通常版
ニンジャ名鑑#0001 【ニンジャスレイヤー】
女子中学生ミフデ・シュノンが邪悪なるナラク・ニンジャソウルの憑依を受けて復讐者ニンジャスレイヤーとなった。10年の冷凍封印を経て復活し、家族の仇であるザイバツとのイクサを再開する。
ニンジャ名鑑#0002 【ワイヤープラー】
フリーランスの傭兵ニンジャ。本名スズリガ・タグル。ザイバツに追われる身となり、
ニンジャスレイヤーと共闘する。ジョルリ・ジツの使い手で、ステルスニンジャ装束やガスマスクメンポのような特殊装備も用いる。
ニンジャ名鑑#0003 【チェミ】
非ニンジャ。ヤバイ級ハッカーの老婆。ワイヤープラーとコンビを組んでフリーランスとして働いていたが、ザイバツに裏切られ拷問されて失明。自分自身のプライドを賭けて復讐を誓う。
ニンジャ名鑑#0004 【ハンザワ・ディンガク】
非ニンジャ。モーレツ・ブルフロッグ・ヤクザクランのグレーターヤクザ。ザイバツに裏切られて部下を殺されたため、ニンジャスレイヤーたちと組んでザイバツと戦う。
ニンジャ名鑑#0005 【ブッシュレンジャー】
ザイバツのアデプトニンジャ。ニンジャ野伏力に長け、主に生物の追跡任務を請け負っていた。フックロープを強化して敵を絡めとるコソク・ジツの使い手。
ニンジャ名鑑#0006 【シウンテイパー】
サンナスビ・テンプルのアーチボンズで、ニンジャ。悪夢を見せる毒ガスを放つジツを悪用して信者と寄付を集めている。切り札として、巨大なバクめいた怪物に変身するヘンゲヨーカイ・ジツも持つ。
ニンジャ名鑑#0007 【ディグマン】
サンナスビ・テンプルのグレーターボンズで、ニンジャ。シウンテイパーの部下。サイバネの両腕をドリルめいて変形・高速回転させることで、強力なチョップ突きを放つことができる。
ニンジャ名鑑#0008 【ハーデンベルギア】
ザイバツのマスターニンジャ。10年前のマルノウチ抗争を戦い抜いたベテランで、グランドマスター・ルストレスの部下。
堅実なるマメ・カラテの使い手であるほか、抗争で失った右半身をサイバネ置換しており、右腕にパイルバンカーめいたパンチ強化機構を持つ。
ニンジャ名鑑#0009 【トキシー】
ザイバツの女アデプトニンジャ。ハーデンベルギアの部下で、ザイバツの暗黒ニンジャアイドルユニット「クルマザキ・クイーンズ」のメンバーの1人。
言動は奇妙だがカラテは強く、強力なドク・ジツとフドウカナシバリ・ジツも有する。
ニンジャ名鑑#0010 【クィントゥス】
モーレツ・ブルフロッグ・ヤクザクランのニンジャ。モータルネームはササキ・ツルヨシで、ニンジャになる前からハンザワの舎弟。古代ローマカラテの使い手。
ニンジャ名鑑#0011 【タカミヤ・スゲン】
非ニンジャ。5年前に解体された暗黒メガコーポ・オナタカミ社の経営者一族の御曹司。解体のきっかけとなった事故で父を喪ったが、妹とともにひそかに生き延びた。
解体を画策したザイバツやオムラ、ヨロシサンを憎み、ヤマブシめいたパワードスーツと二丁拳銃で戦う。
ニンジャ名鑑#0012 【ボーンブレード】
ヨロシサン製薬のバイオニンジャ。死者の怨念めいたエネルギーで自分の骨を強化するジツの使い手。
バイオ手術で左腕の骨をカタナ型に改造しており、ジツと組み合わせて用いることであらゆるものを切断できる。感覚もバイオ手術で強化されているほか、スリケンも上手い。
ニンジャ名鑑#0013 【ハヌマーン】
ザイバツのアデプトニンジャ。サンファイヤーの部下。ダガーナイフで戦うほか、ライフリターン・ブンシン・ジツにより自分の髪の毛からブンシンを作り出すことができる。
ニンジャ名鑑#0014 【エスカルゴ】
ザイバツのアデプトニンジャ。サンファイヤーの部下。バイオカタツムリの使役に長け、警察犬めいて敵を追跡させたり、敵の体に這わせて拷問したりする。女性をカタツムリで拷問する様子をフィルムカメラで撮影する奇癖がある。
ニンジャ名鑑#0015 【サンファイヤー】
ザイバツのアデプトニンジャ。小部隊の指揮官で、優秀でない部下2人の扱いに苦慮している。
ニンジャになる以前からグラディウス・ドーを得意とする。グラディウスから炎を放つカトン・ジツ、熱光線で広範囲を焼き払うフラッシュオーバー・ジツを持つ。
ニンジャ名鑑#0016 【アイボリーカラス】
ザイバツのマスターニンジャ。ルストレスの部下で、精鋭4人組「ザイバツ・シテンノ」のうちの1人。命令に忠実で冷酷な、殺人マシーンじみた性格。
妖刀ベッピンを持ち、イアイドーで戦うほか、カタナに封印されたナラク・ニンジャソウルの力の一部を操る。ヒサツ・ワザは黒炎で8体のブンシンを作って時間差で斬りつける多重イアイドー。
ニンジャ名鑑#0017 【ミーター】
ザイバツのアデプトニンジャ。アイボリーカラスの部下。物体からそれ自体に記録された情報やその周囲で過去に起こった出来事の情報を読み取るサイコメトリー・ジツの使い手で、追跡に長ける。
ニンジャ名鑑#0018 【グレイシャス】
ザイバツの女マスターニンジャ。ヘクターの部下。ボックス・カラテのタツジンであり、足技やスリケンもよく鍛えているほか、組織の訓練施設でライフリターン・ジツも習得している。
ニンジャ名鑑#0019 【イリジスタブル】
ザイバツのアプレンティスニンジャ。グレイシャスの部下。試作マグネ・ジツの使い手で、2枚のマンホールめいた金属円盤を念動力めいて操る。
ニンジャ名鑑#0020 【マザーワスプ】
ザイバツのアデプトニンジャ。ラプンツェルの部下。武装ドローンを同時に何機も操作して情報支援・火力支援を行う。エンハンスド・ドローン・ジツでドローン操作の速度・精度を上げたり、ドローンの電磁バリアー機能を強化したりしている。