ボコブリン達は、バンカラ街にて寄生虫を撃退した後、2023年にて、それぞれがバラバラとなって活動していた。そして、ボコブリン隊員と青ボコブリン隊長はカズキと共に寄生虫や魔女などを倒す活動をし、黒ボコブリン部隊長は見滝原市で悪魔から逃げるサバイバルをしていた。そんなボコブリン達は、まだ知る由もなかった。
かつて、拠点にはもう一体のボコブリンが存在していたことを…
これは、名古屋市の戦いの裏で、そんな存在が消えたボコブリンと再会するために奮闘する天才・ボコブリン博士の物語である
バンカラ街からのタイムスリップの約4日後
??の魔女の結界
そこで、一体のボコブリンが目を覚ました
ボコブリン博士「う～ん？ここは？」
身に着けていた装備を確認する
ボコブリン博士「装備は無事だな。ここは砂浜か？」
ボコパッドを起動する
ボコブリン博士「現在地不明…か。とりま、探索するか」
数分あたりを探索した。
ボコブリン博士「歩きずらい…そうだ！あれがあるじゃん」
ボコブリン博士はヘリを取り出した
ボコブリン博士「よし！飛び立つか」
そこに、
?????????「ごめん、乗せてって」
ボコブリン博士「え？」
そこにいたのは白色のボコブリンだった。
ボコブリン博士「だ、誰ですか？」
?????????「白銀ボコブリン団長だよ！って覚えてないか」
ボコブリン博士「と、とりあえずいいです…よ」
白銀ボコブリン団長「ありがとー」
ボコブリン博士「いくよー！」
白銀ボコブリン団長「オッケー！」
ヘリが飛び立った
数分後…
白銀ボコブリン団長「下方向何かいる！」
ボコブリン博士「ドレスを着てるぞ」
白銀ボコブリン団長「この空間の主か!?」
ボコブリン博士「調べるね」
白銀ボコブリン団長「あいつは、魔女だ」
ボコブリン博士「砂場の魔女。脅威度8です！」
白銀ボコブリン団長がアサルトライフルを構えた」
白銀ボコブリン団長「ブチかましたる！」
ヘリを飛び降りた
ボコブリン博士「って、おい！」
白銀ボコブリン団長が砂場の魔女に立ち向かっている姿を見て
ドクン…ドクン…
ボコブリン博士「これは…」
ドクン…ドクン…
ボコブリン博士(そうだ。白銀ボコブリン団長は…僕たちの拠点の…リーダーだった)
本編１：白銀ボコブリン団長のいた頃
ボコブリン博士の回想：ボコブリンの拠点付近
ボコブリン博士「あれってガーディアンか!?」
ガーディアンが拠点に接近する
そこに
白銀ボコブリン団長「遅くなったー」
ボコブリン博士「あいつ、恐らく真ん中の目ん玉が弱点だと」
白銀ボコブリン団長「君といると、何だかすごく安心するんだ」
ボコブリン博士「あ、ありがとう…」
白銀ボコブリン団長「何だよ。照れるなよ」
ガーディアンが白銀ボコブリン団長をロックオンした
ボコブリン博士「団長！来ます！」
ガーディアンがレーザを撃った
白銀ボコブリン団長「オッケー！」
白銀ボコブリン団長がアサルトライフルを構え、レーザーを撃ち、レーザーが爆発した
ボコブリン博士「これで…」
ボコブリン博士がボコパッドでガーディアンをハッキングし、行動停止した
白銀ボコブリン団長「これで終わりだ！」
白銀ボコブリン団長がロケットランチャーでガーディアンを爆撃した。
そして、ガーディアンが爆発した
ボコブリン博士「やったー！」
白銀ボコブリン団長「やったな」
現在
ボコブリン博士(思い出した！)
本編２：砂場の魔女との戦い
白銀ボコブリン団長が砂場の魔女に向かってライフルを連射した
白銀ボコブリン団長「効いてる！」
ボコブリン博士(あの時はガーディアンでも苦戦してたけど、今は違う！だって、インク兵器がある。だからバンカラ街でもあいつに勝てたんだ。やってやる！)
ボコブリン博士「連射カノン砲！」
連射カノン砲で砂場の魔女と白銀ボコブリン団長の間に爆発の弾幕を張った
白銀ボコブリン団長「凄い…」
ボコブリン博士「スーパーセンサー！」
砂場の魔女がマーキングされた
そして、白銀ボコブリン団長がロケットランチャーを構えた
白銀ボコブリン団長「終わりだ！」
ロケットランチャーを連射して、砂場の魔女を撃破した
白銀ボコブリン団長「やったな！」
ボコブリン博士「うん！」
しかし、魔女の結界上部に突如として亀裂が走った
ボコブリン博士「何だ!?」
白銀ボコブリン団長の体が浮き上っていく
ボコブリン博士「ってどうなってるんだよ！」
白銀ボコブリン団長「ごめん！一緒にいられるのはここまでみたい！」
ボコブリン博士「ちょっと待って！」
白銀ボコブリン団長が紙を丸めて投げつけた
白銀ボコブリン団長「ここで会おう!!」
そう言いながら白銀ボコブリン団長は亀裂の中に姿を消した
ボコブリン博士「どうなってるんだー!?」
その時、魔女の結界が崩れ去った
ボコブリン博士「うわーーーー!!」
ボコブリン博士は白銀ボコブリン団長が落とした紙の玉と共に消えていった
本編３：新興都市・神浜市
神浜市・???
何もない空間に突如として魔女の結界の入り口が現れ、ボコブリン博士がそこから勢いよく飛び出してきた。
ボコブリン博士「いてててて…」
出てきたのは、ステンドグラスで飾られた大きな窓がある謎の施設のような所。
上から丸まった紙が落ちてきた
ボコブリン博士「何だ？これ」
その時、ボコブリン博士が何か視線を感じ振り向いた
ボコブリン博士「え？」
そこに一人の白髪の少女がいた
???「見ない顔ね～」
ボコブリン博士(イカ…じゃない。これが人間？)
ボコブリン博士「は、初めまして…ってボコブリン族がこの世界にいるわけありませんよね～」
???「初めまして～。私、八雲みたまだよ～」
ボコブリン博士(やべえ。なんか気まずい…急に飛ばされて、知らない少女に声をかけられて…)
みたま「初めて見る顔よね～」
ボコブリン博士(でしょうね。)
ボコブリン博士「あの～。ここってどこなんですか？」
みたま「ここは、神浜市っていうところよ～。あなた、魔法少女よね～」
ボコブリン博士「…」
ボコブリン博士(いや。何でだよ!?おかしいだろ！)
ボコブリン博士「ごめんなさい。何言ってるか分かりません！」
みたま「そう。少し話さな～い？」
ボコブリン博士「は、はい」
本編４：インクの真実
その施設にあった椅子と机を挟み二人で話し始めた
ボコブリン博士「ったく。何なんですか？急に魔法少女だって言いがかりをつけて」
みたま「確かに。イレギュラーな魔法少女なのよねぇ～」
ボコブリン博士「いや！僕は拠点でのほほ～んと暮らしていて、突然タイムスリップして、そこで、インクを使って寄生虫を倒して…」
ボコブリン博士(待てよ…そういえばボコロイドに能力付与機能なんてなかったよな。それに、角の色が変わってたり普通じゃ考えられない点もあった。それにあの時誰かの声が聞こえた…マジで魔法少女になったの!?)
みたま「は～」
ボコブリン博士「って、なんでインクなんて使えていたんだ!?」
みたま「やっぱりね～」
ボコブリン博士「魔法少女の特徴って何があるんですか？」
みたま「魔法少女になるとね～魔女と戦わないといけないし～、魂はソウルジェムという宝石になっちゃうし～、ソウルジェムが濁れば魔女になっちゃう」
ボコブリン博士「けど、ソウルジェムなんて持ってな…ってまさかデジタルポーチがソウルジェムと同じ効果になってるのか!?」
ボコブリン博士(そういえば、これ、元々拠点近くにあったデジヴァイスｖっていうのを改造したものだしそんなこともあってもおかしくないか…)
みたま「なんか面白いい人ね～」
ボコブリン博士「とりあえず、ここ周辺を探索したいので失礼します。…あっ。これ、置いときますね」
ボコブリン博士はジャンプビーコンを置いて施設を後にした
そして、ボコパッドで確認した
ボコブリン博士「神浜市で間違いはないみたいだな…ここは、調整屋というところか…ってか、ここ、雑居ビルなんかい！」
そして、ボコブリン博士はビルの屋上まで登り、ヘリを取り出した
ボコブリン博士「さてと、飛び立つか！白銀ボコブリン団長を探す旅に…」
ボコブリン博士が操縦かんをとった。
ボコブリン博士「ヘリコプター！テイクオフ!!」
ボコブリン隊の敵モンスター紹介
・ガーディアン歩行型：脅威度７
ボコブリン博士「ハイラルに古くから眠っていた古代兵器で、レーザーを撃ってくる。当たると全身丸焦げになっちゃうから要注意！」
ボコロイド「あれ、私の出番？」
ボコブリン博士「今回は僕が主人公だから、自分が解説するよ！」
・砂場の魔女：脅威度８
ボコブリン博士「『没頭』っていう性質をもった年頃の女性のような魔女。その割には性格は意外に幼稚らしいよ」
白銀ボコブリン団長「コイツは満足のいく砂の城を建てるまで繰り返し城をつくっているらしい」
ボコブリン博士「補足ありがと！」
白銀ボコブリン団長「というとで…砂の城とかけまして…魔女と説く…その心は？
…どちらも中二心があるでしょう！」
ボコブリン博士「何言ってんだ？この人は？」
次回予告
白銀ボコブリン団長と再会するため、の旅のさなか強力な魔女の襲撃を受ける。神浜市の魔法少女と共に、魔女退治に挑む
次回第二話 神浜の魔法少女たち