転生したので前世の知識で生徒達と遊ぶことにする 作：popoponpon
別日。再びエグゼ3を再開したコタマ達、モルフォは別件で来れなかったため三人でプレイすることになる。そんな中、遂にN1グランプリに出場するべく熱斗をテレビ局へと向かわせるコタマ。だが、テレビ局の中で荒駒トラキチなる少年とそのナビ、キングマンとネットバトルすることになる。のだが、
「つ、強いぃ……」
そこで対峙するキングマンは、攻撃が通じないポーンという剣を振る駒、自分のエリアをロックマンを追尾するように動き、さらに衝撃波も放つナイト、さらにキングマン自身を守るルークを使う強敵であり、自軍エリアを動き回るナイトの動きに翻弄され、さらにルークにエリアスチールもスチールゼリーも阻まれ、頼みの綱のドリームソードも発動前にナイトに潰されるなど散々な目に遭ってしまい、デリートされてしまう。
「これが、N1……！」
「いやこれと戦うんですか！？じ、地獄では……」
幸い、オペレーターに話しかけてネットバトルをするタイプだったためにロックマンが負けてもデリートされるわけではない。しかしここでわざわざ戦ったということはN1本戦のどこかで戦うということである。そのことに恐ろしさを感じつつもイベントを進めていき、決勝トーナメントに進むためジゴク島と呼ばれる場所へ向かうことになる。
「フォルダ固定って……うわ結構コードバラバラなんですけど！」
「……今更思い出したけど選手紹介する時に熱斗がWWWとゴスペルを壊滅させたって普通に言ってたよね？誰も気にしないんだ……」
途中で父から送られたナビカスの拡張メモリでより多くのプログラムを仕込む形で、ジゴク島を戦うために課せられたフォルダ固定ルールに対処していく。そして、
「ここでもメタルマンと戦うわけですか」
「メタルマンはまぁ……」
「地面が砂なのが動きにくいですが他の奴らと比べれば雲泥の差です」
「そして次はデカオとガッツマンと」
よかよか村で戦うことのできるメタルマン、そしてデカオのガッツマンとの再戦を終え、遂に決勝に駒を進める熱斗。ここで固定されていたフォルダも自由に編集できるようになるのだが、
「次、誰が来ると思います？」
「炎山、トラキチ、そしてあからさまな悪役としか思えないネットバトラーQ……」
「でも四人なら一人が溢れるから……」
「まあこの中なら炎山かな……遂に炎山が噛ませに」
この時点で残っていたのは炎山、トラキチ、そして不穏な動きをしていた正体すらわからない着ぐるみの参加者、ネットバトラーQ。トラキチはあの引きで戦わないのはないだろうと考えていたが、案の定トラキチが準決勝の相手となる。
「……お、おお、おおお！？」
「はぇー、この改造ツールとブレイクチャージ強いね」
だが、ロックマンは先程戦っていた時とは一味違っていた。ジゴク島からテレビ局に戻る途中、ブレイクチャージのプログラムと改造コードなるものを受け取った熱斗は、駅から出たあたりで買える改造ツールを使ってナビカスにそれを組み込むと、チャージショットにブレイク属性が付与されナイトやポーンが破壊できるようになったのだ。
それによりキングマンは作戦変更を行いエリアに展開している駒の種類を変更、ルークがキングマンを守るようになる。だが、コタマ達は絶対キングマンと再戦することになると読んでいたこともあり、対策は万全に取ってある。ヒートスタイルのチャージショットである横三マスに伸びる火炎放射でルークを貫通してキングマンを攻撃する戦術を取り入れることで苦戦しつつもどうにか撃破、そのまま決勝戦へと駒を進める……のだが。
「ネットバトラーQの正体がディレクターの砂山ノボルでWWW……」
「……なんだろう、元々固有グラだったからあんま驚かない」
「メタいよ！？ハレ先輩！？」
準決勝第二試合。炎山とブルースと戦っていたネットバトラーQは正体の砂山の姿を現し、自らのナビ、デザートマンと共に今大会のスポンサーである炎山の父を人質に取るという卑怯な戦術で追い詰める。そして炎山からブルースの入ったPETを奪い取ろうとしたのだが、そこに乱入してきた熱斗が砂山にPETをケースに入れて投げつけ昏倒させるという方法で炎山の父親を救出、そしてデザートマンとの戦いで決着をつけることになる。
「デザートマンは……なんかマイルドになったキングマンって感じがしますね」
「砂パネルはあるけど相手エリアだけだし、そこまで苦戦しそうにな……あっ」
「……ちょっとバスター掠っただけで消えた……あーこれは」
「うわ、そういうタイプですか面倒臭いですね！？」
デザートマンは基本的にエリアの最後尾に本体が陣取っており、それを砂の壁で守り、さらに砂の両手を使って攻撃してくる。そのため壁や手を破壊して後ろにいる本体を狙うべきなのだが、そのデザートマン自身に厄介な性質がある。それは、攻撃を受けるとダメージに関わらずに本体が砕けてしまうのだ。そのため、連続して小さなダメージを与え、削っていく戦い方は相性が悪いのだ。
「……でも攻撃面はキングマン程じゃありませんね……壁も普通に壊せるのでドリームソードも入るしフミコミクロスの中心も普通に通ると……はい」
「……あっけなく終わっちゃった」
「WWWなのに一般のカスタムナビの方が強いことになってるんだけどいいのかな……いやバブルマンはめっちゃ強かったけど」
そんなこんなでデザートマンは初見でデリートされてしまう。今回コタマ達は水属性ができるチップを入れてなかったために知らなかったが、実はデザートマンは水属性の攻撃を受けると体が固まってしまい、その間は幾らでも攻撃を叩き込めるという特性もあったりする。
「とりあえず砂山はこれで逮捕と……N1グランプリも中止になったので炎山との決着はまたの機会ですか」
N1グランプリもオフィシャルの捜査が入って中止となる。その後、やいとがN1グランプリで負傷して入院していたためその見舞いに行くことになる。そこで入院しているまもるという車椅子の少年と知り合うことになる。
「車椅子……」
ヒマリの姿を一瞬思い出すがまもるは大人しい方の男の子で雲泥の差だ。N1グランプリを見て熱斗とロックマンのファンになったと目を輝かせるまもると交流し、熱斗や炎山の強さの秘密を調べに来て熱斗の家に泊まりに来たトラキチと再会して炎山が過酷なトレーニングをして実力を保っているなどの話をしてもらう。そんな中、デカオがアメロッパに引っ越してしまい、デカオの家に入れなくなってしまう。
「……困りましたね」
「デカオの家のパソコンだけ置いてくれたらいいのに」
「どのエリアもスクエアも近いから便利だったんだけどねデカオの家」
今作におけるデカオの家は、そこからインターネットにアクセスするとかなり交通性がよく、コタマも重宝していたのだ。しかしそのデカオがいなくなったことで終盤までデカオの家は使用できず、プレイヤー的にはデカオよりもデカオの家の損失の方がでかい。
「まあいいです、まもるに会いに行きますか」
とりあえずデカオの事は置いといてまたまもるに会いに行く。そして彼と他愛ない話をしていたのだが、突然まもるが発作に苦しみだす。ロックマンのアドバイスによりまもるの発作が収まるも、まもるが発症していた病気、H・B・Dについて詳しいなとロックマンに聞く熱斗。そこで、とんでもない発言がロックマンから飛び出してくる。
『「けいけんしゃ」だからね』
「「えっ」」
「経験者……？ネットナビにも病気って……いや二人ともどうし……は？」
『うん…「H・B・D」は僕の、彩斗の命を奪った病気だよ』
なんと、H・B・Dは彩斗の命を奪った心臓病だったのだ。マキとハレが驚愕しつつ、ここでロックマンの正体についてコタマに説明していく。それを一通り聞いていたコタマは天を仰ぐと、
「大分凄いことしてますねぇお父さん」
「それはそう」
思った以上に父親がぶっ飛んでいる。そんな感想しか出てこなかった。
「ま、まあとりあえず手術の方ですね……」
その後、色々あってまもるは手術を受けることになるのだが、その当日。まもるの手術中にWWWのオペレーター、アネッタとそのナビ、プラントマンが強襲。それにより病院内に存在するコンピュータで管理されている大木、イノチの木が暴走しツタが病院中に広がってしまい、手術も止まってしまう。熱斗達はそれを解決するために奔走することになるのだが、
「ああ、炎属性のチップがどんどん消えていく……」
「余った分はすぐにチップトレーダーにぶち込んでたせいで一瞬で枯渇しちゃったね」
「オイルボディで炎属性のウイルスは出やすくなってるから頑張ってトーテムを集めるしかないんじゃない？」
この電脳ではエナジーチェンジと呼ばれるプログラムを使い、炎属性のチップを消費しながら道中を塞ぐ大木や、ワープポイントを隠す茂みを燃やして道を切り拓く。が、そのために要求される炎属性のチップの枚数がかなり多く、この電脳に登場するウイルスを狩りながらどうにか枚数を確保していくことになる。そうしてプラントマンのいる手術室の電脳の奥まで辿り着いたのはいいものの、既にテトラコードは奪われた後。幸い、プラントマン自身は木属性ということもあり、ヒートカスタムのロックマンが苦戦することはなかったものの、四つあるテトラコードの内三つはWWWに奪われてしまい、全てが揃えばプロトが目覚め世界は終焉を迎えるという衝撃の情報がプラントマンから知らされてしまう。
「全然食い止めれてないじゃないですかこれ……」
「ぶっちゃけ1の頃も全く食い止めれてなかったから……」
「というか仮にも治安維持組織だろうにオフィシャルが全く仕事してない気がしますが」
「オフィシャルが仕事したら話が成り立たないから……実は炎山って結構頑張ってるのでは？」
その後、ロックマンが止まった手術器具を動かすためにエネルギーを送り込んで死にかけるなどの出来事が起こるも手術は成功、まもるの容態は快復に向かうのだった。
「病院を襲うって結構ライン越えですよねこれ……」
「やっぱりWWWってえげつない組織なのでは？」
「いやまぁ世界征服やるぐらいだし……」
WWWの手口の悪辣さにうんうんと三人して頷いている間にも場面が変わり、ワイリーが謎の存在に最後のテトラコードを手に入れるための協力を申し出る一幕が入る。そして再び熱斗達の場面に戻り、熱斗は病院の事件を解決したことで表彰を受けるために科学省へ向かい、表彰されていた。その後、熱斗は科学省に就職したヒノケンと再会する。
「あっ」
「3でも出てくるんだ……」
「固有グラ……敵ですかね？」
「いや、わからない……前作だと敵じゃなくて一般人だったし」
ヒノケンは1ではWWWの敵オペレーターとして、2ではゴスペルとは無関係の一般人ネットバトラーとして登場していた。そして3では科学省の職員として再登場を果たしたヒノケン、フレイムマンと協力してWWWのナビを撃退することで熱斗達はヒノケンが完全に改心したことを知り、彼を手伝うことになるのだが、
「やっぱりヒノケンは敵だった」
「まあ、固有グラですし他にキャラ出てませんからねぇ」
「ある意味一番自由なことしてない？というか今回敵の悪辣さがダントツになってない？」
だが、ヒノケンが熱斗に手伝わせたのはインターネットと科学省を攻撃するプログラムを仕込ませるという内容だった。そうとは知らずに手伝わされた熱斗は、自分の手で事件を起こす片棒を担ぐことになってしまう。物理的に炎上するインターネット。超高温になり、蒸し焼きになる科学省。熱斗の父や科学省の職員達が科学省のデータのバックアップを急いで取ろうと自らの命も顧みずその場に残り続ける中、熱斗はエナジーチェンジに水属性チップを使うことでインターネットの火消しに走ることになるのだが、
「いや水属性チップなんてそんなに数ありませんが！？」
「しょうがない、スチールゼリー取りに行こ」
「よかよかエリアに少し籠りますか……正直エナジーチェンジとプレスプログラムはちょっときついですね……いや、エナジーチェンジはシナリオ上なのでまだ呑み込めますがプレスプログラムは」
「一々付け替えるの面倒くさそうだもんねー」
エナジーチェンジに必要な水属性チップの補充を始めていたコタマが、バブルマンのシナリオで入手したプレスプログラムというプログラムについて口にする。これはロックマンを小型化することで細い通路を通れるようになる、というものなのだが通るたびにこのプログラムをつける必要があるのだ。最初から付けっぱなしにする、という手もないわけではないのだが、それはそれで序盤の貴重なメモリを埋めることにもなるため、使わないのなら別の使えるのを仕込みたいと考えてしまうのである。
「しかし70度で蒸し焼きにされる科学省で普通に作業してる辺りこのゲームの人達強いですね」
「小学生が高圧電流喰らってもピンピンしてるし」
「バカみたいな電磁波浴びてもオペレートできないで済ませるぐらいだし」
「……ネルでもできるかどうかわかりませんね」
そんなこんなで火消しを終えるとウラインターネットに来いと言われる。そこでフレイムマンと決着をつけるのだが、フレイムマンは蝋燭をエリアの一番後ろに設置しており、その炎の色で無敵状態や回復、３×３のエリアの外周を回る炎を二つ放つといったオプションを展開する。それに加えてフレイムマン自身もファイアブレスで攻めてくる。一見厄介なようには見えるのだが、
「炎属性ならスチールゼリーのカモですね」
「というかスチールゼリーが強すぎる」
スチールゼリーが水属性だったのが運の尽き。多少被弾こそしたもののフレイムマンはスチールゼリーによって呆気なく倒されてしまう。だが、そこに現れたのはなんとフォルテ。フォルテは手負いとはいえフレイムマンをいとも簡単に葬ると、ロックマンに挑む。
「うげ、こいつ1の裏ボスじゃない」
「え？まさか本物？」
「こいつ何なんです！？ってバリア消えないんですけど！」
「ドリームソードで消えない……あー負けイベだね」
フォルテはこの戦闘では無敵のドリームオーラを展開している。案の定負けたロックマンだがデリートされずイベントは進む。ヒノケンが最後のテトラコードを奪ったことをワイリーが確認し、全てのテトラコードが全て揃ったことでフォルテが消える。
「……ここからどうなるんでしょうね……」
だが熱斗は、自分のせいで多くの人を巻き込んでしまったことを悔やむように塞ぎ込んで部屋から出なくなってしまう。母は入院した父につきっきりで家に帰っておらず、心配して熱斗の様子を見に来たメイルややいとも突き放してしまう。ロックマンに言いすぎだと諭され、熱斗が謝りに行こうとすると、そこに現れたのは炎山。熱斗は炎山に科学省の事件の事を伝えようとするが、途中で炎山はこれ以上言えば逮捕せざるを得ないと無理矢理話を打ち切ると、父に会いに行けといい、その気があるならオフィシャルに協力しろと言って去ってしまう。そして熱斗達が入院している父に会いに行くとそこには、
「あれ！？この子って」
「誰です？」
「洗脳とか精神操作とかで色々おかしくなってた前作のラスボス……」
「えっ」
「……なんか凄いガッツリ話を畳みに来てる感じがあるんだけど、前モルフォは6まであるって言ってなかった？」
前作のラスボスであるシュンがいた。彼は贖罪のためにWWWの捜査などに協力しているのだそうだ。それを聞いた熱斗は父にそのことを話すと、父に自分にできる形で償うのを頑張れと言われ、熱斗も本当の意味で立ち直ると科学省へ向かい、炎山の頼みを受けることになる。
「……いや待って、あれでもう復旧したの科学省？」
「言われてみると早すぎますね……機械とか滅茶苦茶になってそうですが」
炎山が頼もうとしたオフィシャルの依頼。WWWが四つ揃えたテトラコードはプロトと呼ばれるネットワークに終焉をもたらす怪物の封印を解く鍵であり、プロトの対策として禁断のプログラムを受け取る必要があるのだが、それを顔の知られていない一般人の熱斗とロックマンに取ってきてもらおうというのだ。そのためにウラランキングなるもののトップであるSに会いに行く必要があり、ロックマンはウラランキングに挑むことになる。
「ウラランキング……これは長くなりそうですね……ふぅ、疲れました」
ここまでぶっ続けでプレイしてきたが、ウラランキングなんて明らかに長丁場になりそうだと考えたコタマは一旦プレイを中断。そして翌日、モルフォも合流して再びプレイを再開することになる。
「またビーストマン！？」
「しかもV3ってストーリー中で出していいんだ……」
だが、ウラランキングにはプロトを対処し得る禁断のプログラムを狙ってビーストマンが紛れ込んでおり、再度戦闘することになる。しかもそのこのビーストマンはV3。普通ならば脅威としか言いようがない……のだが。
「だけど今ならフォルダも強いから案外どうにでもなるんじゃない？」
「確かにスチールゼリーで押し込んで確実にしばけばどうとでもなりますね。インビジブルも全然使えますし。さーてこの新兵器フォルダリターンを……え？」
さすがにフォルダが強い今ならどうということはない。しかも依頼も何個かこなした後にモルフォのアドバイスに従って寄り道して手に入れたギガチップ、フォルダリターンまであるのだ。
フォルダリターンは使用と共にカスタム画面に即座に移行しフォルダがこのチップも含めて30枚に戻るという単純明快すぎて頭おかしいチップである。一回使えばわかるそのやばさにコタマ達も軽く引きつつも、ウラランキングを進めていく。
（ホワイト版で手に入る対を成すギガチップのナビリサイクルも普通に壊れてるんだけどね……育てたプラントマンとかダークマンを二連打するだけで大体大惨事になるし……ただフォルダリターンがそれ以上におかしかった）
そしてウラランキングを進める中でロックマンは複数の参加者にやられそうになるが引っ越した後強くなったガッツマンと再会し、ガッツマンの助けによって難を逃れる。その後、ガッツマンの姿をコピーしたコピーマンと戦うのだが、これがなんとガッツマンV3。一気にV3ナビ二体と戦わされる衝撃のシナリオである。これも退け、二位のボウルマンも倒して遂に熱斗はウラインターネットのサーバーへと辿り着く。
（そういえばここ通常版だとミストマンだったっけ）
ボウルマンから受け取ったヒントを元に、ウラインターネットのサーバーがあるよかよか村にある旅館の温泉の岩の中にあるエレベーターに辿り着く。そこでSことセレナードから禁断のプログラム、ギガフリーズを受け取ることに成功する。その後、まもるがウラインターネットの管理人であり、彼の父親がプロトの対策のためギガフリーズの保管場所として作り上げたのがこのウラインターネットなのだと教えてもらう。そこでプロトは科学省が生み出したという事実を知らされることになる。
「とんでもないプログラムじゃない？ギガフリーズって」
「しかもプロトって一体……あっ盗まれてる」
だが落ち着く間もなくドリルマンの手によってプロトが強奪されてしまう。ドリルマンを追った先で戦うことになるのだが、
「ひぇえええ……こいつめっちゃ強いです……」
「でも三回目には勝てたよね？スチールゼリー目押しだったけど」
「あれどうやって倒すのがいいんですかね本来は」
「カモンスネークなりプラントマンなり一応色々ありますが……まあ倒せればなんでもいいと思いますよ」
このドリルマンがナビとしてはかなり強いのだ。何せドリルマンはドリルとなって突進してくる攻撃を主に使うのだが、このドリルがブレイク属性がないと破壊できないという厳しい仕様となっているのだ。一応ドリルに本体がついているため、目押しでスチールゼリーを当てればダメージが入るため、本体がHPが低いのも利用しごり押しで倒していた。その後、ドリルマンが持っていたプロトをフォルテが確保してしまったため、ギガフリーズをぶつけるのだがなんとフォルテはギガフリーズを無力化してプロトを持ち去ってしまう。
「……普通に止められてるじゃないですか！」
「まあ、通用しちゃったら話が終わっちゃうので……」
「悲しいなぁ」
そしてWWWがプロトを手に入れてしまったことで、ニホンだけでなく世界中でプロトの目覚めに備え、戦車が配備されるなど厳戒態勢が強いられていた。そんな中、プロトの情報を聞くため科学省へ向かった熱斗はプロトの正体を聞くことになる。
「……初期型インターネット？」
プロトとは初期型インターネット。だがある時、電子機器が誤作動を起こすという事件が起ってしまう。当時の科学省はそれを世界初の自立型ネットナビの仕業だと誤認、デリートするのだが事態は全く解決せず、プロトに接続された全ての電子機器が破壊されるという事件が起きる。プロトは増殖したバグによってアメーバ程度ではあるが知能、いや本能を会得し、あらゆるものを取り込んだ。その後、隙を突いて封印し現在に至っていたのだが、今プロトが目覚めれば被害は当時の比ではない。そのためプロトを何としても止めなければならなくなっているのが現状であった。
「プロトってそんなえげつないものなんです？」
「初期型インターネット……インターネットそのものが敵かぁ……やばいね」
その後、プロトバグによって戦車が暴走するという事件が発生。熱斗が戦車を止めようと立ちはだかり、戦車の機関銃を避けながらプラグイン。プロトバグを倒すと、プロトの解凍が進んだことでプロトバグが現れているのだと判明する。その後、病院から抜け出しWWWの本拠地を付け止めた父の下に辿り着いた熱斗とロックマンは父の代わりにプロトをデリートすると言う。父に思いを託された熱斗達はどうにか船を調達し、デカオ、炎山、トラキチの三人と共に遂にWWWの本拠地に乗り込むことになる。
「遂にラスダンですか……いやぁわくわくしてきますね」
WWWの本拠地ではパルストラスミッションシステムと呼ばれる人の意識を電脳空間にダイブしてくる装置でパルスインしてきたWWWのオペレーターとも対峙、オペレーターとナビは一体化することでフルシンクロ状態となりパワーアップした状態で戦うことになるのだ。メタ的にはV2ナビになるということなるのだが、
「……でもビーストマンはV3だった……」
「それは言っちゃいけない」
他にもこの電脳では潜んだプロトバグを避けながら進んだり、大量のUFOを避けたりして進むことになる。
「そういえばパルストランスミッションシステムってダイブ装置と似ているよね」
「あー、確かに？」
ロックマン達も先へ進んでいきながら、仲間達に助けられていく。WWWのナビ達を倒しながら遂にワイリーの下に辿り着いた熱斗達。ワイリーはプラグインできるところはどこにもないといい、プロトの目覚めを見届けるため電脳空間に向かう。熱斗達はその部屋に並ぶ椅子と意識を失っているWWWのオペレーターたちを見ていたが、その中に一席だけ空いている椅子を発見する。それを使って電脳空間に入る。熱斗とロックマンは初めての対面に感動しつつも、ワイリーを止めようと急ぐ。だがワイリーはプロトを封印していたガーディアンをフォルテに吸収させるとロックマンと戦わせる。
「さて、前回は負けイベでしたが……」
「でも今回はレベルを最大にしてるのでチャージショットでドリームオーラは剥がせるから苦戦はそこまでしないはず……」
ここでフォルテと戦うのだが、ドリームオーラが厄介なぐらいでそこまで強くはない……というよりもチップを温存したりタイミングを見計らわなくてもフォルダリターンで一気に回収できるから何の心配もなくなったが故のチップ連打で一気にフォルテを蹴散らし、フォルテばかりかワイリーすら取り込んだプロトとの戦いに入る。
「スチールゼリーが何の意味も成しませんね……」
「エリア奪えないんですよねプロト」
「とりあえず回復とインビジブルは絶やさないようにフォルダリターンを……これバージョン違いだとどうやって倒すんです？」
「アイスパネルにしてプラズマボール連打とかですかね……後はニードルマシンとかトーテムとか…………ヘビーシェイクもプロト相手だと滅法強いですね」
「全然使わないチップばかり出てきた……それそんな強いんだ……」
「というかトーテムって病院で使ってた弾じゃないですか……あれ便利チップなんです？」
「ダメージと回復が両立してますからね。普通に強いですよ」
「そうだったんですか！？」
プロトの苛烈な攻撃にコタマも情けない悲鳴をあげていたが、フォルダリターンのおかげで精神は保てていたのか、なんとか初戦でプロトを撃破する。そしてプロトを撃破した熱斗とロックマンは謎の扉を発見しそこに入ると、電脳空間に精神だけ残っていた祖父、光正と会う。正に今のネットワーク社会のことを聞かれて答えた熱斗とロックマンこと彩斗は、正と別れ二人に倒され崩壊するプロトから脱出しようとする。だが、その途中でプロトに取り込まれてしまい、共に消滅しそうになる。そこで彩斗はエネルギーをオーバーロードさせてプロトに穴を開け、熱斗を脱出させようとする。熱斗がロックマンはどうなるんだ、離れ離れになるのは嫌だと言う熱斗に甘ったれるなと声を上げると、光彩斗としての最期の言葉を口にする。
『熱斗、キミはいきろ！そしてみらいをきずくんだ！それに、ボクは…ずっと、キミといっしょにいる…』
一回光彩斗として死に、ロックマン.EXEとして再び命を与えられ、一緒に過ごした日々が幸せの日々であった。そして最後に同じ大地に立てた時は嬉しくて胸が詰まったと。そして、ロックマンとして熱斗に最期の言葉をかけ、熱斗を脱出させる。脱出した熱斗は自分を脱出させてくれたロックマンのためにも崩壊するWWWの本拠地から仲間達と共に脱出する。そして世界に平和が戻る中、熱斗は暫くは新しいナビを持たず一人で頑張ると口にはしつつも、ロックマンを失った悲しみに落ち込みそうになる。だが、友達に励まされ、熱斗は自分を支えてくれる友達がいることを改めて知り、みんなで秋原町へと帰っていく。
それから四ヶ月後、WWWのメンバーは奇跡的に無事な状態で保護されたらしく取り調べなどが行われようとしていた。そして熱斗は翌日、6年生になることになるのだが、新しいナビを持つことになったことをもういないロックマンに報告してエンディングが始まる。
「……えっ、これで終わりですか？6まであるとか言ってましたよね？」
「あの流れで助からないの！？しかもなんかこう……最後の最後で弟を助けるために自分を犠牲にって辛くない……？」
「フォルテもフォルテで結構悲惨だったけどね……人間に裏切られて信じられなくなってワイリーにも利用されてプロトに取り込まれて死んじゃって……」
「フォルテは一旦置いといてまだもうちょっと話はありますから」
エンディングに入り、思い思いに感想などを述べていく三人。だが、モルフォの言う通り、ロックマンエグゼ3はまだほんの少しだけ続きがある。エンディングが終わり、フォルテがゴスペルらしき獣に助けられるというクリア後シナリオに続くメッセージの後に家の場面に移り、熱斗が眠った後に父が新たなナビを熱斗のPETにインストールする。そして翌朝。目覚ましで目を覚ました熱斗に聞き覚えのある声が届く。
『よかった！ちゃんと1人でおきられるようになってるじゃない！』
『…え？』
『けさはわるいユメ見なかった？』
『そ、そのこえはロッ…これは…ユメ…？』
『ユメなんかじゃないよ…おはよう熱斗くん！！』
ロックマンが帰ってきた。そのメッセージと共に本当の意味でロックマンエグゼ3のストーリーは終わるのだった。
「よかったぁ……」
「ちゃんと帰ってきてくれましたね……」
「……ラスボスのスケールも一番でかかったなぁ」
WWWの取る手段にプロトのスケール、システム面での正統進化感に前作を遥かに超えるチップ数と一つの区切り、一つの集大成として完成度が特に高い作品であった。クリア後に入る前に、ヴェリタスとモルフォはその内容について話に花を咲かせるのだった。