フィーネという1人の女性がカ・ディンギルという兵器を用いて月の破壊を試みた事件「ルナアタック」を歌によって力を増す「シンフォギア」を纏いし3人の少女と、1人の巨人に選ばれた少年が阻止してから3カ月が経った時のこと……。
フィーネがこの世界の脅威である「ノイズ」を呼び出し、自在に操ることが可能となるシンフォギアと同じく「聖遺物」と呼ばれる「ソロモンの杖」を解析するため、1つの列車がそれ専門の研究所に向かっていた。
だがその途中、空中を飛ぶノイズが出現し、ソロモンの杖をまるで狙うかのように追いかけてきていたのだ。
ノイズはシンフォギアを纏った者、または光の巨人の力を持つ者でなければ触れることは出来ず、もしもそれ以外の人間がノイズと接触した場合、その人間はノイズ諸共灰になって消滅する。
既に列車にいた何名かは列車に進入したノイズの餌食となり、ノイズに対抗するための組織「特異災害対策機動部二課」のオペレーターの1人の女性「友里（ともさと）あおい」が列車にノイズが飛び込んできた衝撃で倒れこむ。
それを「大丈夫ですか!?」と白衣を着た男性「ウェル博士」が彼女を心配し、あおいは平気だと頷いて見せた。
「それよりウェル博士は前方の車両に避難してください!」
「え、えぇ!」
その時、後ろの車両の扉が開きそこから2人の少女「立花響（たちばなひびき）」と「雪音クリス」、そして胸ポケットに3本の角がある「ウルトラマンタロウ」の人形を入れた少年「来元コウマ」が駆けつけた。
「大変です! 凄い数のノイズが追って来ます!」
「連中、明らかにこっちを獲物と定めていやがる! まるで、何者かに操られてるみたいだ」
クリスは険しい表情をしつつ、「誰かが操っているかのような動きをする」ノイズに疑問を抱いたが、ノイズを操るためのアイテムは今ウェルが持っている「ソロモンの杖」のみの筈、コウマは今度は自分の抱いた疑問をクリスへと投げかけてみるが……彼女は首を横に振って「分からない」とコウマに応えた。
（もしや、闇の支配者が……? いや、闇の支配者ならノイズなど使わずに、怪獣を使ってくる方の可能性が高い……?）
タロウも今自分達を追ってきているノイズが一体なんなのか、頭の中で考えるがやはり誰がどのようにして操っているのかは分からなかった。
「兎に角、先ずは前の車両に進もうぜ?」
コウマの言葉に一同は頷き、一同はノイズから逃れるために前の車両へと移動して行く。
その頃、モニターから列車の様子を伺っていた二課本部では司令官の「風鳴弦十郎（かざなりげんじゅうろう）」もクリスと同じ疑問を抱き、またノイズ達の様子からしてもやはり誰かがノイズを操っているのだと弦十郎はほぼ確信し、ノイズやはソロモンの杖を狙っているのだと考えた。
そして場所は戻り、響達はウェルを引き連れて前の車両に移動し、あおいは本部に状況を携帯で伝え、ウェルは三カ月前に起こった「ルナアタック」のこと、またそれを引き起こした張本人である「櫻井了子（さくらいりょうこ）」こと「フィーネ」について語り出した。
「三か月前、日本中に衝撃を与えた『ルナアタック』を契機に日本政府より開示された『櫻井理論』の殆どが未だ謎に包まれていますが、回収されたこのアープセプター『ソロモンの杖』を解析しノイズに対抗しうる新たな可能性を模索することが出来れば!!」
するとその時、クリスが立ち止まると彼女は自分の拳を握りしめ、ウェルが持っているソロモンの入ったケースを見つめた。
「そいつは、ソロモンの杖は簡単に扱っていいもんじゃねえよ。 最も、私にとやかく言う資格はねえんだけどな……」
「クリス……、そんな暗い顔すんなって!」
暗い表情を浮かべるクリスとは逆に、コウマは笑顔を浮かべて彼女の頭をワシャクシャと撫で廻し、クリスはそんなコウマの手を鬱陶しそうに頬を赤くしつつ払い除けた。
「な、なにしてんだよお前!?////」
「そんな風に、辛そうな顔見せられたらこっちまで辛くなっちまうよ。 好きな子なら尚更な」
コウマはサムズアップして笑みをクリスへと浮かべ、クリスはさらに顔を真っ赤にしてそのまま俯いてしまうが……。
「すいません、2人だけの世界に入ろうとしないで貰えますか?」
ウェルからツッコミが入るが……別にこんな時に2人の世界に入ろうだなんてコウマもクリスは考えてはいない。
コウマはウェルにそのことを謝罪し、コウマは響とアイコンタクトを取ると響はコウマがなにを伝えようとしているのか理解し、響は彼女の手を握りしめた。
「わッ、こ、今度はなんだよお前!?」
「大丈夫だよ、クリスちゃん!」
コウマと同じように、辛そうな表情をしていたクリスとは正反対に真剣な表情でそう言い放つ響、手を握られたクリスはそれが恥ずかしかったのか「お前、ホントのバカ!」と響に怒鳴りつけて彼女の手を離した。
そこにノイズ達が列車の屋根からノイズの身体の一部が侵入し、響が「行きます!」と叫ぶとクリスもそれに頷き、2人は……「歌」を口ずさんだ。
「「～♪」」
シンフォギアを纏った響とクリスは車両の屋根を突き破って車両の上に飛び移り、クリスと響は並び立って飛行するノイズ達の前に立ちはだかった。
「全くウジャウジャと出やがって!」
「どんな敵がどれだけ来ようと! 訓練してきたあのコンビネーションさえあれば!」
気合いを入れる響だが、クリスからは「『アレ』はまだ未完成だろうが! 実戦で踏み込むなんておかしなこと考えてんじゃねえぞ」と指摘されるも響はクリスに振り返って笑顔を向ける。
「うん! とっておきたい、とっておきだからね!」
「フンッ、でもまあ、分かってんなら言わせんな」
聖遺物のエネルギーが武器の形に固定されることで発生し、元となる聖遺物の形態と装者の心象によって異なる武器に変化する「アームドギア」をクリスは生成し、ボウガン型のアームドギアをクリスは構える。
「背中は預けたからな!」
「任せて!!」
響は拳を握りしめて歌を歌い出す、なぜ歌う必要があるのか、それは歌によってシンフォギアを纏う者「装者」は歌うことで力を増すからだ。
挿入歌「正義を信じて、握りしめて」
クリスはボウガンから放たれる赤い矢をノイズ達に連射し、飛行するノイズ達を次々とその矢で貫く。
自分に向かってきたノイズの一体をパンチで粉砕し、背後から迫ってきたノイズも後ろ廻し蹴りで砕き、さらに自分の前を横切ろうとしたノイズもパンチ１つで砕く。
さらにクリスの背後に迫って来たノイズを響が瞬時に殴りつけ、響は足を振り上げてノイズの一体を倒した。
両手のクロスボウ「アームドギア」からクリスタル状の巨大な矢を複数空中に放ち、その矢が遥か上空で空を覆い尽くす程の無数の小さな矢に分裂後、それら全てがエネルギー状の矢に変化して一斉に降り注ぎ敵を殲滅させる「GIGA ZEPPELIN」をクリスは繰り出してノイズを倒す。
さらに空中の……３ヶ月前、装者３人が力を合わせることでやっと倒せた巨大な飛行ノイズ諸共、大量のノイズを彼女は殲滅した。
そこでクリスはこのノイズ達を仕切っていると思われる飛行ノイズを発見しアームドギア全体を固定砲台形式に変形させ、ガトリング砲と小型ミサイル、大型ミサイルをクリスはノイズ軍団を仕切っているノイズに向かって放つが、そのノイズは高速で動いて殆どの彼女の攻撃をかわしてしまう。
変形したアームドギア4門の3連ガトリング砲からの一斉掃射して攻撃する「BILLION MAIDEN」をクリスはそのノイズに放つが、ノイズは変形し、防御力を強化してノイズにしては珍しく、硬いボディを持った形態となった。
「クリスちゃん!!」
腕の槍状のバンパーを展開し、響はそのノイズに向かって跳びあがり、そしてバンカーが戻る反動を利用することで強化されたパンチをそのノイズに叩きこんだが、結局は弾き返されてしまった。
その弾き返された時に、響は偶然気付いたのだが……黒い身体を持った巨大な怪獣……「用心棒怪獣ブラックキング」が列車を追い掛けて来ていた。
「なっ……はえ!? かかかかか、怪獣!?」
まだ列車とは少し距離があるが、ブラックキングは走って来ているため追いつかれるのも時間の問題だった。
響は車両の上に戻るとブラックキングのことをクリスに話し、クリスはそのことを聞いて舌打ちする。
「チッ、こっちはただでさえ立てこんでるってのに、怪獣まで来やがったのか。 コウマ! 聞こえるか!?」
クリスは通信機を使ってコウマに連絡をとり、連絡を受けたコウマはすぐにクリスの応答に出た。
そしてクリスはコウマに怪獣が迫って来ていることを話し、コウマはそのことに頷くと彼はコートの内ポケットから白い短剣のようなアイテム「ギンガスパーク」を取り出し、さらにどこからともなくその手に一体の怪獣の人形を取り出して怪獣の足の裏にギンガスパークの先端を押し当てる。
『ウルトライブ! レッドキング!』
コウマは光に包まれ、光に包まれたコウマは列車から飛び出ると光は変化し、どことなくブラックキングにも似た怪獣「どくろ怪獣レッドキング」へとコウマは変身した。
『ギャアアアアオオオオオオオ!!!!!』
レッドキングは雄たけびをあげながらブラックキングへと駆けだして行き、ブラックキングはレッドキングと掴みあいとなる。
『この!!』
レッドキングは自前のパワーでブラックキングを押し返して行き、そのままブラックキングを突き離してブラックキングの右腕を掴み、背負い投げを繰り出した。
『グアアアアアアッ!?』
レッドキングはすかさず攻撃を繰り出そうと蹴りを放つもブラックキングは膝を突きながらも起きあがり、両腕を交差して蹴りを防いで耐え抜いて立ち上がると頭突きをレッドキングに繰り出した。
『いでっ!? やったなこの野郎!!』
負けじとレッドキングもブラックキングに頭突きを繰り出し、ブラックキングはふら付き、今がチャンスだと考えレッドキングは偶然落ちていた巨大な岩を持ち上げてそれをブラックキングに投げつけようとするが……。
ブラックキングは口から煙幕を吐きだし、レッドキングの視界を奪った。
『なッ!?』
目の前が真っ白に染まったレッドキングはブラックキングの攻撃を警戒するが……、ブラックキングは背後から頭の角でレッドキングの背中を差し、さらにはレッドキングは持っていた岩を落とし、それが足に直撃してしまう。
『いってええええええええ!!!!? 二重でいてえええええええ!!!!? くそ、散々やってくれるじゃねえか……、倍にして返してやるぜ!!』
コウマがギンガスパークを掲げるとギンガスパークの左右のブレードが展開し、そこから1体のウルトラマンの人形、「スパークドールズ」が出現する。
『待ってたぜ、ギンガ!』
コウマが「ギンガ」と呼ばれた人形を手に取り、足の裏をギンガスパークの先端に押し当てるとブラックキングの光の空間の中にいるコウマは眩い光へと包まれ、そして地上に青いクリスタルのある光の巨人……「ウルトラマンギンガ」が降り立った。
『ウルトライブ! ウルトラマンギンガ!』
ファイティングポーズをとるギンガ、ブラックキングは雄たけびをあげてギンガに駆けだして行き、ギンガへと右拳で殴りかかるがギンガは左手でそれを受け止め、ブラックキングの腹部に５発連続の蹴りを叩きこんだ。
『デイヤッ!!』
『グウウウウウウ!!!?』
ブラックキングは腹部を抑えてギンガから距離をとり、ギンガを睨みつけて煙幕を放ちギンガの視界を奪おうとするがギンガは腕を一振り大きく振るって煙幕を払い除けた。
『ギンガを、舐めんなよ!!』
ギンガは高く跳びあがるとそのまま跳び蹴りをブラックキングへと繰り出し、ブラックキングは地面へと倒れこむ。
ブラックキングはなんとか立ちあがり、ギンガに攻撃を仕掛けるがギンガは自身の身体のクリスタルの色を黄色に輝かせる。
頭上に発生させた雷の渦を敵に向かって投げつける電撃光線「ギンガサンダーボルト」をブラックキングにギンガは炸裂させる。
『ギンガサンダーボルト!!』
『グウウウウウウウウウ!!!!? ガアアアアア!!!!!?』
ギンガサンダーボルトを喰らったブラックキングは威力に耐えきれずに爆発し、スパークドールズの姿へと戻った。
だが……ブラックキングにダークライブしていたと思わしき人物が……見当たらなかったのだった。
『どういうことだ……?』
その頃、列車の方では……。
「あん時みたいに飛べる『エクスドライブモード』ならこんなノイズに手こずることねえのに!」
「ってクリスちゃん!?」
クリスは響に呼ばれて振り返るとそこには……トンネルがあった、このままでは２人ともトンネルにぶつかって死にはしないだろうが「バーン」である、響はクリスを抱えて車両の屋根に穴を開けて列車内に再び入る。
「わ、わりぃ、助かった!」
『随分と性格も丸くなったよなぁ、クリス?』
そこに、何の前触れも無くいきなり「等身大」になったウルトラマンギンガが現れ、響もクリスも突然のことに驚きの声をあげた。
「おわああ!!? こ、コウマお前なにしてんだ!?」
『いや、まだ制限時間はきてないからこっちを手伝おうかと思ってな』
その時、響が「そうだ!」と声をあげた、なにかを閃いたようだ。
「こういうの師匠の戦術マニュアルで見たことがある!! こういう時は、列車の連結部を壊してぶつければ良いって!」
「はあ、おっさんのマニュアルは面白映画だろ? そんなの役に立つものかよ? 大体、ノイズに車両ぶつけたってあいつ等擦り抜けるだろ?」
「ふっふーん、ぶつけるのはそれだけじゃないよ!」
響のその言葉にクリスとギンガは顔を見合せながら首を傾げる。
それから響とクリス、ギンガは一度車両の外に出てクリスがアームドギアで列車の連結部を破壊し、響はそれを蹴りつけて完全に後ろの車両を前の車両と切り離す。
「サンキュークリスちゃん! これで!!」
クリスはこれで良いのかはだはだ疑問だったが、響はそのまま列車から飛び下り、右腕のバンカーを展開させて「歌」を再び歌い出す。
だが、響の背後を狙うかのように闇の光弾のようなものが響へと放たれ、等身大のギンガはそれを手で弾いた。
『お前、なにもんだ!』
いきなり背後から響を奇襲したのは……「ダークダミースパーク」と呼ばれるアイテムを持った1体の宇宙人……「暗殺宇宙人ナックル星人グレイ」である。
『お初にお目にかかるわねぇ、ウルトラマンギンガ?』
（（オカマなの、こいつ……））
ギンガと響はグレイが男声なためそう判断し、「オカマの宇宙人って……」とどこかどうでもいいことに思いつめる2人だった。
『と・に・か・く! 邪魔はさせないわよぉ～』
『それはこっちの台詞だし、邪魔してんのはどっちだってんだ! 響! そっちは任せる!』
「うん! 任せて!!」
ギンガはグレイへと向かって駆けだして行き、拳を放つがグレイは瞬間移動能力を使ってギンガの攻撃を避ける。
『レディに向かって殴るなんてあなた男として最低だと思わないの!?』
『少なくともお前みたいな奴には思わない』
ギンガは身体の色を紫に光らせ、頭部のクリスタルから放つ光刃「ギンガスラッシュ」を放ち、同じく列車から降りたクリスもギンガと同時にアームドギアから矢をグレイへと発射する。
グレイはダミースパークを使って障壁を張るが、2人の同時攻撃に障壁は打ち砕かれて2人の攻撃を受けてグレイは吹き飛ぶ。
『ありゃ～!? もう、なによ!』
グレイはそれだけを言い残してあっさりと消え去り、グレイの予想以上の弱さにクリスもギンガと唖然としてしまう。
そして響は……拳を力の限り前へと突き出し、背中のブースターが火を吹き、真っ直ぐ切り離した車両の中に侵入してきたノイズに向かって飛んだ。
「とっべえええええええええ!!!!」
切り離した車両から出てこようとしたノイズを響は殴りつけ、車両はノイズ諸共爆発、シンフォギアの攻撃によって起こされたその爆発はトンネルを潜り抜けようとしてきた他のノイズ達をも巻き込み、次々と炎の中に消えやがて……全滅した。
響は登る朝日をバックに、再び大地に降り立つ。
（閉鎖空間で相手の機動力を封じた上、遮蔽物の向こうから重い一撃、あいつ……どこまで!）
「すっげ、ジャンク・〇ォーリアーだよ今の! なあ、クリス!」
「分かった分かった……」
なにかはしゃいでいるコウマに呆れるクリスだった。
＊
その頃、ウェル達が避難した列車の中ではあおいが「本部と連絡を取るので」とウェルに伝えた後、あおいは別の車両へと移動し二課と連絡を取ることになり、今ここにはウェルのみが残された。
「数秒」の間だけ……。
ウェルの前に、先程撤退したグレイが出現したのだ。
「っ!? なんだ、お前は!?」
ウェルはグレイの登場に驚き、目を見開くが……。
『フフッ、そう怖い顔をしないで? それよりも、あなたに1つ、言っておきたいことがあるの……』
「言っておきたいこと?」
『あなたは闇の支配者様の力に大いに役立つ、た・だ・し、くれぐれもあの方の怒りに触れないようにね……』
グレイはそれだけを言うと瞬間移動で姿を消すのだった。
「まさか……」
ウェルが白衣の内ポケットからギンガスパークに似た黒い短剣のようなものを1つ、取り出すのだった。
「これは、奴が……?」
＊
同じ頃、日本では今夜限りのトップアーティストの少女「風鳴翼」と今話題の人物である少女「マリア・カデンツァヴナ・イヴ」のデュエットによるライブが開催されていた。
そして響の同級生で友人の「安藤（あんどう） 創世（くりよ）」「寺島（てらしま） 詩織（しおり）」「板場（いたば） 弓美（ゆみ）」そして親友の「小日向（こひなた） 未来（みく）」も響の友人達ということで彼女達は特別に今回のライブに招待され、特等席に座っていた。
しかし、実を言えば響もくることになっていたのだが、あの通り今はまだ少し手が離せない状態である。
創世はそのことを心配していたが……弓美は対照的にそんな響のことを「期待を裏切らないわね、あの娘」などとほくそ笑んだ。
しばらくしてライブが始まり、翼とマリアが歌うのは「不死鳥のフランメ」、彼女達の歌は会場を驚くほどに盛り上げた。
そんな様子を遠くから眺めていた1人の少年は「クスリ」と怪しい笑みを浮かべるのだった。
「まさか、今注目を集めている『マリア・カデンツァヴナ・イヴ』が、テロじみたことを起こすなんて誰が予測しただろうな……?」
『有難うみんな! 私は何時もみんなから沢山の勇気を分けて貰っている、だから今日は私の歌を聞いてくれたみんなに少しでも勇気を分け与えられたらと思っている!』
マイクを使い、観客達にそう言い放つ翼、マリアも「私の歌を全部、世界中に乗せてくれてあげる!」と言い放つ。
マリアも「私の歌を全部、世界中に乗せてくれてあげる!」と言い放つ。
翼とマリアの２人は握手をかわした後、マリアはマイクに口元を近づけ呟くように「そして、もう１つ」と言い、右腕をかざすと……会場に複数のノイズが同時に出現した。
当然会場はうろたえ、大騒ぎを起こしがマリアは会場の人々に向けて「うろたえるな!!」と言い放つ。
それを見た未来は静かに「響……」と親友の名を呟いた。
翼は首にかけていたペンダントを取り出し、自身のシンフォギアを起動させようとするがそれを見たマリアが口を挟んだ。
「あら、良いの? 確か政府はシンフォギアのことについては公言したけど、その装者が誰かは発表されてないんじゃなかった?」
「甘く見ないで貰いたい、私がさやばしることをためらうとでも思ったか!」
しかし、マリアの言う通り、この舞台は今、世界中に生放送で中継されている、だから翼はああは言ったもののやはりシンフォギアを起動させるのは戸惑った。
「フッ、あなたのそういう所、嫌いじゃないわ。 あなたのように誰かが誰かを守るために戦えたら……世界はもう少しまともだったかもしれないわね……」
「なん……だと……? 貴様は一体……?」
「そうね、そろそろ頃合いかしら。 聞こえてる!? 『あなた』もいるんでしょ!? 私達の存在を知らしめるにはあなたもいた方がインパクトは大きいわ!」
先程のマリア達を遠くから見つめる少年は紫色のギンガスパークにた似たアイテム「ダークダミースパーク」を取り出し、2体のウルトラマンを順番ずつ、ダミースパークでリードしていく。
『ダークライブ! ウルトラマンべリアル!』
『ダークライブ! ゼロダーク!』
すると2体のスパークドールズのウルトラマンは闇の渦に飲まれて1つのスパークドールズへと変化した。
『私達はノイズを操る力を持ってしてこの星の全ての国家に要求する! そして……』
マリアは持っていた剣型のマイクを放り投げると「歌」を口ずさみ……、さらにあの少年がダミースパークの先端に融合させたスパークドールズを押し当てる。
『ダークライブ! ゼロダークネス!』
そして……マリアは色は黒いが、響と同じ「ガングニール」をその身に纏い、同時にライブ会場に1人の黒い等身大の戦士が降り立った。
「来たわね、『諸星（もろぼし）零無（れいむ）』、いえ、ゼロダークネス! そして……『私は……私たちは『フィーネ』!! 終わりの名を持つ者だッ!!!!』
一方ヘリの中でライブ会場に向かっていたコウマ達もモニターを通してこの状況を見て驚いていた。
「黒い……ガングニール?」
「それに黒い、ウルトラマン……?」