10人の「仮面ライダー」と「JUDO」の大決戦から数年。
「BADAN」による侵攻から大分復興できている世界がその甲斐はあって落ち着こうとする時だった――新たな戦いが始まったのは……そのきっかけこそがある２人の運命の激変であった。
――19歳の誕生日を迎えた南光太郎と秋月信彦だが、そんな２人は突如何者かに連れ込まれ――そこで生体改造手術を受けさせられた。
実は――彼らは「ゴルゴム」によってその大首領候補にされているのだ。
「ゴルゴム」――
それは「BADAN」の次に姿を現す新たな組織である。
そこには政財界の実力者と優秀な科学者も参加しており、世界を裏から操っているのだ。
実は――仮面ライダー達が倒した人類の敵である「JUDO」の子、「創世王」によって創設され支配される暗黒結社であるのだ。
古代の地球に人類創世を促した３神のうちの金色の神として君臨した「JUDO」は人類の支配を固めようと自ら適材を生み出した。それこそが――「創世王」である。
だが、人類を不良品種だと考えた創世王は父に背を向けて優れた人間だけを怪人にして、死の恐怖がない５万年以上の生命を持つ改造怪人だけの世界を創り、本能のままに生きさせようと企むようになる。
やがて有史以前から驕り高ぶるようになってしまった人類の発展した文明と文化を完全破壊と淘汰するのをも企画するようになってしまう。
そんな創世王にも――寿命が存在している。故に代々５万年ごとに器を交代する事で寿命を延ばしてきた。そして……今寿命が尽きようとしていた。
そこで５万年に一度「キングストーン」を持つ２人の「世紀王」を闘わせ、勝った方を次期「創世王」にするしきたりになっているのだ。
そして――今の時代の日食の日の同時刻に生まれた２人――南光太郎と秋月信彦は世紀王「ブラックサン」と「シャドームーン」に選ばれたのだ。
だが、脳改造の前に脱出できた光太郎は以後「仮面ライダーBLACK」を名乗り、ゴルゴムの陰謀に立ち向かう決意をした。
一方でシャドームーンが次期創世王と定められたのを機にゴルゴムが人類に宣戦布告した事でその存在が世界に知れ渡る事になった。
その脅威に立ち向かう仮面ライダーBLACKに10人の仮面ライダーはもちろん――ゴルゴムによって改造された風祭真ごと「仮面ライダーシン」と同じく改造された麻生勝ごと「仮面ライダーＺＯ」も合流した。
JUDOが滅ぼされた今こそ世界を支配せんとするゴルゴムと13人の仮面ライダーの戦いが始まった――
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南光太郎――仮面ライダーBLACKが13人の仮面ライダーと共に暗黒結社「ゴルゴム」を壊滅させてから半年。
かつての友を失い心身共に傷付いた光太郎は叔父の家に身を寄せて平和な日々を過ごしていた。だが、世界各地では異常気象が発生していた……
ある日、光太郎は光を発する３本の不思議な杭を目撃した。杭を設置する怪人の目撃情報もあって彼がその調査を行う途中で突如拘束・拉致されてしまう。
その張本人が――「クライシス帝国」と「フォッグ」の同盟であった。
「クライシス帝国」――
そこは異次元世界である怪魔界に存在する独裁国家である。
皇帝の圧政と地球の文明の発展と共に汚染と砂漠化といった環境汚染が深刻化した為に地球環境を破壊し、地球の全人類を抹殺して臣民50億人を１年後に移民させようと目論んでいた。
その戦略基地を確保する為に日本を狙ったのだ。
宇宙怪物集団「フォッグ」――
女帝にして母艦でもある「フォッグ・マザー」と彼女が生み出した怪人から成る宇宙生命の集団である。
彼らは遥か昔から宇宙を巡って星々を襲っているが、実は地球にも寄っていたのだ。7000万年前にやってきた彼女達の大孵化によって地球の恐竜を食べ尽くし絶滅させたのだ。
そもそもフォッグ・マザーは宇宙機械獣母艦としてかの機能と生物としての機能を併せ持つ上にその体内に数万の怪物達の卵を宿しており、千年に一度大孵化を行う必要がある。
狙った惑星の生命体を全て捕食した後、その地に千年王国を築いてまた次の大孵化に備えるというライフサイクルで生きているのだ。
そんな彼らは再度、豊かな惑星となった地球に飛来し、人間を餌に妖獣達の大孵化を企んでいるのだ。
「人類抹殺」という目的が一致している二組織は同盟を組んだのだ。そんな中で人類を守ってきた「仮面ライダー」の存在を知った同盟はまず仮面ライダーBLACKを迎え入れようとした。
同盟の兵士となって地球の全人類を抹殺する事を要求された光太郎だかま、もちろんそれを拒否した事で変身機能を破壊され宇宙空間へと放り出されてしまった。
しかし、光太郎の体内の「キングストーン」――「太陽の石」が太陽光線を吸収した事で彼を「仮面ライダーBLACK RX」に転生させた。さらにかつての相棒バトルホッパーもアクロバッターとして転生して駆け付けた。
かくして仮面ライダーBLACK RXと危機を察知して駆け付けてくれた12人の仮面ライダー、そして強い勇気と正義感と地球の環境を守ろうとする心を地空人に認められ蘇生改造手術を受けた瀬川耕司ごと「仮面ライダーＪ」も新たに合流した。
そうして――14人の仮面ライダーと「クライシス帝国」、「フォッグ」の同盟の戦いが始まった……