『サトシ』
マサラタウン出身の少年、カロス地方の旅を終えてマサラタウンでテレビを見ていた時、ポケリンピックでアルトマーレの名を聞き、かつて訪れたアルトマーレとそこでの出来事を思いだしアルトマーレにピカチュウ、ワニノコとともに訪れた。そして、ラティオスを救うためにカノンとともにトウキョウ地方へと旅立つのであった。
『ピカチュウ』
サトシのパートナーであり最初のポケモン。
『カノン』
アルトマーレに住む絵を描くことが好きな少女、アルトマーレの事件から4年間ひとりぼっちのラティアスを見ていられず旅に出ることを決意した。準備をしている際にアルトマーレに訪れていたサトシと再会、しサトシと共にトウキョウ地方へと旅立つのであった。
『ラティアス』
アルトマーレの護神として知られるポケモン、アルトマーレの事件で兄であるラティオスを失いひとりぼっちになってしまった。アルトマーレを訪れていたサトシと再会しカノンのパートナーとしてトウキョウ地方へ向かうのだった。
『タケシ』
かつてサトシと共に旅をしていたポケモンブリーダー、シンオウ地方の旅が終わったあとポケモンドクターになるためにポケモンドクター養成学校に入学した。そして、現在、養成学校の卒業研修のためトウキョウ地方へと向かうのであった。
『グレッグル』
タケシのポケモン、タケシが女性をナンパするとどくつきで制裁する。
『ラッキー』
タケシのポケモン、ピンプクの頃からのかいりきは健在、タマゴのうみなどの技を使いポケモンドクターを目指すタケシをフォローする。
『ボンゴレ』
カノンの祖父、ゴンドラ職人と大聖堂のガイドを勤めている。旅に出たいというカノンの願いを聞き入れカノンの旅立ちを許可した。
『ラティオス』
アルトマーレの護神として知られるポケモンでラティアスの兄である。しかし、アルトマーレの事件で町を救うため失われたこころのしずくとなり、犠牲となった……現在はこころのしずくとして秘密の庭で町を見守っている。
『色違いラティオス・ラティアス』
アルトマーレの秘密の庭にいた色違いのラティオスとラティアス、ラティアスに連れられて秘密の庭を訪れたサトシとピカチュウを侵入者と勘違いし襲いかかり、ボンゴレが現れるまでサトシへの誤解を解かなかった。サトシのことはボンゴレから教えられており、サトシがかつてアルトマーレを救った少年だとわかるとサトシとピカチュウに謝罪し和解したのだった。ラティオスが緑色、ラティアスが黄色である。
登場人物を導入いたしました。