トーマはゲッコウガ達と共にカロス地方のジムリーダー達とバトルしてバッチを８個集めてカロスリーグに出場するも準決勝で敗退してしまう。
トーマが今後の事を考えているとプラターヌ博士からパルデア地方にあるオレンジアカデミーに入学してみないかと誘いを受けてそれを承諾したトーマは両親に相談して許可をもらうとオレンジアカデミーに入学する。そして課外授業【宝探し】の中でパルデア地方のジムリーダー達や四天王、トップチャンピオンに勝利してチャンピオンランクになったり、スター団の更生への貢献。そして秘伝のスパイスを巡るヌシポケモン達とのバトルと様々な経験をしたトーマは仲間達と共にエリアゼロへと向かい、そこでタイムマシンの停止に成功する。その後開催された【第一回 学校最強大会】が終わって数日後のこと････
「えっ？ 俺がセキエイ学園に留学、ですか？」
突然校長室に呼び出されたトーマを待っていたのはオレンジアカデミー校長であるクラベルと理事長でありトップチャンピオンのオモダカさんからの留学の申し出だった。
「えぇ。実は我が校でも他の地方の学校との交流を深める為に何か出来ないかと考えていましてねぇ」
「そこで思いついたのがこのオレンジアカデミーに通う生徒を実際に他校に通わせてみるという事だったんですよ」
「は、はぁ････」
クラベルとオモダカが留学の理由を説明してくれたが、トーマはイマイチ乗り気ではなかった。
「理由はわかりました。でも何で俺なんですか？ 他にもネモとか何人も生徒がいると思うんですけど････」
「確かにそうですが、ネモさんはこのアカデミーの生徒会長として欠かせない存在ですし、貴方はこの前の学校最強大会の優勝者でもあり、他の地方での旅の経験もある。貴方以上の人材は他にいないと思いますがいかがでしょうか？」
オモダカからこれでもかと適切な理由を突きつけられた結果、トーマはそれを受け入れる事にした。
「わかりました。他の地方の学校がどういう所かも気になりますし、俺行きます！」
「本当ですか！？」
「ありがとうございます！ では早速手続きを････」
クラベルは喜び、オモダカは早速手続きを始めた。こうしてあっという間にセキエイ学園への留学が決まった数日後、出発の日が訪れた。
「嫌だ！ 嫌だ！ 私はこれからもトーマと一緒にバトルするの！」
「我儘言うなよネモ。子供じゃあるまいし」
「････うるさい」
オレンジアカデミー前の長い階段の前で駄々をこねるネモとそれに文句を言うペパー。それをうるさく思っているボタン。そしてクラベル校長とオモダカ理事長が見送りに来てくれた。
「みんな。見送りに来てくれてありがとう。俺、セキエイ学園でも頑張るよ。んでもって今よりもっと強くなって帰ってくるから覚悟しとけよな」
「ほ〜う？ それを言われちゃあ黙っていられないねぇ！ ならアタシはトーマよりもっともーっと強くなっちゃうからね！」
「張り合うなよ。あとトーマこれ、俺が作ったサンドイッチ。移動中にでも食べてくれ」
「ありがとうペパー。ネモも次に会った時にはまたバトルしようぜ！」
「当然！ 楽しみにしてるよ！」
そうしてトーマはペパーとネモと順番に握手をした。
「ポタンも元気でな。色々大変だと思うけど頑張れよ」
「うん。うちもトーマに負けないように頑張る」
そして最後にトーマはボタンに手を差し伸べてボタンと握手をするのだった。
「皆さん、そろそろ時間です」
「トーマ君。どうかお元気で、そして良い学園生活を過ごしてくださいね」
「はい！」
クラベル校長にそろそろ時間だと言われるとオモダカ理事長はトーマがセキエイ学園でも楽しい学園生活を送れることを心から願っていた。
「それじゃあみんな、行ってきます！」
『いってらっしゃい！』
こうしてトーマはセキエイ学園へと向かい、そこで彼を待っていたのは新たな冒険の始まりだった。
こうしてトーマ達の冒険がスタートしていきますので今後の展開をお楽しみ！