一同はまずは理科室へと向かった。
正義「ここでは骨格標本が動くんですよね。」
金田「はい、真夜中に一人でに・・・」
小林・ポチタン「ひぃ～！！」
正義「だからポチタンはともかくみくるは怖がったらダメでしょ！」
ビビる二人に正義は注意する。
金田「大丈夫？ポチタン。怖くないよ。」
ポチタン「ポチー！れい・・・」
小林「あんなー！！」
明智「怖くない怖くない。」
正義「この調査不安すぎます・・・とりあえずミラールーペとかで調べてみましょうか。」
正義たちが詳しく調べてみるが・・・
正義「骨格標本にも床にも異常なしですか・・・」
みくる「こっちも怪しいところはないね・・・」
しかしれいが手がかりを見つける。
金田「ですがビーカーや実験道具がそのままになっています。誰かいたのは間違いないですね・・・」
明智「つまり人の仕業である可能性があるってことだね。」
小林「そうと決まったら次に行こう！」
正義「幽霊じゃないと分かったとたん・・・」
正義たちは次の音楽室に行く。
金田「ここでは真夜中にピアノが鳴り響いたと・・・」
早速ピアノも調べるが・・・
明智「電子ピアノでもないし誰かが引かないと音はでないね・・・」
正義「指紋も多いですし証拠が少ないですね・・・」
金田「いえ、ここにも人がいたんだと思います。肖像画の位置が入れ替わっています・・・」
小林「でも人物を特定する証拠としては弱いね・・・」
結局二つの場所では夜中に人がいたことくらいしかわからなかった・・・
次へと向かおうとしたときだった・・・
金田「あれは・・・演劇部の大森さん。演劇部の稽古は？」
そう、前の事件で関わった大森が部員を連れていたのだ。
大森「しばらく自主練にしたんです・・・怪事件を怖がって練習にならなくて・・・」
金田「そう・・・」
そうして部員は帰っていく・・・
金田「やっぱり大王のことでみんな敏感になってる・・・」
小林「私・・・皆のために、そして・・・頼りにしてくれている理事長のためにも納得がいくまで調査したい！」
正義「やっと怖さを克服しましたか・・・まぁ私も雇用主のために全力は尽くしますよ。」
小林「うっ・・・だって理事長は探偵事務所に入るのを応援してくれたんだもん！怖さだって吹っ飛ばすよ！」
明智「それに入学も許してくれたし探偵として成長できるように見守ってくれてる。」
３人とも理事長への恩義を返そうとやる気を増す。
金田「この学校のシンボルは燕、渡り鳥のように一時的な滞在だとしても拒むことなく門を開く・・・学び成長しようとするものを誰でも迎え入れる。それが理事長の考えなの。私もそんな理事長のことを心から尊敬しているし、この学校を大切に思ってるの。」
小林「誰でも迎え入れるか・・・」
明智「素敵な考えだね。」
正義「しかし、その考えを汚そうとする輩がいる。見つけ出してみせましょう。」
金田「えぇ、もちろん！平和を取り戻す！」
そうして次の場所へと向かう。
正義「美術室では絵が泣いていたといいますが・・・」
小林「涙というより・・・水色の絵の具がついてるだけだね・・・」
金田「それに石膏像が棚から降ろされている・・・キャンバスも立てかけられているはずなのに動かした形跡がある・・・動かしたということは・・・なにか目的があった？」
明智「物を動かすと言う子ことは・・・掃除とか・・・」
小林「模様替えや・・・」
正義「探し物ですね。」
金田・小林・明智「それだ！！マコトジュエル！」
正義「確かに・・・あの予言書結構アバウトですから学校ってことはわかったけど宿ってるものがわからなくてファントムが探していた可能性がありそうですね。」
そうして美術室の床を調べると・・・
明智「一本の線・・・ゴウエモンの下駄！」
小林「こっちはアゲセーヌ・・・」
正義「踵のとがってるのがニジ―のですね。」
つまり怪事件はニジ―たちがマコトジュエルを探していたため教室の物を移動させたことによって起こっていたのだ。
正義「マコトジュエルが宿ってるものがわかれば先回りできるんですが・・・」
明智「この学校が大事にしてるもの・・・」
小林「この学校は門を開いて誰でも受け入れる・・・つまり門を開くもの！鍵だ！」
そうして皆は理事長室へと向かい理事長に説明する。
理事長「怪盗団ファントムが今度はこの鍵を・・・」
正義「というわけで預からせてください、奴らは手段を選ばず証拠も残しませんので。」
理事長「わかったわ。でも無茶はしないでね。」
そうして理事長は生徒たちに校門に近寄らないように指示を出す。
金田「この後はどうするの？」
正義「大丈夫ですよ。あっちにも名探偵がいるんですからほいほい来るはずです。」
るるか「作戦通りってこと？でも確かに見抜いたしその通りかもね。」
するとファントムが大集合していた。
正義「おやおや、いつもは手柄独り占めしようとして一人ずつなのに全員集合とはいよいよ背中に火がついてきた感じですか？」
ニジ―「全く・・・腹が立つほど察しが良いね！」
アゲセーヌ「マコトジュエル絶対いただくっしょ！」
ゴウエモン「観念しな！」
正義「観念するのはどっちですかね。あんたらの真骨頂は変装や奇襲でこちらが宿ってるものを把握してないときに一瞬で盗むというもの・・・つまり・・・ポチタン！」
ポチタン「ポチー！！」
ポチタンは鍵を収納して素早く飛び去る！
正義「追いかけなければいけない長期戦の状況を作り上げればあんたらはもろいってことですよ。」
明智「なるほど！」
小林「ポチタンのところにはいかせない！」
金田「えぇ・・・ポチタンも皆が安心して学べる学校を守ってみせる！」
れいがそう決心するとそれにカプセムが反応する！
ブースター！
エクストラカプセムは、ロードブースターカプセムを産み落とした。
金田「これは・・・」
正義「貴方の想いに答えたカプセムです。さぁ、決戦と行きましょうか。」
そうしてファントムとの防衛線が始まるのだった・・・