（ここまでのあらすじ1/4:10年の封印を解かれて現代に蘇った少女ニンジャスレイヤー＝ミフデ・シュノンは、ボーイフレンドのスズリガ・タグルと再開した。しかしスズリガもニンジャ・ワイヤープラーとなっていた）
（ここまでのあらすじ2/4:ワイヤープラーの仕事仲間でハッカーの老婆・チェミはザイバツに裏切られ、拷問される。ワイヤープラーとニンジャスレイヤーは彼女を救出するも、その過程でワイヤープラーは致命的な毒に侵されてしまった）
（ここまでのあらすじ3/4:ニンジャスレイヤーは解毒剤を手に入れるため、チェミらの協力を得てヨロシサン製薬の施設に潜入する。しかし同じように潜入を画策していた旧オナタカミ社残党の計略により、ニンジャスレイヤーの潜入はヨロシサンに露見してしまう）
（ここまでのあらすじ4/4:ニンジャスレイヤーはヨロシサンの警備部隊を蹴散らし、目的の製薬マシーンの下へ向かう。到着直前にヨロシサンのバイオニンジャ・ボーンブレードがアンブッシュしてきたが、見切ってカウンターを入れた。ニンジャたちは対面する。イクサが始まる！）
【ニンジャスレイヤー陣営】
目的:ビルの40階にある製薬マシーン「ベンテン」を使って解毒剤を手に入れること
①ニンジャスレイヤー
ナラク・ニンジャソウルを宿す復讐者。30階まで潜入し、その時点でヨロシサン側に潜入がバレてしまったが、そこから40階まで強行突破した。今は44階にいる。
②チェミ
非ニンジャ。ヤバイ級ハッカーの老婆。ビル外から支援している。
③ハンザワ
非ニンジャ。グレーターヤクザ。ビル外から支援している。
【ヨロシサン陣営】
目的:他の陣営をビルから駆逐すること
①ボーンブレード
ヨロシサンのバイオニンジャ。モータルを殺してパワーアップするジツを持つ。自分の骨のカタナでイアイドーして戦う。40階にいるニンジャスレイヤーに44階から長距離イアイドーアンブッシュを仕掛けたが見切られ、カウンターで右目を破壊された。
②ヤクシマル
非ニンジャ。ボーンブレードの上司。46階の支社長室にいる。
【オナタカミ陣営】
目的:ヨロシサンに奪われたUNIXを回収すること等
①タカミヤ・スゲン
非ニンジャ。旧オナタカミ経営者一族の生き残り。パワードスーツと二丁拳銃でニンジャと戦う。1階を制圧し、そこから地下へ向かっている。
②オナタカミのハッカー
非ニンジャ。スゲンの部下。ヤバイ級ハッカー。ビル外から支援している。