プライマーと呼称された宇宙からの侵略者は、地球人類に対し宣戦布告無しの強襲を仕掛けた。人類はこれに対し地球規模での反攻作戦に臨み、その末に敵勢力の最高戦力と目されるマザーシップの11隻目、戦争末期まで姿を見せなかった敵司令船《コマンド・シップ》を破壊することに成功する。
しかし、たった二年で終結したはずの戦争は、人類に立ち直れない程の傷を負わせた。地球総人口のうち、9割にも及ぶ数が消え、人類はもはや死に体だった。
そんな中、ある基地の戦力増員要請のため、離職していた一人の戦闘機パイロット《スコーチャー2》が徴兵され、現地戦力と合流すると、あまりにも唐突すぎる転換点を迎えたのだった。