸島中国漁船衝突のような派手な動きは見せていない。
・ 宇宙ステーションきぼう（初登場：002）
地球にあった頃は、観測や実験、重水素ヘリウム3ペレットなどの燃料や超耐熱合金NT-1Sなどの特殊素材の製造などを行う目的で、高度400km付近の低軌道帯にて建造された有人宇宙施設。日本が出資やメカキングギドラから得られた反重力システムや重力制御を用いて建造し、日本人が主に滞在して管理していたためか、日本国と合わせて別惑星に転移した。
上述の通り、観測機器は主に低軌道での運用をベースとしていたため、転移の影響で静止軌道に移動してしまった転移直後の時点では、不鮮明で荒い画像撮影程度しか不可能となっている。
ロウリア王国事変中も、可能な限り転移後惑星の観測を行いながら、低軌道帯での運用が可能になるよう調整が続けられていた。しかし転移後の惑星には未知の点が多く、万が一、衛星攻撃兵器を有した国があれば低軌道上での周回は危険なため、このままロデニウス大陸近くの赤道軌道（静止軌道）上で運用していく方針に変更され、観測機器等の改修を進められている。ロウリア事変後には、特殊燃料や素材製造も再開されている。
・ 対特殊生物に関する相互協力条約（初登場：007）
特殊生物やそれを利用したテロ行為によって被害を受けたとき、締結国同士で協力して対処するという条約。 元々は特殊生物に対して相互防衛協力を行う内容であったが、89年のビオランテ事変において、サラジア共和国やバイオメジャーによる二代目ゴジラを利用したテロを踏まえ、本内容に改正された。
転移した本惑星もワイバーンなどの特殊生物が多数確認されたため、クワトイネ公国やクイラ王国などの友好国と締結を行っている。
・ 警視庁 特殊部隊 SUMP（初登場：021）
出典 ： ゴジラVSデストロイア
1989年のビオランテ事変における、サラジア共和国やバイオメジャーによる二代目ゴジラを利用したテロ、さらには1995年のスペースゴジラ事変における、サイコトロニックジェネレーターを悪用したゴジラの生体兵器化計画などの事件を踏まえ、特殊生物に関連した犯罪に対応するために組織された特殊部隊。
1996年のデストロイア事変において初投入され、臨海副都心でデストロイア幼体群と交戦した。デストロイア幼体のミクロオキシゲン攻撃により、隊員の多くが殉職する大きな被害を受けたため、現在ではアサルトライフルや火炎放射器、ロケットランチャーと言った従来の銃火器に加え、自衛隊やGフォース協力のもと、メーサーライフルも装備している。
・ 特殊生物研究本部（初登場：029）
出典 ： ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS（2003年）
（スタッフクレジット後のエピローグに一瞬登場）
防衛省の管轄下にある機関であり、日本国に4か所存在するバイオセーフティーレベル4（BSL-4）施設の１つである。『特殊生物』の生理学研究に特化しており、地下最深部にあるA2貯蔵庫には、非常に危険な特殊生物たちの細胞やDNAなどの検体が厳重に保管されている。例えば二代目ゴジラや三代目ゴジラこと元ゴジラジュニア、ビオランテなどのG細胞を有した怪獣、スペースゴジラやグランドギドラなどの宇宙から飛来した怪獣などなど、普通の施設では絶対に扱えないような代物ばかりである。同じくつくば市にある国連G対策センターや傘下のG研究所などと共同で研究、検証することも多い。
・ 特テ国（特殊生物を用いたテロ主導国家）
1963年の『ムウ事変』において、巨大な海竜の特殊生物『マンダ』を使役し、全世界に大きな被害を与えた『ムウ帝国』に対し、国連で最初に指定された。
特殊生物を自国の利益やテロ目的で使役するような行為を国家が主導しており、超危険国家として判断された場合に指定・明確化される。
『特テ国』に指定されると、『対特殊生物に関する相互協力条約』を締結した全国家から『敵性国家』として認定され、特殊生物駆除のために『Gフォース』戦力が出撃することさえある。
この世界に転移後、多種多様な特殊生物を生物兵器として使役し、特殊生物を用いた虐殺行為を平然と行うパーパルディア皇国に対しても指定された。