中華連邦の首都、洛陽の朱禁城で繰り広げられた政変は、ゼロ率いる黒の騎士団の電撃的な介入と、黎星刻麾下の改革派部隊の決起、そしてレオンハルト・ジークフリート・アイゼンとモニカ・クルシェフスキーという二人のナイトオブラウンズの暗躍によって、大宦官たちの失脚と、幼き天子・蒋麗華（チェン・リーファ）を中心とした新体制の樹立という形で、一応の決着を見た。しかし、それは新たな混乱と、より大きな陰謀の始まりを告げる序曲に過ぎなかった。天子は、ゼロ（ルルーシュ）の巧みな誘導と、黎星刻の純粋な忠誠心に支えられ、中華連邦を大国としての自立と民衆のための改革へと導こうと決意するが、その前途には多くの困難が待ち受けていた。そして何よりも、ゼロはこの政変を利用し、黒の騎士団を国際的な反ブリタニア勢力「超合集国」の中核へと押し上げるための布石を着実に打っていたのだ。
レオンハルトとモニカは、この中華連邦での一連の出来事を通じて、ゼロ…ルルーシュ・ランペルージの恐るべき知略と人心掌握術、そして彼が抱く野望の底知れなさを改めて痛感すると同時に、世界の裏で暗躍するギアス嚮団と、その指導者であるV.V.の存在を、より明確な脅威として認識した。大宦官たちがギアス嚮団と繋がり、何らかの「実験」に協力していたという断片的な情報は、彼らの警戒心を最大限に引き上げた。彼らの真の目的は何なのか？ そして、皇帝シャルル・ジ・ブリタニアは、この嚮団とどの程度深く関わっているのか？ 全ての謎が、一つの巨大な陰謀へと繋がっているような予感が、レオンハルトの胸を重く締め付けていた。
エリア11へと帰還したレオンハルトとモニカを待っていたのは、束の間の平穏と、しかし水面下で着実に進行する不穏な動きだった。ユーフェミア・リ・ブリタニアは、中華連邦での政変の報を受け、自らの「行政特区日本」構想の実現への想いを新たにしつつも、その道のりの険しさと、姉コーネリアやブリタニア本国の強硬派からの風当たりの強さに、苦悩を深めていた。枢木スザクは、そんな彼女の騎士として、献身的に支え続けていたが、「生きろ」のギアスは依然として彼の精神を蝕み、時折、常軌を逸した行動や、感情の爆発を引き起こしかけていた。レオンハルトは、そんなスザクの危うさに気づきつつも、ユーフェミアの傍に彼を置くことのメリットとデメリットを天秤にかけ、複雑な思いを抱いていた。
黒の騎士団は、中華連邦からの支援と、新たに加わった藤堂鏡志朗と四聖剣の力により、その組織力と戦闘能力を飛躍的に向上させ、エリア11各地で散発的ながらも効果的なゲリラ攻撃を仕掛けていた。レオンハルトとモニカは、ナイトオブラウンズとして、これらの鎮圧任務に度々投入されたが、ゼロの巧みな指揮と、紅蓮可翔式や月下といった高性能KMFを擁する黒の騎士団は、以前とは比較にならないほど手強くなっていた。
ある時、日本解放戦線の残党と黒の騎士団の一部が共同で行った、ブリタニア軍の重要物資輸送ルートへの襲撃作戦において、レオンハルトの『ジークフリート・レジーナ・イグニス』とモニカの『ディアナ・フェンサー・ルミナ』は、藤堂の月下（指揮官機）とカレンの紅蓮可翔式が率いる部隊と再び激突した。
「また会ったな、白銀の悪魔！ 今度こそ、その首もらうぞ！」カレンの怒声が響く。
「何度来ようと結果は同じだ、黒の騎士団！ お前たちの無益な抵抗は、エリア11にさらなる混乱をもたらすだけだ！」レオンハルトもまた、冷徹に応戦する。
激しいKMF戦が繰り広げられる中、レオンハルトは、敵の動きの中に、以前とは異なる、より高度な戦術パターンと、ギアス嚮団から流出したと思われる特殊な技術の痕跡（例えば、限定的なステルス機能や、KMFの性能を一時的に向上させる違法な強化パーツなど）を感知した。
（やはり、嚮団の影が、黒の騎士団にも及び始めているのか…？ ゼロは、その危険性を理解しているのだろうか？ それとも、あえて利用しているのか？）
この戦いは、レオンハルトが辛くも敵部隊を退ける形で終結したが、彼の胸には、ギアス嚮団という見えざる敵への警戒感が、より一層強く刻み込まれた。
そして、ついに、そのギアス嚮団が本格的に牙を剥く時が来た。
V.V.は、ゼロ（ルルーシュ）の最大の弱点であるナナリー・ランペルージを再び人質に取り、彼をギアス嚮団の本拠地へと誘い出すという、卑劣かつ巧妙な罠を仕掛けたのだ。ナナリーの身に危険が迫っていることを知ったルルーシュは、C.C.と共に、黒の騎士団の主力部隊から離れ、単独で嚮団の本拠地へと向かうことを決意する。それは、あまりにも危険な賭けだった。
レオンハルトは、モニカを通じてペンドラゴンから極秘裏にもたらされた情報と、彼自身の情報網、そして原作知識を組み合わせることで、V.V.の動きと、ギアス嚮団の本拠地のおおよその位置を特定することに成功した。
（V.V.…そして、ギアス嚮団の本拠地…。そこには、ギアスの研究施設、多くのギアスユーザー、そして何よりも、皇帝シャルルの計画「ラグナロクの接続」に関わる重大な秘密が隠されているはずだ。そして、ルルーシュもまた、ナナリーを救うためにそこへ向かっている。これは、危険極まりない状況であると同時に、ギアスという呪われた力の連鎖を断ち切るための、千載一遇の好機かもしれん！）
彼は、ユーフェミアの安全をモニカと「影の騎士団」に託し、単独で、あるいは最小限の信頼できる部下と共に、ギアス嚮団の本拠地へと向かうという、極めて危険な決断を下した。彼の目的は、ナナリーの救出（それは結果的にルルーシュを助けることになるかもしれないが、彼の主目的ではない）、ギアス嚮団の壊滅、そして何よりも、V.V.と皇帝シャルルの真の目的を暴き出し、それを阻止することだった。
ギアス嚮団の本拠地は、中華連邦の奥深く、人里離れた山岳地帯に巧妙に隠されていた。そこは、巨大な地下施設であり、不気味な研究施設や、ギアス能力を持つ子供たちが集められた育成施設などが存在していた。
レオンハルトは、『ジークフリート・レジーナ・イグニス』のステルス機能を最大限に活用し、厳重な警備網を突破して施設内部へと潜入した。そこで彼が目の当たりにしたのは、ギアスという力がいかに非人道的で、そして恐ろしいものであるかを示す、数々の証拠だった。人体実験の痕跡、精神を破壊されたギアスユーザーたち、そして、V.V.の歪んだ理想と、シャルル皇帝の狂気的なまでの野望。
「よく来たな、ナイトオブセブン、レオンハルト・アイゼン。いや、転生者と言った方が正しいかな？」
施設の最深部で、レオンハルトを待ち受けていたのは、子供のような姿をした、しかしその瞳には数百年の時を生きたかのような深い闇を宿す、V.V.だった。彼の傍らには、皇帝シャルル・ジ・ブリタニアのホログラム映像が浮かび上がっている。
「貴様が…V.V.か！ そして、皇帝陛下…！ あなた方の目的は、一体何だ！？ この世界を、どうしようというのだ！」
レオンハルトの怒りに満ちた声が、広大な空間に響き渡る。
「我々の目的は、世界の再生だ。嘘と偽りに満ちたこの世界を一度破壊し、アーカーシャの剣とラグナロクの接続によって、全ての人間が偽りのない心で繋がり合う、永遠の、そして停滞した世界を創造することだ。ギアスとは、そのための大いなる力なのだよ」
シャルル皇帝が、まるで神の託宣のように、その恐るべき計画の一端を語り始めた。それは、個人の意思や感情を否定し、全ての人間を一つの集合意識へと統合しようとする、あまりにも壮大で、そして狂気的な野望だった。
「馬鹿な…！ それは、世界の終わりだ！ 人間の尊厳を踏みにじる、許されざる行為だ！」
レオンハルトは、その計画の全貌に戦慄し、激しい怒りを覚えた。
その時、施設の別の場所で、ナナリーを救出すべく潜入していたルルーシュ（ゼロ）とC.C.が、V.V.の配下であるギアスユーザーたちと激しい戦闘を繰り広げていた。そして、その混乱の中、ついにルルーシュはV.V.と直接対峙し、父シャルルがギアス嚮団の黒幕であり、母マリアンヌの死の真相にも深く関わっているという衝撃的な事実を知ることになる。
レオンハルトは、シャルル皇帝のホログラムと、そして目の前のV.V.を睨みつけた。
「お前たちの計画、この俺が必ず阻止してみせる！ ユーフェミア様が夢見た、人々が手を取り合える優しい世界を、お前たちのような狂信者に壊させるわけにはいかない！」
『ジークフリート・レジーナ・イグニス』が、その白銀の装甲から凄まじいオーラを放つ。
「面白い。ならば、その力を示してみるがいい、転生者よ。だが、お前一人で、神の計画を止められるとでも思うのか？」
V.V.が、不気味な笑みを浮かべながら、自らも専用のナイトメアフレーム（あるいは、それに類する何か）を起動させる。
ギアス嚮団の本拠地は、今、二つの強大な意志が激突する、最終決戦の舞台となろうとしていた。レオンハルトの持つ原作知識とギアスキャンセラーは、この絶望的な状況を打開する鍵となるのか。そして、ルルーシュは、父と兄の裏切りを知り、何を思い、どう動くのか。
世界の運命を左右する戦いの火蓋が、今まさに、切って落とされようとしていた。龍の国の終幕は、より大きな深淵への入り口に過ぎなかったのだ。