「覚醒」：主人公が轢き逃げ事故に巻き込まれ、「オルフェノク」と呼ばれる人類の進化体に覚醒し、「スマートブレイン」所属の「スマートレディ」に出会う。
「教育係」、「実地研修」：「スティングレイ・オルフェノク」から主人公がオルフェノクについて学び、「使徒再生」と呼ばれる方法で他者を覚醒させることができることを知った。
「初めての実戦」：主人公がオルフェノクとしての能力を試され、一人を首尾良く覚醒させることに成功する。
「闇討ち」：、主人公がスマートブレインの現社長・村上に会い、特殊な仕事ができるようになる可能性を示された。また、ラッキークローバーの一員に出会ってしまった。
「ハエトリグサ」：主人公がオルフェノクの青年・山上隼人に出会う。彼は「フライトラップ・オルフェノク」として変身できることを明かし、「ラッキークローバー」について語った。
「害虫駆除指令」：主人公と山上が廃工場で排除対象である泉理奈と出会い、彼女を排除することを命令された。
「猛獣乱入」：主人公が廃工場で泉理奈「ブラックウィドゥ・オルフェノク」と戦っている最中、彼女の仲間であるライノ・オルフェノクが現れ、これと戦い勝利。
「突進態の猛攻」：主人公が引き続きブラックウィドゥ・オルフェノクと戦う。彼女は巨大な蜘蛛のような形状──突進態に変わり、主人公を攻撃。しかし、主人公は飛翔態に進化し、ブラックウィドゥ・オルフェノクを倒した。土壇場で飛翔態に目覚めたのは幸運でしたが、かなり体力を消耗することが分かった。
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☆ケツァルコアトルス・オルフェノク
主人公。オリジナルのオルフェノク。武器は二丁の銃で、基本的にはこの銃から放つエネルギー弾を心臓に撃ち込むことで『使徒再生』を行うが、クチバシを突き立てることでもエネルギー注入は可能。
大型翼竜型オルフェノク 両腕を翼に変えて空を飛ぶ、『飛翔態』に変身可能。
スティングレイ・オルフェノク
新人オルフェノクの指導を担当している。
赤鱏型オルフェノク。毒針を射出し動きを麻痺させる。
フライトラップ・オルフェノク
捕虫器官（ハエトリグサのもの）型の触手が武器。
蠅捕草型オルフェノク
ブラックウィドゥ・オルフェノク
スマートブレインに追われている、オリジナルのオルフェノク。
黒後家蜘蛛型オルフェノク 下半身が巨大な蜘蛛となった『突進態』にも変身可能。
ライノ・オルフェノク
ブラックウィドゥ・オルフェノクに匿われていた、穏健派のオルフェノク。
犀型オルフェノク。