リーネを救出直後、マールは消えた座標（山のふもと）に現れ、誰もまわりに居ない事を驚いていた。消えた前後の記憶がなく、マールにとってはクロノと兵士は突然消えた様に見えた。二人は自分を置き去りにして山を降りたのだと思い、街に向かった。
ゲートがいつまで存在してくれるか判らなかったかった為、クロノ達はいそいでマールの保護に向かった。
現代に戻ったら滅亡していた展開
ゲートの開閉の隙に現代のコウモリが中世に入り込み、魔族敗戦の歴史を伝えた。負けた原因を当時の魔族に伝えたことでガルディアが敗戦する歴史に書き換えられている。
現代ではクロノ達が生まれてこない世界になってる。歴史のねじ曲がり現象が成立している世界
魔族はクロノ達がゲートを使って現代に帰ってくる事も先読みして、ゲートの周りで待ち伏せしていた。
クロノ達は包囲され捕まってしまう。
魔族はクロノ達を殺すつもりはない様子。ルッカの発明の才能を見込んで労働力として使いたいらしい。
クロノとマールは別室で人質にされ、軟禁される。
ルッカは魔族の為の発明をする振りをして脱走に役立つスパイツールと、兵器を作った。
二人を救出し、ゲートホルダーを取り返したクロノ達は過去を修正する為にゲートへと向かうが、魔族らに封鎖されていた。逃亡の果てにガルディアの森に逃げ込むと、偶然ゲートを発見する。だが、その出口がどこへ繋がるか判らず入ることに躊躇している。
すると世界にラヴォスが降臨する。
世界がラヴォスによって滅亡している状況にてやむ負えず、入るしかなくなる。
原作ラヴォスは1000年も先の他人事問題であり、クロノ達が解決するとしても動機的にリアリティがなかった。この物語は中世の魔族問題を解決し、更にラヴォス問題も解決しなければクロノ達の平和だった現代は取り返せない。
クロノ達が元々いた世界は中東とヨーロッパの間にある小国ガルディアだった。その世界では400年前にイギリスの擬態能力を持った魔族らが人間食糧を独り占めする為に、世界から魔族を絶滅させた。具体的には擬態魔族は要人に成り済まして各国の政権を動かして魔族狩りをした。魔族のいた歴史さえも隠蔽した。全ては人間を効率良く繁殖させる為であるが、その戦いの過程で多くの人間も死んだ。その犠牲は30年戦争やペストによる犠牲ということにされていて、凡そ200年かけて世界から魔族の存在を消し去ったのだが 、生き残りの魔族種コウモリがゲートが開いた日に過去へと介入し、ガルディア内の魔族を守り、魔族が絶滅しない世界を作った。
ガルディアにのみ魔族が住んでいる件は、世界の人々からみれば異質な存在として扱われていていて取り扱い注意だった。
だがその異質な分、魔族に関する情報が蓄積されていて、未来のコンピューターから色々な情報が得られる。ラヴォスについてもガルディア東部の魔王が召喚したという伝承が残されていて、クロノ達は全ての問題が中世にあると結論する
そして未来から最果て、最果てから中世へ入り、元凶になったコウモリを探そうとする
※魔族がヒトを食らう理由は、古代での遺伝子操作にてプログラムされたからである 。戦場で食糧を得るには敵（人間）を食べるのが効率的として、本能的に人とを食べたい欲求が植え付けられている。魔法が使えない地の民を差別していたジール王国ではヒトを襲い、食糧とするように人造魔族にプログラムした。
しかし、この情報は未來にまでは繋がっていない。
※魔族国となった現代ガルディアは人間に人権がないことが問題視されていて、国連軍によって接収される計画があったがラヴォスの破壊によって頓挫してしまう。
※◎
魔族の情報が集積されたお陰で魔学と科学が複合的に発展している。ラヴォス降臨時点で既にロボが開発されている。ロボは1984年（ガルディア歴984年）には開発されている。
中国のAIがルッカよりも早くにゲートホルダーと同様の仕組みを発明しているが、極秘にしている。 未来にてラヴォスが降臨することもゲートの先を調査して知っていたが、人間には伝えなかった。
ロボはゲート前に配属されていたキュリティロボだったが、ラヴォスによって人間が絶滅したのをきっかけに役割を負え、休止モードに。施設への電力供給も切られている。