ポケットモンスターSV 新たな物語の始まり 作：通りすがりのポケモントレーナー
番外編1を投稿しました！
この話の内容は、原作ゲームであるダイヤモンド・パール・プラチナを混ぜ合わせた話になり、一部ゲームと違うところや、ポケットモンスター THE ORIGINのような説明するところがありますので、予めご了承ください。
これは、シンヤたちがジョウト地方でエンテイと出会ったあと、パルデア地方に向かうことになってから数日後にあった話。
ブレイブアサギ号・ミーティングルーム
ミコ「えっ？」
リュウガ「俺たち3人の…」
シンヤ「昔の冒険の話が聞きたい？」
リコ・ロイ「「うん！」」
ジョウト地方でエンテイと出会ったあと、ナナカマド博士が送ってくれたディアルガから、ルシアスの六英雄であるエンテイが、以前シンヤがゲットしたウガツホムラというパラドックスポケモンだと聞いたので、リコたちはパルデアの大穴に行くため、ブレイブアサギ号でパルデア地方に向かっていた。その途中にリコとロイは、シンヤ、リュウガ、ミコの3人をミーティングルームに連れてくると、自分たちと出会うずっと前、シンヤたちがどんなふうにポケモントレーナーになって、どんな冒険をしてきたのか聞きたいと言い出した。すると、フリードたちもその話を聞きたいと言い出し、ミーティングルームにやってきた。
シンヤ「どうして急に、俺たちの冒険譚を聞きたいと思ったんだ？」
ロイ「だって、エリアゼロで見たシンヤとリュウガのバトル、めちゃくちゃすごかったし、シンヤとリュウガとミコって、僕たちが知らないたくさんの所を冒険してきたんでしょ？」
ドット「それにシンヤたち、すごく仲がいいし」
リコ「だから、シンヤたちがどんなふうに出会って、３人でどんな冒険をしてたのか、その話を聞きたいと思って」
シンヤ「…なるほどな」
リュウガ・ミコ「「…」」
ロイ「え？」
リコ「もしかして、聞いちゃダメだった？」
シンヤ「いや」
リュウガ「ダメではないけど…」
ミコ「そんなに面白い話じゃないよ？」
フリード「別に面白くなくたっていいさ」
オリオ「私たちが聞きたいだけだからね」
モリー「そうそう」
シンヤ「まぁ、話すのはいいけど。…じゃあまずは、俺たち3人がどうやって出会ったのか、それを先に話す必要があるな」
リュウガ「俺たちが出会わなければ、3人で冒険することはなかったからな」
ミコ「うん」
リコ「それって…」
ドット「シンヤたちの原点ってことだよね？」
シンヤ「ああ」
ピカチュウ「ピィカッ？」
シンヤ「ああ、そっか。ピカチュウとは、俺がシンオウ地方を冒険した後にカントーで出会ったから、俺がシンオウ地方でどういう冒険をしてきたか知らないんだよな」
ピカチュウ「ピィカッ」コクッ（頷く）
シンヤ「じゃあ、お前にも話そう。俺たち３人が出会った日のことを…」
時は今から3年前、シンヤとリュウガとミコが7歳の頃に遡る。
3年前…
シンオウ地方・フタバタウン
ここは、シンオウ地方にある町の一つで、シンヤたちが生まれ育った《フタバタウン》。若葉の息吹と、なにかの始まりを感じさせる小さな町と呼ばれている。
シンヤ（7歳）「じゃあ母さん、俺、ちょっと出かけてくるから！」ダッ！
ヴィヴィアン「ちょっと待った！」
キキィィッ（シンヤが足を止める）
シンヤ「なに⁉︎」
ヴィヴィアン「何度も言うけど、野生のポケモンがいる森の中に行くのは絶対にダメだからね！野生のポケモンが襲ってきたりでもしたら大変なんだから！」
シンヤ「わかってるよ。じゃあ行ってきます！」ダッ！
こう言ってはいるが、ポケモントレーナーになるのを待ちきれないシンヤは、ヴィヴィアンとの約束を破り、野生のポケモンがたくさんいる森の中に何度も足を踏み入れていた。
フタバタウン・近くの森の中
ムックル「ムックゥゥッ！」
コリンク「リンリンッ！」
ビッパ「ビッパッ！」
コロボーシ「コロコロッ！」
シンヤ「おぉ〜〜‼︎(✨∇✨)ムックルにコリンク！ビッパにコロボーシまでいる！」
森の中にやってきたシンヤは、持ってきたリュックの中に入っている双眼鏡を手に取ると、野生のポケモンたちを離れた場所から観察していた。
シンヤ「う〜ん、最近ムックルたちばっかり見るんだよな。たまには他のポケモンを見たいし、森の奥に行ってみようかな？」
うわぁぁぁぁ〜〜！？
シンヤ「えっ？」
キャァァァァ〜〜！？
シンヤ「何だ！？今の声！？」
森の中を散歩していると、どこかから男女の叫び声が聞こえてきたので、シンヤは声が聞こえてきた方に向かって走って行った。
森の中・別の場所
シンヤ「ぁっ、あれは！」
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ！」」」
叫び声が聞こえてきた場所にシンヤがやってくると、そこには大量のアリアドスが生息していた。
シンヤ「こんな所に、アリアドスたちの巣があったのか。…ん？あれは…」
男の子「クソッ！」
女の子「ううっ（涙）」
シンヤがアリアドスたちを見つけた森の中には、アリアドスたちが「いとをはく」で作ったと思われる巨大な巣があった。しかもその巣には、シンヤと同じぐらいの小さい男の子と女の子が体をぐるぐる巻きにされた状態でアリアドスたちに捕まっていた。
アリアドス「アリアリィッ！」
男の子「クソッ、糸が解けねぇ！」
女の子「わぁ〜〜ん！誰か助けてぇ‼︎（涙）」
シンヤ「っ！」ダッ（走る）
アリアドスたちに見つからないように近くの草むらから様子を見ていたシンヤは、アリアドスたちが2人の男女に襲い掛かろうとしている所を見ると、2人を助けるために草むらから飛び出した。
シンヤ「おい！アリアドス！」
複数のアリアドス「「「アリィィッ？」」」
女の子「えっ？」
男の子「誰だ、アイツ？」
シンヤ「お前たちの相手は俺がしてやる！」
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ‼︎」」」
シンヤが大声でアリアドスたちに叫ぶと、アリアドスたちは狙いをシンヤに変え始め、バラバラに糸を伝って移動すると、口から糸を飛ばしてシンヤを捕まえようとした。すると、シンヤはアリアドスの「いとをはく」を持ち前の身体能力でかわし、ズボンのポケットからモンスターボールを取り出すと、モンスターボールの中にいるポケモンを繰り出した。
シンヤ「いっけぇ、ボーマンダ！」
ポーーン‼︎
ボーマンダ「ボォォォォォマッ‼︎」
女の子「えっ⁉︎」
男の子「アイツ、ポケモントレーナーなのか⁉︎」
シンヤ「ボーマンダ！『ドラゴンクロー』でアリアドスの巣を壊すんだ！」
ボーマンダ「ボォォォォォマッ‼︎」
ザァァァァァンッ‼︎
ボーマンダは右手の爪にパワーを集めると、アリアドスが「いとをはく」で作った巨大な巣に突っ込んだ。すると、アリアドスは「ヘドロばくだん」でボーマンダを攻撃してきたが、ボーマンダはアリアドスが発射した「ヘドロばくだん」を全てかわすと、右手を思いっきり振り下ろしてアリアドスが作った巨大な巣を切り裂いた。
女の子「あっ！」
男の子「助かった！……って、助かってねぇ！」
女の子「キャァァァァァッ‼︎」
男の子「うわ〜〜〜〜っ‼︎」
ボーマンダの「ドラゴンクロー」がアリアドスの巣を壊すと、糸に絡め取られていた２人を助け出すことができたが、2人はそのまま地面に落ちてしまう。
シンヤ「ボーマンダ！」
ボーマンダ「ボォォォッ！」
シンヤがボーマンダに声をかけると、シンヤの意図を理解したボーマンダはすぐに2人を助けに向かった。そして、アリアドスの巣から落ちた2人を自分の背中に乗せると、シンヤのいる所に戻ってきた。
シンヤ「おい、大丈夫か？」
男の子「えっ？」
女の子「私たち、助かったの？」
どうやら、2人は地面に落ちるという恐怖で目を閉じていたようで、ボーマンダに助けられた所を見ていなかったようだ。
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ！」」」
女の子「うわっ！」
男の子「また来たぞ！」
ボーマンダに巣を壊されたことで完全に怒ったアリアドスたちは、ここからシンヤたちを逃がさないように周りを囲むと、一斉にシンヤたちに襲い掛かってきた。
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ！」」」
シンヤ「ボーマンダ！『りゅうのはどう』だ！」
ボーマンダ「ボォォォォォ、マァァァッ‼︎」
ドォォォォォォンッ‼︎
複数のアリアドス「「「アリィィィッ！？」」」
キラーーン⭐️
アリアドスたちが一斉に襲い掛かってくると、ボーマンダは口から衝撃波を放ち、襲い掛かってきたアリアドスたちを1匹残らず空の彼方へと吹き飛ばした。
シンヤ「巣を壊したのは悪かったけど、正当防衛ってことで」
男の子「…お前、すごいな」
女の子「あなた、ポケモントレーナーなの？」
シンヤ「いや、このボーマンダは父さんのポケモンなんだ。俺、母さんと父さんには内緒で、この森の中にいる野生のポケモンたちをよく見に来てるんだ。だけど、前にそれが父さんにバレちゃってさ。それで、ボディガードにって、父さんがこのボーマンダを貸してくれてるんだ」
男の子「そうだったのか」
シンヤ「それより、何でアリアドスに捕まってたんだ？」
女の子「私たちも君と同じで、よくこの森に来るんだ。それで、野生のポケモンを見てたら、アリアドスの巣がある所に入っちゃって」
シンヤ「それで、アリアドスたちにぐるぐる巻きにされたのか？」
男の子「ああ。…あっ、さっきは助けてくれてありがと。お前がいなかったら、俺たち危なかった」
シンヤ「気にしなくていいよ。あっ、俺は《シンヤ》だ」
リュウガ「シンヤか。俺は《リュウガ》で、こっちは幼馴染の《ミコ》。俺たちの親が仲良くてさ、4歳からの付き合いなんだ」
ミコ「よろしくね、シンヤ」
シンヤ「ああ、よろしくな」
これが、俺とリュウガとミコとの出会いであり、俺たちが腐れ縁になった瞬間だった。そのあと、森に行ってたことがそれぞれの母親にバレて、リュウガとミコは2時間も説教されたんだけど、俺だけ母さんからゲンコツを食らったんだよな。
ブレイブアサギ号・ミーティングルーム
オリオ「ヘぇ〜w」
モリー「それが、アンタたち3人の出会いだったんだ」
シンヤ「ああ。その日から俺たちは友達になって、3人で遊ぶことが日課になったんだ」
リュウガ「互いの家によく泊まりに行ったりしたし、シンイチさんのボーマンダに乗って、よく冒険ごっこをしたよな」
シンヤ「ああ」
ミコ「そんなことをしている間に、気付けば3年も経ってて、ポケモントレーナーになれる10歳になっちゃったのよね」
リコ「へぇ〜」
ロイ「ねぇ、シンヤたちは、相棒ポケモンとどうやって出会ったの？」
ドット「あ、それ聞きたい！」
リコ「私も！」
シンヤ「相棒と出会った日か」
リュウガ「俺たちが相棒ポケモンに会ったのは、俺たちが10歳になってから1週間後のことだったな」
シンヤとリュウガとミコが友達になってから3年が経つと、３人は自分たちがずっとなりたいと思っていたポケモントレーナーになれる歳になった。それから1週間後、シンヤとミコはリュウガに家の前に来るよう電話で呼ばれたので、10分後にリュウガの家の前にやってきた。
フタバタウン・リュウガの家の前
ミコ「えっ？」
シンヤ「《色違いのギャラドス》を探しに《シンジ湖》に行く⁉︎」
リュウガ「ああ。昨日ニュースで、『赤いギャラドスを追え』って番組がやってたろ？俺、あれを見た時にこう思ったんだ。きっとシンジ湖にも、“赤いギャラドス”がいるはずだって！だからさ、俺たちでそいつを見つけようぜ！」
シンジ湖とは、シンヤたちの住んでいるフタバタウンの北側に位置する湖で、昔からあるポケモンがいると言われている場所だった。昔から森の中に何度も入っていたシンヤたちでさえ、まだ行ったことがない場所でもある。
ミコ「でも、私たちポケモン持ってないし…」
リュウガ「何言ってんだよ。俺たち昔から、よく森の中に入ってたじゃん」
ミコ「それはそうだけど…」
シンヤ「今までは父さんのボーマンダがいたから、野生のポケモンに襲われてもどうにかなったけど、父さんは1年前にボーマンダを連れて旅に出たから、もうボーマンダに助けてもらうことはできないからな」
リュウガ「大丈夫だって、もう俺たちは子供じゃないんだから」
シンヤ「いや…」
ミコ「子供でしょ…」
小さい頃は好奇心旺盛で怖いもの知らずだったシンヤとミコだが、10歳になる頃にはかなり落ち着いた性格になっていて、やんちゃだった性格はすっかりなりを潜めていた。それはリュウガも同じだが、シンヤとミコには、リュウガは昔と変わってないように見えていた。
リュウガ「いいから、とにかく行こうぜ」
シンヤ「ったく…」
ミコ「しょうがないな」
こうして、半ば強引にシンジ湖に行こうとリュウガに誘われたシンヤとミコは、赤いギャラドスを探すためにシンジ湖へと向かった。
シンオウ地方・シンジ湖
ミコ「うわぁ〜！」
シンヤ「ここがシンジ湖か」
森の中を歩いてしばらくすると、シンヤたちは目的地のシンジ湖にやってきた。シンジ湖の周りには、湖の水を囲むようにたくさんの木が立っており、少し霧がかかっていたのでとても幻想的な景色だった。
リュウガ「じゃあ早速、赤いギャラドスを……ん？」
シンヤ「ん？」
ミコ「どうしたの？」
リュウガ「あれは誰だ？」
シンヤ・ミコ「「えっ？」」
シンジ湖にやってくると、早速シンヤたちは、この湖のどこかにいる赤いギャラドスを探そうとした。するとリュウガが、白衣の上にコートを羽織って黒いズボンを穿いていて、豊かな口髭を蓄えた老年の男性が湖の前に立っているのを発見した。
シンヤ（あれ？あの人、どっかで見たことあるような？）
目の前の老年の男性を見たシンヤは、記憶の糸を辿って目の前の男性を見た時のことを思い出そうとした。すると、老年の男性は後ろを振り向き、シンヤたちのいる方に向かって歩いてきた。
老年の男性「失礼！通らせてもらうよ」
老年の男性はシンヤたちにそう言うと、シンヤたちの間を通って森の中を歩いて行った。
リュウガ「なんだ？あの爺さん？」
ミコ「さあ？…ん？あれ？湖の近くに何か落ちてるよ」
シンヤ「えっ？」
ミコが不意に湖の方を見ると、さっきの老年の男性のものと思われるトランクバッグが湖の近くに落ちていた。
ミコ「さっきのお爺さんの忘れ物かな？」
シンヤ「多分な」
リュウガ「トロイ爺さんだな」
ミコ「そういうこと言わないの」
シンヤ「走ればさっきのお爺さんに追いつけるだろうし、届けに行こうぜ」
「アリアリィィッ‼︎」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「えっ？」」」
ミコが湖の近くに落ちているトランクバッグを拾うと、シンヤたちはさっきの老年の男性にトランクバッグを届けようとした。すると、シンヤたちの目の前に、あるポケモンたちの大群が現れた。
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ！」」」
シンヤ「っ！」
リュウガ「アリアドス！」
ミコ「もしかして、このアリアドスたちって…」
シンヤ「ああ。俺たちが3年前に会ったアリアドスたちだと思う」
リュウガ「マジかよ…」
シンヤたちの目の前に現れた大群のポケモンたちの正体。それは、シンヤがリュウガとミコと出会うきっかけとなった、あのアリアドスたちの群れだった。
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ‼︎」」」
リュウガ「まさか、またこいつらと会うことになるとはな」
ミコ「どうしよう⁉︎」
シンヤ「どうしようって、逃げる以外の選択肢なんかないだろ！」
今のシンヤたちはポケモントレーナーになれる年齢ではあるが、ポケモンを持っていないし、シンイチのボーマンダもいない。となると、逃げる以外の選択肢などあるわけがなかった。
シンヤ「走るぞ！」
リュウガ「おう！」
ミコ「うん！」
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ‼︎」」」
シンヤたちが急いでこの場から逃げようとすると、アリアドスたちはシンヤたちを捕まえようと口から糸を発射してきた。シンヤとリュウガはうまく「いとをはく」をかわしたが、ミコの左足にアリアドスの発射した糸が絡まってしまった。すると、バランスを崩したミコは手に持っていたトランクバッグを落としてしまい、そのまま地面に倒れてしまう。
リュウガ「っ！」
ミコ「あっ！」
シンヤ「これは！」
コロコロッ（モンスターボールが転がってくる）
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「モンスターボール！」」」
トランクバッグが地面に落ちると、その衝撃でトランクバッグの中が開いて中に入っていた三つのモンスターボールが飛び出てくると、それぞれ1個ずつシンヤたちの近くに転がってきた。
リュウガ「このモンスターボール、さっきの爺さんのか？」
シンヤ「多分…」
ミコ「ど、どうしよう⁉︎これ⁉︎」
リュウガ「どうするもなにも、これでアリアドスたちとバトルするしかないだろ！」
ミコ「ええっ⁉︎勝手に人のポケモンを使ったらダメでしょ！」
リュウガ「このままアリアドスたちにやられるよりマシだろ！」
ミコ「そ、それは…」
シンヤ「ポケモンを勝手に使った事情は、後でちゃんとお爺さんに説明して謝ればいい」
勝手に人のポケモンを使うのは悪いことだが、今はアリアドスたちを追い払う方が先決なので、シンヤたちは足元に落ちているモンスターボールを拾うと、モンスターボールの中に入っているポケモンたちを出そうとした。
リュウガ「行くぞ！」
ミコ「うん！」
シンヤ「おう！」
ポーーン‼︎
シンヤたちが手に取ったモンスターボールを宙に投げると、中から3体のポケモンが出てきた。
ナエトル「ナエトォォッ‼︎」
ヒコザル「ヒッコォォォッ‼︎」
ポッチャマ「ポッチャァァッ‼︎」
リュウガの投げたモンスターボールからは、わかばポケモンの《ナエトル》が、ミコの投げたモンスターボールからは、こざるポケモンの《ヒコザル》。そして、シンヤが投げたモンスターボールからは、ペンギンポケモンの《ポッチャマ》が出てきた。
ミコ「このポケモンたちって、シンオウ地方で最初に貰える御三家の…」
リュウガ「ナエトルにヒコザルにポッチャマじゃねぇか！」
シンヤ「あっ！そうだ思い出した！確かあの人…」
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ‼︎」」」
リュウガ「考えるのは後だ！先にアリアドスたちを片付けるぞ！」
シンヤ「ああ！」
ミコ「うん！」
リュウガ「ナエトル！『はっぱカッター』！」
ミコ「ヒコザル！『ひのこ』！」
シンヤ「ポッチャマ！『あわ』攻撃！」
ナエトル「エァァァァオッ、トォォォル‼︎」
ヒコザル「ヒィィィッ、コォォォォォッ‼︎」
ポッチャマ「ポッチャマァァァァァッ‼︎」
バァァァァンッ‼︎
複数のアリアドス「「「アリアリィィッ！？」」」
シンヤたちがポッチャマたちに技の指示をすると、ポッチャマたちはシンヤたちの指示通りに技を出してアリアドスたちを攻撃した。むしタイプに強いほのおタイプのヒコザルがいたこともあって、シンヤたちに勝てないことを悟ったアリアドスたちは急いでこの場から逃げていき、アリアドスたちがいなくなると、ミコの足に絡まった糸をナエトルが「はっぱカッター」で切り落とすと、ミコはその場から立ち上がった。
ミコ「はぁ〜、助かった」
リュウガ「一時はどうなるかと思ったぜ」
シンヤ「こいつらのおかげだな。さすがナナカマド博士のポケモンだぜ」
ナナカマド博士「ほぅ、私のことを知っているのか？」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「⁉︎」」」
シンヤの言葉に返事をする声が聞こえてくると、シンヤとリュウガとミコは声が聞こえてきた方に顔を向けた。そこには、さっきの老年の男性…いや、《ナナカマド博士》が立っており、シンヤたちの前に歩いてきた。
ナナカマド博士「先ほどのアリアドスたちとのバトル、見させてもらったぞ」
ミコ「見てたって、どこからですか？」
ナナカマド博士「君たちがモンスターボールを投げた所からだ」
リュウガ「最初から見てたのかよ」
シンヤ「あ、あの…」
ミコ「ナナカマド博士…」
ナナカマド博士「ん？」
ペコッ（シンヤとミコが頭を下げる）
シンヤ「すいませんでした‼︎」
ミコ「ごめんなさい‼︎」
ナナカマド博士「ん？どうして頭を下げる？」
シンヤ「アリアドスたちを追い払うためとはいえ、勝手に博士のポケモンを使ったからです！」
ミコ「このポケモンたちって、ナナカマド博士から貰える初心者用のポケモンたちですよね？だったら、もうトレーナーが決まってるんじゃないですか？それを私たち、勝手にバトルに使ちゃって…」
ナナカマド博士「いや、その3匹は1週間前に捕まえたばかりでな。これから初心者トレーナーに渡すよう育てようとしていたところだったんだが…）
チラッ（ナナカマド博士が、ナエトル、ヒコザル、ポッチャマを見る）
ナエトル「エァァオッ？」
ヒコザル「ヒコォォッ？」
ポッチャマ「ポチャァァッ？」
ナナカマド博士「その必要はなくなったみたいだ」
シンヤ「えっ？」
ミコ「それって、どういうことですか？」
ナナカマド博士「３人とも、私の研究所に来てくれ。詳しいことはそこで話そう」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「えっ？」」」
てっきり、勝手にポケモンを使ったことを怒られると思ったシンヤとミコだったが、ナナカマド博士はシンヤたちを怒ろうとせず、シンヤたちを連れて《マサゴタウン》にやってくると、マサゴタウンにある《ナナカマド研究所》の中にシンヤたちを案内した。研究所の中には、白衣を着ている若い男の人と女の人がたくさんいて、みんな忙しそうに仕事をしていた。
マサゴタウン・ナナカマド研究所
ゴクッ（シンヤとミコが唾を飲み込む）
シンヤ・ミコ「「……」」
ナナカマド博士「2人とも、そう固くならなくていい。彼のようにリラックスしたまえ」
リュウガ「へぇ〜、ここがナナカマド研究所か」
ナナカマド研究所に入ると、シンヤとミコは緊張のあまり固まっていたが、リュウガは反対に、珍しいのものを見るかのようにナナカマド研究所の中を観察していた。
シンヤ「あの、ナナカマド博士、俺たちをここに連れてきた理由は？」
ナナカマド博士「ウムッ、さっきの湖でのアリアドスたちとのバトルのことだが…」
シンヤ「ぁっ…」
ナナカマド博士「いや、勝手にポケモンを使ったことに怒っているわけではない。むしろ、素晴らしいバトルだったと感心している」
ミコ「えっ？」
ナナカマド博士「君たち、ポケモンバトルの経験は？」
ミコ「いえ…」
リュウガ「ないけど…」
シンヤ「俺は、父さんにポケモンを借りて少しやったことがありますけど…」
ナナカマド博士「そうか。さっきポッチャマたちの顔を見た時、3匹とも嬉しそうにしていたから、君たちとポッチャマたちとの間に強い絆が生まれているのを感じてな。だからそのポッチャマたちは、君たちにプレゼントしよう」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「えっ⁉︎」」」
リュウガ「俺たちに、このポケモンたちを？」
ミコ「いいんですか？」
ナナカマド博士「ああ。ただ、その代わりと言ってはなんだが、私の頼みを聞いてほしい」
シンヤ「博士の頼み、ですか？」
ナナカマド博士「ウムッ。君たちも知っての通り、私はポケモンの研究をしておる。しかし、まだシンオウ地方にいるポケモンの全てを把握できていなくてな。そこで君たち３人に、この《ポケモン図鑑》を託すから、シンオウ地方にいる全てのポケモンを見てきてほしい」
スッ（３つのポケモン図鑑をシンヤたちに渡す）
ナナカマド博士「このポケモン図鑑は、君たちが出会ったポケモンたちを自動的に記録していくハイテクな機械だ」
シンヤ「これが…」
リュウガ「ポケモン図鑑」
ミコ「初めて見た」
ナナカマド博士「引き受けてもらえるかね？」
シンヤ「…いいですよ。俺、早くポケモントレーナーになりたいって思ってたし。なにより、ナナカマド博士からそこまで言われたら断れません」
ミコ「私もいいですよ」
リュウガ「俺もいいぜ。けど、その代わり…」
ナナカマド博士「ああ、さっき言った通り、ポッチャマたちは君たちにプレゼントしよう」
こうして、俺たち３人はポケモントレーナーになり、シンオウ地方を冒険することになったんだ。
ブレイブアサギ号・ミーティングルーム
ロイ「シンヤたちと相棒ポケモンたちとの出会いって、そんな感じだったんだね」
シンヤ「ああ。足元に転がってきたボールが違ってたら、相棒も変わってたろうな」
フリード「けど、あのナナカマド博士に見込まれてポケモントレーナーになるって、相当すごいことだぞ」
マードック「しかも、ポケモン図鑑まで託されるって、ホントすごいな」
リコ「？シンヤたちがナナカマド博士から貰ったポケモン図鑑って、スマホロトムの図鑑機能のことじゃないの？」
シンヤ「ああ。昔のポケモン図鑑は、スマホロトムよりちょっとデカい機械で、誰もが持ってたわけじゃないんだ」
リコ「そうなの？」
フリード「ああ。ポケモン図鑑を託されるトレーナーは、博士によって選ばれたトレーナーだけなんだ。今はスマホロトムに図鑑機能があるから、誰もがポケモン図鑑を持てるようになったけどな」
リコ「そうだったんだ」
モリー「っで、ナナカマド博士から図鑑を貰ったあと、アンタたち３人は、一緒に冒険の旅に出たんでしょ？」
シンヤ「いや、冒険に出たのは次の日だ」
リュウガ「図鑑を貰ったあと、俺たち３人はそれぞれの家に帰って、明日の朝に３人で旅に出るって自分たちの母さんに伝えて、次の日の朝早くに、３人でフタバタウンを出発したんだ」
オリオ「お母さんから反対されなかったの？」
リュウガ「全然」
ミコ「寧ろ、ナナカマド博士に見込まれたことを喜んでた」
オリオ「そうなんだ」
ランドウ「どうして３人で旅をしようと思ったんじゃ？」
ミコ「1人で旅をするのがどうしても不安だったから、私が３人で旅をしようって2人に頼んだの」
リュウガ「それで、シンオウ地方だけは３人で一緒に冒険することになったんだ」
シンオウ地方・202番道路
シンヤ「いけっ、モンスターボール！」
ブンッ！（モンスターボールを投げる）
コンッ（ムックルにモンスターボールが当たる）
野生のムックル「ムクッ⁉︎」
シュルルーーン
ナナカマド博士から、シンオウ地方の御三家のポケモンたちとポケモン図鑑を貰ったシンヤとリュウガとミコの3人は、ポケモン図鑑を完成させてほしいというナナカマド博士の願いを叶えるため、シンオウ地方を冒険をする旅に出発した。今シンヤたちが目指しているのは、次の街がある《コトブキシティ》なのだが、202番道路で野生の《ムックル》と遭遇したシンヤは、ムックルをゲットするためにポッチャマを出すと、ポッチャマの「あわ」でムックルの体力を削っていった。そして、ナナカマド博士から貰ったモンスターボールをムックルに投げると、ムックルはシンヤの投げたモンスターボールの中に吸い込まれていき、草むらの上に落ちたモンスターボールが3回揺れて最後にポンという音が鳴ると、モンスターボールの揺れが止まった。
シンヤ「よし！ムックルをゲットだ！」
ミコ「よかったじゃない」
リュウガ「さぁ、先を進もうぜ」
シンヤが初ゲットをすると、リュウガたちは202番道路を進んで行き、目的地である《コトブキシティ》にやってきた。
シンオウ地方・コトブキシティ
シンヤ「ここが、コトブキシティか」
ミコ「こんな遠くに来たのは初めてね」
シンヤたちがやってきたコトブキシティは、シンオウ地方の中でも特に発展して栄えている都市だった。
リュウガ「ポケモンセンターに寄ったら、すぐに《クロガネシティ》に行こうぜ」
コトブキシティにやってきたシンヤたちは、ポケモンたちを回復させるためにコトブキシティのポケモンセンターに向かうと、手持ちポケモンをジョーイさんに預けてクロガネシティに行く準備を始めた。どうして次の目的地がクロガネシティになったのかと言うと、シンヤがクロガネシティでジム戦をするからだった。シンヤはポケモントレーナーになったら、いずれはポケモンリーグに出たいと思っていた。しかしそのためには、シンオウ地方にある8つのジムを巡って８人のジムリーダーに勝利し、8個の《ジムバッジ》を手に入れる必要があるのだ。シンヤがジム戦をやりたいと言った時、リュウガもミコもいいよと言ってくれたので、シンヤたちの旅の目的は、ポケモン図鑑を完成させることと、8つのジム巡りをすることに決まったのだ。
ジョーイ「お預かりしたポケモンは、みんな元気になりましたよ」
シンヤ「ありがとうございます」
リュウガ「よし、すぐにクロガネシティに行…」
ミコ「ちょっと待って！」
シンヤ「ん？」
預けていたポケモンたちをジョーイさんから受け取ると、シンヤとリュウガは早速クロガネシティに向かおうと歩き出したのだが、ミコの『待って』という言葉でシンヤとリュウガは足を止めた。
リュウガ「どうした？」
ミコ「さっきジョーイさんから聞いたんだけど、今コトブキシティで《ポケッチ》のキャンペーンをやってるんだって！」
ポケッチとは、ポケモンウォッチ、ちぢめて《ポケッチ》と呼ばれている多機能アイテムだ。腕時計と同じように手首に付けるもので、様々なアプリを追加することで機能が増えていき、トレーナーの冒険をサポートしてくれるので、シンオウ地方では人気の商品だった。ミコの聞いた話によれば、そのポケッチが無料で貰えるというキャンペーンが、今コトブキシティでやっているらしい。そのキャンペーンの内容とは、このコトブキシティのどこかにいる3人のピエロを見つけ出し、３人のピエロが出すクイズに正解して、3つの《ひきかえけん》を手に入れるということだった。ミコはずっと前からポケッチを欲しがっていたのだが、ポケッチが少し高いこともあって買うのを我慢していた。しかし、今ポケッチが無料で貰えるキャンペーンがやっているので、これに乗らない手はないと思ったミコは、シンヤとリュウガを連れて、早速コトブキシティのどこかにいるピエロを探し回った。シンヤとリュウガが手伝ってくれたおかげで、すぐに３人のピエロを見つけることができたミコは、３人のピエロの出すクイズに正解して３つのひきかえけんを手に入れると、それをポケッチとポケッチのアプリを開発しているポケッチカンパニーの社長に渡してポケッチを手に入れた。そのあと、シンヤたちはクロガネシティを目指して203番道路を進んでいたのだが、203番道路を通った時に野生の《ラルトス》が現れたので、シンヤはそのラルトスをゲットした。
コトブキシティを出発してから3日後、シンヤたちはクロガネシティに到着した。そのあと、急いでクロガネジムに向かったのだが、ジムリーダーの《ヒョウタ》が《クロガネ炭鉱》という所に行っているため、今《クロガネジム》は休みだった。そこでシンヤは、リュウガとミコと一緒にクロガネ炭鉱にいるヒョウタに会いに行くと、自分とジム戦をしてほしいと頼んだ。ヒョウタが快くシンヤの挑戦を受けると先にクロガネジムに戻っていったので、シンヤはヒョウタとジム戦をするためにクロガネジムに向かった。クロガネジムに挑戦するには手持ちポケモンが3体いなければならないが、シンヤはクロガネシティに来る途中にラルトスを捕まえているので、手持ちのポッチャマとムックルを足せば手持ちが3体になるので問題なかった。そして、審判によるルール説明が行われると、シンヤは初めてのジム戦に挑戦した。
クロガネシティ・クロガネジム
シンヤ「ポッチャマ！『バブルこうせん』！」
ポッチャマ「ポッチャマァァァァッ‼︎」
バァァァァァァンッ‼︎
ズガイドス「ズガァァァァッ！？」
ヒョウタ「ズガイドス！」
バタンッ（ズガイドスが倒れる）
ズガイドス「ズ…ガァァ…(@_@)」
ヒョウタがいわタイプを使うということを事前に調べていたシンヤは、いわタイプに相性のいいポッチャマを繰り出し、ヒョウタが1体目に繰り出したがんせきポケモンの《イシツブテ》と2体目に繰り出したいわへびポケモンの《イワーク》を難なく倒すと、ヒョウタのエースポケモンである《ズガイドス》を引きずり出し、そのズガイドスをもポッチャマで簡単に倒してしまった。
審判「ズガイドス、戦闘不能！ポッチャマの勝ち！よって勝者、フタバタウンのシンヤ！」
シンヤ「やったぁ！」
ポッチャマ「ポチャァァッ！」
ピカァァァン‼︎（ポッチャマの体が光り輝く）
シンヤ「えっ？」
ポッチャマがズガイドスを倒すと、審判の判定により、ジム戦はシンヤの勝ちで終わった。すると、突然ポッチャマの体が光り始め、ポッチャマは光の中で姿を変え始めた。
ポッタイシ「ポタポタッ！」
シンヤ「おおっ！(✨∇✨)ポッチャマが《ポッタイシ》に進化した！」
ヒョウタ「シンヤくん、初めてのジム戦とは思えないほど、とても素晴らしいバトルだったよ」
シンヤ「どうも」
ヒョウタ「さぁ、これがクロガネジムに勝利した証、《コールバッジ》だ。受け取ってくれ」
シンヤ「ありがとうございます」
こうして、シンヤの相棒であるポッチャマはポッタイシに進化し、初めてのジム戦に勝利したシンヤは、ジムリーダーのヒョウタから、クロガネジムに勝利した証である《コールバッジ》を貰った。そして次の日の朝、シンヤたちはクロガネシティを出発すると、2日後に《ソノオタウン》にやってきた。
シンオウ地方・ソノオタウン
リュウガ「どこも花だらけだな。甘ったるい匂いばっかで頭がクラクラするぜ」
ミコ「いいじゃない。花には人の心を癒す力があるのよ」
ソノオタウンは『花の町』と呼ばれるだけあって、至るところに花が咲き誇っていた。シンヤたちはソノオタウンに到着すると、ソノオタウンのポケモンセンターの中に入ってポケモンたちをジョーイさんに預けると、次の目的地の《ハクタイシティ》に向けて準備をした。回復したポケモンたちをジョーイさんから受け取ると、シンヤたちはハクタイシティに向かうために205番道路にやってきた。すると、205番道路と書かれている看板がある近くで、頭に赤いリボンを付けている一人の女の子が蹲って泣いているのを見つけた。
シンオウ地方・205番道路
女の子「うぅ、ぅぅ（涙）」
ミコ「あの子、どうしたんだろ？」
シンヤ「聞いてみれば？」
リュウガ「よし、俺が話を聞いて…」
ガシッ（シンヤがリュウガの肩を掴む）
シンヤ「お前の怖い顔を見たら女の子が余計に泣いちゃうから、それはやめた方がいい」
リュウガ「どういう意味だァッ‼︎(╬｀Д´)」
シンヤ「その声のデカさも問題だな。ミコ、お前が聞いてこいよ」
ミコ「私が？」
シンヤ「あの子を見つけたのはお前なんだし、同じ女のお前なら、あまり警戒されないだろ」
ミコ「あ、そうだね」
シンヤの言うことも一理あると思ったミコは、女の子の目の前に歩いて行き、目の前で蹲っている女の子に目線を合わせるようにしゃがむと、女の子に優しく声をかけた。
ミコ「ねぇ、どうして泣いてるの？」
女の子「ぅぅ…宇宙人みたいな人が、パパに会わせてくれなくて…」
ミコ「えっ？宇宙…人？」
女の子「私のパパ、向こうにある《谷間の発電所》で働いてるんだけど、そこに宇宙人みたいな人がたくさんいて、パパに会わせてって言っても、意地悪して会わせてくれなくて」
ミコ「…谷間の発電所」
ミコはシンヤとリュウガの所に戻ると、女の子から聞いた話を2人に説明した。
シンヤ・リュウガ「「宇宙人？」」
ミコ「うん」
リュウガ「……ハクタイシティに急ぐぞ」
ミコ「ちょ、ちょっと！」
シンヤ「あの子をほっとくのかよ！」
リュウガ「宇宙人みたいな人間なんているわけないだろ！俺たち揶揄われてんだよ！」
ミコ「でもあの子、目元が真っ赤だったよ」
リュウガ「演技でもしてんじゃねぇの？」
シンヤ「…鬼」
リュウガ「なっ⁉︎」
シンヤ「鬼畜、怖い顔、悪魔、人でな…」
リュウガ「わかったわかった‼︎谷間の発電所に行けばいいんだろ‼︎」
シンヤ「最初から素直にそう言えばいいんだよ。ミコ、谷間の発電所には俺とリュウガが行くから、お前はあの子を見といてくれ」
ミコ「わかった」
さすがに泣いている女の子を一人残して先には進めないので、シンヤとリュウガは女の子が言っていたことを確かめるため、2人で谷間の発電所に向かった。すると、谷間の発電所の扉の前に、特徴的な緑色のおかっぱ頭をして、胸にGと描かれているステキファッションな制服を着ている一人の男が立っていた。
シンオウ地方・谷間の発電所の前
シンヤ「あれが女の子の言ってた宇宙人か…」
リュウガ「ただのコスプレだろ？…変な格好、つーかダセェ」
シンヤ「とにかく行ってみよう」
シンヤとリュウガは谷間の発電所の扉の前に歩いて行くと、扉の前に立っているおかっぱ頭の男に声をかけた。
シンヤ「あの〜、すいません。中に入れてもらってもいいですか？」
ギンガ団のしたっぱ「ダメだ。《ギンガ団》の仲間以外、誰にも中に入れるなと言われている。だから絶対に駄目だ」
シンヤ・リュウガ「「ギンガ団？」」
ギンガ団したっぱ「そうだ。だから諦めろ」
リュウガ「なるほど。つまり、アンタらは悪党ってことか？」
ギンガ団したっぱ「俺たちは悪党などではない。争いのない理想の世界を創るために、アカ…」
リュウガ「ナエトル！『はっぱカッター』！」
ポーーン‼︎
ナエトル「エァァァァオッ、トォォォルッ‼︎」
バァァァァァン‼︎
ギンガ団したっぱ「うわぁぁぁぁ⁉︎」
シンヤ「お、おい！いきなり攻撃してどうすんだよ！」
リュウガ「いいんだよ！どう見ても悪党なんだから！」
シンヤ「悪党じゃなかったらどうすんだよ？」
リュウガ「どっからどう見ても悪党だろうが！」
シンヤ（お前の方が悪党に見えるんだけど…）
ギンガ団したっぱ「この野郎‼︎」
リュウガ「シンヤ！ここは俺が引き受けるから、お前は女の子を父親を探してこい！」
シンヤ「あぁ〜〜もう！どうなっても知らねぇからな！」ダッ！
リュウガのやってることはめちゃくちゃだが、このままでは何も解決できないのも事実なので、シンヤはリュウガにこの場を任せると、急いで谷間の発電所の中に入って誰も入れないように鍵を閉めると、発電所の中をゆっくり歩いて先へと進み始めた。すると、部屋の奥にさっきのおかっぱ頭と同じ、胸にGと描かれている服を着た人物がいた。その人物は、毛先が跳ねている赤毛のショートヘアの女性で、白衣を着て眼鏡をかけている男性と一緒にいた。
赤毛の女性「ん？誰？」
シンヤ「俺はシンヤといって、ただの通りすがりのポケモントレーナーですけど」
赤毛の女性「ポケモントレーナー？おかしいわね？中に誰も入れるなって言っておいたのに」
シンヤ「そこにいる男の人に用があるんですけど」
白衣を着た男性「えっ？」
シンヤ「もしかしてですけど、頭に赤いリボンを付けた女の子のお父さんですか？」
白衣を着た男性「っ！娘を知っているのかい⁉︎」
シンヤ「さっきそこで泣いてましたよ」
白衣を着た男性「っ！頼む！娘に会わせてくれ！」
赤毛の女性「まだ仕事が終わってないんだからダメよ。あなたには、私たちギンガ団のために働いてもらわないと」
目の前の赤毛の女性と眼鏡をかけた男性のやり取りを見ていたシンヤは、さっきリュウガが言っていた通り、ギンガ団が悪党だということを理解した。
赤毛の女性「あなたも早く出て行きなさい。ここは子供のいる所じゃないわ」
シンヤ「断ると言ったら？」
赤毛の女性「だったら、ポケモンバトルでどうするか決めましょう。私が勝ったら、あなたには出て行ってもらう。その代わり、もしあなたが勝てたら、私たちギンガ団が消えてあげるわ」
シンヤ「いいだろう」
マーズ「決まりね。私の名は《マーズ》。ギンガ団にいる３人の幹部の一人」
ポーーン‼︎
ブニャット「ブニャァァッ‼︎」
ズバット「ズバッ‼︎」
シンヤ「ポッタイシ！ラルトス！頼む！」
ポーーン‼︎
ポッタイシ「ポタポタッ‼︎」
ラルトス「ラァァァルッ‼︎」
マーズはシンヤに名を名乗ると、取り出した２つのモンスターボールを宙に投げて、とらねこポケモンの《ブニャット》と、こうもりポケモンのポケモンの《ズバット》を繰り出した。それに対し、シンヤはポッタイシとラルトスを繰り出した。
マーズ「ブニャット！『のしかかり』！ズバットは『かみつく』！」
ブニャット「ブニャァァァッ‼︎」
ズバット「ズバァァァッ‼︎」
シンヤ「ラルトス！『ねんりき』で2体の動きを止めるんだ！」
ラルトス「ラァァァルッ‼︎」
ブニャット「ブニャッ⁉︎」
ズバット「ズバッ⁉︎」
シンヤ「今だポッタイシ！『バブルこうせん』！」
ポッタイシ「ポッタァァァァァッ‼︎」
バァァァァァァンッ‼︎
ブニャット「ブニャァァァッ⁉︎」
ズバット「ズバァァァッ⁉︎」
空中にジャンプしたブニャットがズバットと一緒に空から攻撃してくると、ラルトスは「ねんりき」を発動し、2体の攻撃を封じて身動きを取れないようにした。その隙にポッタイシが「バブルこうせん」を発射すると、ブニャットとズバットにダメージを与えた。
マーズ「まだよ！ブニャット『みだれひっかき』！ズバットは『どくどくのキバ』！」
ブニャット「ブニャァァァァッ‼︎」
ズバット「ズバァァァァッ‼︎」
シンヤ「一気に決めるぜ！ポッタイシ！『バブルこうせん』！ラルトスは『サイケこうせん』だ！」
ポッタイシ「ポッォォォ、タァァァァァッ‼︎」
ラルトス「ラァァァァ、ルゥゥゥゥッ‼︎」
ドォォォォン‼︎
ブニャット「ブニャァァァァッ⁉︎」
ズバット「ズバァァァァァッ⁉︎」
マーズ「ブニャット！ズバット！」
「みだれひっかき」を発動したブニャットと「どくどくのキバ」を発動したズバットが正面から向かってくると、ポッタイシとラルトスは同時に技を放ってブニャットとズバットを攻撃した。ポッタイシとラルトスの合体技を受けたブニャットとズバットはマーズの足元にまで飛んでいくと、目を回して倒れていた。
シンヤ「ふぃ〜、少しギリギリだったぜ」
マーズのポケモンバトルの実力は、以前バトルしたヒョウタより少し高かったため、勝つのに少し苦戦したシンヤだったが、なんとかマーズとのバトルに勝利した。
シュルルーーン
マーズ「まさか、私が子供に負けるなんてね。まぁいいわ。これだけ発電所のエネルギーを集めれば、ボスも満足するでしょ」
マーズはシンヤにそう言い残すと、シンヤとの約束を守って谷間の発電所から姿を消した。これが、シンヤたちとギンガ団の最初の戦いだった。そして、今回のギンガ団とのバトルを皮切りに、シンヤたちは《シンオウ神話》に深く関わることになるのだった。
ギンガ団がいなくなると、ミコが赤いリボンを付けている女の子と一緒に発電所にやってきて、女の子が父親と再会すると、シンヤとリュウガは発電所で何があったのかをミコに詳しく説明した。そのあと、2人に助けてもらったお礼を言われたシンヤたちは、次の目的地であるハクタイシティに向けて出発したのだった。
ハクタイシティに行くには、ハクタイシティに行く途中にある《ハクタイの森》という場所を通らなければならないので、シンヤたちはハクタイの森に向かった。そこでシンヤたちは、《モミ》という緑色の髪をしたトレーナーと出会った。するとモミから、『一人でハクタイの森を抜けられるのか不安なので一緒に行ってほしい』と頼まれたので、シンヤたちはモミと一緒にハクタイの森を進むことにした。ハクタイシティに向かう途中、シンヤのポケモンたちが野生のポケモンからダメージを受けると、モミはシンヤたちのポケモンの治療をしてくれた。そのおかげで、シンヤたちはバトルに専念でき、ハクタイの森にいる野生のポケモンとどんどんバトルした。その結果、シンヤのムックルは《ムクバード》に、ラルトスは《キルリア》に進化し、ミコのヒコザルは《モウカザル》に、リュウガのナエトルは《ハヤシガメ》に進化した。
辺りが暗くなってきたので、今日はハクタイの森でキャンプをすることにしたシンヤたちは、ハクタイの森で一晩明かした。そして、次の日の昼にハクタイの森の出口に到着すると、モミはシンヤたちにお礼を伝えて先に出口へと向かった。すると、シンヤたちも出口に向かって歩いていき、そのままハクタイの森を抜けるとハクタイシティに向かった。ハクタイシティに到着すると、リュウガとミコはハクタイシティを観光したいと言い出したので、シンヤはハクタイシティにある《ハクタイジム》に一人で向かった。そしてシンヤは、ハクタイシティのジムリーダーである《ナタネ》とのジム戦に勝利し、2個目のバッジである《フォレストバッジ》をゲットした。
ハクタイシティ・ハクタイジムの前
シンヤ「キルリアとムクバードのおかげで、あっさりバッジがゲットできたぜ」
シンヤがゲットしたばかりのフォレストバッジを手に持って眺めていると、シンヤの元にミコが走ってきた。
ミコ「シンヤ！」
シンヤ「あ、ミコ」
ミコ「ジム戦は終わったの？」
シンヤ「ああ、バッチリ勝ったぜ。…あれ？リュウガは？」
ミコ「それが大変なの！すぐに来て！」
ハクタイジムでのジム戦が終わったばかりなので、ポケモンたちを回復させるためにポケモンセンターに行きたいとシンヤは思ったが、切羽詰まった様子のミコに手を引っ張られたシンヤはリュウガのいる所に連れてこられた。その場所とは、Gと描かれたマークがある建物の近くだった。
ハクタイシティ・ギンガハクタイビルの前
シンヤ「あの建物にあるマークって…」
リュウガ「ああ。前に谷間の発電所で会った、《ギンガ団》って奴らの服についてたマークと同じだろ」
シンヤ「どうやってこの建物を見つけたんだ？」
リュウガ「街を散歩してたら、偶然この建物を見つけたんだ。それで何かあると思ったら、さっきギンガ団の奴らが、この建物の中に2体の《ピッピ》を連れてた男を運んでるのを見たんだ」
シンヤ「なるほど。つまりお前は、その人を助けたいと？」
リュウガ「このままほっとくのもあれだろ？」
シンヤ「そうだな」
ミコ「うん」
シンヤ「じゃ、殴り込むか」
リュウガ「おう！」
ギンガ団がこの建物の中に入っていった理由はわからないが、ギンガ団が連れ込んだ男とピッピたちを助けるために、シンヤたちはギンガ団が入っていった建物の中に侵入した。すると、建物の中にいた大勢のギンガ団のしたっぱにバトルを挑まれたので、シンヤたちは３人の力を合わせて全てのしたっぱたちを片付けると、2体のピッピを連れていた男が紫の髪を上下でお団子にまとめている女性と一緒にいる部屋にやってきた。
紫の髪をした女性「ん？何か用かしら？」
シンヤ「そのGのマークがある服を着てるってことは、アンタもギンガ団か？」
紫の髪をした女性「だったらどうするの？…いえ、聞くまでもないわね」
シンヤ「ああ、その人とピッピたちを助けにきた」
ミコ「シンヤ、カッコつけてる場合じゃないよ」
シンヤ「別にカッコつけてねぇよ」
紫の髪をした女性「シンヤ？…ああ、前にマーズに会った時に、谷間の発電所のエネルギーを集めているのをシンヤって子供に邪魔されたって言ってたけど、それってあなたのことだったの？」
シンヤ「だったら何だよ？」
ジュピター「私の名は《ジュピター》。マーズと同じ、ギンガ団の幹部の一人よ」
シンヤ「っ！マーズと同じ！」
ジュピター「あなたのような子供に、私たちギンガ団の野望を止められるとは思ってないけど、前に私たちの邪魔したんだから、少しお灸を据えてあげないとね」
ポーーン‼︎
スカタンク「タンクッ‼︎」
ズバット「ズバァァッ‼︎」
ジュピター「私たちギンガ団に逆らうとどうなるか、それを身をもって教えてあげる」
シンヤ「スカタンクにズバットか」
ジュピターが2体のポケモンを繰り出すと、シンヤは少し戸惑っていた。シンヤはナタネとジム戦をしたあと、ポケモンセンターに寄らずにここに来た。…いや、ミコに強引に連れて来られたと言い直そう。そして、この部屋に辿り着く前に、多くのギンガ団のしたっぱとバトルしている。そのため、ムクバードとキルリアのスタミナは限界に近づいていた。ポッタイシはナタネとのジム戦に出ていないし、ギンガ団のしたっぱとのポケモンバトルでもあまりダメージを受けなかったので無傷に近い状態だが、さすがにギンガ団の幹部のポケモン2体を相手にする余裕はなかった。
シンヤ「今の手持ちの状態じゃ、2対1は無理だな」
リュウガ「なら、こっちもポケモン2体で戦えばいいだけのことだ」
シンヤ「リュウガ」
リュウガ「フッw」
ポーーン‼︎
エレキッド「ビビィッ‼︎」
シンヤ「エレキッド⁉︎お前、いつの間にゲットしたんだよ？」
リュウガ「谷間の発電所でギンガ団を片付けたあとに、近くにいたのをゲットしてたんだ」
シンヤ「そうか。なら、これでちょうど2対2だな！」
ポーーン‼︎
ポッタイシ「ポタポタッ！」
リュウガがエレキッドをモンスターボールから出すと、シンヤはポッタイシを繰り出した。ポケモンはちょうど2体ずつだが、シンヤとリュウガは手を組んで戦うのでちょっとした変則バトルになってしまうが、ジュピターが2人でかかってきなさいと言うので、シンヤとリュウガはジュピターの言葉に甘えて2人で戦うことにした。
ジュピター「ズバット！ポッタイシに『かみつく』！スカタンクはエレキッドに『かえんほうしゃ』！」
ズバット「ズバァァッ‼︎」
スカタンク「ズカァァァァッ‼︎」
シンヤ「ポッタイシ！『バブルこうせん』！」
リュウガ「エレキッド『10まんボルト』！」
ポッタイシ「ポッタァァァァッ‼︎」
エレキッド「ビビビビビッ、ビィィィィィッ‼︎」
スカタンクの放った「かえんほうしゃ」がエレキッドに向かってくると、ポッタイシは「バブルこうせん」を「かえんほうしゃ」に放ってスカタンクの攻撃を相殺をした。すると、エレキッドは両腕をぐるぐる回し、コンセントのプラグにそっくりなツノに電気を発生させると、発生させた電気をポッタイシに向かって飛んできたズバットに発射した。ズバットにでんきタイプの技は効果抜群なので、エレキッドの「10まんボルト」を受けたズバットは地面に倒れて戦闘不能になった。
ズバット「ズ…バァァ…」
ジュピター「ズバット！くっ！スカタンク！『つじぎり』！」
スカタンク「タンクッ‼︎」
リュウガ「エレキッド！『かわらわり』！」
エレキッド「ビビィッ！ビィィィィィッ‼︎」
バァァァァァン‼︎
スカタンク「タンクゥゥッ⁉︎」
「つじぎり」を発動したスカタンクが突っ込んでくると、エレキッドは「かわらわり」を発動し、右手を大きく振り上げると、振り上げた右手をスカタンクの頭に思いっきり振り下ろしてダメージを与えた。
リュウガ「今だシンヤ！」
シンヤ「サンキュー！ポッタイシ！トドメの『バブルこうせん』だ！」
ポッタイシ「ポッォォォ、タァァァァッ‼︎」
「かわらわり」のダメージを受けたスカタンクにポッタイシが追撃の「バブルこうせん」を放つと、スカタンクはジュピターの足元に吹っ飛んでいった。
スカタンク「タァァン…クゥゥッ…(@_@)」
ジュピターが足元に飛んできたスカタンクを見ると、スカタンクは目を回して戦闘不能になっていた。
ミコ「やったぁ！シンヤとリュウガの勝ちよ！」
シンヤ「よし！」
リュウガ「やったぜ！」
コツンッ（シンヤとリュウガがグータッチをする）
シュルルーーン
ジュピター「まさか、私まで子供に負けるなんて。……いいわ、ここでの目的は終えたし。バトルに勝ったご褒美に、あなたたちに一つ教えてあげる」
シンヤ「ん？」
ミコ「えっ？」
リュウガ「ご褒美だと？」
ジュピター「私たちのボスの目的は、神話に登場する《伝説のポケモン》の力で新しい世界を創造し、争いのない平和な世界を作ること」
シンヤ「世界を創造だと？」
リュウガ「何言ってんだ？」
ジュピター「いずれわかるわ。もっとも、あなたたちがそれを見ることはないでしょうけど」
ジュピターはそう言い残すと、ビルに連れ込んだ男と2体のピッピを解放し、シンヤたちの目の前から姿を消した。そのあとシンヤたちは、2体のピッピのトレーナーの男に助けてもらったお礼を言われた。男からここに連れてこられた理由を聞くと、『ピッピは宇宙から来たポケモンだから寄越せ』とギンガ団は言ってきたようで、それを拒否すると強引にここに連れてこられたようだ。
男から話を聞いたあと、ポケモンセンターに向かったシンヤたちはバトルしたポケモンたちを回復させると、今日はポケモンセンターに泊まって明日の朝に《ヨスガシティ》に向かうことにした。そしてよく朝、シンヤたちがヨスガシティに出発しようとすると、昨日ジュピターたちから助けた男とバッタリ再会した。すると男は、シンヤたちをある場所に連れてきた。
ハクタイシティ・自転車屋
シンヤ「ここって…」
リュウガ「自転車屋だな」
自転車屋の店長「ああ、私はここの店長なんだ」
ミコ「えっ？そうだったんですか？」
自転車屋の店長「ああ。君たちをここに連れてきたのは、昨日ギンガ団という奴らから、私とピッピたちを助けてくれたお礼がしたくてね。良ければ、君たちに自転車をプレゼントさせてほしいんだ」
シンヤ「本当ですか！」
自転車屋の店長「ああ」
自転車をプレゼントしてもらえるというのは、シンヤたちにとって有難い話だった。シンヤたちがこれから向かうヨスガシティは、ハクタイシティとクロガネシティの間にある206番道路を通ればすぐに行けるのだが、そこは《サイクリングロード》になっているため、自転車がなければ通れないのだ。しかし、自転車があれば問題ないので、シンヤたちは自転車屋の店長に3つの自転車を貰うと、ヨスガシティに向かうためにサイクリングロードとなっている206番を進んでいった。
サイクリングロードを通っている途中、下の方に《まよいのどうくつ》と呼ばれている洞窟を見つけたので、ヨスガシティに行く前にそこに立ち寄ると、シンヤはそこで《フカマル》をゲットした。そして、シンオウ地方の中心に位置する最高峰の雪山であり、シンオウ地方に住む人々にとって神聖な山とされている《テンガン山》の洞窟を通ると、シンオウ地方の東部の大都市であるヨスガシティに到着した。
ヨスガシティに到着すると、シンヤは早速ヨスガシティにある《ヨスガジム》に向かったのだが、ジムリーダーの《メリッサ》がいないため、ジムに挑戦できなかった。ジムリーダーがいなければ仕方ないので、次のジムがある《トバリシティ》を目指そうとしたのだが、急にミコが《ポケモンコンテスト》に出たいと言い出したので、シンヤたちはヨスガシティにある《ポケモンスーパーコンテスト》の会場に向かった。
ポケモンスーパーコンテストとは、ヨスガシティのポケモンスーパーコンテストの会場で行われるもので、強さを競うバトルと異なり、ビジュアル、ダンス、演技といった項目で評価される。部門は、かっこよさ、うつくしさ、かわいさ、かしこさ、たくましさの5種類で、ランクはノーマルランク、グレートランク、ウルトラランク、マスターランクの4段階であるのだが、一番下のノーマルランクを優勝しなければ次のランクに挑戦できないのだ。
もしコンテストに出たポケモンが優勝した場合、参加した部門とランクに応じたリボンが贈られる。そして、ビジュアル審査でドレスアップした自分のポケモンの姿の絵が、しばらくコンテストホールに飾られるのだ。
ヨスガシティ・ポケモンスーパーコンテスト受付場所
ミコ「受付をお願いします」
受付のお姉さん「はい。……受付しました」
シンヤ「ミコのヤツ、偉く張り切ってるな」
リュウガ「絶対優勝するんだと」
？？？「へぇ〜、ミコちゃんコンテストに出るんだ」
リュウガ「えっ？」
シンヤ「な、何でここに⁉︎」
ミコがコンテストに出るための受付をしていると、椅子に座っているシンヤとリュウガの近くから、ある人物が声をかけてきた。その人物は、腰まで長い綺麗な水色の髪をしていて、銀色の大きいカチューシャを頭につけている女性だった。
ヴィヴィアン「フフッw」
シンヤ「母さん⁉︎何でここに⁉︎」
ヴィヴィアン「ヨスガシティに遊びに来てたら、偶然シンちゃんたちを見かけてね。みんな元気にしてた？」
リュウガ「は、はい」
シンヤ「ああ」
ミコ「シンヤ！リュウガ！受付が終わ……ヴィヴィアンさん⁉︎」
ヴィヴィアン「ミコちゃん、久しぶりね。コンテストに出るんだって？」
ミコ「は、はい。ノーマルランクのかっこよさコンテストに…」
ヴィヴィアン「そっか。じゃあ、ドレスを着ておしゃれをしなきゃね」
ミコ「えっ？ドレス？おしゃれ？」
ヴィヴィアン「ポケモンスーパーコンテストに出る時は、ポケモントレーナーはドレスを着ておしゃれしないといけないの」
シンヤ「母さん、随分ポケモンコンテストに詳しいな？」
ヴィヴィアン「そりゃそうよ。だって私、ポケモンスーパーコンテストのマスターランクで何度も優勝したことあるもの」
シンヤ「ええ〜〜っ！？Σ（・□・；）」
ヴィヴィアン「あれ？言ったことなかったけ？」
シンヤ「初耳だよ」
まさか自分の母親が、そんな凄い経歴の持ち主とは知らなかったので、シンヤは思わずビックリして大声を出してしまう。
ヴィヴィアン「とにかく、ミコちゃんはドレスを着ないとね」
ミコ「でも私、ドレスなんて持ってないです」
ヴィヴィアン「大丈夫。ドレスなら私が持ってきてるのを貸してあげるから」
ヴィヴィアンはそう言って、ミコを連れて女子更衣室に向かうと、ミコにドレスを着せたり、化粧をしたりして手伝った。そのあと、先に観客席に向かったシンヤとリュウガの所に行き、ミコの出番が来るまで待っていた。そして、やっとミコの出番になるとビジュアル審査が始まったので、テーマに沿ったアクセサリーでドレスアップされたモウカザルが出てきた。そして、次にダンス審査が始まり、最後の演技審査が終わると、ポケモンスーパーコンテストの審査員である、サスケ、ビック、ミミィの３人による最終得点の計算が行われた。
ポケモンスーパーコンテスト会場
サスケ「優勝者は……エントリーナンバー4番、ミコさんとモウカザルです！」
ミコ「わぁっw！」
ミミィ「おめでとうございます！」
ビック「優勝したミコさんのモウカザルには、《クールリボン》が贈られます。お受け取りください」
モウカザル「ウキィィッw」
観客席
リュウガ「すげぇ〜」
シンヤ「優勝しちゃったよ…」
ヴィヴィアン「ミコちゃん、ポケモンコンテストで輝く才能があるわね」
ノーマルランクのかっこよさコンテストが終わると、ドレス姿から私服姿に戻ったミコがポケモンスーパーコンテストの会場の入り口から出てきて、シンヤたちと合流した。
ヨスガシティ・ポケモンスーパーコンテストの会場の入り口
ミコ「見て見て！私、初めてのコンテストで優勝したよ！」
シンヤ「はいはい(￣▽￣)」
リュウガ「耳にオクタンだっての(-_-)」
ヴィヴィアン「よかったね、ミコちゃん」
ミコ「ヴィヴィアンさんのおかげです！」
ミコがコンテストで優勝した頃には、すっかり日暮れになっていたので、明日の朝に出発しようと話し合ったシンヤとリュウガとミコの３人は、ヨスガシティにあるポケモンセンターに向かった。ヴィヴィアンも明日の朝にはフタバタウンに帰ることに決めたようで、今日はシンヤたちと一緒にポケモンセンターに泊まり、シンヤたちがフタバタウンを旅立ってから、ここまでどんな冒険をしてきたのかをシンヤたちから聞いた。そして朝になると、シンヤたちはヴィヴィアンと別れて次のジムがある《トバリシティ》に出発し、ヴィヴィアンはフタバタウンに帰っていった。
トバリシティを目指す途中、《ズイタウン》の近くにやってきたシンヤたちは、石で作った《みたまの塔》というものがある近くでポケモンバトルをしていた。すると、シンヤたちのポケモンの技がみたまの塔に当たってしまい、みたまの塔が崩れ落ちると、みたまの塔に封印されていた《ミカルゲ》というポケモンが目覚めてしまった。シンヤはミカルゲをゲットするためにポケモンバトルを挑むと、なんとかバトルに勝利してミカルゲをゲットした。
ズイタウンを進んでトバリシティにやってきたシンヤは、トバリシティを観光をしたいと言い出したリュウガとミコと別れると、早速トバリシティの《トバリジム》に向かった。そこでシンヤは、かくとうタイプの使い手であるジムリーダーの《スモモ》を倒し、3つ目のジムバッジである《コボルバッジ》をゲットした。
スモモとのジム戦が終わると、ムクバードはムクホークに進化し、フカマルはガバイトへと進化した。そして、トバリシティから《ノモセシティ》にやってきたシンヤは、ノモセシティにある《ノモセジム》に挑戦すると、みずタイプの使い手のジムリーダー《マキシマム仮面》を倒し、4つ目のジムバッジとなる《フェンバッジ》をゲットした。
マキシマム仮面とのジム戦のあと、シンオウ地方のサファリゾーンである《ノモセ大湿原》に向かったシンヤたちは、500円を払ってサファリゲームに参加すると、それぞれ新しいポケモンをゲットした。
ノモセシティ・ノモセ大湿原
シンヤ「ヘヘッw、《スコルピ》ゲット」
リュウガ「これで手持ちが6体になったし、バッジも4つになったな」
シンヤ「ああ。今の手持ちなら、誰が相手でも負ける気がしないぜ」
リュウガ「ミコ、次のジムがある所はどこだ？」
ミコ「ここから近いジムは、前に行ったヨスガシティね」
シンヤ「ジムリーダーが帰ってきてるといいんだがな」
どごおおっおっ‼︎
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「っ！？」」」
ノモセ大湿原から出てくると、シンヤたちはヨスガシティに向かおうとした。その時、突然ノモセ大湿原から何かが爆発するような音が聞こえてきて、大きな地震が発生した。すると、ノモセ大湿原の中から緑色のおかっぱ頭をして胸にGと描かれているステキファッションな制服を着ている一人の男が出てきた。
シンヤ「お前は、ギンガ団の！」
ギンガ団のしたっぱ「ゲッ⁉︎お前らは、谷間の発電所の時の！」
リュウガ「っ！あの時のおかっぱ頭か！」
シンヤ「お前、ノモセ大湿原で何をしていた！」
ギンガ団のしたっぱ「なにもしてない。届いた《ギンガ爆弾》の威力をノモセ大湿原で試せと言われたから、ノモセ大湿原に爆弾を仕掛けて、そのあと爆弾のボタンを押しただけだ」
ミコ「とんでもないことしてるじゃない！(╬｀Д´)」
ギンガ団のしたっぱ「あっ、実験の結果をボスに報告しないと！」
リュウガ「ボスだと！」
ギンガ団のしたっぱ「あばよ！」ダッ！
シンヤ「あっ、待て！」
ギンガ団のしたっぱが《リッシ湖》の方に逃げて行くと、シンヤたちはギンガ団のしたっぱを捕まえるために後を追いかけた。
シンオウ地方・215番道路
リュウガ「クソッ！」
ミコ「見失っちゃった」
シンヤ「どこに行ったんだ……おっ、あの人に聞いてみるか」
逃げたギンガ団のしたっぱを追いかけてきたシンヤたちは、ノモセシティから215番道路にやってきたのだが、ギンガ団のしたっぱの逃げ足が速かったため、途中でギンガ団のしたっぱを見失ってしまった。すると、215番道路と書かれている看板の近くに誰か立っているので、ここに逃げてきたギンガ団を見ていないかを聞くため、シンヤたちは215番道路と書かれている看板の前に向かった。
シンヤ「あの〜…！」
リュウガ・ミコ「「！？」」
？？？「ん？何かしら？」
看板の前に立っている人の顔を見ると、シンヤたちはギョッとした。なぜなら、シンヤが声をかけた人物は、シンオウ地方の人間なら誰もが知っている人物だったからだ。その人物は、膝あたりまで伸びた金髪の長い髪をしている女性で、左目が前髪で隠れており、特徴的な銀色の目をしていた。服装は、袖と裾にファーの付いた黒いコートを着ており、左右の側頭部に黒い雫型の髪飾りを二つずつ付けていた。
シンヤ「もしかして…」
リュウガ「シンオウ地方のチャンピオンの…」
ミコ「《シロナ》さんですか⁉︎」
シロナ「ええ、そうよ。あなたたちは？」
シンヤ「俺は、シンヤといいます！」
リュウガ「リュウガです」
ミコ「私はミコです」
シロナ「シンヤくんにリュウガくんにミコさんね。じゃあ改めて。初めまして、私はシロナ。ポケモンの神話を調べてるの」
シンヤ「ポケモンの神話？」
シロナ「ええ」
リュウガ「あの、シロナさん」
シロナ「ん？何かしら？」
リュウガ「さっきここに、緑色のおかっぱ頭をしてて、胸にGと書いてある服を着た男が来ませんでしたか？」
シロナ「ええ、来たわよ。なんだかすごく慌ててる様子で、《カンナギタウン》の方に走っていったけど」
シンヤ「カンナギタウンに？」
ミコ「どうする？カンナギタウンに行くと、ヨスガシティからかなり離れちゃうけど？」
シンヤ「このまま奴を放っておくわけにいかないだろ」
リュウガ「それに、ナナカマドの爺さんから、シンオウ地方にいる全てのポケモンを見てきてほしいって言われてんだから、まだ行ったことのないカンナギタウンに行って、どんなポケモンがいるかを確認しないとな」
シロナ「あら？あなたたち、ナナカマド博士の手伝いをしてるの？」
シンヤ「ええ。ナナカマド博士から、ポケモン図鑑を完成させてほしいって」
シロナ「そうなんだ。だったら、珍しいポケモンがたくさんいるカンナギタウンに行くのは正解かもしれないわ。…あっ、そうだ。あなたたちにお願いしたいことがあるんだけど、いいかな？」
シンヤ「頼み？何ですか？」
シロナ「この《こだいのおまもり》を、カンナギタウンにいる私のお婆ちゃんに渡してほしいの。私のお婆ちゃん、カンナギタウンの長老でね」
シンヤ「別にいいですよ。どの道カンナギタウンに行くんですから。なっ？」
リュウガ「ああ」
ミコ「うん」
シロナ「ありがとう」
シンヤたちはシロナからこだいのおまもりを受け取ると、ギンガ団のしたっぱを追いかけるためにカンナギタウンに出発した。
シンオウ地方・カンナギタウン
シンヤ「ここが、カンナギタウンか…」
リュウガ「シンオウの大地が生まれた時からある町だと言われていて、シロナさんの故郷でもある町か」
ミコ「この町のどこかに、さっき逃げたギンガ団がいるはずだから、長老さんより先にそっちを捜そう」
「出て行け！」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「ん？」」」
シンヤたちがこの町のどこかにいるギンガ団のしたっぱを捜していると、町の中央にある祠の方からお婆さんの怒鳴り声が聞こえてきたので、シンヤたちは祠のある場所に向かった。そこでは一人のお婆さんとシンヤたちが追っていたギンガ団のしたっぱが、祠の裏にある2体のポケモンの壁画の前で言い争いをしていた。
お婆さん「お前たちに話すことなどなにもない！出て行け！」
ギンガ団のしたっぱ「何も話さないと言うなら、ここをギンガ爆弾で吹き飛ばしてやる！それが嫌なら、ポケモンバトルで俺に勝つことだな！」
スッ（シンヤたちが現れる）
ミコ「じゃあそのバトル！」
シンヤ「その人の代わりに！」
リュウガ「俺たちが受けてやるぜ！」
ギンガ団のしたっぱ「ゲッ⁉︎こんなとこまで追ってきたのか⁉︎」
リュウガ「今度こそ」
シンヤ「絶対に」
ミコ「逃さないから！」
ギンガ団のしたっぱ「クソッ！こんなとこまで追ってきやがって！デルビル！ニャルマー！アゲハント！いけ！」
ポーーン‼︎
デルビル「デルビッ‼︎」
ニャルマー「ニャャァルッ‼︎」
アゲハント「アァァァッ‼︎」
シンヤ「ポッタイシ！」
リュウガ「ハヤシガメ！」
ミコ「モウカザル！」
ポーーン‼︎
ポッタイシ「ポタポタッ‼︎」
ハヤシガメ「ハヤシッ‼︎」
モウカザル「ウキィィッ‼︎」
ギンガ団のしたっぱがデルビルたちを繰り出してポケモンバトルを挑んできたので、シンヤたちは相棒ポケモンを繰り出して、ギンガ団のしたっぱとポケモンバトルを始めた。
シンヤ「ポッタイシ！デルビルに『バブルこうせん』！」
ポッタイシ「ポッォォォォ、タァァァァッ‼︎」
リュウガ「ハヤシガメ！『はっぱカッター』！」
ハヤシガメ「ハンガァァァァッ‼︎」
ミコ「モウカザル！『かえんほうしゃ』！」
モウカザル「ウッキィィィッ‼︎」
ドォォォォォォンッ‼︎
デルビル「デルビッ⁉︎」
ニャルマー「ニャァァァッ⁉︎」
アゲハント「アァァァァッ⁉︎」
ピカァァァァァン‼︎（ポッタイシとハヤシガメとモウカザルの体が光り輝く）
ポッタイシがデルビルに、ハヤシガメがニャルマーに、モウカザルがアゲハントに技を放って攻撃すると、デルビルたちは一撃で戦闘不能になってその場に倒れた。すると、シンヤの相棒ポケモンであるポッタイシ、リュウガの相棒ポケモンのハヤシガメ、ミコの相棒ポケモンのモウカザルの体が光り始め、ポッタイシたちは光の中で進化を始めた。
エンペルト「エンペェェェェェッ‼︎」
ドダイトス「ドォォォォォダァァァッ‼︎」
ゴウカザル「ウッキィィィィィ‼︎」
シンヤ「おお〜っ‼︎」
リュウガ「ついに最終進化形に進化したか！」
シンヤたちがギンガ団のしたっぱにあっさり勝てたのは、相手が弱かったというのもあるが、シンヤたちもポケモンたちも、ここまで冒険してきたことで大きく成長している。その経験の積み重ねが、ポッタイシたちやシンヤたちをここまで強くしたようだ。
シュルルーーン
ギンガ団のしたっぱ「クソッ！覚えてろよ！」
自分のポケモンたちをモンスターボールの中に戻したギンガ団のしたっぱはそう言い残すと、カンナギタウンを去っていった。すると、シンヤたちの目の前にギンガ団のしたっぱと言い争っていたお婆さんがやってきた。
長老「お前さんたちのおかげで助かった。カンナギタウンの《長老》として礼を言うよ」
シンヤ「えっ？じゃあもしかして、あなたがシロナさんのお婆さんですか？」
長老「ん？シロナを知っとるのか？」
リュウガ「知ってるというか…」
ミコ「さっき知り合ったというか…」
シンヤ「えっと、これをあなたに渡すように頼まれまして…」
スッ（長老にこだいのおまもりを渡す）
長老「おおっ、そうだったのかい。ありがとう」
ミコ「あの、お婆さん」
長老「ん？」
ミコ「この壁画に描いてある2体のポケモンって…」
長老「ああ、《ディアルガ》と《パルキア》のことかい？」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「ディアルガとパルキア？」」」
長老「ん？お前さんら、ディアルガとパルキアのことを知らんのか？」
シンヤ「はい」
リュウガ「初めて聞きました」
ミコ「私もです」
長老「そうか。…よし、お前さんらに良いものを見せてやろう」
長老はそう言うと、シンヤたちをカンナギタウンの遺跡の中に案内し、カンナギタウンに昔からある壁画を３人に見せた。壁画には、よくわからない模様が壁の一面に書かれていて、三角形に並んでいる3体のポケモンと、3体の中央で光っているものが描いてあった。
カンナギタウン・遺跡の中
長老「この壁画に描いてある3体のポケモンは、シンオウ神話に登場し、この世界を創ったと言われている《神》と呼ばれし2体のポケモン、ディアルガとパルキアを制御する力を持っていると言われているポケモンたちじゃ」
シンヤ「神と呼ばれしポケモン」
リュウガ「ディアルガと…」
ミコ「パルキア…」
長老「このシンオウ地方のどこかにいると言い伝えられておるが、詳しい居場所は誰にもわからん。ただ、この壁画に描いてある3体のポケモンたちに会えば、ディアルガとパルキアに会うことができると昔から言い伝えられておる。3体はそれぞれ、《感情の神》、《意思の神》、《知恵の神》と呼ばれているポケモンたちでな。この３体によって、世界のバランスを保っていると言われていて、シンオウ地方のどこかにある湖に住んでいると言われておる」
？？？「やはりそうだったか」
シンヤ・リュウガ・ミコ・長老「「「「っ！？」」」」
シンヤたちが長老の話を聞いていると、遺跡の入り口から男の声が聞こえてきたので、シンヤたちは遺跡の入り口の方に振り向いた。するとそこには、黒を基調とした服装をしており、逆立った青髪に三白眼をしている男が立っていた。しかもその男の服には、ギンガ団の印であるGのマークがあったので、目の前にいる男がギンガ団の人間だということにシンヤたちが気づくと、ギンガ団の男はシンヤたちの近くに歩いてきた。
シンヤ「アンタもギンガ団か？」
アカギ「これは失礼した。私の名は《アカギ》。くだらない争いをこの世からなくし、理想の世界を創るために、ディアルガとパルキアを追い求めている者だ。そして、君の察しの通り、ギンガ団の人間であり、ギンガ団を束ねる者でもある」
リュウガ「ってことは、アンタがギンガの親玉ってことか？」
アカギ「そうなるかな。ところで、マーズやジュピターが言っていた、我々ギンガ団の邪魔をしている子供たちとは君たちのことかな？」
リュウガ「だとしたら何だ？やるか！」
シンヤ「リュウガ、止めとけ」
リュウガ「えっ？」
シンヤ「この男の実力、俺たちが３人がかりで戦っても勝てるような相手じゃない」
リュウガ「っ！」
アカギ「ほぅ、意外と物分かりがいい子供だな」
シンヤ「勘違いするな。勝てるような相手じゃないことは理解しているが、アンタが戦う気なら、俺たちは迷わず戦うぜ」
アカギ「フッw、私は無駄な争いは好まない主義でね。君たちと戦うつもりはないから安心したまえ。それに、私はカンナギタウンにあるその壁画を見に来ただけだ」
長老「壁画じゃと？」
アカギ「さっき言った通り、私はディアルガとパルキアを探していてね。あなたのおかげで、ディアルガとパルキアに会う方法もわかった。あとは、湖にいる3体を捕えるだけだ」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「っ！」」」
アカギ「邪魔をしたければいつでも来るがいい。君たちのような子供に、私の目的を止めることなど無理だろうがな」
アカギはシンヤたちにそう言い残すと、遺跡の外に歩いていき、そのままシンヤたちの前から姿を消した。すると、緊張の糸が切れてしまったのか、ミコがその場に両膝をついて座り込んでしまう。
ミコ「ハァ〜〜」
リュウガ「大丈夫か？」
ミコ「うん。…けど、ちょっと怖かった」
シンヤ・リュウガ「「っ…」」
ミコがそう言うと、シンヤとリュウガは顔をしかめた。その理由は、ギンガ団のボスであるアカギが現れた時、シンヤとリュウガもミコと同様に、アカギの放つ威圧感を感じ取っていたからだった。あのアカギという人間は、シンヤとリュウガとミコの３人が生まれて初めて出会うタイプの人間であり、他の人間にはない狂気を持っていた。そんな人間を初めて目の当たりにしたミコは、完全にアカギに呑まれてしまったようだ。
シンヤ「…」
シンヤの回想…
アカギ『理想の世界を創るために、ディアルガとパルキアを追い求めている』
シンヤの回想が終わる。
シンヤ（ディアルガとパルキアか…）
『理想の世界を創るために、ディアルガとパルキアを追い求めている』。さっきアカギが言ったその言葉が、シンヤの心にすごく引っかかっていた。しかし、そう遠くないうちに、シンヤがアカギのその言葉の意味を理解し、アカギ率いるギンガ団と、やがてシンオウ地方の……いや、世界の命運を賭けて、アカギたちギンガ団と戦うことになるということを、シンヤたちはまだ知らなかった。
遺跡でアカギと出会ったあと、カンナギタウンのポケモンセンターに泊まったシンヤたちは、朝早くにカンナギタウンを出発すると、210番道路を通って再びヨスガシティにやってきた。そこでシンヤは、ヨスガシティのヨスガジムに戻ってきている《メリッサ》を倒し、5つ目のバッジとなる《レリックバッジ》をゲットした。そして、次のジムがある《ミオシティ》に向かったシンヤは、《ミオジム》のジムリーダーである《トウガン》を倒し、6個目のジムバッジとなる《マインバッジ》をゲットした。
ミオシティ・ミオジムの前
シンヤ「これで6個目のバッジだ」
リュウガ「あと2つで、やっとシンオウリーグに出られるな」
シンヤ「ああ」
ミコ「シンヤ！リュウガ！」
シンヤとリュウガがミオジムから出てくると、ミオジムの前に、シンオウ神話を調べるために《ミオ図書館》に行っていたミコがやってきた。
シンヤ「ミコ」
リュウガ「どうした？そんなに慌てて？」
ミコ「さっき、ミオ図書館でナナカマド博士に会ったの。そしたら博士が、私たちに話したいことがあるから2人を呼んできてほしいって」
ミコからそう聞くと、シンヤとリュウガはミコと一緒にミオ図書館に向かった。そして、図書館の階段を登っていくと、図書館の3階にナナカマド博士が座っていた。
ミオシティ・ミオ図書館の3階
ナナカマド博士「シンヤ、リュウガ、久しぶりだな」
シンヤ「ナナカマド博士」
リュウガ「何だよ？俺たちに話したいことって？」
ナナカマド博士「とりあえず、３人とも座ってくれ」
ナナカマド博士にそう言われると、シンヤとリュウガとミコは博士の近くにある椅子に座った。
ナナカマド博士「さっきミコくんにここでバッタリ会ったとき、お前たちがフタバタウンを旅立ってから、ここまでどういう旅をしてきたのかを聞いた」
リュウガ「そんなことより、俺たちをここに呼んだ要件を話してくれよ」
ナナカマド博士「相変わらずせっかちだな。まあいい。実は、お前たち３人に頼みたいことがあってな」
シンヤ「頼みたいこと？」
ナナカマド博士「ウムッ。これからお前たち３人に、《シンジ湖》、《リッシ湖》。そして、《エイチ湖》という3つの湖に行ってほしいのだ」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「3つの湖？」」」
ナナカマド博士「うん。なんでもその3つの湖には、伝説のポケモンがいると言われていてな」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「伝説のポケモン⁉︎」」」
ナナカマド博士「ああ。滅多に見ることができない特別なポケモンで、人智を超えた力を持つと言われているポケモンたちだ。そのポケモンたちが、さっき言った3つの湖にいることが判明してな。そこでお前たち３人に、3つの湖を調査してきてもらいたいのだ」
ミコ「それって…」
シンヤ「俺たちに、1人で３つの湖に行けってことですか？」
ナナカマド博士「ウムッ。お前たちは３人、湖も3つ。ならば、別れて調査した方が早いだろう」
シンヤ・リュウガ・ミコ「「「……」」」
ナナカマド博士「ん？どうした？」
リュウガ「あ、いや…」
ミコ「私たち、ずっと３人で行動してたから、1人で行くのが不安で…」
シンヤ「…けど、いずれ1人で旅をすることを考えれば、今のうちに慣れておくことも必要だろ。それに、俺たちにはポケモンがいるんだ。決して1人なんかじゃない」
ナナカマド博士「ウムッ。シンヤの言う通りだ。お前たち３人は、これまで一緒に旅をしてきた。だから、いきなり1人になれと言うのは酷かもしれん。だが、お前たちのそばにはポケモンたちがいる。だから、お前たちは決して1人ではない」
リュウガ「…そうだな」
ミコ「うん」
ナナカマド博士「うん。では、シンヤはリッシ湖に、リュウガはエイチ湖。そして、ミコくんは私と一緒にシンジ湖に。それでいいか？」
ミコ「はい」
リュウガ「いいぜ」
シンヤ「…ナナカマド博士」
ナナカマド博士「ん？」
シンヤ「俺、リッシ湖に行く前に《こうてつじま》で修行したいんですけど…」
ナナカマド博士「構わんよ。別に急いで湖に行く必要もないからな」
シンヤ「ありがとうございます」
ミコ「…じゃあ2人とも…」
リュウガ「ああ…」
シンヤ「少しの間、お別れだな」
こうして、リュウガはエイチ湖、ミコはナナカマド博士と一緒にシンジ湖に向かい、シンヤはこうてつじまに向かった。
こうてつじまは、はがねタイプのポケモンが多く生息していて、ポケモントレーナーがポケモンを鍛える場所として有名だった。そのこうてつじまに行って修行すれば、もっと強くなれると思ったシンヤは、船に乗ってこうてつじまに向かうと、早速こうてつじまにいるポケモンたちを相手に修行を始めた。しかし、修行の途中に2人のギンガ団がこうてつじまにいるのを見かけたシンヤは修行を中断すると、2人のギンガ団の後を追ってこうてつじまの洞窟にやってきた。そこでシンヤは、青いつばのある帽子を被り、青いスーツを着ている《ゲン》という人物と出会った。ゲンは、はどうポケモンの《ルカリオ》を相棒にしていて、シンヤと同様に、このこうてつじまで修行していたらしいのだが、最近こうてつじまにいるポケモンたちが騒いでいたらしいので、ルカリオと一緒にその理由を調べていたらしい。
シンヤはゲンに、ポケモンが騒いでいる理由を一緒に調べてほしいと頼まれたので、ゲンと一緒に同行することにして、ポケモンたちが騒いでいる原因を調べていた。すると、ポケモンたちが騒いでいた原因が、さっきシンヤが見かけた2人のギンガ団の仕業だとわかったので、シンヤとゲンは力を合わせて、こうてつじまで悪さをしていた2人のギンガ団を撃退した。撃退した2人のギンガ団がこうてつじまから出ていくのを見届けると、シンヤはゲンから協力してくれたお礼にと、ポケモンのタマゴを貰った。そして次の日の朝、こうてつじまからミオシティに向かう船に乗ると、シンヤはミオシティに戻ってきた。
シンオウ地方・ミオシティ
シンヤ「さて、こうてつじまの次はリッシ…」
どごおおっおっ‼︎
シンヤ「うわっ⁉︎」
こうてつじまからミオシティに戻ってきたシンヤは、この前ナナカマド博士に行くように頼まれたリッシ湖に向かおうとした。するとその時、どこかからもの凄い爆発音が聞こえてきて、ミオシティ全体に地震が発生した。
シンヤ「何だ⁉︎今の地震⁉︎」
揺れはすぐに収まったが、突然の地震にミオシティの人たちは驚いていた。すると、ポケモンセンターの中から一人のポケモントレーナーが出てきて、リッシ湖で謎の爆発が起きたと騒いでいた。それを聞いたシンヤは何か嫌な予感がしたのを感じると、急いでリッシ湖へと向かった。
シンオウ地方・リッシ湖
シンヤ「こ、これは…」
大量のコイキング「「「ココココココッ！」」」
リッシ湖にやってくると、シンヤは変わり果てたリッシ湖の景色に驚いていた。なぜなら、リッシ湖にあった水が全て干上がっていて、湖の水が干上がったリッシ湖の近くで無数のコイキングたちが苦しそうに飛び跳ねていたからだ。
シンヤ「一体、リッシ湖で何があったんだ？」
？？？「爆弾を使ったのさ」
シンヤ「っ！」
シンヤが独り言を呟くと、それに答える声が後ろから聞こえてきたので、シンヤは後ろに振り向いた。すると、シンヤの後ろに大勢のギンガ団のしたっぱと、ネコ耳のように上に跳ねた青い髪が特徴的の一人の男が立っていた。その男の着ている服には、ギンガ団の一員の印であるGのマークがあった。
シンヤ「お前もギンガ団か？」
サターン「ああ。僕の名は《サターン》。ギンガ団の幹部の一人だ」
シンヤ「ってことは、マーズやジュピターと同じってことか」
サターン「同じ幹部であることに違いはないが、僕の実力は2人より遥かに高いよ」
シンヤ「そんなことはどうでもいい。それより、さっき爆弾を使ったと言っていたな」
サターン「ああ、ギンガ爆弾のことか」
シンヤ「ギンガ爆弾って、ノモセ大湿原でギンガ団のしたっぱが使った…」
サターン「そう。それと同じ爆弾を使って、このリッシ湖の湖の水を全て吹き飛ばしたのさ。この湖に眠っていると言われている、伝説のポケモンを捕えるためにね」
シンヤ「っ！じゃあ、シンジ湖とリッシ湖も、ここと同じように！」
サターン「いや、爆発するように言われたのはここだけさ。なぜアカギ様がここだけ爆発するように言われたのか、それはわからないがな」
シンヤ（ってことは、リュウガとミコの方は大丈夫そうだな）
サターン「さて、伝説のポケモンは捕らえたし、僕はこれで失礼させてもらうよ。まだやる事があるのでね」
シンヤ「このまま逃すと思うか！」
ジジッ（通信型のイヤホンに連絡が入る）
サターン「ん？アカギ様」
シンヤ「何？アカギだと？」
サターン「……はっ、わかりました」
ピッ（通信を切る）
サターン「いいことを教えてやる。たった今、アカギ様からシンジ湖とエイチ湖に眠っていた2体の伝説のポケモンを捕らえたと報告があった。しかも、邪魔をしてきた2人の子供のトレーナーを、マーズとジュピターが倒したとな」
シンヤ「何っ⁉︎リュウガとミコを！」
サターン「僕に構っている暇があるなら、仲間の所に向かったらどうだ？」
シンヤ「っ！」
サターンはシンヤにそう言うと、ギンガ団のしたっぱと共にリッシ湖から姿を消した。そのあとシンヤは、ここから一番近いシンジ湖に向かい、そこでミコとナナカマド博士と合流すると、シンジ湖に眠る伝説のポケモンをマーズに捕らえられたということを2人から聞いた。そのあと、マーズとのバトルで傷ついたミコのポケモンの治療をしたシンヤは、ミコと一緒にリュウガのいるエイチ湖に向かった。エイチ湖に辿り着くと、ジュピターに負けたリュウガが倒れているのを見つけたシンヤとミコは、リュウガとポケモンたちを治療するために《キッサキシティ》にあるポケモンセンターに向かった。
その次の日に、ポケモンセンターのベッドの上で目を覚ましたリュウガから、ギンガ団のアジトがトバリシティにあるとジュピターが言っていたと聞いたシンヤは、準備ができたらトバリシティに行こうと言い出した。しかしリュウガは、今の自分ではギンガ団に勝てないから修行すると言い出した。すると、私も一緒に特訓したいとミコが言い出したので、リュウガとミコは強くなった時に会おうとシンヤと約束すると、キッサキシティを去っていった。2人を見送ったシンヤは一人でトバリシティに向かおうとしたが、先にジム戦をすることにして、キッサキシティの《キッサキジム》に向かった。すると、その途中にゲンから貰ったポケモンのタマゴが光り出し、はもんポケモンの《リオル》が生まれた。そして、シンヤはキッサキジムの前にやってくると、テンガン山で手に入れた《めざめいし》をキルリアに使って《エルレイド》に進化させた。そのあと、キッサキジムのジムリーダーである《スズナ》にジム戦を挑んで勝利し、7個目のジムバッジになる《グレイシャバッジ》をゲットした。
スズナとのバトルに勝利したあと、スコルピは《ドラピオン》に進化し、キッサキシティのポケモンセンターでポケモンたちを回復させたあと、シンヤはトバリシティにあるギンガ団のアジトに乗り込んだ。そこでシンヤは、多くのギンガ団のしたっぱを蹴散らし、ギンガ団のボスであるアカギのいる部屋にやってきた。
トバリシティ・ギンガトバリビル
アカギ「ここまでやってくるとはな」
シンヤ「…」
アカギ「フッw、カンナギタウンで会った時は、私を見て怖気付いていたのに、今は私を見ても怖気付かないどころか、いい目をするようになったな」
シンヤ「確かにあの時は、俺もリュウガもミコも、アンタの威圧感に少し呑まれてた。けど、今は違う！たくさんのバトルを経験して、俺は…いや、俺もポケモンたちも、アンタと出会った時よりずっと強くなった！」
アカギ「そのようだ。マーズやジュピターから手こずったと聞いた時から、君とは戦ってみたいと思っていてね」
シンヤ「っ！」
アカギ「だが、私はこれから《テンガン山》でやる事がある。だから君の相手をしている暇はないんだ。どうしても私と戦いたければ、テンガン山に来たまえ。そこで決着をつけよう」
シンヤ「…アンタたちが湖で捕らえた3体のポケモンはどこにいる？」
アカギ「《エムリット》と《アグノム》と《ユクシー》のことか？」
シンヤ「それが、湖にいる3体の名前か？」
アカギ「そうだ。もうあのポケモンたちは必要なくなってね。君が引き取りたいのであれば、処分する手間が省ける」
シンヤ「何のために湖の伝説のポケモンを集めたんだ？」
アカギ「フッw、《あかいくさり》を作るためだ」
シンヤ「あかいくさり？」
アカギ「あかいくさりは、シンオウ地方を生み出した伝説のポケモンを繋ぐと言われる神話の道具でね。それを作るためには、エムリット、アグノム、ユクシーの3体が必要だった。そして、あかいくさりを《やりのはしら》で使えば、異次元にいるディアルガとパルキアを呼び出す事ができるのだ」
シンヤ「ディアルガとパルキアを呼び出して何をするつもりだ？」
アカギ「この世界を消しさり、新世界を創造するためさ」
シンヤ「新世界だと？」
アカギ「そう。今の世界は争いに満ちている。そんな世界を消し去り、新たな世界を創造する。それが私の目的だ」
シンヤ「争いに満ちているだと。笑わせるな。お前らギンガ団によって傷ついた人間やポケモンたちはどうなんだ？ああいうのも一つの争いだろうが！」
アカギ「平和な世界を創るためには、多少の犠牲はやむを得ないのだよ」
シンヤ「ふざけるな！そんなのただの独りよがりだろうが！」
アカギ「君の意見などどうでもいい。私はこれからテンガン山に向かい、ディアルガとパルキアを呼び起こす。それだけだ」
シンヤ「っ！」
アカギ「エムリットたちを助けたいなら、この部屋の先にあるワープパネルを乗りたまえ。そうすれば、３体のいる部屋に直接行ける」
アカギはシンヤにそう言い残すと、後ろにあるワープパネルに乗って姿を消した。それを見たシンヤは、目の前のワープパネルに乗ってアカギを追おうとしたが、先にエムリットたちを助けるために、部屋の先にあるワープパネルに乗ってエムリットたちがいる部屋に向かった。
シンヤ「ここは…あっ！」
エムリット「エムゥゥゥッ⁉︎」
アグノム「アグゥゥゥッ⁉︎」
ユクシー「ユクゥゥゥッ⁉︎」
シンヤ「エムリット！アグノム！ユクシー！」
シンヤはワープパネルに乗ると、アカギがあかいくさりを作り出した部屋にやってきた。その部屋には、感情の神エムリット、意思の神アグノム、知識の神ユクシーの3匹がマシンの中に閉じ込められていて、とても苦しそうな顔をしていた。それを見たシンヤはモンスターボールを取り出すと、すぐにエムリットたちを助けようとした。すると、シンヤたちのいる部屋にギンガ団の幹部であるサターンが入ってきた。
サターン「まさか、コイツらを助けるためにここまで来るとはな」
シンヤ「サターン！」
サターン「お前がそいつらをどうしようがどうでもいいが。せっかくここまで来てくれたんだ。ギンガ団のもてなしをしてやる」
ポーーン‼︎
ドサイドン「ドサァァァァッ‼︎」
ブーバーン「ブゥゥゥゥバッ‼︎」
サターンが手に持っていた２つのモンスターボールを投げると、ボールの中からドリルポケモンの《ドサイドン》と、ばくえんポケモンの《ブーバーン》が出てきたので、シンヤはエムリットたちを助けるためにサターンとバトルすることを決めると、2つのモンスターボールを取り出した。
シンヤ「エンペルト！ガバイト！頼む！」
ポーーン‼︎
エンペルト「ペェェェェルッ‼︎」
ガバイト「ガァァァァバッ‼︎」
サターン「ドサイドン！ガバイトに『がんせきほう』！ブーバーンはエンペルトに『かえんほうしゃ』！」
ドサイドン「ドォォォサァァッ‼︎」
ブーバーン「ブゥゥゥゥ、バァァァァッ‼︎」
シンヤ「エンペルト！『ハイドロポンプ』！ガバイトは『ドラゴンクロー』！」
エンペルト「ペェェェェ、ルゥゥゥゥッ‼︎」
ガバイト「ガァァァァ、バァァッ‼︎」
バァァァァンッ‼︎
「がんせきほう」を発動したドサイドンは、穴が空いている両手の掌から弾丸となる岩を少しずつ出してそれを固めた大きな岩を作り出すと、それをガバイトに向かって放った。しかし、その岩を「ハイドロポンプ」を発動したエンペルトが粉々にしてガバイトを守ると、そのままドサイドンに攻撃して大ダメージを与えた。そして、ガバイトはブーバーンが放ってきた「かえんほうしゃ」を「ドラゴンクロー」を使って切り裂くと、そのままブーバーンの方に走っていき、ブーバーンを切り裂いてダメージを与えた。
サターン「やるな。マーズとジュピターが敗北したのも頷ける」
シンヤ「悪いが、お前の長話に付き合うつもりはないんだ」
サターン「僕も同意見だ。ドサイドン！『つのドリル』！ブーバーンは『10まんボルト』！」
ドサイドン「ドッサァァァァッ‼︎」
ブーバーン「ブゥゥゥゥゥ、バァァァァッ‼︎」
シンヤ「悪いが、これで決めさせてもらうぜ！エンペルト！『ハイドロカノン』！ガバイトは『ドラゴンダイブ』！」
エンペルト「エェェェェェンッ、ペェェェェェッ‼︎」
ガバイト「ガァァァァァァ、バァァァァッ‼︎」
「つのドリル」を発動したドサイドンがガバイトに突っ込んできて、「10まんボルト」を発動したブーバーンがエンペルトを攻撃してくると、エンペルトは口から水の大砲をドサイドンに向かって発射した。すると、エンペルトの攻撃を受けたドサイドンは「10まんボルト」を発動しているブーバーンの真上に吹っ飛んでいき、ブーバーンはドサイドンの下敷きになってしまった。それにより、ブーバーンが発動した「10まんボルト」はエンペルトに届く前に消えてしまい、倒れたドサイドンとブーバーンに「ドラゴンダイブ」を発動したガバイトが上空から突撃して攻撃すると、ドサイドンとブーバーンは目を回していた。
ドサイドン「ドッ…サァァ…(@_@)」
ブーバーン「ブゥゥ…バァァッ…(@_@)」
サターン「僕のドサイドンとブーバーンが…負けた…だと」
シンヤ「やったぜ！」
エンペルト「ペェェェェルッ‼︎」
ガバイト「ガァァァバッ‼︎」
ピカァァァァン‼︎（ガバイトの体が光り輝く）
ギンガ団の最強幹部であるサターンのドサイドンとブーバーンを倒すと、突然ガバイトの進化が始まり、ガバイトは光の中で姿を変え始めた。
ガブリアス「ガァァァァブッ‼︎」
シンヤ「おおっ！ついに《ガブリアス》に進化したか！」
ガブリアス「ガァァァァブッ‼︎」
サターン「くっ！…まあいい。これから僕も、アカギ様のいるテンガン山に向かう。その3体はお前の好きにするがいい。そのマシンのボタンは押せば、3体は自由になる」
サターンはシンヤにそう言って部屋を出ると、アカギの後を追うためにテンガン山に向かった。サターンがいなくなると、シンヤはエムリットたちを閉じ込めているマシンのボタンを押した。すると、エムリット、アグノム、ユクシーはマシンから解放され、シンヤの前から姿を消した。3体が自由になったのを見届けると、シンヤは急いでテンガン山の頂上にあるやりのはしらに向かった。
シンオウ地方・やりのはしら
シンヤ「ここが、やりのはしら…」
スッ（柱の後ろからマーズとジュピターが現れる）
マーズ「そう」
ジュピター「アカギ様は、ここで新世界の神になる」
シンヤ「っ！マーズ！ジュピター！」
マーズ「あら？名前を覚えておいてくれたの？」
ジュピター「アカギ様はこの奥にいる。ここから先に行きたいなら、私とマーズを倒すことね」
シンヤ「くっ！」
「ちょっと待った！」
「そのバトル、私たちが相手をするわ！」
シンヤ「っ！」
やりのはしらに辿り着いたシンヤがアカギのいる奥に向かおうとすると、シンヤの目の前にある柱の後ろからマーズとジュピターの2人が現れ、シンヤにバトルを挑んできた。この先にいるアカギと戦うことを考えるなら、2人とのバトルは避けたいとシンヤは思ったが、マーズもジュピターもここを通してくれそうにないので、シンヤは2人とバトルするためにモンスターボールを取り出そうとした。するとその時、後ろから聞き覚えのある二人の男女の声が聞こえてきたので、その声の主を確かめるためにシンヤは後ろに振り向いた。
ミコ「ニッw」
リュウガ「フッw」
二人の男女の正体。それは、キッサキシティでシンヤと別れたあと、強くなるために修行をしていたリュウガとミコだった。
シンヤ「リュウガ！ミコ！」
リュウガ「待たせたな！」
ミコ「遅くなってごめん！」
マーズ「誰が来たかと思えば…」
ジュピター「私たちに負けた子供たちじゃない」
リュウガ「言ってろよ。あん時のリベンジをさせてもらうぜ！」
ミコ「シンヤ！ここは私たちに任せて、あなたは先に進んで！」
シンヤ「わかった！」ダッ！
リュウガとミコがマーズとジュピターの相手を引き受けてくれているうちに、シンヤは急いでやりのはしらの奥に走っていった。すると、やりのはしらの奥にアカギとサターンが立っているのを見つけた。
アカギ「まさかサターンまで倒し、ここまでやって来るとは。少し君をみくびりすぎていたよ。だが、少し遅かったようだ」
シンヤ「なに？」
アカギ「新しい宇宙を創る準備は全て整った。今から全てが終わり、そして新たに始まるのだ。湖の3匹を材料に作った、このあかいくさりと！あかいくさりを分析し、ギンガ団の科学力で作り出した、このもう1本のあかいくさりを使い、ディアルガとパルキアがいる異次元の扉を開き、ディアルガとパルキアの力で、私は新世界の神となる！」
アカギがそう言いながら両手に持っているあかいくさりを掲げると、あかいくさりは光を放ちながら宙に浮かんだ。すると、異次元に繋がる扉が開き、そこから2体のポケモンが姿を現した。
シンヤ「こ、これが…」
アカギ「そう。この2体こそ、神と呼ばれし2体のポケモン、ディアルガとパルキアだ」
ディアルガ「ディアァァァァァァッ‼︎」
パルキア「パァァァァァルルルルッ‼︎」
サターン「美しい…」
シンヤ「すげぇ。これが、神と呼ばれしポケモンたち…」
ディアルガとパルキアがやりのはしらに現れると、シンヤとサターンは、2体の放つ神々しさに見惚れていた。
アカギ「ディアルガ、パルキア、この時を待っていたぞ。この世界を形作るのは、時間と空間の二重螺旋。だからこそ、私は時間を操る能力を持つディアルガと、空間を操る能力を持つパルキアの力を使い、今の不完全な世界を消し去ったあと、新しい宇宙を創り出し、その世界の神となる‼︎」
シンヤ「くっ！」
シュン‼︎（シンヤの目の前に突然現れる）
シンヤ「ぁっ！お前らは！」
エムリット「エムリィィィッ！」
アグノム「アグゥゥゥッ！」
ユクシー「ユクシィィィッ！」
シンヤ「エムリット！アグノム！ユクシー！」
あかいくさりによって呼び出されたディアルガとパルキアは、アカギの命令に従い、この世界の全てを消しさって新たな宇宙を作り出そうとした。このままでは、世界の全てが消えてしまい、世界はアカギの思うがままになるだろう。しかし、シンヤはディアルガとパルキアをアカギの呪縛から救い出し、この世界を守りたいと、そう強く願った。するとその時、エムリット、アグノム、ユクシーの3体がシンヤの目の前に現れた。
エムリット「エムリィィィィッ‼︎」
アグノム「アグゥゥゥゥゥッ‼︎」
ユクシー「ユクシィィィィッ‼︎」
シンヤの目の前に現れたエムリット、アグノム、ユクシーの3体はディアルガとパルキアの目の前に移動すると、大きな雄叫びを上げた。すると、エムリットとアグノムとユクシーの体が光り始め、3体はディアルガとパルキアの周りを飛び回り始めた。すると、ディアルガとパルキアを制御していたあかいくさりが崩れ落ち、ディアルガとパルキアはアカギの支配から解放された。
ディアルガ「ディア？」
パルキア「パル？」
アカギ「バカな！あかいくさりが…」
サターン「崩れ落ちた！」
シンヤ「そうか！あかいくさりは、エムリットとアグノムとユクシーから作ったもの。だからこそ、エムリットたちにはあかいくさりを壊すことができるんだ！」
アカギ「くっ！ならば、もう一度その3体を捕らえたあと、あかいくさりを作り出し、あかいくさりを作ったあと、二度とさっきのようなことができないようにしてやる！」
シンヤ「そんなことさせるか！」
エムリットたちによって、アカギの野望は潰えたかに思われた。しかし、アカギはまだ新世界を作るという野望を諦めておらず、目の前にいるエムリットたちを捕まえようとした。するとシンヤは、エムリット、アグノム、ユクシーを守るために、アカギの目の前に立ち塞がった。
シンヤ「この世界は、アンタ一人だけのものじゃない。この世界に生きている一人一人の人間とポケモンたちのものだ。その世界をアンタが奪う権利なんて…いや、誰にも奪う権利などない！」
アカギ「黙れ！お前を自由にさせたのも失敗だった。ここでお前を完膚なきまでに叩きのめし、二度と私の邪魔ができないようにしてやる！」
シンヤ「いいだろう！お前との決着、今ここでつけてやる！」
サターン「アカギ様！ならばここは自分に…」
アカギ「黙れ！」
サターン「っ！」
アカギ「お前はここに来る前に彼に負けているのだろう。だったら黙って見ていろ」
サターン「っ…はっ！」
スチャ（アカギがモンスターボールを取り出す）
アカギ「始めようか」
シンヤ「ああ、決着をつけようぜ！」
この世界を守るために、シンヤはアカギの挑戦を正面から受けた。アカギがシンヤに勝てば、今度こそこの世界は消えてしまうだろう。しかし、シンヤがアカギに勝てば、アカギの野望は今度こそ潰えて、この世界は守られる。2人のこのポケモンバトルには、まさに世界の命運が賭かっているのだ。
アカギ「いけ！マニューラ！」
ポーーン‼︎
マニューラ「マァァァニュゥゥッ‼︎」
スチャ（シンヤがモンスターボールを取り出す）
シンヤ「これがお前たちギンガ団との最後の戦いだ！いけ！エルレイド！」
ポーーン‼︎
エルレイド「エェェェルレェェイッ！」
シンヤとアカギは互いにバトルを始める準備ができると、モンスターボールを投げてポケモンを繰り出した。アカギの投げたモンスターからは、かぎづめポケモンの《マニューラ》が、シンヤの投げたモンスターボールからは、やいばポケモンの《エルレイド》が出てきた。ポケモンの相性ではシンヤが有利だが、相手はギンガ団のボスなので、シンヤは気を引き締めた。
アカギ「マニューラ！『れいとうビーム』！」
マニューラ「マァァァニュゥゥゥゥッ‼︎」
シンヤ「かわして『リーフブレード』！」
エルレイド「レイッ‼︎」
マニューラが口から冷気のビームを発射してくると、エルレイドはジャンプして攻撃をかわし、空中で「リーフブレード」を発動すると、そのままマニューラに突っ込んだ。すると、マニューラは「つじぎり」を発動し、エルレイドと激しい斬り合いを始めた。
カキンッカキンッ！（刃で何度も斬り合う）
エルレイド「レイッ！レイッ！レイッ！」
マニューラ「マニュ！マニュ！マニュ！」
アカギ「私のマニューラを相手に、ここまで互角のバトルをするとは…」
シンヤ「エルレイド！『いわなだれ』！」
エルレイド「エェェェェル、レェェェェイッ‼︎」
ドォォォォォォン‼︎
エルレイドが両肘にある刃物のような突起を近くに落ちている大きな岩に思いっきり叩きつけると、大きな岩は粉々になってマニューラに降り注いできた。
アカギ「マニューラ！かわして『こおりのつぶて』！」
マニューラ「マァァァニュゥゥゥッ‼︎」
シンヤ「それを待ってたぜ！エルレイド！『ドレインパンチ』！」
エルレイド「レェェェイッ‼︎」
マニューラは、自分の体の身軽さを利用して降り注いできた岩を次々にジャンプしていくと、上空から氷の塊をエルレイドに撃ち出そうとした。すると、「ドレインパンチ」を発動したエルレイドが走り出し、助走をつけて思いっきりジャンプすると、技を放とうとしているマニューラに向かって飛んでいった。アカギはマニューラに「はかいこうせん」を指示しようとしたが、それより早くエルレイドの攻撃がマニューラに直撃し、エルレイドの攻撃を受けたマニューラは地面に向かって落ちていった。
マニューラ「マァァ…ニュゥゥ…(@_@)」
シンヤ「よし！まずは1体倒したぜ！」
エルレイド「レェェェイッ‼︎」
アカギ「…戻れマニューラ」
シュルルーーン
アカギ「無傷で私のマニューラを倒したことは褒めてやろう。だが、お前が負けることに変わりはない。いけ！クロバット！」
ポーーン‼︎
クロバット「クロバッ‼︎」
アカギはマニューラをモンスターボールに戻すと、エルレイドに有利なひこうタイプを持っている《クロバット》を繰り出した。
シンヤ「クロバットか……戻れエルレイド」
シュルルーーン
シンヤ「ありがとな。お前のおかげで、勝負に勢いがついた。次はお前の番だ。ミカルゲ！」
ポーーン‼︎
ミカルゲ「カカカカカッ‼︎」
さすがにひこうタイプのクロバットでは、かくとうタイプを持つエルレイドが不利なので、シンヤはエルレイドをモンスターボールに戻すと、どくタイプのクロバットに有利なエスパータイプを持っている《ミカルゲ》を繰り出した。
アカギ「クロバット！『エアスラッシュ』！」
クロバット「クロバァァァ…」
シンヤ「ミカルゲ！『サイコキネシス』！」
ミカルゲ「ゲェェェェッ‼︎」
クロバット「クロバッ⁉︎」
シンヤ「続いて『さいみんじゅつ』！」
ミカルゲ「ゲェェェェッ！」
クロバットが「エアスラッシュ」を放って攻撃しようとしてくると、ミカルゲは「サイコキネシス」を発動してクロバットの身動きを封じ、そのまま「さいみんじゅつ」を発動した。クロバットは「サイコキネシス」によって身動きが封じられていたから目を瞑ることができず、ミカルゲの目を見たことでねむり状態になった。
クロバット「zzz〜、zzz〜(ｰ ｰ;)」
アカギ「クロバット！」
シンヤ「ミカルゲ！」
ミカルゲ「ゲェェェェェェッ‼︎」
バァァァァン‼︎
シンヤ「トドメの『はかいこうせん』！」
ミカルゲ「カァァァァ、ゲェェェェッ‼︎」
ドォォォォォン‼︎
クロバット「クロ…バッ…(@_@)」
クロバットがねむり状態になると、ミカルゲは「サイコキネシス」で操っているクロバットを地面に叩きつけた。そして、口にエネルギーを集めると、強烈な光線をクロバットに放った。眠っているクロバットにはミカルゲの攻撃をかわすことができないため、ミカルゲの「はかいこうせん」がクロバットに直撃すると、クロバットは目を回して倒れた。
シュルルーーン
アカギ「私のポケモンを無傷のまま2体も倒すとは…出会った頃より、かなりレベルアップしているようだな。ならば、このポケモンとはどう戦う！」
ポーーン‼︎
ヘルガー「ヘェェェルガァァッ‼︎」
シンヤ「ヘルガーか……戻れミカルゲ」
シュルルーーン
シンヤ「次はこいつだ。いけ！ドラピオン！」
ポーーン‼︎
ドラピオン「ドッラァァァッ‼︎」
アカギはクロバットをボールに戻すと、ダークポケモンの《ヘルガー》を繰り出し、シンヤはミカルゲをボールに戻すと、ばけさそりポケモンの《ドラピオン》を繰り出した。
アカギ「ヘルガー！『かえんほうしゃ』！」
ヘルガー「ヘェェェルガァァァァァッ‼︎」
シンヤ「ドラピオン！『かわらわり』！」
ドラピオン「ドッラァァァァッ‼︎」
ヘルガーが口から「かえんほうしゃ」を放ってくると、ドラピオンは「かわらわり」を発動し、ヘルガーの放った「かえんほうしゃ」に右手を振り下ろして炎を一刀両断した。
シンヤ「ドラピオン！『あなをほる』！」
ドラピオン「ドラァァァァッ！」
アカギ「バカめ！穴に向かって『かえんほうしゃ』！」
ヘルガー「ヘルッ！ヘェェェェルッ…」
シンヤ「そう来ると思ったぜ！ドラピオン！ヘルガーを捕まえろ！」
ドラピオン「ドッラァァァァッ‼︎」
ガシッ‼︎
ヘルガー「ヘルッ⁉︎」
「あなをほる」を発動したドラピオンが地面に潜ると、ヘルガーはドラピオンが潜った穴の中に「かえんほうしゃ」を放とうとした。すると、ヘルガーがそうやって攻撃してくることを見抜いていたシンヤは、ドラピオンにヘルガーを捕まえる指示を出した。すると、ドラピオンは潜った穴からすぐに飛び出し、両手の爪でヘルガーを捕まえた。
シンヤ「『どくどくのキバ』！」
ドラピオン「ドッラァァァァァッ‼︎」
ガブッ‼︎（ヘルガーに噛みつく）
ヘルガー「ヘェェェェルッ！？」
シンヤ「そのまま『かわらわり』！」
ドラピオン「ドォォォォラァァァッ‼︎」
バァァァァァァン‼︎
ヘルガー「ヘェェェェルゥゥ！？」
ドラピオンに捕まったヘルガーは、なんとかドラピオンの爪から抜け出そうとしたが、ドラピオンの怪力によって抑え込まれていたので身動きが取れなかった。そして、「どくどくのキバ」を発動したドラピオンに噛みつかれてダメージを受けてどく状態になったあと、「かわらわり」を発動したドラピオンに右手を振り下ろされてダメージを受けると、ヘルガーは地面に叩きつけられて戦闘不能になった。
シュルルーーン
アカギ「私が3体もポケモンを失うとはな。…だが、君が勢いづくのもここまでだ。ドンカラス！」
ポーーン‼︎
ドンカラス「ドォォォォン‼︎」
シンヤ「4体目はドンカラスか…ドラピオン、戻れ」
シュルルーーン
シンヤ「ひこうタイプのドンカラスにはこいつだ。いけ！ガブリアス！」
ポーーン‼︎
ガブリアス「ガァァァァブッ‼︎」
アカギ「ほぅ、シンオウチャンピオンの相棒と同じポケモンか」
アカギは倒れたヘルガーをボールに戻すと、おおボスポケモンの《ドンカラス》を繰り出した。シンヤはそれに対して、ドンカラスと同じように空を飛んで戦える《ガブリアス》を繰り出した。
シンヤ「ガブリアス！『ストーンエッジ』！」
ガブリアス「ガァァァァブゥゥゥッ‼︎」
アカギ「かわして『あくのはどう』！」
ドンカラス「ドォォォォン、カァァァァァッ‼︎」
ガブリアスが「ストーンエッジ」を発動すると、ガブリアスの体の周りに多数の尖った石が出現し、ガブリアスはドンカラスに向かって尖った岩を飛ばした。それをドンカラスは、口から放った「あくのはどう」で全て粉々にすると、そのままガブリアスに攻撃した。ガブリアスはその攻撃を「ドラゴンクロー」を発動してガードしたが、ドンカラスは「わるだくみ」を発動すると、自分の特攻を2段階上げてパワーアップした。
アカギ「ドンカラス！もう一度『あくのはどう』！」
ドンカラス「ドォォォォン、カァァァァァッ‼︎」
シンヤ「ガブリアス！『ギガインパクト』！」
ガブリアス「ガァァァァァァッ‼︎」
「わるだくみ」を使って特攻の威力を2段階上げたドンカラスが「あくのはどう」を放って攻撃してくると、ガブリアスは「ギガインパクト」を発動してドンカラスに突っ込んだ。しばらくは技のぶつかり合いによる鍔迫り合いが続いたが、ドンカラスの放った「あくのはどう」はガブリアスの発動した「ギガインパクト」より威力が高かったため、ガブリアスは徐々に後ろに押されていくと、そのまま地面に落とされてしまう。
アカギ「『エアカッター』！」
ドンカラス「ドォォォォォォンッ‼︎」
バァァァァァァン‼︎
ガブリアス「ガァァァァブッ⁉︎」
ガブリアスが地面に落ちると、ドンカラスは翼から風の刃をガブリアスに飛ばしてきた。その攻撃によって、ガブリアスは大ダメージを受けてしまう。
シンヤ「戻れガブリアス！」
シュルルーーン
シンヤ（『エアカッター』も『わるだくみ』でパワーアップしてる。ガブリアスで決められなかったとなると…やっぱりお前しかいないよな）…「頼むぜ！相棒！」
ポーーン‼︎
エンペルト「ペェェェェルッ‼︎」
シンヤ「エンペルト！『れいとうビーム』！」
エンペルト「ペェェェェルゥゥゥゥッ‼︎」
ガブリアスをボールに戻すと、シンヤは相棒であるエンペルトを繰り出して「れいとうビーム」を指示した。すると、エンペルトは冷気のビームを放ってドンカラスを攻撃するが、ドンカラスはその攻撃を簡単にかわした。
アカギ「ドンカラスを相手に苦戦しているようでは、ここで終わりのようだな」
シンヤ「諦めてたまるか！……！」…（そうだ！あの方法なら！）…「エンペルト！『アクアジェット』！」
エンペルト「ペルッ！ペェェェェルゥゥゥゥッ‼︎」
アカギ「ドンカラス！『あくのはどう』！」
ドンカラス「ドォォォォン‼︎」
ドンカラスのスピードに追いつくために、シンヤはエンペルトに「アクアジェット」を指示した。すると、エンペルトは体から水を噴き出し、噴き出した水を身に纏うと、ドンカラスに向かって突っ込んでいった。エンペルトが正面から突っ込んでくると、ドンカラスは黒と紫が混じった光線を発射したが、エンペルトはその攻撃をかわし、ドンカラスに向かって突撃していった。エンペルトに攻撃がかわされると、ドンカラスはエンペルトに背を向けて逃げたが、「アクアジェット」を発動しているエンペルトはドンカラスよりスピードが早いため、逃げたドンカラスに追いつくことができた。
シンヤ「今だ！『れいとうビーム』！」
エンペルト「ペェェェェルゥゥゥッ‼︎」
バァァァァン‼︎
ドンカラス「ドンカァァァァッ！？」
シンヤ「これでラストだ！『ラスターカノン』！」
エンペルト「ペェェェェ、ルゥゥッ‼︎」
ドォォォォン‼︎
ドンカラス「ドォォォォン！？」
「アクアジェット」を発動したエンペルトがドンカラスの背後を取ると、「れいとうビーム」を発動して後ろからドンカラスを攻撃した。すると、ドンカラスの体がどんどん凍っていき、飛ぶことができなくなったドンカラスは地面に落ちてしまった。そして、エンペルトが発射した「ラスターカノン」が直撃すると、ついにドンカラスは倒れた。
ドンカラス「ドン…カァァ…(@_@)」
シュルルーーン
サターン「バカな、アカギ様がここまで押されるなんて…」
シンヤ「よし！これで奴の残りは1体、勝利に近づいてきたぜ」
シンヤの手持ちポケモンは、ガブリアスだけがダメージを受けていて、その他はほとんど無傷だ。しかも、アカギの手持ちポケモンは残り1体。それさえ倒せば、いよいよこの戦いに決着がつく。
アカギ「まさか、私の最後のポケモンを引きずり出すとはな。正直ここまでやるとは思ってなかった。君の実力を認めよう。君は、私が本気を出すに値するトレーナーだ。いけ！ギャラドス！」
ポーーン‼︎
ギャラドス「ギャアァァァァァァ‼︎」
シンヤ「それがアンタのエースってわけか？」
アカギ「そうだ」
アカギの最後のポケモンは、きょうあくポケモンの《ギャラドス》だった。ギャラドスなら、以前マキシマム仮面とのバトルで倒したことはあるが、目の前のギャラドスは、マキシマム仮面の使っていたギャラドスとは比べ物にならないほど強いと、シンヤ直感でそう感じ取っていた。
シンヤ「エンペルト、戻れ」
シュルルーーン
シンヤ「ありがとう、少し休んでてくれ。…よし、最後はお前に任せる。頼むぜ！」
ポーーン‼︎
リオル「リオッ‼︎」
アカギ「なに⁉︎」
サターン「リオルだと⁉︎」
シンヤはエンペルトをボールに戻すと、はもんポケモンの《リオル》を繰り出した。すると、アカギとサターンは驚きのあまり大声を出してしまう。
アカギ「何のつもりだ？」
シンヤ「ん？何がだ？」
サターン「惚けるな！そのリオル、まだ実戦経験がほとんどないだろ！そんなポケモンで、アカギ様のギャラドスと戦うつもりか！」
そう。シンヤのリオルは、この前キッサキシティでタマゴから生まれたばかりで、バトルしたことが少ししかない。アカギとサターンはそれを見抜いていたからこそ、シンヤがリオルを出したのを変に思っていた。実践経験のないリオルを出すぐらいなら、主力であるエンペルトやガブリアスで戦えばいい。なのにわざわざレベルの低いリオルを出すなど、ただの自殺行為でしかないだろう。
シンヤ「俺はこいつの未来に賭けたんだ」
アカギ「未来だと？」
シンヤ「そう。未来だ」
アカギ「…いいだろう。そのリオルに未来があるかどうか、私のギャラドスで試してやる。ギャラドス！『りゅうのまい』！」
ギャラドス「ギャァァァァァッ！」
シンヤ「攻撃と素早さを上げてきたか。なら、こっちは『つるぎのまい』！」
リオル「リオッ！」
ギャラドスとリオルは、次に放つ攻撃技の威力を上げるために、互いに能力を上げる「りゅうのまい」と「つるぎのまい」を発動した。
アカギ「ギャラドス！『こおりのキバ！』！」
ギャラドス「ギャァァァァッ‼︎」
シンヤ「リオル！『はっけい』！」
リオル「リオォォォッ‼︎」
バァァァァン‼︎
ギャラドスは「りゅうのまい」を使って攻撃力と素早さを上げると、「こおりのキバ」を発動してリオルに迫ってきた。すると、リオルは「はっけい」を発動し、冷気を纏ったギャラドスの牙に張り手をすると、ギャラドスの攻撃を防いだ。
シンヤ「『かみなりパンチ』！」
リオル「リオォォォッ‼︎」
ドォォォォンッ‼︎
ギャラドス「ギャァァァァッ！？」
シンヤ「よし！」
「はっけい」の追加効果によってギャラドスがまひ状態になると、リオルは電撃を纏った右手の握りこぶしでギャラドスの頬を思いっきりぶん殴り、ギャラドスをアカギの目の前にぶっ飛ばした。
アカギ「なるほど。ギャラドスに有効なでんきタイプの技を覚えているのか。ならば、こちらも本気で行こう。『ギガインパクト』！」
ギャラドス「ギャアァァァァァァッ‼︎」
シンヤ「リオル！『カウンター』だ！」
リオル「リオッ‼︎」
ギャラドスはピンク色のオーラを体に纏うと、正面からリオルに突っ込んできた。リオルは「ギガインパクト」を発動したギャラドスを両手で受け止めると、なんとか「カウンター」を発動しようとしたが、ギャラドスの攻撃を止めるのが精一杯で押され始めた。
リオル「リオォォォッ！」
シンヤ「リオル！」
アカギ「ハハハハハハッw‼︎これで勝負は決まったな！お前たちの未来はここで終わるのだ！」
シンヤ「まだだ‼︎俺は……いや、俺たちは、絶対に諦めねぇ‼︎」
リオル「リオォォォォォォッ‼︎」
ピカァァァァァン‼︎（リオルの体が光り輝く）
アカギ「ぁっ！」
サターン「これは！」
シンヤ「進化が始まったんだ！」
シンヤの諦めない思いがリオルに伝わると、突然リオルの体が輝き出して進化が始まり、リオルは光の中で姿を変えて新たな姿へと進化した。
ルカリオ「ガァァァァゥッ‼︎」
シンヤ「リオルが《ルカリオ》に進化した！」
アカギ「このタイミングで進化するなど、奇跡が起こったとでも言うのか！」
シンヤ「違う！俺たちが奇跡を起こしたんだ！」
ルカリオ「ガァァァァァァゥッ‼︎」
ドォォォォン‼︎
ギャラドス「ギャァァァァッ⁉︎」
進化したことでパワーアップしたルカリオは、両手にエネルギーを集め始めた。そして、左手だけでギャラドスの「ギガインパクト」を受け止めると、ギャラドスに「カウンター」の右ストレートをぶちかまして2倍のダメージを与えた。
シンヤ「これで最後だ！ルカリオ！トドメの『はどうだん』！」
ルカリオ「ガウッ！ガァァァァァァゥッ‼︎」
ドォォォォォォォン‼︎
ギャラドス「ギャァァァァァァッ⁉︎」
ルカリオは両手に波導の力を集めて青白い光球を作り出すと、それをギャラドスに向かって投げ飛ばした。その攻撃がギャラドスに命中すると、アカギの最後のポケモンであるギャラドスが倒れた。
サターン「ば、バカな…」
アカギ「私が…私が……負けた……だと…」
シンヤ「ハァ、ハァ、ハァ、勝ったぜ」
ルカリオ「ガウッ‼︎」
シンヤとアカギの未来を賭けた壮絶なポケモンバトルは、死闘の末に、シンヤの勝利で終わった。手持ちポケモンが全て倒れた以上、最早アカギになすすべはないので、これで完全にアカギの野望は潰えた。そして、あかいくさりによって呼び出されたディアルガとパルキアが創り出そうとした新しい世界も、アカギの野望と共に消えようとしていた。
アカギ「…認めん」
シンヤ「え？」
サターン「アカギ様？」
アカギ「この世界は私の物だ…私の…誰にも渡さん」
ディアルガとパルキアが創り出した新たな世界が小さくなって消えようとしていくと、アカギはそこに向かってゆっくりと歩いていった。
シュン‼︎（消える）
シンヤ「ぁっ！」
サターン「アカギ…様…」
新世界への執着心が強かったアカギは、ディアルガとパルキアが生み出した小さな世界の隙間へ自ら足を踏み入れると、シンヤたちの前から姿を消した。
シンヤ（こうして、俺たちとギンガ団のシンオウを賭けた……いや、世界の未来を賭けた戦いは終わったんだ）
To be continued
次回予告
シンヤとリュウガとミコから、シンオウ地方でどういう冒険をしてきたかを聞くと、次は不思議な姿になるゲッコウガと、カロス地方の伝説のポケモンのイベルタルとどうやって出会ったのかを聞きたいとフリードが言い出したので、シンヤとリュウガは自分たちがカロス地方でどんな冒険をしたのかをリコたちに話し始めた。
次回「番外編2 『ケロマツやイベルタルとの出会い！フレア団との激闘‼︎』」
シンオウ地方を冒険したシンヤの服装は、プラチナの主人公が着ていた服で、帽子は黒一色で、ツバの部分は青く、レンゲのところには、リコの髪留めのヘアピンと同じ形と色をした模様がついている帽子です。帽子を被っていたのはアローラまでです。
リュウガの服装はプラチナでジュンが着ていたものと同じで、ミコの服装も、眼鏡をかけている以外は、プラチナでヒカリが着ていた服と同じです。
番外編2の話は次回予告に書いてある通り、シンヤとケロマツの出会い、リュウガとイベルタルの出会い、フレア団との激闘。そして、AZとフラエッテの再開の話です。