マチュに媚薬を盛られたジョンはマチュと共に一夜を過ごす。
その現場を見たタマキに全裸で説教を受ける2人だったが、意外にもタマキとマチュの父親イザギ・ユズリハから交際が認められる。
翌日、サンライズカネバンへの就職のためパルダコロニーに向かうケルゲレンに乗艦するシュウジとニャアンに別れを告げたジョンとマチュの前にサンライズカネバンの備品である白いハロが現れ、彼らへの同行を申し出る。
穏やかな日々を過ごすジョンとマチュだが、彼らの別れは近づいていた。
諦めきれないマチュに白いハロは一計を案ずる。
ジョンがジオンへ行く当日、ジョンはマチュと連絡が取れなくなってしまう。
マチュと連絡を取れないことを気にしながらもジョンはソドンへ向かおうとする。
だが、そんなジョンの頭上に巨大なMA、サイコガンダムが現れる。
キシリア暗殺計画の本命であるエコーズ部隊から目を反らす陽動のためイズマコロニー内で暴れまわるサイコガンダムとハンブラビから逃げるジョンとハロだったが、彼らの前にサイコガンダムが降ってくる。
サイコガンダムのパイロット「ドゥー・ムラサメ」はジョンのことをストライクと呼び、襲い掛かるが辛うじてジョン達はサイコガンダムから脱出する。
多くの人々の命を奪い、コロニーを破壊して回るサイコガンダムと戦う決意をしたジョンを見たハロはその姿を変えた。姿を変えたハロはその姿を「ガンバレルストライカー」と名乗り、戦闘機のような形態になり、ジョンを乗せてサイコガンダムへと飛び立つ。
一方、ソドンに搬入されたガンダムG3のコックピットにマチュが潜り込んでいた。
マチュはソドンへ密航するためにガンダムの中に潜り込んでいたのだ。
この行動をある程度読んでいたシャリアの計らいでマチュはソドンで保護されることになるが、ソドンはサイコガンダムとの戦闘に参加することになってしまう。
マチュは何者かに導かれるようにソドンに眠るジークアクスに導かれてそのコックピットと乗り込んだ。
ジークアクスはジョンの乗るガンバレルストライカーを補足して追跡を行う。
ジークアクスの動向に混乱しつつもソドンとパープルウィドウはキシリアの命を狙うサイコガンダムを攻撃しようとするが、そんな彼らの前にナガラ衆が現れる。
ナガラ衆の未知のMS「セカンドV」によってあわや轟沈一歩手前まで追い詰められるソドンだったが、どこからともなくやってきた放熱板のようなビットによって辛うじて救われる形となった。
戦闘不能になったソドンとは別行動を取っていたシャリアの前にセカンドVが現れる。
セカンドVは「光の翼」を展開し、シャリアの搭乗するキケロガと周囲の軍警ザクを破壊してしまう。
ナガラ衆の大暴れを尻目にサイコガンダムとハンブラビチームも本命であったエコーズが全滅したことで自分達の手で暗殺をするしかなくなってしまう。
ホテルの屋上に避難していたキシリアを補足したドゥーの前にエグザベが立ちふさがる。
エグザベ少尉の新たなる剣「エグザベ専用ギャン」がドゥー達の前に立ちはだかった。
そんな彼らの前にアンノウン1…ブルーディスティニー1号機が現れサイコガンダムを無視してエグザベと戦い始める。
もはやサイコガンダムを止められるMSはいない。
光の翼を回避したガンバレルストライカーはジークアクスに捕まる。
再会を果たしたジョンとマチュだったが、ジョンはサイコガンダムを止めるために戦いへと向かう。
ガンバレルストライカーに乗ったジョンの周囲でゼクノヴァが発生する。
次の瞬間、ゼクノヴァから赤いガンダム「ストライク」が現れる。
ストライクはハンブラビを圧倒し、ガンバレルストライカーと合体しガンバレルストライクとなる。
ガンバレルストライクはジョンとマチュの応援に駆け付けたシュウジの赤いガンダムと共にサイコガンダムを撃破することに成功する。
一方、ブルーディスティニー1号機と激戦を繰り広げるエグザベはブルーディスティニー1号機の撤退という形で戦闘が終了する。
撤退間際、ブルーディスティニー1号機に変身したHi-MD男はナガラ衆についてのヒントをエグザベに授ける。
掘り下げが足りないと感じる主要人物
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ジョン・マフティー・マティックス
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アマテ・ユズリハ(マチュ)
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ニャアン
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シュウジ・イトウ
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シャリア・ブル
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シロウズ
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サンライズカネバン社長
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シイコ・スガイ