〈原作からの登場人物〉※年齢は1954年時
敷島 浩一（30）
元特攻隊員。ゴジラ掃討作戦「海神作戦」に参加し、ゴジラを倒した。その後は典子と正式に籍を入れ、中学校の教員に就職した。
敷島 典子（27）
浩一の妻。ゴジラの銀座襲撃の際に死亡したと思われたが、奇跡的に一命をとりとめる。だが後遺症として右の首筋に黒い痣が出来てしまった。
敷島 明子（9）
浩一と典子の娘。空襲の際に典子が託された娘で、両親とは血縁がない。小学校に通っている。
秋津 淸治（49）
機雷除去用の特設掃海艇「新生丸」の元艇長。海神作戦後、漁師に転職した。
野田 健治（47）
新生丸の元乗組員であり、ゴジラ掃討作戦「海神作戦」の立案者。ゴジラ掃討後は東京大学に招聘され、助教授に就任した。
水島 四郎（25）
新生丸の元乗組員。従軍経験はない。ゴジラ掃討後は政府によって創設された警備隊（後の海上自衛隊）に入隊し、国産初の護衛艦「はるかぜ」乗組となった。
太田 澄子
敷島家の隣人。空襲で息子を失い、以来独り暮らし。明子のことを娘のように可愛がっている。
堀田 辰雄
護衛艦「はるかぜ」艦長。生粋の海軍人であり、帝国海軍時代は駆逐艦雪風艦長。海神作戦の陣頭指揮を執った。水島の上官。
橘 宗作
海軍の元整備兵長。現在は東京に在る民間の航空会社「KK航空」の整備部長をしている。趣味は野菜作り。
板垣 昭夫
東洋バルーン株式会社専務。海神作戦にバルーン技師として参加し、作戦後の功績によって出世した。
＜本作オリジナルの登場人物＞
ジェニス・クロフォード（35）
アメリカ軍技術士官待遇の軍属、核物理学者。愛称はジェニー。父親は陸軍少将としてGHQにいたが、ゴジラによる熱線に巻き込まれ死亡した。兄は国務省官僚。拳銃を所持している。
ボブ・デラード
駐日日本大使館参事。ジェニスの御用聞き役。
山本 加代（28）
大戸島出身の女性。大戸島での虐殺で一人生き延び、その後は野田家で保護される。次第にジェニスと惹かれ合い、特別な感情を抱くようになる。
中島
東京大学医学部第三分院長。ゴジラ災害で被災し、黒い痣が体に出来た人々の治療を続けている。東京大空襲で家族を失い、自身も右顔面に火傷を負った。
佐々
東京大学植物学教授。野田から提供されたオニカブトを研究する。
牧
東京大学化学科教授。佐々と共にオニカブトを研究し、未知の毒素であるオソニチンを発見する。
国木田 三郎（19）
第二新生丸の乗組員。いつかハワイに行くことが夢。父親はなく母親と暮らしている。
兒島 春樹（30代）
典子の担当医。「典子」という婚約者がいたが、銀座で死亡している。
小澤 ギン（45）
衆議院議員（当選3回）。女性初の閣僚（運輸副大臣）であり、罷免された岸部運輸大臣に代わり運輸大臣に就任。また名古屋復興特命担当国務大臣にも就任する。父親は歌舞伎役者であり、親譲りの優れた容姿で人気を博している。夫をゴジラ災害で亡くしている。
菅原
内閣総理大臣。戦後日本の政界を牛耳ろうと野心を燃やしていたが、次第に消極的になる。
明仁（21）
皇太子。病床に伏せる天皇に代わり国事行為を代行している。少年時代にアメリカ人女性を家庭教師に持ち、「ジミー」と呼ばれた。