－－作戦最終段階『汎用人型決戦兵器EVANGELIONによる殲滅攻撃』
「マヤ、そっちはどう？」
現在、マニラ基地で、弐号機の起動作業をしている自分の部下に通信を送る。
リツコとミサトは、まだ『オーバー・ザ・レインボー』内CICに居た。統合軍のネットワークを使って指揮をするらしい。
『はい、先輩。弐号機のS2機関起動作業が終了して、アスカが搭乗。シンクロ率92%で起動しました』
「え、もう？じゃあ、アスカに繋げる？」
モニタのマヤが消え、代わりにエントリープラグ内のアスカが映し出される。自身のイメージカラーでもある赤色のプラグスーツを着たアスカは、はちきれんばかりの笑顔だった。
『ねぇねぇ！リツコ！ミサト！使徒は、まだなのー！』
「な、なんで、そんなにテンション高いのよ……」
『なに言ってんのよミサト！戦いは始まってるんでしょう？ここで燃えずに何時燃えるってのよ！』
「うっ、どうしちゃったのかしら。アスカ……」
「久しぶりにEVAに乗れて嬉しいんじゃないの？」
EVA弐号機と、同じく起動させたEVA零号機は、新マニラ港に到着した。
元々、マニラ首都圏は海抜30m以下の低湿地帯であった沼地を都市開発した所だ。そのため旧マニラ市の方は低く水につかりやすい。それが、セカンドインパクト時の海面上昇により水没してしまった。
このような光景は世界中に存在する。日本の旧東京もそうだった。大きく変化した海岸線。浅い所では、旧市街の建物がまだ残っている。
使徒群は、その上を飛行してきた。姿が肉眼で確認できる。大型のライフルを構える零号機のレイ。ちょっと腰が引き気味だ。
『ううぅ気持ち悪いよ～、あのヌメっとした感じとか～畳んでる虫みたいな足とか～』
『なに言ってんのよレイ！だからこそ殲滅あるのみ！ミサト！もういいでしょ！』
「まだよ、A.T.フィールドを中和するには、ちょっと遠いわ」
『ねぇお兄ちゃん。なんかアスカ、性格変わってない？』
ドン引きしているレイが、初号機に搭乗しているシンジに話掛ける。
『アスカって、悲鳴を上げながらでも、丸めた新聞紙でゴキブリを叩き潰すからなぁ……』
『げ、やめて。想像しちゃいそう……』
『シンジうるさい！アンタは、初号機を起動させるのに集中しろ！』
EVA初号機は統合軍基地に居た。一応シンジが搭乗して起動を試みているが、もう遅いかもしれない。
CICのミサトが、タイミングを見計らいながら攻撃開始をカウントダウンする。
「まだよ、まだよ……10……５……２、１、攻撃開始！！」
『Gehen Wir!!!』
弐号機の構えるバズーカが火を噴いた。
少し遅れて零号機もライフルを撃ち始める。統合軍が、今まで散々苦労したA.T.フィールドをいともあっさり突き抜け、使徒本体に着弾する。早くも先頭の使徒のコアに命中したようで落下を始めていた。
いきなり臨時発令所にさせられた『オーバー・ザ・レインボー』内CICの人達は、ミサト達の会話を聞いて（本当にこいつら大丈夫なのか？？）と思っていたが、さすがにこの光景をみると歓声を上げた。
しかし、EVAが次々と正確にコアに命中させ、２つ、３つと落としていくのを見ていると、あまりの圧倒的な状況に声がなくなってくる。
やられっぱなしだった使徒が動きを見せた。触手のようなものを伸ばし高速で振り回し始める。触手は、高速度カメラにも捕らえられないほどスピードを増していて、先端は音速を遥かに超えているだろう。EVAからの攻撃を完全に防いでいた。
『ちッ！レイ！援護して！！』
『うん！』
EVA零号機は、ライフルの弾倉を取り替え、速射し始める。弐号機はバズーカを捨て、そばに置いてあったEVAサイズの薙刀『ソニックグレイブ』を取り、沖に向けて飛んだ。
「「「「おお！」」」」
驚きの声を挙げるCICの統合軍士官達。
弐号機は所々にある鉄塔やビルの屋上へと、八艘飛びをみせた。使徒群の直下に到達すると、大きく飛びあがる。使徒一体に対してソニックグレイブを一閃、コアごと切り捨てた。
着地は、細い鉄塔の上。フラミンゴの様に片足で立つ。鳥が止まるが如く重さは全然感じさせない。すぐさま触手による反撃があるが、切り裂いたのは鉄塔だけ。
弐号機は再び飛ぶ。体を反らせ、捻りを加えながら伸身の一回転。その間に、また一体の使徒を真っ二つにする。
弐号機の動きは、まるで舞を踊っているようだった。
人間のような。いや人間の動きを超えたEVAの機動に、再び声を失うCICの面々。
「これが、汎用人型決戦兵器EVANGELION……」
士官の呟きが全てを物語る。
当初１８体いた使徒も、既に半分以下にまで減っていた。また、一体が弐号機に倒される。
突然、群れの最後尾に居た一番大きい使徒が、猛然と速度を上げ、海岸線の零号機へ向かって行った。
『！？キャア！！！』
零号機は使徒の二本の触手で攻撃されたが、ライフルをバラバラにされただけで、無傷だった。使徒は、そのまま海岸線を抜け市街地の方へ飛んでいく。
「アスカ！あの使徒を追って！レイ！新しいライフル受け取って他の使徒を牽制して！」
矢継ぎ早に指示を出すミサト。既に避難命令は出ているが、なるべく市街地に被害が及ばないようにする必要がある。
弐号機が全力で追いかけるがなかなか追いつけない。
（この方向は、統合軍基地？まさか初号機目当て？）
アスカが思案に暮れていると、突然、使徒が停止してこちらを向いた。体を折り曲げ、触手を伸ばす。
弐号機は急に止まれない。
バランスを崩したところへ触手が足に絡み、投げ飛ばされる。
－－初号機エントリープラグ内
『キャーーー！！』
弐号機からアスカの悲鳴が聞こえてきた。
初号機は、未だ起動していない。準備は出来ているが肝心のシンジがシンクロできていなかった。気が焦るばかりだ。
「マヤさん！もう一度お願いします！」
シンジは深呼吸してアスカの言葉を思い出していた。
『EVAにも心があるの。でもそれは、鏡で映した自分。だからシンクロができる』
再びエントリーが開始される。目を閉じて集中する。EVAを起動すると言う意識ではなく、アスカが教えてくれた鏡の中の自分を見るような……シンジは心の中に沈み込む。
（ここは？）
シンジはいつの間にか通路のようなところにいた。見覚えがあるような無いような場所だ。
なんとなく通路進んでいくと階段の影に誰か居る。第一中学の制服を着た少年が膝を抱えた状態で座り込んでいた。
「君は……？」