章ごとのあらすじを記載します。そのため、一部ネタバレを含んでいる点にご注意ください。各あらすじで五行分以上の隙間を挟んでおくのでよろしくお願いします。
第一章あらすじ
日本の大学生である中野享吾は、目が覚めると砂漠で倒れていることに気づく。困惑しながらもあてもなく彷徨う彼は、疲労や飢餓に苦しみながらもようやく街を見つけ、ついに精魂尽き果ててしまったが、次に目を覚ますとそこは病院で、頭上に円環を浮かばせた少女がいた。それを見て彼は理解した。ここはブルーアーカイブの世界なのだと。
第二章あらすじ
第一章あらすじ
日本の大学生である中野享吾は、目が覚めると砂漠で倒れていることに気づく。困惑しながらもあてもなく彷徨う彼は、疲労や飢餓に苦しみながらもようやく街を見つけ、ついに精魂尽き果ててしまったが、次に目を覚ますとそこは病院で、頭上に円環を浮かばせた少女がいた。それを見て彼は理解した。ここはブルーアーカイブの世界なのだと。
第二章あらすじ
| 第一章 | |
| キヴォトスに現れた青年 | |
| 最適な生き方 | |
| 最適な生き方――2 | |
| シャーレの | |
| 一人の大人として | |
| 一人の大人としてーー2 | |
| 一人の大人として――3 | |
| 愛情 | |
| 愛情――2（第一章最終話） | |
| 第二章 | |
| 贈り物 | |
| 日常回等の本編外のストーリー | |
| 日常回1:早瀬ユウカの花嫁修業 | |