今日もあいも変わらず、不思議探しでSOS団は奈木病院の屋上に集まっていた。古びた鉄柵の向こうには、静かな夜空が広がっている。涼宮ハルヒは、満天の星を見上げながら興奮気味に言葉を繰り出す。
「絶対に来るはずよ、今夜こそ！ UFOはこの場所に集まってるって噂があるんだから！」
キョンは腕を組み、やれやれという表情を浮かべる。これがいつものハルヒの空騒ぎで終わるのだろうと内心思っていた。
「そんな簡単に来るわけがないだろう。もし本当に来たらどうするんだよ？」
「決まってるじゃない！ 宇宙人とコンタクトよ！ SOS団の名にかけて、彼らをこの手で捕まえてみせるわ！」
ハルヒは両手を掲げ、何か儀式のような仕草をしていた。古泉は微笑みながら、長門は無言で見守っている。
その瞬間、夜空が突然異様な輝きを放ち始めた。
「な、なんだ？」キョンが驚きの声を上げる。
空に現れた光の輪が次第に大きくなり、屋上の真上で静かにホバリングしている。
「来たわ……来たわよ、キョン！ 本物のUFOよ！」ハルヒの声がますます高まる。
光の中からゆっくりと姿を現したのは、青白い光を放つ円盤型の物体だった。SOS団全員がその場で凍りついた。
「まさか、本当に宇宙人が……」キョンは呆然と立ち尽くし、言葉を失っていた。長門有希以外にハルヒは宇宙人を求めた？何だかんだ理性的な見方をしているハルヒがここまで胡散臭い宇宙船を？
円盤が降り立ち、目の前に謎の存在、セルポ星人が姿を現した。彼らの大きな黒い瞳がハルヒをじっと見つめている。
「やっぱり！ 私が正しかったのよ！ さあ、コンタクト開始よ！」
セルポ星人との遭遇
ハルヒは興奮を抑えきれず、両手を広げて宇宙人に向かって歩み寄った。
「やっぱり！ やっぱり来たのね！ さあ、どこから来たの？ 名前は？ 地球には何しに来たの！？」
キョンは額に手を当てて大きくため息をついた。「おいおい、本当にこんなことが起きるなんて……」
しかし、セルポ星人たちは何も言わずにただじっと、無表情のままハルヒを見つめている。彼らの大きな黒い目は、まるで人間を観察しているかのように無感情で、どこか冷たい。
目の前に立つのは、明らかに人間ではない3人の男たちだった。
その3人は、普通の白いシャツを着ており、一見して平凡なサラリーマン風にも見える。しかし、近くで見ると彼らの顔には不気味な違和感があった。異様に滑らかで、どこか人工的な肌。大きく暗い目が、無感情に周囲を見つめている。口元には微妙な笑みが浮かんでいるが、その笑みは決して温かみのあるものではなかった。
「涼宮さん、あまり近づくないで！」古泉が注意を促した。「彼らが何を考えているのか、まだ分かりません！」
だが、ハルヒは耳を貸さず、さらに距離を詰めた。「何を心配してるの？ こんなチャンス、もう二度とないかもしれないのよ！ 彼らと話せば、SOS団がもっともっと有名になるわ！」
一方で、長門はじっとセルポ星人を見つめていた。その眼差しには、微かな疑念が浮かんでいたようにも見える。
朝比奈みくるは困惑と恐怖で小さく身を縮めていた。彼女はキョンのすぐそばに立ち、セルポ星人たちに視線を向けることすらできず、震えながら小声で呟いた。
「こ、怖いです……キョンくん……私たち、本当に大丈夫なんですか？」
キョンは朝比奈さんの怯えた顔を見て、なんとか安心させようとしたが、自分も内心パニック寸前だった。これがハルヒの突飛な妄想の産物でないことは、今や誰の目にも明らかだ。
「彼らの存在は……この世界にとって自然ではない」長門が静かに呟いた。
「自然じゃない？」キョンが問い返した。「そりゃそうだろう。宇宙人なんて、普通じゃないんだから」
「違う、彼らは……この次元に属していない」
キョンは背筋が寒くなるのを感じた。「つまり、どういうことだ？」
長門は答えず、ただセルポ星人たちを見続けていた。すると、セルポ星人の一人がゆっくりと動き出し、ハルヒに向かって手を差し出した。
「ついにコンタクトが！」ハルヒが歓喜の声を上げた。
しかし、その瞬間、何かが違うとキョンは感じ取った。セルポ星人の無感情な目が、不気味に光り始めたのだ。
「嘘…。何、アレ…。ホントやめてほしい…。」
後ろから若い女性の声が上がった。
高倉健（オカルン）と綾瀬桃は電話で話しながら、それぞれの場所で異常現象を探していた。高倉健（オカルン）は幽霊トンネル、綾瀬桃は廃病院でUFOを探していたが、綾瀬桃は内心宇宙人などいないと決めつけていた。
「オタクくん、そっちは何か出た？」綾瀬桃が電話越しに聞いた。
「まだ何もですけど……綾瀬さんの方は？」高倉健（オカルン）が尋ね返す。
綾瀬桃は屋上の端に立ち、静かな夜空を見上げながら「こっちも特に何もないわ。だから、言ったでしょ。宇宙人なんているわけないって」と冷たく答えた。
その時、突然目の前に眩い光が広がり、空に浮かぶ円盤型の物体がゆっくりと姿を現した。
「嘘……。何、アレ……。ホントやめてほしい……」綾瀬桃は思わず立ちすくみ、動けなくなった。
「綾瀬さん、どうしたんですか？」高倉健（オカルン）の声が電話越しに聞こえてくるが、綾瀬桃はその声を無視するように、目の前の光景に釘付けになっていた。
円盤から降りてきたセルポ星人がハルヒ一同の前に立っている。綾瀬桃は、セルポ星人とその場にいるSOS団メンバーたちをじっと見つめていた。