日本国
大高弥三郎
日本国首相。前世日本からの生まれ変わりの一人であり、陸軍内から同じ志を持つ精鋭を集めて「青風会」を結成する。高野五十六率いる紺碧会とともにクーデターを起こし新政府を樹立、内閣総理大臣となる。陸軍の軍人でありながら海軍力を重視するという当時の陸軍ではきわめて珍しい人間である。宇宙恒久平和を目指すため、あえて戦争へと踏み切った。本人もそれを悔やんでいる。趣味は碁。腕前はプロ並の実力を持つ。
高野五十六
宇宙海軍軍令部総長。日本の将来を危惧するとともに海軍から同じ志を持つ者を集めて精鋭集団「紺碧会」を結成し、大高弥三郎率いる青風会と一緒にクーデターを起こす。地球の軍人としては初めて次元潜航艦による戦闘の重要性にいち早く気づいた人物である。「紺碧艦隊」及び「旭日艦隊」の生みの親。
前原一征
海軍少将。表向きは新型次元潜航艦のテスト中の事故において殉職したとされ、日本海軍が誇る秘匿潜水艦隊「紺碧艦隊」の艦隊司令長官として活躍している。前世日本からの転生者の一人。紺碧会のメンバー。彼の生存は軍事機密とされ、大高や高野を初めとする軍上層部や政府幹部らしか知らない。陸上において情報収集や基地の視察などには従軍画家、
大石蔵良
宇宙海軍元帥。新たに発足した「旭日艦隊」の司令長官。奇想天外な作戦を繰り出すため、高野からは不気味で恐ろしい男と言わせる（作戦を思いつくとき右の耳たぶをつまむ癖がある）。海外の人々からはアドミラル大石と呼ばれ、慕われている。前原の士官学校時代の教官。趣味はコーヒーを入れることであり、自ら腕を振るう。実際、コーヒーの味は上手い。転生者の一人であり、前世では大和と共に太平洋に沈んだ。紺碧会のメンバーであり、分派の赤穂会会長。
高杉英作
海軍中将。航空機動艦隊司令長官。前世日本からの転生者の一人で、ミッドウェー海戦で赤城に乗っていた。紺碧会のメンバー。
川崎弘
紅玉艦隊司令長官。前世日本からの転生者の一人。紺碧会のメンバー。
坂本良馬
主力艦隊司令長官。海軍中将。海軍の主力艦隊の指揮をとり、高杉艦隊の後詰や本土防衛を担当する。
クローン軍団
賞金稼ぎジャンゴ・フェットのクローンとして惑星カミーノで生み出された遥か遠い過去の宇宙の兵士達。肉体はその当時のものとは別のさらなる複製体で遺伝子操作は行われておらず、成長速度は普通の人間と変わらない。
現在は日本宇宙海軍に所属しており、4個大隊合計4万960名が所属する。
第11番惑星での冷凍睡眠から解放され続けており、現在もその数を増やしつつある。
・第501大隊
キャプテン・レックスが指揮する
レックス
第501大隊のキャプテン。かつてCT-7567という識別番号で知られた歴戦のの兵士で、髪を薄く剃り上げ、金髪に染めていることが特徴。
旧共和国での階級上キャプテンは中尉になるが今の時代に合わせて階級は大佐となっている。大石と一度面会した際には好印象を持つと同時に「あの声何処か聴き覚えがある」と漏らしていた。
ファイヴス
第501大隊所属のARCトルーパー。認識番号はCT-27-5555又はCT-5555。ARCトルーパー昇進後はARC-5555とも呼ばれる。ニックネームの由来は識別番号に5が並んでいたことからであり、自身の頭部に数字の「5」を象った意匠の刺青を施している。
かつて「オーダー66」の真相を伝えられず殺され、止められなかった事を今でも若干悔やんでいる。
ジェシー
第501大隊所属のARCトルーパー。認識番号はCT-5597。クローン戦争終盤までにARCトルーパーに昇格し階級も中尉となる。ファイヴスが死亡した後のレックスの補佐官も務めた。クローンの中でも特に愛国心の強いジェシーは顔とヘルメットに共和国の紋章を刻んでいたが共和国無き現在は「共和国の事を忘れない為に」として残している。
ヘヴィー
認識番号はCT-782。重火器に詳しいことからヘヴィーというニックネームで呼ばれていた。ファイヴスの同期で戦争初期に自身を顧みない勇敢な行動で戦死した。現在は他の部隊にいるもう1人の仲間の想いも背負いARCトルーパーとして第501大隊に所属する。
キックス
第501大隊所属の衛生兵。同部隊のジェシー、ハードケースと親しく、多くの任務を共にした。
衛生兵として第501大隊を支えていたキックスは多くの任務で傷ついたクローンたちを救ってきた。健康において絶対的な権限を有している。
ハードケース
第501大隊所属のクローン兵士。同部隊のジェシー、キックスと親しく、多くの任務を共にした。
彼を一言で表すなら「戦闘狂」である。
・第212突撃大隊
クローン・コマンダーのコーディが指揮を執るオレンジ色のマーキングを施した部隊。所属は高杉艦隊が予定される。
コーディ
認識番号CC-2224。共和国グランド・アーミーに仕えたクローン・マーシャル・コマンダーであり、有名な第212突撃大隊が属す第7空挺兵団の指揮官である。クローン戦争中、コーディはジェダイ将軍のオビ＝ワン・ケノービに仕え、その忠誠心によってジェダイ・マスターの信頼を得た。またコーディの兵士や戦略家としての才能は、ジェダイの上官や仲間のクローン・トルーパーたちから尊敬を集めていた。
501大隊のレックスとは階級を越えた友情がありタメ口で話す。
ワックサー
第212突撃大隊内のゴースト中隊に所属したクローン・トルーパー。隊を率いることもあり、アンバラの戦い時点では中尉としてコーディの補佐官兼小隊長を務めていた。
ワックサーはクローン大戦を通して同僚のクローンであるボイルと行動することが多かった。心優しく穏やかな性格であり、戦争に苦しむ人々のためなら多少の命令無視をすることもあった
ボイル
第212突撃大隊内のゴースト中隊に所属したクローン・トルーパー。小隊長として部隊を指揮することもあった。
同僚のワックサーと対照的にぶっきらぼうで皮肉屋であったボイルは任務に対し忠実でありながらも、思うようにいかないときには不満を漏らすことが多かった。
グレガー
第212突撃大隊所属のキャプテン。同大隊所属のクローン・コマンドー部隊「フォックストロット・グループ」の指揮官であった。
エリート兵士であるクローン・コマンドーの一人であったグレガーは戦争初期に数々の戦いに従軍した。
・第104大隊（別名:ウルフパック）
クローン・コマンダー・ウォルフ率いるクローン大隊。別名ウルフパックと呼ばれ、所属隊員は全員オオカミの紋章が入った装甲服を身に着けている。坂本艦隊への配属予定
ウォルフ
第104大隊を指揮するクローン・コマンダー。命令に忠実であり神経質な性格の持ち主だが仲間思いでもあり、彼は脱走兵に対しても寛容で、脱走兵を集めた分隊を結成したこともある。
・クローンフォース99
通称『バッドバッチ不良分隊）』又は『CT-99』『実験ユニット99』。意図的に遺伝子に突然変異を加えて作り出された5人のクローンのうちの4人で構成されている。後に、元501大隊ARCトルーパー伍長のエコーが仲間に加わる。
紅玉艦隊への配属予定
ハンター
クローン・コマンドーの軍曹でバッド・バッチの指揮官。五感を強化されている彼は、センサーよりも優れた嗅覚、聴覚で敵の居場所を割り出すことに長けていた。また指揮官としての技能・戦闘力にもたけており、曲者揃いの同部隊をまとめていた。また、反抗的な態度を取り場を混乱させるレッカーやクロスヘアをなだめ、上官であるジェダイやクローンとの間を取りもつなど社交性も持ち合わせている。
クロスヘアー
バッド・バッチの狙撃手。優れた狙撃能力で同部隊のマークスマンを務めた。
通常のクローンを「レック（レギュラークローン）」と見下し、コマンダー・コーディなど一部のクローンを除いて友好的な交流はしていなかった。また、皮肉屋である彼は、その言動から周囲との衝突が絶えなかった。
レッカー
バッドバッチに所属するクローン隊員。並のクローンとは比較にならない巨漢であり、闘争心の塊であったレッカーはクロスヘア―と同様に同部隊のトラブルメーカーでもあった。また、彼も通常のクローンを嫌っており、一部のクローンとしか友好的な関係を築いていなかった。
戦闘能力は高い一方、その破壊衝動により任務に支障をきたすこともあり、更に高所恐怖症という弱点もあった。
テク
バッドバッチ所属のエンジニア兼パイロット。天才的な頭脳と技術をもつ彼は、同部隊の技術的なサポートを行っていた。また、戦闘能力も高く、2丁拳銃や様々な武器を使用して最前線でも他の隊員に後れを取らない戦闘技能を見せていた。
エコー
元第501大隊所属のARCトルーパー。ある戦いで瀕死の重症を負い、敵勢力の措置で体の4割近くをサイボーグ化されるがどういう訳か現在の肉体にも反映されている。
その後紆余曲折あって現在のクローンフォース99のメンバーとなる。
右腕のスコンプ・リンクは大高の意向で被せる形で装着する義手を与えられる。
・携行火器
南部14年式拳銃
正式名称は「南部14式海軍制式拳銃」で南部重工兵器開発部で開発された。ベースは旧海軍の十四年式拳銃。
DC-15A ブラスターカービン/ライフル
DC-15Aブラスターは冷凍庫クローントルーパーと共に発掘でされ、クローン・トルーパーが使う標準装備に採用される。現在では日本側の研究調査が行われている。
ライフルはカービンの上位互換で長距離の攻撃に向いている、装弾数はどちらも500発。DC-15Aには誤発射防止のためのセーフティ機構があり、クローン・トルーパーが各自で調節する低出力のスタン・ビーム・モードを有した。派生型のDC-15LEというものも存在する。
DC-17 ハンドブラスター
クイック・ドロー用のホルスターに入れて装着し、突然の危険にも素早く対処できるようになっていた。銃身の中ほどにはプラズマ励磁室があり、銃床部分のパワー・セルには50発分のエネルギーを充填することができた。このピストルは殺傷能力を抑えたスタン・モードを有し、壁を登るためのアセンション・ケーブルを発射することもできた。
DC-17m互換武器システム
ブラスターに分類されるが単発・速射の双方が可能。また状況に応じてアタッチメントを付け替えることでスナイパーライフルやグレネードランチャーに早替わりする。
RPS-6ロケット・ランチャー
肩打ち式の単発ロケット・ランチャーで携行火器としては最大火力を有する。
Z-6回転式ブラスター砲
6本の銃身で構成されるガトリング・ブラスター。面制圧に長けており、コマンダークラスでも愛用者がいる。